Gaussview軟件使用手冊(cè)

Gaussview軟件使用手冊(cè)GaussView是一種被設(shè)計(jì)來協(xié)助準(zhǔn)備輸入進(jìn)入高斯軟件的文檔以及以圖形的形式來檢查高斯軟件完畢并輸出的成果的圖形化的顧客界面。GaussView是不在高斯軟件的計(jì)算模塊中，而是此前端/后端的模式來協(xié)助高斯軟件的運(yùn)行。GaussView為高斯顧客提供了三種重要的便利。首先，通過它先進(jìn)的可視化工具，GaussView使得顧客可以很快的做出大分子的構(gòu)造圖甚至是很大的分子，然后旋轉(zhuǎn)，在這些分子的基礎(chǔ)上通過簡(jiǎn)樸的搜尋操作來編譯和放大。它同樣可以載入例如PDB類型的原則的分子構(gòu)造文檔。第二，GaussView使得建立多種形式的高斯計(jì)算變得輕易。它使得準(zhǔn)備為一般工作模式以及如ONIOM，QST2/OST3轉(zhuǎn)變構(gòu)造優(yōu)化措施，CASSCF計(jì)算措施，周期邊緣狀態(tài)計(jì)算措施（PBC）以及其他的許多前沿措施的復(fù)雜的載入愈加簡(jiǎn)樸。假如高斯軟件被安裝在了同一臺(tái)電腦上的話，顧客同樣可以使用GaussView來進(jìn)行工作。最終，GaussView使得顧客可以通過多種的圖形技巧來檢查高斯計(jì)算的成果。高斯的計(jì)算成果中可以用圖形來表達(dá)的有下列幾種：通過優(yōu)化的分子構(gòu)造；分子軌道任何估算密度的電子密度表面；靜電潛在表面；原子價(jià)；與振動(dòng)頻率相符的一般模型；IR,Raman,NMR,VCD以及其他的頻譜；構(gòu)造優(yōu)化，IRC反應(yīng)途徑的后續(xù)，能級(jí)表面的掃描以及ADMP和BOMD軌道的模擬；整體能量的小部分以及其他來自于相似工作類型的數(shù)據(jù)；這本書為所有的GaussView構(gòu)造提供了一種參照。該軟件的每一種程序的構(gòu)造都被詳細(xì)記錄。將項(xiàng)目按照一般目的分類。在每一種分類中，項(xiàng)目是按照邏輯構(gòu)造來排列的，開始于最簡(jiǎn)樸的項(xiàng)目，然后是引用最廣泛的項(xiàng)目，最終是愈加復(fù)雜和不常常使用的項(xiàng)目。為了找出顧客感愛好的特殊信息，可以通過索引來打開有關(guān)主題或者是特殊的對(duì)話框。顏色搜集以及對(duì)話在索引中的主題菜單下（下面直接中英語）顯示了出來。菜單項(xiàng)目通過菜單=>項(xiàng)目的格式顯示出來。按鈕在索引中顯示為“名稱按鈕”。如下圖（從圖1開始）顯示了一系列的按鈕名稱，菜單途徑—等價(jià)于按鈕和鍵盤的快捷鍵。在多種GaussView構(gòu)造的基于指導(dǎo)的協(xié)助包括在了網(wǎng)上協(xié)助中。在主協(xié)助窗口中選擇指導(dǎo)主題來打開他們。GaussView指導(dǎo)基礎(chǔ)分子創(chuàng)立分子創(chuàng)立的例子和方略下面舉例闡明怎樣運(yùn)用GaussView來創(chuàng)立分子。創(chuàng)立維生素分子：運(yùn)用不經(jīng)典的原子下面是一種使用GaussView創(chuàng)立維生素分子的例子：在View窗口中的File菜單中選擇New的選項(xiàng)來創(chuàng)立一種新的文獻(xiàn)；在Builder窗口中選擇好Rings；在ActiveFragmentbutton上面點(diǎn)擊。在環(huán)碎片中選擇苯。返回到View窗口。點(diǎn)擊一下演示苯。在Builder窗口中點(diǎn)擊Element選項(xiàng)，在氮上點(diǎn)擊。點(diǎn)擊ActiveFragment，點(diǎn)擊氮原子。在View窗口中，點(diǎn)擊你想變成氮的碳原子。注意：不要選擇雜交原子中的一種，一般選擇不經(jīng)典的原子愈加輕易。在創(chuàng)立窗口中點(diǎn)擊DeleteAtom鍵。在View窗口上，通過點(diǎn)擊該鍵刪除與氮相連的氫。在Builder窗口上點(diǎn)擊Rebond按鈕，然后點(diǎn)擊Clean按鈕。注意：一般在清除前應(yīng)當(dāng)重新成鍵。維生素目前已經(jīng)完畢了。