Gaussview軟件使用手冊(cè)

Gaussview軟件使用手冊(cè)GaussView是一種被設(shè)計(jì)來(lái)協(xié)助準(zhǔn)備輸入進(jìn)入高斯軟件的文檔以及以圖形的形式來(lái)檢查高斯軟件完畢并輸出的成果的圖形化的顧客界面。GaussView是不在高斯軟件的計(jì)算模塊中，而是此前端/后端的模式來(lái)協(xié)助高斯軟件的運(yùn)行。GaussView為高斯顧客提供了三種重要的便利。首先，通過(guò)它先進(jìn)的可視化工具，GaussView使得顧客可以很快的做出大分子的構(gòu)造圖甚至是很大的分子，然后旋轉(zhuǎn)，在這些分子的基礎(chǔ)上通過(guò)簡(jiǎn)樸的搜尋操作來(lái)編譯和放大。它同樣可以載入例如PDB類(lèi)型的原則的分子構(gòu)造文檔。第二，GaussView使得建立多種形式的高斯計(jì)算變得輕易。它使得準(zhǔn)備為一般工作模式以及如ONIOM，QST2/OST3轉(zhuǎn)變構(gòu)造優(yōu)化措施，CASSCF計(jì)算措施，周期邊緣狀態(tài)計(jì)算措施（PBC）以及其他的許多前沿措施的復(fù)雜的載入愈加簡(jiǎn)樸。假如高斯軟件被安裝在了同一臺(tái)電腦上的話(huà)，顧客同樣可以使用GaussView來(lái)進(jìn)行工作。最終，GaussView使得顧客可以通過(guò)多種的圖形技巧來(lái)檢查高斯計(jì)算的成果。高斯的計(jì)算成果中可以用圖形來(lái)表達(dá)的有下列幾種：通過(guò)優(yōu)化的分子構(gòu)造；分子軌道任何估算密度的電子密度表面；靜電潛在表面；原子價(jià)；與振動(dòng)頻率相符的一般模型；IR,Raman,NMR,VCD以及其他的頻譜；構(gòu)造優(yōu)化，IRC反應(yīng)途徑的后續(xù)，能級(jí)表面的掃描以及ADMP和BOMD軌道的模擬；整體能量的小部分以及其他來(lái)自于相似工作類(lèi)型的數(shù)據(jù)；這本書(shū)為所有的GaussView構(gòu)造提供了一種參照。該軟件的每一種程序的構(gòu)造都被詳細(xì)記錄。將項(xiàng)目按照一般目的分類(lèi)。在每一種分類(lèi)中，項(xiàng)目是按照邏輯構(gòu)造來(lái)排列的，開(kāi)始于最簡(jiǎn)樸的項(xiàng)目，然后是引用最廣泛的項(xiàng)目，最終是愈加復(fù)雜和不常常使用的項(xiàng)目。為了找出顧客感愛(ài)好的特殊信息，可以通過(guò)索引來(lái)打開(kāi)有關(guān)主題或者是特殊的對(duì)話(huà)框。顏色搜集以及對(duì)話(huà)在索引中的主題菜單下（下面直接中英語(yǔ)）顯示了出來(lái)。菜單項(xiàng)目通過(guò)菜單=>項(xiàng)目的格式顯示出來(lái)。按鈕在索引中顯示為“名稱(chēng)按鈕”。如下圖（從圖1開(kāi)始）顯示了一系列的按鈕名稱(chēng)，菜單途徑—等價(jià)于按鈕和鍵盤(pán)的快捷鍵。在多種GaussView構(gòu)造的基于指導(dǎo)的協(xié)助包括在了網(wǎng)上協(xié)助中。在主協(xié)助窗口中選擇指導(dǎo)主題來(lái)打開(kāi)他們。GaussView指導(dǎo)基礎(chǔ)分子創(chuàng)立分子創(chuàng)立的例子和方略下面舉例闡明怎樣運(yùn)用GaussView來(lái)創(chuàng)立分子。創(chuàng)立維生素分子：運(yùn)用不經(jīng)典的原子下面是一種使用GaussView創(chuàng)立維生素分子的例子：在View窗口中的File菜單中選擇New的選項(xiàng)來(lái)創(chuàng)立一種新的文獻(xiàn)；在Builder窗口中選擇好Rings；在ActiveFragmentbutton上面點(diǎn)擊。在環(huán)碎片中選擇苯。返回到View窗口。點(diǎn)擊一下演示苯。在Builder窗口中點(diǎn)擊Element選項(xiàng)，在氮上點(diǎn)擊。點(diǎn)擊ActiveFragment，點(diǎn)擊氮原子。在View窗口中，點(diǎn)擊你想變成氮的碳原子。注意：不要選擇雜交原子中的一種，一般選擇不經(jīng)典的原子愈加輕易。在創(chuàng)立窗口中點(diǎn)擊DeleteAtom鍵。在View窗口上，通過(guò)點(diǎn)擊該鍵刪除與氮相連的氫。在Builder窗口上點(diǎn)擊Rebond按鈕，然后點(diǎn)擊Clean按鈕。注意：一般在清除前應(yīng)當(dāng)重新成鍵。