引物設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)課-課件

引物設(shè)計(jì)引物設(shè)計(jì)常用軟件介紹軟件的功能主要體現(xiàn)在兩個(gè)方面：首先是引物分析評(píng)價(jià)功能；其次是引物的自動(dòng)搜索功能。“PrimerPremier”為最強(qiáng)且方便使用，“Oligo6”其次，其他軟件如“VectorNTISuit”、“Dnasis”、“Omiga”和“Dnastar”都帶有引物自動(dòng)搜索功能。要想得到效果很好的引物，在自動(dòng)搜索的基礎(chǔ)上還要輔以人工分析。引物設(shè)計(jì)軟件的最佳搭配是“Oligo”和“Premier”軟件合并使用，以“Premier”進(jìn)行自動(dòng)搜索，“Oligo”進(jìn)行分析評(píng)價(jià)，如此可快速設(shè)計(jì)出成功率很高的引物。引物設(shè)計(jì)與分析軟件引物設(shè)計(jì)軟件（Primer、Oligo、codehop、FastPCR、Generunner、VectorNTISuit、Dnasis、Omiga、Dnastar等）引物分析軟件（Oligo、Primer、Blast等）PrimerPremier5.0簡(jiǎn)介主要功能：引物設(shè)計(jì)限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)分析DNA基元（motif）查找同源性分析此外，該軟件還有一些特殊功能，其中最重要的是設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，另外還有序列“朗讀”、DNA與蛋白序列的互換、語(yǔ)音提示鍵盤輸入等等。PrimerPremier5.0使用介紹Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy6安裝Primerpremier5Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy7Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy8Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy9Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy10Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy11Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy12Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy13Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy14Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy15Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy16Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy17Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy18Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy19Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy20Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy21Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy22Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy23Jul-23廣西醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心xy24以腫瘤壞死因子TNF基因?yàn)槔齍CSCGenomeBrowser是由UniversityofCaliforniaSantaCruz(UCSC)創(chuàng)立和維護(hù)的，該站點(diǎn)包含有人類、小鼠和大鼠等多個(gè)物種的基因組草圖，并提供一系列的網(wǎng)頁(yè)分析工具。站點(diǎn)用戶可以通過(guò)它可靠和迅速地瀏覽基因組的任何一部分，并且同時(shí)可以得到與該部分有關(guān)的基因組注釋信息，如已知基因，預(yù)測(cè)基因，表達(dá)序列標(biāo)簽，信使RNA，CpG島，克隆組裝間隙和重疊，染色體帶型，小鼠同源性等。

目標(biāo)基因序列的獲取引物設(shè)計(jì)功能同源性分析蛋白酶體基元和活性位點(diǎn)分析限制性酶切位點(diǎn)分析DNA與蛋白序列的互換序列名稱原始序列選擇一種功能PremierPrimer5提供了8種生物遺傳密碼使用的偏好選擇1、纖毛蟲大核（CiliateMacronuclear）2、無(wú)脊椎動(dòng)物線粒體（InvertebrateMitochondrion）3、支原體（Mycoplasma）4、植物線粒體（PlantMitochondrion）5、原生動(dòng)物線粒體（ProtozoanMitochondrion）6、一般標(biāo)準(zhǔn)（Standard）7、脊椎動(dòng)物線粒體（VertebrateMitochondrion）8、酵母線粒體（YeastMitochondrion）DNA/mRNA引物的區(qū)別DNA34intronexonmRNAAAAAAA3’5’pmGpppG檢測(cè)的基因如果來(lái)自真核生物，需要用mRNA進(jìn)行引物設(shè)計(jì)檢測(cè)的基因如果為原核生物，其表達(dá)一般是要基因序列中不含內(nèi)含子，因此引物設(shè)計(jì)時(shí)直接用基因組DNA即可希望搜索的引物不會(huì)與其它存在于反應(yīng)中序列發(fā)生錯(cuò)配簡(jiǎn)并引物設(shè)計(jì)獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設(shè)計(jì)方案，特點(diǎn)是所設(shè)計(jì)的引物序列某位置的核苷酸可以是兩個(gè)或者兩個(gè)以上不同的堿基，結(jié)果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物。為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據(jù)不同生物的堿基使用偏好，減少簡(jiǎn)并性。核苷酸鏈中除出現(xiàn)正常的A、T、G、C四種堿基符號(hào)外還出現(xiàn)如R、Y、M、K等其他字母（其中R=A/G,Y=C/T,M=A/C,S=C/G,W=A/T,H=A/C/T,B=C/G/T,V=A/C/G,D=A/G/T,N=A/C/G/T）。搜索到的引物對(duì)數(shù)搜索結(jié)果雙擊選中一對(duì)引物選中引物的信息引物的信息，包括是否出現(xiàn)發(fā)夾結(jié)構(gòu)、二聚體等。理想引物應(yīng)當(dāng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu)引物分值100分為滿分在此編輯引物分析編輯結(jié)果接受引物編輯結(jié)果返回主窗口接受引物編輯結(jié)果返回主窗口打開功能選擇“savetodatabase”引物訂購(gòu)輸出雙擊選擇需要訂購(gòu)的引物引物合成訂購(gòu)表Primer-BLAST引物驗(yàn)證Primer-BLAST界面包括了Primer和BLAST的功能。提交的界面主要包括三個(gè)部分：Targettemplate（模板區(qū)）Theprimers(引物區(qū))Specificitycheck（特異性驗(yàn)證區(qū)）Blast主頁(yè)(/)或者/tools/primer-blast/（已經(jīng)設(shè)計(jì)好的引物）特異性4種數(shù)據(jù)庫(kù)：RefSeqmRNA,Genome(selectedreferenceassemblies),Genome(allchromosomes),andnr(thestandardnon-redundantdatabase)選擇此項(xiàng)可以擴(kuò)增出長(zhǎng)短不同的轉(zhuǎn)錄本序列注意事項(xiàng)：優(yōu)先使用參考序列的Gi號(hào)或Accession號(hào)，確保序列式最新版本（填A(yù)ccessionNumber時(shí)后面不加版本號(hào)就會(huì)自動(dòng)用最新的序列）；盡量使用沒(méi)有冗除的數(shù)據(jù)庫(kù)（如refseq——rna或者genomedata