分子生物學(xué)第三章蛋白質(zhì)大分子結(jié)構(gòu)與功能_第1頁(yè)
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第三章蛋白質(zhì)大分子1本章內(nèi)容第一節(jié)蛋白質(zhì)大分子構(gòu)造與功能第二節(jié)蛋白質(zhì)生物合成2第一節(jié)蛋白質(zhì)大分子構(gòu)造與功能3一、蛋白質(zhì)的生物學(xué)意義〔功能〕蛋白質(zhì)的生物學(xué)意義〔功能〕構(gòu)造功能例如:膜蛋白、糖蛋白、核蛋白催化功能例如:酶運(yùn)輸功能例如:載體,某些跨膜蛋白運(yùn)動(dòng)功能例如:肌球蛋白和肌動(dòng)蛋白防御功能例如:抗體調(diào)控功能例如:阻遏蛋白,再激活因子恩格斯認(rèn)為:蛋白質(zhì)是生命的表現(xiàn)形式4膜蛋白5HA鏈球菌透明質(zhì)酸的代謝網(wǎng)絡(luò)透明質(zhì)酸生物合成過(guò)程6糖蛋白生物膜是磷脂雙分子層嵌有蛋白質(zhì)的二維流體7

物質(zhì)的跨膜運(yùn)輸

轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白介導(dǎo)的主動(dòng)運(yùn)輸〔載體蛋白〕與被動(dòng)運(yùn)輸〔載體蛋白和通道蛋白〕8TheProtonPump9問(wèn)題先有蛋白質(zhì),還是先有核酸?先有DNA,還是先有RNA?10二、蛋白質(zhì)的元素組成四大生命元素:C、H、O、N有的蛋白質(zhì)還有:磷、鐵、鋅、銅、鉬等氮在各種蛋白質(zhì)中平均含量為16%。例題:通過(guò)凱氏定氮法測(cè)得某細(xì)菌培養(yǎng)物的N含量為1.25g,問(wèn)該細(xì)菌中蛋白質(zhì)含量為多少?

11三、蛋白質(zhì)的氨基酸組成組成蛋白質(zhì)的根本單位是氨基酸。如將天然蛋白質(zhì)完全水解,最后都可得到約二十種不同的氨基酸。除脯氨酸外,其余均屬于α-氨基酸1213(一)氨基酸構(gòu)造通式羧基寫(xiě)在α-碳原子上端,氨基在左邊為L(zhǎng)-型,氨基在右邊為D-型14(二)氨基酸的分類根據(jù)組成蛋白質(zhì)的20種氨基酸的側(cè)鏈R基的化學(xué)構(gòu)造,分為:脂肪族氨基酸:甘氨酸、絲氨酸、蘇氨酸芳香族氨基酸:苯丙氨酸雜環(huán)氨基酸:組氨酸、色氨酸雜環(huán)亞氨基酸:脯氨酸

15根據(jù)R側(cè)鏈基團(tuán)解離性質(zhì)的不同,可將氨基酸進(jìn)展分類:

1.極性氨基酸:(1)酸性氨基酸——Glu,Asp;側(cè)鏈基團(tuán)在中性溶液中解離后帶負(fù)電荷的氨基酸。

(2)堿性氨基酸——His,Arg,Lys;側(cè)鏈基團(tuán)在中性溶液中解離后帶正電荷的氨基酸。

(3)中性氨基酸——側(cè)鏈基團(tuán)在中性溶液中不發(fā)生解離,因而不帶電荷的氨基酸:Ser,Thr,Asn,Gln,Tyr,Cys

2.非極性氨基酸:Gly,Ala,Val,Leu,Ile,Pro,Phe。16〔三〕氨基酸的理化性質(zhì)1.兩性解離及等電點(diǎn)氨基酸分子是一種兩性電解質(zhì)。通過(guò)改變?nèi)芤旱膒H可使氨基酸分子的解離狀態(tài)發(fā)生改變。