維生素目前已經(jīng)完畢了。創(chuàng)立芳環(huán)維生素：在環(huán)之間設(shè)置角度下面的例子展示了怎樣在已存在的文獻(xiàn)上創(chuàng)立芳環(huán)維生素。在這個(gè)例子中，以維生素為基礎(chǔ)來(lái)創(chuàng)立。你可以接著上述例子來(lái)做，創(chuàng)立維生素；在Builder窗口上點(diǎn)擊Rings按鈕。保證芳環(huán)已經(jīng)被選中；在View窗口上點(diǎn)擊氮原子對(duì)面碳原子上的氫原子。另一種環(huán)就在屏幕上顯示了出來(lái)；在Builder窗口上選擇Dihedral按鈕。保證MoveGroup被標(biāo)識(shí)；選擇兩環(huán)之間的原子，如下所示：更改角度移動(dòng)光標(biāo)來(lái)是的各環(huán)所處的平面互相垂直（或者是在文本框中輸入90.0）；點(diǎn)擊Ok按鈕；芳環(huán)維生素目前完畢了。創(chuàng)立五價(jià)鐵原子：在指定的項(xiàng)目上選擇最佳的構(gòu)型下面是創(chuàng)立五價(jià)鐵原子的一種例子打開(kāi)一種新的模型。選擇鐵分子然后選擇雙錐形的鐵的構(gòu)型：選擇線形的C-N構(gòu)型然后將該基團(tuán)連接在鐵原子上。須注意的是我們選擇這種構(gòu)型而不是選擇一種C-O基團(tuán)是由于其是線形的。將氮原子轉(zhuǎn)換成氧原子（選擇氧元素之后再是自由電子模板）。目前分子已經(jīng)完畢了。創(chuàng)立初級(jí)紫染：懸掛構(gòu)造下面是一種展示怎樣在GaussView上面創(chuàng)立一種初級(jí)紫染的6，6’-dibromoindigo：創(chuàng)創(chuàng)立一種新文獻(xiàn)；在Builder窗口上選擇互聯(lián)的5和6元碳環(huán)（在左側(cè)中的插圖中），然后再View窗口上點(diǎn)擊來(lái)放置一種片段；在五元環(huán)中，點(diǎn)擊合適的氧原子來(lái)將其換成氫原子；將與氧原子相對(duì)的碳原子變化成氮原子；將六圓環(huán)（在氮原子同一側(cè)的）中的最外層碳原子上的氫原子改成在相似形式的溴原子；在Builder窗口上點(diǎn)擊Clean按鈕。不要重新成鍵。然后保留文獻(xiàn)；在View窗口上展示剛剛保留的文檔；旋轉(zhuǎn)和移動(dòng)另一種環(huán)是的兩個(gè)碳原子近到足夠成鍵，同步使得兩構(gòu)造方向合適；注意：假如只是要兩個(gè)構(gòu)造中的一種，在按住Alt鍵的同步拖動(dòng)鼠標(biāo)即可。在展示復(fù)雜構(gòu)造的同步使用此外一種窗口同樣也是很有用處的。在View菜單上通過(guò)AddView選項(xiàng)來(lái)創(chuàng)立。將兩個(gè)成鍵碳原子上的氫原子刪除；在Builder窗口上選擇Bond來(lái)創(chuàng)立一種C=C；點(diǎn)擊Clean；分子構(gòu)造完畢。取代兩種構(gòu)造：創(chuàng)立二氯化二苯下面的例子給出了一種包括取代構(gòu)造的分子構(gòu)造。創(chuàng)立一種新的View窗口，然后在上面放置一種苯環(huán)。將其中的一種碳原子換成氯原子。反復(fù)該過(guò)程創(chuàng)立另一種氯代苯環(huán)。旋轉(zhuǎn)其中的一種環(huán)，使得氯原子處在另一換的相反位置。顧客可以通過(guò)按住Alt鍵同步按下鼠標(biāo)左鍵拖動(dòng)來(lái)完畢該過(guò)程：將環(huán)放置使得它們重疊同步碳原子的成鍵位置對(duì)的；刪除重疊部位的氫原子同步移動(dòng)鍵；在兩個(gè)碳原子之間創(chuàng)立一種鍵，完畢分子構(gòu)造：分子構(gòu)造完畢。ONIOM例子在一種小的縮氨酸鏈中的ONIOM層上分派原子注意：這個(gè)例子是為了更好的闡明而不是為了精確創(chuàng)立一種包括如下氨基酸的縮氨酸鏈：Phe-Ala-Gly；選擇氨基末端的Phenylalanine，中心Fragment的Alanine以及有羰基末端的甘氨酸。將所有院子分派在最底層，在Edit菜單上選擇AssignLayer，然后點(diǎn)擊SelectAll。確定目前層被設(shè)定為L(zhǎng)ow。構(gòu)造大體如下：點(diǎn)擊Apply將下列原子分派到中間層：所有在Ala中的原子，在Phe環(huán)上的碳原子以及甘氨酸雙鍵上的原子：選擇Ala中的中心碳原子。點(diǎn)擊ExpandSelection的右端然后添加更多的原子（兩到三倍）。