網(wǎng)絡(luò)藥理篩選方法簡介課件

網(wǎng)絡(luò)藥理虛擬篩選方法簡介劉培2013-2-25網(wǎng)絡(luò)藥理虛擬篩選方法簡介劉培什么是網(wǎng)絡(luò)藥理學？從系統(tǒng)生物學和生物網(wǎng)絡(luò)平衡的角度闡釋疾病的發(fā)生發(fā)展過程；從改善或恢復生物網(wǎng)絡(luò)平衡的整體觀角度認識藥物與機體的相互作用并指導新藥發(fā)現(xiàn)。在高通量組學數(shù)據(jù)分析、計算機模擬計算及網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫檢索的基礎(chǔ)上，進行生物網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及分析，進而進行藥物作用機制的研究及創(chuàng)新藥物的發(fā)現(xiàn)

2什么是網(wǎng)絡(luò)藥理學？從系統(tǒng)生物學和生物網(wǎng)絡(luò)平衡的角度闡釋疾病的網(wǎng)絡(luò)藥理學的研究思路思路一：根據(jù)公共數(shù)據(jù)庫和公開發(fā)表的已有數(shù)據(jù)，建立特定藥物作用機制網(wǎng)絡(luò)預(yù)測模型，預(yù)測藥物作用靶點/機制，從生物網(wǎng)絡(luò)平衡的角度解析藥物作用的藥理學機制；思路二：利用各種組學技術(shù)以及高內(nèi)涵/高通量技術(shù)，觀察藥物對模型(分子、細胞、組織或/和動物)的作用或模型對藥物的作用，針對所產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)，采用生物信息學的手段分析和構(gòu)建藥物-靶點-疾病網(wǎng)絡(luò)，建立預(yù)測模型，進而解析所研究藥物的網(wǎng)絡(luò)藥理學機制。

3網(wǎng)絡(luò)藥理學的研究思路思路一：根據(jù)公共數(shù)據(jù)庫和公開發(fā)表的已有數(shù)虛擬篩選步驟一、準備待篩選分子二、靶點篩選三、通路篩選四、網(wǎng)絡(luò)藥理圖4虛擬篩選步驟一、準備待篩選分子4一、準備待篩選分子Chembiooffice2008以上版本作圖，文件格式須為sdf5一、準備待篩選分子Chembiooffice2008以上版二、靶點篩選1/pharmmapper/點擊此處上傳分子結(jié)構(gòu)，每次只能投入1個分子結(jié)構(gòu)6二、靶點篩選1/pharJodID是下載結(jié)果的“密碼”7JodID是下載結(jié)果的“密碼”7下載結(jié)果8下載結(jié)果8Fit為分子和靶點的匹配度，越高代表越匹配。靶點名稱與人類相關(guān)的靶點代碼9Fit為分子和靶點的匹配度，越高代表越匹配。靶點名稱與人類相三、通路的篩選將前面工作中得到的與人類相關(guān)的靶點代碼全部換成類似于P00517的形式，以投入博奧數(shù)據(jù)庫得到與靶點相關(guān)的通路。以靶點PDPK1_HUMAN為例：/此為蛋白編號靶點蛋白名稱10三、通路的篩選將前面工作中得到的與人類相關(guān)的靶點代將得到靶點編號投入到博奧數(shù)據(jù)庫/mas3/注冊并登陸上傳project建議自己申請！11將得到靶點編號投入到博奧數(shù)據(jù)庫http://bioinfo.選擇與人類相關(guān)的12選擇與人類相關(guān)的12靶點填于此處13靶點填于此處131414靶點-通路一般選擇p值小于0.01的通路15靶點-通路一般選擇p值小于0.01的通路15將選擇的靶點在uniprot上查的蛋白名稱16將選擇的靶點在uniprot上查的蛋白名稱16四、網(wǎng)絡(luò)藥理圖將化合物對應(yīng)靶點，靶點對應(yīng)通路于同一EXCELL中。注意：要做成兩列即：化合物靶點靶點通路然后將表格導入Cytoscape軟件（官方下載地址：/），也可使用其他作圖軟件。17四、網(wǎng)絡(luò)藥理圖將化合物對應(yīng)靶點，靶點對應(yīng)通路于同一EXCEL點擊對形狀和背景進行更改節(jié)點連線背景18點擊對形狀和背景進行更改節(jié)點連線背景18為了方便對圖進行編輯和更改，我們可以導入attributes。令通路等于2，化合物名稱等于3。可在此處專一的對化合物、靶點。通路進行更改顏色19為了方便對圖進行編輯和更改，我們可以導入attributes也可以專一性的進行形狀的更改20也可以專一性的進行形狀的更改20網(wǎng)絡(luò)藥理學與實驗相關(guān)的環(huán)節(jié)基于實驗結(jié)果構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)所需基本數(shù)據(jù)的獲取對所建立的網(wǎng)絡(luò)預(yù)測模型進行實驗驗證目前網(wǎng)絡(luò)藥理學研究在實驗研究水平所涉及的相關(guān)技術(shù)除了組學(基因組、蛋白質(zhì)組、代謝組和糖組等)技術(shù)外，主要包括3個方面:高通量/高內(nèi)涵技術(shù)、雙高通量基因表達檢測技術(shù)和分子相互作用