氨基酸分子帶有相等正、負(fù)電荷時(shí),溶液的pH值稱為該氨基酸的等電點(diǎn)〔pI〕。

17182.紫外吸收性質(zhì)組成天然蛋白質(zhì)分子的20種氨基酸中,只有色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸對(duì)紫外光有光吸收。其吸收峰280nm左右,以色氨酸吸收最強(qiáng)。可利用此性質(zhì)采用紫外分分光度法測(cè)定蛋白質(zhì)的含量。193.氨基酸的化學(xué)性質(zhì)與茚三酮反響生成蘭紫色物質(zhì),但脯氨酸和羥脯氨酸與茚三酮生成黃色物質(zhì)。與DNFB反響生成穩(wěn)定的黃色2,4-二硝基苯氨酸〔DNP-氨基酸〕。DNP-氨基酸在有機(jī)溶劑中與其它氨基酸溶解度不同,用乙醚抽提,根據(jù)紙層析上的黃色斑點(diǎn)可鑒定N-端氨基酸的種類和數(shù)目〔Sanger等用此法測(cè)定了胰島素的一級(jí)構(gòu)造〕20氨基酸與異硫氰酸苯酯的反響AA的氨基可與異硫氰酸苯酯(PITC)反響,生成苯氨基硫甲酰氨基酸(PTC-AA)。所得PTC-AA經(jīng)乙酸乙酯抽提→層析鑒定→確定N端氨基酸的種類。“多肽順序自動(dòng)分析儀〞據(jù)此原理。生物公司已經(jīng)進(jìn)展蛋白質(zhì)測(cè)序21英國(guó)生化學(xué)家弗雷德·桑格爾〔FrederickSanger,1918年8月13日—〕,分別獲得1958年和1980年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)。他是同一領(lǐng)域內(nèi)兩次獲獎(jiǎng),兩次獲獎(jiǎng)理由都可歸結(jié)為:測(cè)序。1958:弗雷德·桑格爾創(chuàng)造酶法測(cè)定人胰島素序列,從而確定胰島素的分子構(gòu)造,開(kāi)創(chuàng)了蛋白質(zhì)測(cè)序領(lǐng)域。1980:弗雷德·桑格爾、沃爾特·吉爾伯特共同榮獲諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)。他們奉獻(xiàn)在于:分別使用不同的方法測(cè)定DNA序列。Sanger法后來(lái)成為主流,并用于人類基因組方案〔HGP〕的測(cè)序。22蛋白質(zhì)構(gòu)造23四、肽肽:一個(gè)AA的α-羧基和另一個(gè)AA的α-氨基脫水縮合而成的化合物。肽建:氨基酸之間脫水后形成的鍵,又稱酰胺鍵24肽鏈中的氨基酸因脫水形成肽鍵而稱為氨基酸殘基肽的命名:例如谷胱甘肽肽與蛋白質(zhì)的界定信號(hào)肽2526肽平面27肽的實(shí)例谷胱甘肽作為輔酶,在體內(nèi)氧化復(fù)原過(guò)程中起作用催產(chǎn)素和加壓素促腎上腺皮質(zhì)激素腦肽2829四、蛋白質(zhì)的構(gòu)造蛋白質(zhì)構(gòu)造分為:一級(jí)構(gòu)造、二級(jí)構(gòu)造、超二級(jí)構(gòu)造、構(gòu)造域、三級(jí)構(gòu)造、四級(jí)構(gòu)造〔一〕蛋白質(zhì)的一級(jí)構(gòu)造:蛋白質(zhì)分子中氨基酸殘基的排列順序。一級(jí)構(gòu)造在很大程度上決定其高級(jí)構(gòu)造。30二硫鍵31一級(jí)構(gòu)造確定的原那么測(cè)定蛋白質(zhì)中氨基酸組成蛋白質(zhì)N端和C端的測(cè)定2種以上方法水解蛋白質(zhì),得到一系列肽段別離提純所得肽,測(cè)其序列從有重疊構(gòu)造的肽序列中推斷蛋白質(zhì)的全部氨基酸的排列順序32〔二〕蛋白質(zhì)的空間構(gòu)造肽平面:肽腱中的4個(gè)原子以及相鄰的2個(gè)α-碳原子處在同一平面,使肽鏈具有一定的穩(wěn)定性331.蛋白質(zhì)二級(jí)構(gòu)造:α-螺旋、β-折疊、β-轉(zhuǎn)角、自由回轉(zhuǎn)等α-螺旋構(gòu)造特點(diǎn):每隔3.6個(gè)氨基酸殘基上升1圈。向上平移0.54nm,即每個(gè)氨基酸殘基沿軸上升0.15nm。α-螺旋體中氨基酸殘基側(cè)鏈伸向外側(cè),相鄰螺旋之間形成氫鍵,氫鍵方向與中心軸平行。分左手螺旋和右手螺旋。343536α-螺旋β-折疊

