二代測序技術在原發(fā)灶不明腫瘤診療中的研究進展2023

二代測序技術在原發(fā)灶不明腫瘤診療中的研究進展2023原發(fā)灶不明腫瘤(cancerofunknownprimary,CUP)是一類罕見且預后不良的惡性腫瘤，分析和尋找原發(fā)灶、組織類 (next-generationsequencing,NGS)可以利用腫瘤組織或外周血標本從基因層面對這類患者進行檢測以指導診斷與治療，延長患者生存期，前言原發(fā)灶不明腫瘤(cancerofunknownprimary,CUP)是一類相對罕見CUP患者由于原發(fā)灶不明確，通常只能接受含鉑/紫預后較差，生存期較短，中位總生存期<1年[1-3],所以積極尋找原發(fā)部位、研究組織類型或分子免疫特征對改善患者的預代測序(next-generationsequencing,NGS)也稱高通量測序，是目的建議，NGS可以幫助50.9%的CUP患者找到原發(fā)灶[4],并可檢測出具有臨床指導意義的基因改變[5],包括靶向治療靶點和免疫治療生物標記本，優(yōu)先使用手術切除樣本，也可選擇活檢療后的樣本，進而尋找治療后新出現(xiàn)的耐藥突變。獲取或組織樣本質控不合格時，體液樣本，尤其是外周血循環(huán)腫瘤DNA (circulatingtumorDNA可反復取材等優(yōu)勢[6],但受正常細胞胚干擾，也會導致假陽性結果[7-8],假陽性率<1%[9]。02、NGS在CUP診療中的意義2.1組織溯源，明確診斷發(fā)灶。日本研究團隊的一項前瞻性、多中心、招募了111例CUP患者，基于NGS的RNA和DNA圖譜分析預測出15個腫瘤原發(fā)部位，其中最常見的是肺癌(21.6%)、肝癌(15.5%)、腎癌(15.5%)、結直腸癌(12.4%),這與既往尸檢分析的結果類似[11]。Schipper等[12]基于全基因組測序設計了一種預測算法,在CUP隊列中，Mo等[13]報道了1例原發(fā)灶不明同時伴乳腺、肺、胃和卵巢多發(fā)性腫瘤kinase,EML4-ALK)重排，該基因改變在非小細胞肺癌中較常見，綜合免疫組織化學及NGS結果考慮原發(fā)灶為肺。Yu等[14]報道了1例胸骨后人表皮生長因子受體2(receptortyrosine-proteinkinase2,ERBB2)擴增，協(xié)助臨床找到原發(fā)灶為乳腺。本中心也報道了1例影像學和常規(guī)組[15]。綜上所述，NGS的組織溯源作用主要表現(xiàn)在以下幾個方面：1)當影像及組織病理學同時發(fā)現(xiàn)多處腫瘤病灶，無法明確原發(fā)病灶時；2)當影像及組織病理學只發(fā)現(xiàn)一處病灶，無法明確原發(fā)病灶時；3)當患者在腫瘤病史(包括單原發(fā)或多原發(fā))基礎上出現(xiàn)新的病灶，無法明確為轉移2.2揭示分子特征，指導個體化治療NGS技術對一定數(shù)量的癌癥相關基因編碼區(qū)進行大規(guī)?；蚪M測序來分析存在的基因組改變以指導臨床治療，這些基因組本進行NGS檢測，發(fā)現(xiàn)169例(85%)檢測到一個或多個潛在可靶向治療的基因變異，在原發(fā)灶不明的腺癌中有72%的CUP患者存在臨床上常見的酪氨酸激酶信號通路上的基因變異，其物(Kirstenrat期依賴性激酶抑制因子2A(cyclin-dependentkinaseinhibitor2A,MYC)富含AT的相互作用域1A基因(AT-richinteractiondomain1A,Varghese等[18]對150例CUP患者進行NGS檢測，結果顯示137例(91%)至少檢測到一種基因改變，45例(30%)具有靶向治療的基因過性毒菌致癌同源體B1(V-rafmurinesarcomaviraloncogenehomologB1,BRAF)V600E突變和轉染重排原癌基因(rearranged為12%,二線接受NTRK抑制劑無進展生存期可達9個月[21]。Ricco等[22]報道了1例原發(fā)灶不明的大細胞神經(jīng)內分泌癌的患者，NGS檢測出BRAFV600E突變，化療進展后使用達拉非尼聯(lián)合曲美替尼治療達到部分緩解，并通過檢測cfDNA中BRAFV600E的表達中的發(fā)生率為0.7%[23-24]。LIBRETTO-001研究納入41例RET融合陽性CUP患者進行療效分析發(fā)現(xiàn)，總體客觀緩解率為44%,緩解持續(xù)時間為24.5個月，其中CUP患者對塞普替尼的治療也有客觀反應[25-26]。2.2.2基于腫瘤突變負荷、程序性細胞死亡-配體1、微衛(wèi)星不穩(wěn)定狀態(tài)的免疫治療度不穩(wěn)定(microsatelliteinstabilityhigh,MSI-H)及程序性細胞死亡-配體1(programmedcelldeath-ligand1,PD-L1)高表達已經(jīng)被批準的組織來源。2017年美國臨床腫瘤學會(ASCO)會議上報道了一項研究，對6116例CUP標本進行測序，其中10.1%的CUP存在TMB-H(≥20mut/Mb),1.6%的CUP存在MSI-例。Haratani等[28]通過免疫組化和免疫相關基因表達譜檢測確定92例現(xiàn)CUP患者的免疫特征與免疫檢查點抑制劑反應性實體瘤相似表明CUP開放標簽Ⅱ期研究結果顯示[29],既往接受過化療的CUP患者的中位總生存時間為15.9個月，且在PD-L1高表達、TMB-H及MSI-H的亞組中療也因此于2021年底在日本獲批用于治療CUP。NCCN指南推薦對于基因的CUP患者，可以選擇帕博利珠單抗治療。患者中，NGS未檢測出特殊靶點，但PD-L1腫瘤比例評分為80%,TMB16.7mut/Mb,在以免疫治療為主的綜合治療后獲得了40個月以上的生瘤的全貌，時間異質性會導致一次檢測無法實時監(jiān)以及耐藥。外周血NGS檢測既能克服腫映患者的腫瘤分子特征[31],也可在治療不同階段多次送檢，克服腫瘤時間異質性。Zhao等[32]報道了1例對化療不耐受的CUP病例，胸壁、肝耐藥突變，更換布加替尼療效顯著。提示ctNDA在腫瘤獲得性耐藥機制也扮演著重要角色。Jia等[19]報道了1例使少，提示治療有效。在胃腸胰起源或原發(fā)灶不明的神經(jīng)內分泌癌中NGSNGS檢測具有所需DNA樣本量較高、操作流程復雜、檢測周期長(3~10d出報告)、費用相對較高等缺點，但與免疫組織化學、聚合酶鏈式反關分子標志物，提供全面的基因變異數(shù)據(jù)，幫助CUP患者明確