創(chuàng)立芳環(huán)維生素：在環(huán)之間設(shè)置角度下面的例子展示了怎樣在已存在的文獻(xiàn)上創(chuàng)立芳環(huán)維生素。在這個(gè)例子中，以維生素為基礎(chǔ)來創(chuàng)立。你可以接著上述例子來做，創(chuàng)立維生素；在Builder窗口上點(diǎn)擊Rings按鈕。保證芳環(huán)已經(jīng)被選中；在View窗口上點(diǎn)擊氮原子對(duì)面碳原子上的氫原子。另一種環(huán)就在屏幕上顯示了出來；在Builder窗口上選擇Dihedral按鈕。保證MoveGroup被標(biāo)識(shí)；選擇兩環(huán)之間的原子，如下所示：更改角度移動(dòng)光標(biāo)來是的各環(huán)所處的平面互相垂直（或者是在文本框中輸入90.0）；點(diǎn)擊Ok按鈕；芳環(huán)維生素目前完畢了。創(chuàng)立五價(jià)鐵原子：在指定的項(xiàng)目上選擇最佳的構(gòu)型下面是創(chuàng)立五價(jià)鐵原子的一種例子打開一種新的模型。選擇鐵分子然后選擇雙錐形的鐵的構(gòu)型：選擇線形的C-N構(gòu)型然后將該基團(tuán)連接在鐵原子上。須注意的是我們選擇這種構(gòu)型而不是選擇一種C-O基團(tuán)是由于其是線形的。將氮原子轉(zhuǎn)換成氧原子（選擇氧元素之后再是自由電子模板）。目前分子已經(jīng)完畢了。創(chuàng)立初級(jí)紫染：懸掛構(gòu)造下面是一種展示怎樣在GaussView上面創(chuàng)立一種初級(jí)紫染的6，6’-dibromoindigo：創(chuàng)創(chuàng)立一種新文獻(xiàn)；在Builder窗口上選擇互聯(lián)的5和6元碳環(huán)（在左側(cè)中的插圖中），然后再View窗口上點(diǎn)擊來放置一種片段；在五元環(huán)中，點(diǎn)擊合適的氧原子來將其換成氫原子；將與氧原子相對(duì)的碳原子變化成氮原子；將六圓環(huán)（在氮原子同一側(cè)的）中的最外層碳原子上的氫原子改成在相似形式的溴原子；在Builder窗口上點(diǎn)擊Clean按鈕。不要重新成鍵。然后保留文獻(xiàn)；在View窗口上展示剛剛保留的文檔；旋轉(zhuǎn)和移動(dòng)另一種環(huán)是的兩個(gè)碳原子近到足夠成鍵，同步使得兩構(gòu)造方向合適；注意：假如只是要兩個(gè)構(gòu)造中的一種，在按住Alt鍵的同步拖動(dòng)鼠標(biāo)即可。在展示復(fù)雜構(gòu)造的同步使用此外一種窗口同樣也是很有用處的。在View菜單上通過AddView選項(xiàng)來創(chuàng)立。將兩個(gè)成鍵碳原子上的氫原子刪除；在Builder窗口上選擇Bond來創(chuàng)立一種C=C；點(diǎn)擊Clean；分子構(gòu)造完畢。取代兩種構(gòu)造：創(chuàng)立二氯化二苯下面的例子給出了一種包括取代構(gòu)造的分子構(gòu)造。創(chuàng)立一種新的View窗口，然后在上面放置一種苯環(huán)。將其中的一種碳原子換成氯原子。反復(fù)該過程創(chuàng)立另一種氯代苯環(huán)。旋轉(zhuǎn)其中的一種環(huán)，使得氯原子處在另一換的相反位置。顧客可以通過按住Alt鍵同步按下鼠標(biāo)左鍵拖動(dòng)來完畢該過程：將環(huán)放置使得它們重疊同步碳原子的成鍵位置對(duì)的；刪除重疊部位的氫原子同步移動(dòng)鍵；在兩個(gè)碳原子之間創(chuàng)立一種鍵，完畢分子構(gòu)造：分子構(gòu)造完畢。ONIOM例子在一種小的縮氨酸鏈中的ONIOM層上分派原子注意：這個(gè)例子是為了更好的闡明而不是為了精確創(chuàng)立一種包括如下氨基酸的縮氨酸鏈：Phe-Ala-Gly；選擇氨基末端的Phenylalanine，中心Fragment的Alanine以及有羰基末端的甘氨酸。將所有院子分派在最底層，在Edit菜單上選擇AssignLayer，然后點(diǎn)擊SelectAll。確定目前層被設(shè)定為Low。構(gòu)造大體如下：點(diǎn)擊Apply將下列原子分派到中間層：所有在Ala中的原子，在Phe環(huán)上的碳原子以及甘氨酸雙鍵上的原子：選擇Ala中的中心碳原子。點(diǎn)擊ExpandSelection的右端然后添加更多的原子（兩到三倍）。