肽鏈按層排列,依靠相鄰肽鏈>C=O和>N-H形成的氫鍵維持構(gòu)造穩(wěn)定。平行排列:所有肽鏈的N端處于同一側(cè),是同方向的。反向平行:肽鏈的N端一順一倒排列。反向平行構(gòu)造更穩(wěn)定。37紅球代表O原子;白球代表N原子紫色球代表R側(cè)鏈;38紅球代表O原子;白球代表N原子;紫色球代表R側(cè)鏈3940β-轉(zhuǎn)角多肽鏈中180度回折,第一個(gè)AA殘基的>C=O和第四個(gè)AA殘基的>N-H形成的氫鍵41自由回轉(zhuǎn)無(wú)規(guī)那么卷曲,沒(méi)有一定規(guī)律的松散構(gòu)造,酶的功能部位常常處于這種構(gòu)象區(qū)域里。422.超二級(jí)構(gòu)造和構(gòu)造域超二級(jí)構(gòu)造:假設(shè)干相鄰的二級(jí)構(gòu)造中的構(gòu)象單元,形成二級(jí)構(gòu)造組合體。例如,βαβ,βββ,αα,ββ等。43444546構(gòu)造域多肽鏈在超二級(jí)構(gòu)造根底上進(jìn)一步卷曲折疊成嚴(yán)密的近似球狀的構(gòu)造。對(duì)較小蛋白質(zhì)分子,構(gòu)造域往往就是三級(jí)構(gòu)造,即這些蛋白質(zhì)是單構(gòu)造域。許多蛋白質(zhì)是多構(gòu)造域。47構(gòu)造域483.蛋白質(zhì)三級(jí)構(gòu)造多肽鏈的某些區(qū)域氨基酸形成二級(jí)構(gòu)造:α-螺旋、β-折疊、β-轉(zhuǎn)角、無(wú)規(guī)那么卷曲等構(gòu)象單元,然后相鄰二級(jí)構(gòu)造集裝成超二級(jí)構(gòu)造,進(jìn)而折疊繞曲成構(gòu)造域,由2個(gè)或2個(gè)以上的構(gòu)造域組裝成三級(jí)構(gòu)造。如肌紅蛋白。494.蛋白質(zhì)四級(jí)構(gòu)造一個(gè)蛋白質(zhì)由幾條多肽鏈組成1個(gè)活性單位。亞基的相互關(guān)系,空間排布,亞基間通過(guò)非共價(jià)鍵聚合成的特定構(gòu)象。單一亞基無(wú)活性,只有聚合后才有生物活性。如血紅蛋白。5051蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)網(wǎng)站

ComputepI/WM://expasy.hcuge.chPredictprotein://embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA://ibcp.fr/predict.htmlUnpredict://www/52蛋白質(zhì)信息資源〔PIR):///Dan/proteins/pir.html蛋白質(zhì)構(gòu)造數(shù)據(jù)庫(kù)〔PDB):///北大生物信息學(xué)中心://53MKRSKRFAVLAQRPVNQDGLIGEWPEEGLIAMDSPFDPVSSVKVDNGLIVELDGKRRDQF

DMIDRFIADYAINVERTEQAMRLEAVEIARMLVDIHVSREEIIAITTAITPAKAVEVMAQ

MNVVEMMMALQKMRARRTPSNQCHVTNLKDNPVQIAADAAEAGIRGFSEQETTVGIARYA

PFNALALLVGSQCGRPGVLTQCSVEEATELELGMRGLTSYAETVSVYGTEAVFTDGDDTP

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QAVFRELGLPPIADEEVEAATYAHGSNEMPPRNVVEDLSAVEEMMKRNITGLDIVGALSR

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MPHGAILKELIAGVEEEGLHARVVRILRTSDVSFMAWDAANLSGS

GIGIGIQSKGTTVIHQRDLLPLSNLELFSQAPLLTLETYRQIGKNAARYARKESPSPVPV

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HILTPTGKPLTDITLEKVLSGEVGPQDVRISRQTLEYQAQIAEQMQRHAVARNFRRAAEL

IAIPDERILAIYNALRPFRSSQAELLAIADELEHTWHATVNAAFVRESAEVYQQRHKLRK

GS

等電點(diǎn)/分子量理論值:5.26/92840.80

舉例--甘油脫水酶的3個(gè)亞基序列54DeducedsecondarystructureoffusionproteindhaB123Alphahelix(Hh):399is47.39%310helix(Gg):0is0.00%Pihelix(Ii):0is0.00%Betabridge(Bb):0is0.00%Extendedstrand(Ee):125is14.85%Betaturn(Tt):76is9.03%Bendregion(Ss):0is0.00%Randomcoil(Cc):242is28.74%Ambigousstates(?):0is0.00%Otherstates:0is0.00

55Green:αsubunitYellow:theactivesiteCyan:βsubunitGray:γsubunitMagenta:B12molecule

