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文檔簡介

重測序序列組裝流程圖參考基因1、bwaindex參考基因庫 目的基因3、bwasampe生成sam文件4、Samtoolsview生成bam文件1f5、samtoolssort生成排過序后的bam文件6、samtoolsmpileup8、vcfutils.plvcf2fq生成內容為fastq格式的vcf文件用戶名：student密碼：1234561、 bwaindex就是給參考序列建索引，參數(shù)用的是默認參數(shù)。bwaindexref.fa2、 bwaaln是把目標序列和參考基因序列進行比對bwaaln-t6ref.fareads.fq>reads.sai3、 bwasampe比對pair-endreads,輸出SAM格式文件。因為我們的基本上是pair-endreads,所以用sampe。如果是比對single-endreads，就要用bwasamse了。用的參數(shù)用的是默認參數(shù)。reads_2.saireads_1.fqbwasamperef.fareads_1.saireads_2.saireads_1.fqreads_2.fq>reads.sam4、samtoolsview把sam文件轉換成bam文件。samtoolsview-bSreads.sam-oreads.bam5、samtoolssort對bam文件進行排序,默認按染色體名稱和位置大小順序。samtoolssortreads.bamreads.sort6、 samtoolsmpileup生成位點信息文件,可以通過不同的參數(shù)來的到不同的結果，mapping用的參數(shù)是-uS,之后找過snp，用的參數(shù)是-DSugf。把bam文件轉換成bcf格式文件。samtoolsmpileup-usreads.sort.bam>reads.bcf7、 bcftoolsview是把bcf文件輸出為vcf格式。bcftoolsview-cgreads.bcf>reads.vcf8、vcfutils.plvcf2fq把結果的一致性序列整理成

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