添加少許原子一般比添加諸多更輕易。點(diǎn)擊Apply。在下列添加附加的原子（選擇然后點(diǎn)擊Apply）直到構(gòu)造對(duì)的是十分必要的。根據(jù)需要運(yùn)用中間的鼠標(biāo)鍵來給選項(xiàng)添加原子，然后點(diǎn)擊Apply來固定構(gòu)造，根據(jù)需要反復(fù)操作。下圖中中間層軌道的原子以棍狀出現(xiàn)，底層則以線狀出現(xiàn)：將下列原子分派到高層上：Ala上所有包括與之相連的重原子在內(nèi)的所有原子。點(diǎn)擊Ala中的中間碳原子。將Using場(chǎng)轉(zhuǎn)換成Distance。在Expand選項(xiàng)的右端點(diǎn)擊兩次。成果如下：點(diǎn)擊Apply。然后成果如下：已完畢的ONIOM分派的原子點(diǎn)擊剛剛放置到高層的氫原子然后將其移動(dòng)（放置）至中間層。點(diǎn)擊Close。原子層的分派完畢。運(yùn)行一種ＯＮＩＯＭ工作該例子使用了創(chuàng)立的分子，層在創(chuàng)立程序中最終的例子上被定義，然后接著如下環(huán)節(jié)來。在Calculate菜單中選擇Gaussian。點(diǎn)擊MultilayerONIOMModel。三種選項(xiàng)（High，Medium和Low）出目前了Method系列中，從這些選項(xiàng)中顧客可以分別選擇作用于不一樣層原子的措施。點(diǎn)擊High選項(xiàng)，然后選擇RHF/6-31G工作。點(diǎn)擊Medium選項(xiàng)，然后選擇受限制的AM1工作。點(diǎn)擊Low選項(xiàng)詳細(xì)闡明一種在使用Amberforce區(qū)域的原子構(gòu)造計(jì)算措施。下列的構(gòu)造（高斯ONIOM工作的運(yùn)行例子）顯示了在正常運(yùn)行狀態(tài)的著三種選項(xiàng)（一種重疊著一種）：這些運(yùn)行的區(qū)域在工作的routesection顯示：#ONIOM=（RHF/6-31G：RAM1：Amber）顧客目前可以繼續(xù)填寫剩余的文本框，然后工作就可以準(zhǔn)備好保留并運(yùn)行了。創(chuàng)立周期性的構(gòu)造周期性束縛狀態(tài)（PBC）指示1——通過乙烯創(chuàng)立一種通過多元炔的聚合體PBC/1D通過點(diǎn)擊工具欄的“New”按鈕來創(chuàng)立一種新的分子和一種對(duì)應(yīng)的視圖窗口。首先雙擊“R-GroupFragment”的工具箱按鈕，然后點(diǎn)擊“SelectR-GroupFragment”對(duì)話框中的“vinyl”按鈕來創(chuàng)立乙烯基（乙烯）（目前的構(gòu)造）。在視圖窗口中的任意空白位置點(diǎn)擊來創(chuàng)立一種乙烯分子。點(diǎn)擊“Center“工具箱按鈕來使得視圖窗口以該分子為中心。在住窗口中的“View”菜單中點(diǎn)擊“Labels”來打開該視圖窗口的原子標(biāo)簽。在視圖窗口中，點(diǎn)擊乙烯的原子5來創(chuàng)立一種穿過丁烷基的分子在主窗口的“Edit”菜單中選擇“PBC”來顯示分子的PBC對(duì)話框。在PBC對(duì)話框的“Symmetry”選項(xiàng)中，選擇“LatticeDimensions”多選框中的“1”。在PBC對(duì)話框的“Cell”選項(xiàng)中，在確定“Vertex”被選擇的狀況下按下“Place”按鈕，這樣就可以在視圖窗口中使用鼠標(biāo)來選擇任何原子的細(xì)胞來源定點(diǎn)（“0（0）”）。在視圖窗口中，點(diǎn)擊原子2.在PBC對(duì)話框的“Cell”選項(xiàng)上，用鼠標(biāo)在View窗口中點(diǎn)擊選擇“a（1）”來替代“0（0）”使得a胞的替代。在View窗口中，點(diǎn)擊原子7。在PBC對(duì)話框的Cell選型上，在“TrimContents”菜單中選擇”DeleteAllAtomsOutsideCell”。在PBC對(duì)話框的”Cell”選項(xiàng)上，點(diǎn)擊“CenterContents”按鈕。這樣，我們就為穿越多乙炔的聚合體的PBC/1D模型定義了一種初始合成胞體。在PBC對(duì)話框的“View”選型上，使用”CellReplicat