甘油脫水酶空間構(gòu)造56〔三〕蛋白質(zhì)分子中的共價(jià)鍵與次級(jí)鍵共價(jià)鍵:肽鍵、二硫鍵次級(jí)鍵:氫鍵、鹽鍵、疏水鍵、范德華力。57五、蛋白質(zhì)分子構(gòu)造與功能的關(guān)系〔一〕蛋白質(zhì)一級(jí)構(gòu)造與功能的關(guān)系種屬差異分子病〔二〕蛋白質(zhì)構(gòu)象與功能的關(guān)系別構(gòu)現(xiàn)象〔變構(gòu)效應(yīng)〕:蛋白質(zhì)表現(xiàn)其功能時(shí)構(gòu)象發(fā)生變化。5859六、蛋白質(zhì)的性質(zhì)〔一〕蛋白質(zhì)的相對(duì)分子量〔二〕蛋白質(zhì)的兩性解離及等電點(diǎn)蛋白質(zhì)等電點(diǎn):溶液在某一pH值時(shí),蛋白質(zhì)所帶正電荷與負(fù)電荷相等,在電場(chǎng)中,蛋白質(zhì)分子既不向正極也不向負(fù)極移動(dòng)。此時(shí)溶液的pH值稱為蛋白質(zhì)等電點(diǎn)。60蛋白質(zhì)電泳蛋白質(zhì)電泳的方向取決于所帶電荷的正負(fù)性、所帶電荷的多少、及分子顆粒大小。聚丙烯酰胺凝膠電泳61掩蓋了其他因素,電泳時(shí)只與分子量有關(guān)6263SDSSDS642DE儀器系統(tǒng)恒溫水浴垂直板電泳儀〔第二向〕電源等電聚焦儀〔第一向〕65Comparisonoffluorescentlabelled2-DgelwithsilverstainingCyTM5labelledgelSilverstainedgelE.colilysate,50

gloading,pH4-766〔三〕蛋白質(zhì)的膠體性質(zhì)透析法:小分子可以通過(guò)半透膜,而蛋白質(zhì)不能,從而到達(dá)別離純化的目的。蛋白質(zhì)分子外表分布著許多極性和非極性基團(tuán),非極性基團(tuán)與脂溶性物質(zhì)結(jié)合。而極性基團(tuán)與水溶性物質(zhì)結(jié)合形成水化層,水化層使蛋白質(zhì)顆粒相互排斥,不會(huì)凝結(jié)沉淀。67〔四〕蛋白質(zhì)的沉淀反響加高濃度鹽類:破壞水膜加有機(jī)溶劑:破壞水膜加重金屬鹽:蛋白質(zhì)與重金屬離子生成不易溶解的鹽而沉淀。68〔五〕蛋白質(zhì)的變性因受物理或化學(xué)因素的影響,蛋白質(zhì)的分子構(gòu)造發(fā)生變化,致使蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)和生物學(xué)性質(zhì)都有所改變,但一級(jí)構(gòu)造不變。69〔六〕蛋白質(zhì)的顏色反響雙縮脲反響:米倫氏反響:乙醛酸反響:坂口反響:酚試劑反響:70七、蛋白質(zhì)的分類簡(jiǎn)單蛋白質(zhì):只由α-氨基酸組成結(jié)合蛋白質(zhì):簡(jiǎn)單蛋白質(zhì)+非蛋白質(zhì)局部〔輔基〕核蛋白:核酸+蛋白質(zhì)糖蛋白與蛋白聚糖脂蛋白:脂類+蛋白質(zhì)色蛋白:色素+蛋白質(zhì)磷蛋白:磷酸+蛋白質(zhì)71名人傳記王應(yīng)睞72王應(yīng)睞研究員,曾任中國(guó)科學(xué)院上海

