細(xì)菌全基因組測(cè)序

基因組測(cè)序和組裝流程生物信息學(xué)分析流程圖基因功能注釋

基因注釋主要基于蛋白序列比對(duì)，將基因的序列與各數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，得到對(duì)應(yīng)的功能注釋信息。

注釋的蛋白庫(kù)為：KEGG、COG、SwissProt、TrEMBL、NR。B-6KEGG代謝通路二級(jí)分類(lèi)圖

B-9KEGG代謝通路二級(jí)分類(lèi)圖

B-6COG功能分類(lèi)圖

B-9COG功能分類(lèi)圖

B-6GC含量、GCskew、COG注釋基因組分布圖

B-9GC含量、GCskew、COG注釋基因組分布圖

基因家族（genefamily）

和基因簇（genecluster）分析genefamily.xls 基因家族聚類(lèi)結(jié)果genefamily.stat各基因家族統(tǒng)計(jì)信息distance_data/all.KaKs 各基因家族內(nèi)基因兩兩間的Ka/Ks結(jié)果 gene_families 包含各基因家族的序列等信息

基因組中來(lái)源相同，結(jié)構(gòu)和功能相關(guān)的基因聚集在一起形成基因家族。基因家族的各個(gè)成員緊密成簇排列成大段的串聯(lián)重復(fù)單位，分布在某一條染色體的特殊區(qū)域測(cè)序數(shù)據(jù)的解讀與分析

解讀策略木質(zhì)素基質(zhì)是非常巨大的非均性高分子，會(huì)受到細(xì)胞外酶或試劑的作用；木質(zhì)素不含有可水解的化學(xué)鍵，這就意味著木質(zhì)素降解所參與的酶必須具有氧化性；木質(zhì)素具有立體結(jié)構(gòu)不規(guī)整性，與許多其他天然高分子相比，木質(zhì)素降解要求更具非特異性的作用。木質(zhì)素降解過(guò)程中涉及到的細(xì)胞外酶主要有：木質(zhì)素過(guò)氧化物酶（LiP）和錳過(guò)氧化物酶（MnP），以及漆酶（Lac）。此外，一些附屬酶參與過(guò)氧化氫的產(chǎn)生，乙二醛氧化酶（glyoxaloxidase，縮寫(xiě)作GLOX）和芳基醇氧化酶（arylalcoholoxidase，縮寫(xiě)作AAO）屬于這類(lèi)酶。

解讀策略木質(zhì)素降解過(guò)程涉及到的其他酶。

對(duì)木質(zhì)素模型化合物作用的相關(guān)酶；木質(zhì)素單體化合物降解相關(guān)酶。聚合木質(zhì)素木質(zhì)素LacMnPLiP單體二聚體寡聚體LacMnPLiP其他酶C1C2C3片段CO2開(kāi)環(huán)產(chǎn)物CO2芳香醛酸醌+氫醌CO2聚合木質(zhì)素木質(zhì)素LacMnPLiP單體二聚體寡聚體LacMnPLiP其他酶C1C2C3片段CO2開(kāi)環(huán)產(chǎn)物CO2芳香醛酸醌+氫醌CO2運(yùn)用測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)思文章對(duì)羥苯基結(jié)構(gòu)（10%）愈創(chuàng)木基結(jié)構(gòu)（70%）紫丁香基結(jié)構(gòu)（20%）γ

αβ木質(zhì)素主體結(jié)構(gòu)的連接方式鍵型連接方式名稱(chēng)β-O-4型β-烷基芳基醚鍵愈創(chuàng)木基甘油-β-芳基醚α-O-4型α-烷基芳基醚鍵愈創(chuàng)木基甘油-α-芳基醚4-O-5型二芳基（聯(lián)苯）醚鍵愈創(chuàng)木基芳基醚α-O-γ型二烷基醚鍵松脂酚β-5型α-烷基芳基醚，β-碳鍵苯基香豆?jié)M5-5型二苯基（聯(lián)苯）碳鍵二聯(lián)苯愈創(chuàng)木基丙烷β-β型β-二烷基碳鍵二芳基（愈創(chuàng)木基）聯(lián)丙烷β-1型β-芳基碳鍵愈創(chuàng)木基-β-芳基丙烷β-O-4型連接木質(zhì)素降解有關(guān)主要的酶和它們催化的主要反應(yīng)酶，簡(jiǎn)寫(xiě)輔助因子或基質(zhì)“介體”主要效應(yīng)和參與催化的反應(yīng)木質(zhì)素過(guò)氧化物酶，LiPH2O2，黎蘆醇催化木質(zhì)素非酚型亞結(jié)構(gòu)β-O-4模型中丙基側(cè)鏈上的Cα-Cβ鍵的斷裂反應(yīng)、開(kāi)環(huán)以及其他的反應(yīng)錳過(guò)氧化物酶，MnPH2O2，Mn，有機(jī)酸作為螯合劑，硫醇，不飽和脂質(zhì)形成苯氧自由基，引起芳香環(huán)和Cα之間化學(xué)鍵的斷裂；MnP-脂質(zhì)體系可使非酚型β-O-4木質(zhì)素模型中的Cα-Cβ鍵和β-芳基-醚鍵降解漆酶，LacO2，介質(zhì)（如羥基苯并三唑或ABTS）通過(guò)氧化Cα鍵和使芳基烷基鍵斷裂，催化β-1-和β-O-4-木質(zhì)素模型化合物中的Cα-Cβ鍵的斷裂；在“介體”分子存在下，可氧化非酚型β-O-4木質(zhì)素模型化合物乙二醛氧化酶，GLOX乙二醛，甲基乙二醛乙二醛氧化成二羥基乙酸，產(chǎn)生H2O2芳基醇氧化酶，AAO芳醇（茴香醇、黎蘆醇）芳醇氧化成醛，產(chǎn)生H2O2其他H2O2生成酶一些化合物O2還原成H2O2

增加個(gè)性化信息分析對(duì)B-6，B-7，B-8，B-9這4株菌的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，尋找與木質(zhì)素降解相關(guān)基因；用CAZY數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)這4株菌的代謝途徑進(jìn)行注釋?zhuān)瑢ふ依w維素、半纖維素降解家族基因。對(duì)4株菌的親緣關(guān)系進(jìn)行分析，確定菌株之間的相互關(guān)系；通過(guò)對(duì)4株菌進(jìn)行進(jìn)化分析，判定是否為古菌或新的菌種。論文構(gòu)思

創(chuàng)新性系統(tǒng)性

熱點(diǎn)，高關(guān)注度下一步的實(shí)驗(yàn)安排對(duì)已注釋出的基因進(jìn)行驗(yàn)證基因分離酶切載體酶切連接轉(zhuǎn)化篩選表達(dá)未注釋出功能的基因鑒定，挖掘新基因RNA

RNA轉(zhuǎn)錄翻譯Protein

DNA逆轉(zhuǎn)錄培養(yǎng)條件①培養(yǎng)條件②產(chǎn)酶A且活性高不產(chǎn)酶A或活性較低測(cè)定轉(zhuǎn)錄組mRNA測(cè)定轉(zhuǎn)錄組mRNA比較差異新基因其他方面的應(yīng)用研究

應(yīng)用NMR、FTIR、UV，14C標(biāo)記的木質(zhì)素降解機(jī)理方面的研究；農(nóng)藥殘留物以及其他一些難降解有機(jī)物的降解；重金屬有機(jī)物化合物的降解?！耙粋€(gè)物