添加少許原子一般比添加諸多更輕易。點(diǎn)擊Apply。在下列添加附加的原子（選擇然后點(diǎn)擊Apply）直到構(gòu)造對(duì)的是十分必要的。根據(jù)需要運(yùn)用中間的鼠標(biāo)鍵來(lái)給選項(xiàng)添加原子，然后點(diǎn)擊Apply來(lái)固定構(gòu)造，根據(jù)需要反復(fù)操作。下圖中中間層軌道的原子以棍狀出現(xiàn)，底層則以線狀出現(xiàn)：將下列原子分派到高層上：Ala上所有包括與之相連的重原子在內(nèi)的所有原子。點(diǎn)擊Ala中的中間碳原子。將Using場(chǎng)轉(zhuǎn)換成Distance。在Expand選項(xiàng)的右端點(diǎn)擊兩次。成果如下：點(diǎn)擊Apply。然后成果如下：已完畢的ONIOM分派的原子點(diǎn)擊剛剛放置到高層的氫原子然后將其移動(dòng)（放置）至中間層。點(diǎn)擊Close。原子層的分派完畢。運(yùn)行一種ＯＮＩＯＭ工作該例子使用了創(chuàng)立的分子，層在創(chuàng)立程序中最終的例子上被定義，然后接著如下環(huán)節(jié)來(lái)。在Calculate菜單中選擇Gaussian。點(diǎn)擊MultilayerONIOMModel。三種選項(xiàng)（High，Medium和Low）出目前了Method系列中，從這些選項(xiàng)中顧客可以分別選擇作用于不一樣層原子的措施。點(diǎn)擊High選項(xiàng)，然后選擇RHF/6-31G工作。點(diǎn)擊Medium選項(xiàng)，然后選擇受限制的AM1工作。點(diǎn)擊Low選項(xiàng)詳細(xì)闡明一種在使用Amberforce區(qū)域的原子構(gòu)造計(jì)算措施。下列的構(gòu)造（高斯ONIOM工作的運(yùn)行例子）顯示了在正常運(yùn)行狀態(tài)的著三種選項(xiàng)（一種重疊著一種）：這些運(yùn)行的區(qū)域在工作的routesection顯示：#ONIOM=（RHF/6-31G：RAM1：Amber）顧客目前可以繼續(xù)填寫(xiě)剩余的文本框，然后工作就可以準(zhǔn)備好保留并運(yùn)行了。創(chuàng)立周期性的構(gòu)造周期性束縛狀態(tài)（PBC）指示1——通過(guò)乙烯創(chuàng)立一種通過(guò)多元炔的聚合體PBC/1D通過(guò)點(diǎn)擊工具欄的“New”按鈕來(lái)創(chuàng)立一種新的分子和一種對(duì)應(yīng)的視圖窗口。首先雙擊“R-GroupFragment”的工具箱按鈕，然后點(diǎn)擊“SelectR-GroupFragment”對(duì)話(huà)框中的“vinyl”按鈕來(lái)創(chuàng)立乙烯基（乙烯）（目前的構(gòu)造）。在視圖窗口中的任意空白位置點(diǎn)擊來(lái)創(chuàng)立一種乙烯分子。點(diǎn)擊“Center“工具箱按鈕來(lái)使得視圖窗口以該分子為中心。在住窗口中的“View”菜單中點(diǎn)擊“Labels”來(lái)打開(kāi)該視圖窗口的原子標(biāo)簽。在視圖窗口中，點(diǎn)擊乙烯的原子5來(lái)創(chuàng)立一種穿過(guò)丁烷基的分子在主窗口的“Edit”菜單中選擇“PBC”來(lái)顯示分子的PBC對(duì)話(huà)框。在PBC對(duì)話(huà)框的“Symmetry”選項(xiàng)中，選擇“LatticeDimensions”多選框中的“1”。在PBC對(duì)話(huà)框的“Cell”選項(xiàng)中，在確定“Vertex”被選擇的狀況下按下“Place”按鈕，這樣就可以在視圖窗口中使用鼠標(biāo)來(lái)選擇任何原子的細(xì)胞來(lái)源定點(diǎn)（“0（0）”）。在視圖窗口中，點(diǎn)擊原子2.在PBC對(duì)話(huà)框的“Cell”選項(xiàng)上，用鼠標(biāo)在View窗口中點(diǎn)擊選擇“a（1）”來(lái)替代“0（0）”使得a胞的替代。在View窗口中，點(diǎn)擊原子7。在PBC對(duì)話(huà)框的Cell選型上，在“TrimContents”菜單中選擇”DeleteAllAtomsOutsideCell”。在PBC對(duì)話(huà)框的”Cell”選項(xiàng)上，點(diǎn)擊“CenterContents”按鈕。這樣，我們就為穿越多乙炔的聚合體的PBC/1D模型定義了一種初始合成胞體。在PBC對(duì)話(huà)框的“View”選型上，使用”CellReplicat