分院院長(zhǎng),中科院上海生化所所長(zhǎng),比利時(shí)、匈牙利、捷克等國(guó)科學(xué)院名譽(yù)院士,1955年被選為中國(guó)科學(xué)院學(xué)部委員(院士)。王應(yīng)睞院士是我國(guó)著名的生物化學(xué)家、近代生物化學(xué)科研事業(yè)的主要奠基人。首次證明豆科植物中含血紅蛋白。成功地組織了人工合成結(jié)晶牛胰島素與酵母丙氨酸轉(zhuǎn)移核糖核酸兩項(xiàng)重大根底性研究工作。1996年獲香港何梁何利基金科學(xué)技術(shù)成就獎(jiǎng)。73名人傳記鄒承魯鄒承魯,1923年生,江蘇無(wú)錫人。1951年獲劍橋大學(xué)博士。中國(guó)科學(xué)院院士,第三世界科學(xué)院院士,生物物理所研究員。曾任中科院生物學(xué)部主任,全國(guó)政協(xié)委員、常委,中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)會(huì)理事長(zhǎng)。在國(guó)內(nèi)外發(fā)表科學(xué)論文二百余篇。由于在胰島素人工合成,蛋白質(zhì)和酶學(xué)方面的奉獻(xiàn),曾獲第三世界科學(xué)院獎(jiǎng)、陳嘉庚生命科學(xué)獎(jiǎng)、國(guó)家自然科學(xué)及中科院自然科學(xué)獎(jiǎng)屢次。自傳在國(guó)外出版的綜合生物化學(xué)叢書(shū)·生物化學(xué)史卷發(fā)表,對(duì)當(dāng)代生物化學(xué)開(kāi)展的奉獻(xiàn)已載入史冊(cè)。74鄒承魯照片75鄒承魯簡(jiǎn)歷:由王應(yīng)睞教授介紹去劍橋大學(xué)師從Keilin教授第一篇論文1949年在英國(guó)Nature雜志上發(fā)表,導(dǎo)師Keilin教授不署名1951年回國(guó),在中國(guó)科學(xué)院上海生物化學(xué)研究所建立了研究組參與結(jié)晶牛胰島素的人工全合成1970年由上海調(diào)到北京生物物理所工作76科學(xué)家的境界追求

心無(wú)旁騖,割席斷交

管寧、華歆共園中鋤菜,見(jiàn)地有片金,管揮鋤與瓦石不異,華捉而擲之去。

又嘗同席讀書(shū),有乘軒冕過(guò)門(mén)者,寧讀如故,歆廢書(shū)出看。寧割席分坐曰:子非吾友也。

77小結(jié)重要概念:等電點(diǎn)肽健肽平面α-螺旋β-折疊β-轉(zhuǎn)角超二級(jí)構(gòu)造構(gòu)造域別構(gòu)現(xiàn)象結(jié)合蛋白鹽析蛋白質(zhì)的構(gòu)造:一級(jí)構(gòu)造→二級(jí)構(gòu)造→超二級(jí)構(gòu)造→構(gòu)造域→三級(jí)構(gòu)造→四級(jí)構(gòu)造有關(guān)蛋白質(zhì)的化學(xué)反響蛋白質(zhì)的別離提純78第二節(jié)蛋白質(zhì)生物合成79遺傳密碼80蛋白質(zhì)合成概述DNA:ATGCATGCATGCRNA:AUGCAUGCAUGCProtein:aa1aa2aa3aa4堿基序列決定氨基酸序列如何實(shí)現(xiàn)堿基序列到氨基酸序列的轉(zhuǎn)變?81TACTTTAAAGTATranscription-TheProductionofmRNARNAPolymerasebeginstowork!!StartHere!!AUUGGAAAAAAAStopHere!!82TACTTTAAAGTA83mRNAmovesoutofthenucleustoRoughEndoplasmicReticulumRoughERNuclearMembraneRibosomesmRNA84AAAGUATranslation-ProteinSynthesisCodonCodonUUUtRNAAntiCodonUACtRNAMethionineUUUtRNAPhenylalanine85Polypeptideformationviapeptidebonds.Translation-ProteinSynthesisRibosome(s)movealongmRNA.tRNAcarriersaminoacidsforbuildingpolypeptide.tRNAdropsawayfromribosome/mRNAonceamino-aciditcarriesisjoinedontothegrowingpolypeptideviapeptidebonds.86Primary,Secondary,TertiaryandQuaternaryStructure-ProteinSynthesisPrimarySecondaryTertiaryUnfoldedsinglepolypeptidestrandFoldedsinglepolypeptidestrand-Secondary&TertiarySeveralpolypeptidestrandsQuaternary87Translation-bigpictureInitiation:RecruitfMet-tRNAMet,mRNA,largeparticleElongation:SynthesizeproteinTermination:Stopsynthesis,releaseprotein88一、mRNAmRNA概念最初由F.Jacob和J.Monod1965年提出.當(dāng)時(shí)推測(cè),有一種信使在細(xì)胞核中合成后攜帶上遺傳信息進(jìn)入細(xì)胞質(zhì),指導(dǎo)蛋白質(zhì)合成,后來(lái)發(fā)現(xiàn),除rRNA和tRNA之外的第三種RNA,稱為信使RNA(mRNA)。mRNA半衰期很短,一旦完成使命就被水解。原核生物和真核生物mRNA的構(gòu)造差異較大,尤其是在5’端。89〔一〕原核生物mRNA的構(gòu)造

1、

5’端SD序列在起始密碼子AUG上游9-13個(gè)核苷酸處,有一段可與核糖體16SrRNA配對(duì)結(jié)合的、富含嘌呤的3-9個(gè)核苷酸序列,一般為AGGA,此序列稱SD序列。它與核糖體小亞基內(nèi)16SrRNA的3’端一段富含嘧啶的序列GAUCACCUCCUUA-OH〔暫稱反SD序列〕互補(bǔ),形成氫鍵。使得結(jié)合于30S亞基上的起始tRNA能正確地定位于mRNA的起始密碼子AUG。90Ribosomebindingsite(RBS)orSD-sequenceinprokaryoticmRNA,complementarywiththesequenceatthe3’endof16SrRNA.structureofmRNA912、原核mRNA轉(zhuǎn)譯時(shí),各個(gè)基因都有自己的SD序列、起始密碼子、終止密碼子,分別控制其合成的起始與終止,換言之,每個(gè)基因的翻譯都是相對(duì)獨(dú)立的。如E.coli,一個(gè)7000b的mRNA編碼5種與Trp合成有關(guān)的酶

多基因共表達(dá)載體構(gòu)建時(shí),可利用SD序列,將幾個(gè)基因串聯(lián)92〔二〕

真核生物mRNA的構(gòu)造1、真核生物mRNA5’端均具有m7GpppN帽子構(gòu)造,無(wú)SD序列。帽子構(gòu)造具有增強(qiáng)翻譯的作用。假設(shè)起始AUG與帽子構(gòu)造間的距離太近〔小于12個(gè)核苷酸〕,就不能有效利用這個(gè)AUG,會(huì)從下游適當(dāng)?shù)腁UG起始翻譯。當(dāng)距離在17-80個(gè)核苷酸之間時(shí),離體翻譯效率與距離成正比。932、真核生物mRNA通常是單順?lè)醋?。真核mRNA具有“第一AUG規(guī)律〞,即當(dāng)5’端具有數(shù)個(gè)AUG時(shí),只有1個(gè)AUG為主要開(kāi)放閱讀框架的翻譯起點(diǎn)。起始AUG具有2個(gè)特點(diǎn):〔i〕AUG上游的-3經(jīng)常是嘌呤,尤其是A。〔ii〕緊跟AUG的+4常常是G。起始AUG鄰近序列中,以ANNAUGGN的頻率最高。假設(shè)-3不是A,那么+4必須是G。無(wú)此規(guī)律的AUG,那么無(wú)起始功能。94OnceKozaksequenceEukaryoticmRNAusesamethylatedcaptorecruittheribosome.Oncebound,theribosomescansthemRNAina5’-3’directiontofindtheAUGstartcodon.Kozaksequenceincreasesthetranslationefficiency.Poly-Ainthe3’endpromotestheefficientrecyclingofribosomes9595KOZAK是一個(gè)女科學(xué)家

她研究過(guò)起始密碼子ATG周邊堿基定點(diǎn)突變后對(duì)轉(zhuǎn)錄和翻譯所造成的影響,并總結(jié)出在真核生物中,起始密碼子兩端序列為:——G/N-C/N-C/N-ANNATGG——,如GCCACCATGG、GCCATGATGG時(shí),轉(zhuǎn)錄和翻譯效率最高,特別是-3位的A對(duì)翻譯效率非常重要。關(guān)于kozak序列的這篇文章發(fā)表在NucleicAcidsRes.1984上,該序列被后人稱為Kozak序列,并被應(yīng)用于表達(dá)載體構(gòu)建

96二、遺傳密碼氨基酸排列順序由mRNA的核苷酸順序決定。如果每2個(gè)核苷酸編碼1個(gè)氨基酸,那么4種核苷酸只有16種編碼方式。如果每3個(gè)核苷酸編碼1個(gè)氨基酸,那么有64種編碼方式,。如果4對(duì)1那么有256種,顯然沒(méi)必要??茖W(xué)家們已用生物化學(xué)實(shí)驗(yàn)證實(shí)3個(gè)堿基編碼1個(gè)氨基酸,稱為三聯(lián)體密碼或密碼子。97〔一〕遺傳密碼的破譯美國(guó)科學(xué)家M.W.Nirenberg等人破譯了遺傳密碼,于1968年獲得諾貝爾生理醫(yī)學(xué)獎(jiǎng).早在1961年,M.W.Nirenberg等人在大腸桿菌的無(wú)細(xì)胞體系中外加poly(U)模板、20種標(biāo)記的氨基酸,經(jīng)保溫后得到了多聚phe-phe-phe,于是推測(cè)UUU編碼phe。利用同樣的方法得到CCC編碼pro,GGG編碼gly,AAA編碼lys。如果利用poly〔UC〕,那么得到多聚Ser-Leu-Ser-Leu,推測(cè)UCU編碼Ser,CUC編碼Leu,因?yàn)閜oly〔UC〕有兩種讀碼方式:UCU——CUC和CUC——UCU采用該方式,到1965年就全部破譯了64組密碼子。98〔二〕遺傳密碼的特點(diǎn)在64個(gè)密碼子中有61個(gè)編碼氨基酸,3個(gè)不編碼任何氨基酸而起肽鏈合成的終止作用,稱為終止密碼子,它們是UAG、UAA、UGA,密碼子AUG〔編碼Met〕又稱起始密碼子。〔編碼鏈上那么為T(mén)AG、TAA、TGA、ATG〕密碼子:mRNA上由三個(gè)相鄰的核苷酸組成一個(gè)密碼子,代表肽鏈合成中的某種氨基酸或合成的起始與終止信號(hào)?!?〕方向性:從mRNA的5’到3’99〔2〕連讀性從起始密碼子到終止密碼子構(gòu)成一個(gè)連續(xù)的閱讀框架〔ORF〕〔不包括終止密碼子〕。如果在閱讀框中插入或刪除一個(gè)堿基就會(huì)使其后的讀碼發(fā)生移碼。兩個(gè)基因之間或兩個(gè)ORF之間可能會(huì)互相局部重疊〔共用局部序列〕?!?〕簡(jiǎn)并性幾種密碼子編碼同一種氨基酸稱為密碼子簡(jiǎn)并性。如GGN〔GGA、GGU、GGG、GGC〕都編碼Gly,這4種密碼子稱為Gly的簡(jiǎn)并密碼。只有Met和Trp沒(méi)有簡(jiǎn)并密碼。一般情況下密碼子簡(jiǎn)并性只涉及第三位堿基。100問(wèn)題:簡(jiǎn)并性的生物學(xué)意義?可以降低由于遺傳密碼突變?cè)斐傻奈锓N災(zāi)難試想,如果每種氨基酸只有1個(gè)密碼子,如果一旦哪個(gè)氨基酸的密碼子發(fā)生了單堿基的點(diǎn)突變,那么極有可能造成肽鏈合成的過(guò)早終止。例如,由于簡(jiǎn)并性的存在,不管第三位的U變成什么,都仍然編碼Ala101〔4〕搖擺性密碼子中第3位堿基與反密碼子第1位堿基配對(duì)不一定完全遵循A-U、G-C的原那么,即密碼子的第1、2位是嚴(yán)謹(jǐn)配對(duì)的,第3位嚴(yán)謹(jǐn)度低。密碼子第3位和反密碼子的第1位是搖擺位點(diǎn),Crick稱之為搖擺性。反密碼子第1位的G可以與密碼子第3位的C、U配對(duì),U可以與A、G配對(duì),另外反密碼子中還經(jīng)常出現(xiàn)罕見(jiàn)的I,可以和密碼子的U、C、A配對(duì),這使得該類反密碼子的閱讀能力更強(qiáng)。102103問(wèn)題:細(xì)胞內(nèi)有幾種tRNA?遺傳密碼破譯后,由于有61個(gè)密碼子編碼氨基酸,于是預(yù)測(cè)細(xì)胞內(nèi)有61種tRNA,但事實(shí)上絕大多數(shù)細(xì)胞內(nèi)只有50種左右,Crick提出的搖擺假說(shuō)合理解釋了這種情況。根據(jù)搖擺性和61個(gè)密碼子,經(jīng)過(guò)仔細(xì)計(jì)算,要翻譯61個(gè)密碼子至少需要31種tRNA,外加1個(gè)起始tRNA,共需32種。但在葉綠體和線粒體內(nèi),由于基因組很小,密碼子少,葉綠體內(nèi)就有30種左右tRNAs,線粒體只有24種。〔5〕通用性:密碼子在不同物種間幾乎是完全通用的。目前只發(fā)現(xiàn)線粒體和葉綠體內(nèi)有例外情況。但是不同生物往往偏愛(ài)某一種密碼子。104三、

核糖體核糖體又稱核蛋白體,是蛋白質(zhì)合成場(chǎng)所.標(biāo)記各種氨基酸,注入大鼠體內(nèi),在不同時(shí)間取出肝臟,勻漿,離心別離各種亞細(xì)胞器,分析放射性蛋白的分布,證實(shí)蛋白質(zhì)合成在核糖體上進(jìn)展。就真核細(xì)胞而言,核糖體按其在細(xì)胞質(zhì)中的位置分為游離核糖體〔合成細(xì)胞質(zhì)蛋白〕和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)核糖體〔合成分泌蛋白和細(xì)胞器蛋白〕。105106不管原核細(xì)胞還是真核細(xì)胞,一條mRNA可以同時(shí)被幾個(gè)核糖體閱讀,把同時(shí)結(jié)合并翻譯同一條mRNA的多個(gè)核糖體稱為多核糖體。107108〔一〕核糖體的構(gòu)造與組成〔2021年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)〕核糖體是由核糖核酸〔rRNA〕和幾十種蛋白質(zhì)〔核糖體蛋白〕組成的巨大復(fù)合體。不同生物中核糖體的構(gòu)造高度保守,盡管其rRNA和核糖體蛋白的一級(jí)構(gòu)造有所不同,但其三級(jí)構(gòu)造卻驚人相似。核糖體是核酸和蛋白密切合作的表達(dá)!109每個(gè)核糖體是由大小兩個(gè)亞基組成,每個(gè)亞基都有各自不同的rRNA和蛋白質(zhì)分子核糖體的大亞基上有兩個(gè)重要的位點(diǎn):P位點(diǎn)是結(jié)合肽酰tRNA的肽?;奈稽c(diǎn),A位點(diǎn)是結(jié)合氨酰tRNA的氨?;奈稽c(diǎn)。110〔二〕rRNA與核糖體蛋白的構(gòu)造與功能1、rRNA的構(gòu)造與功能構(gòu)造:有大量莖環(huán)〔發(fā)夾〕構(gòu)造,可能是核糖體的鋼筋骨架。功能:〔1〕蛋白質(zhì)合成的施工平臺(tái)〔2〕參與tRNA與mRNA的結(jié)合mRNA先識(shí)別rRNA的特定序列并結(jié)合固定,然后tRNA再識(shí)別并固定到rRNA特定部位,其反密碼子才與mRNA密碼子配對(duì)。16SrRNA上有一段序列與原核mRNA上的SD序列相結(jié)合。111〔3〕在大小亞基的聚合中起作用〔4〕在翻譯的校正和調(diào)控方面有重要功能〔如可結(jié)合調(diào)控因子〕總的來(lái)說(shuō),RNA分子似乎是整個(gè)核糖體的活性中心。1122、

核糖體蛋白的構(gòu)造與功能構(gòu)造:大多數(shù)核糖體蛋白呈纖維狀〔可能起骨架作用〕,少數(shù)呈球狀〔可能起生物功能〕。功能:(1)維持核糖體的構(gòu)造(2)一些核糖體蛋白具有DNA構(gòu)造〔Heilix—turn—Heilix模塊〕;還有些真核核糖體蛋白具有DNA修復(fù)功能113四、蛋白質(zhì)合成的機(jī)理真核和原核生物在蛋白質(zhì)合成方面有共同之處,以下為蛋白質(zhì)合成的一般過(guò)程。游離氨基酸在摻入肽鏈前須先活化以獲得能量,每一種游離氨基酸須在專一的氨酰tRNA合成酶作用下與專一的tRNA相連〔稱為裝載〕,然后由tRNA將它帶至核糖體的特定位點(diǎn)〔A位點(diǎn)〕并添加到正在合成的肽鏈C端。這種從游離氨基酸到形成氨酰tRNA的過(guò)程是氨基酸活化過(guò)程。114〔一〕氨酰tRNA合成酶:氨基酸活化和氨酰tRNA合成是蛋白質(zhì)合成的第一步,由氨酰tRNA合成酶催化,該酶既能識(shí)別氨基酸,又能識(shí)別tRNA。1、活化在Mg2+存在下,氨酰tRNA合成酶首先識(shí)別并結(jié)合專一的配體氨基酸,然后氨基酸的羧基與ATP發(fā)生反響形成一個(gè)酸酐型的高能復(fù)合物〔氨酰AMP中間復(fù)合物〕,該中間復(fù)合物暫時(shí)結(jié)合在酶上。

酶/Mg2+氨基酸+ATP→氨酰AMP-酶+PPi115AMP1162、連接氨酰tRNA合成酶有專一的tRNA識(shí)別位點(diǎn),因此游離tRNA就會(huì)識(shí)別并結(jié)合到氨酰AMP-酶復(fù)合物的活性部位,氨基酸被轉(zhuǎn)移到tRNA的3端,其羧基與tRNA3端的自由-OH形成氨酰酯鍵,從而形成氨酰tRNA,此為高能化合物,其能量足以形成肽鍵。由于氨酰tRNA能量低于氨酰AMP,所以這一過(guò)程是自發(fā)的。

tRNA

+氨酰AMP-酶→氨酰tRNA+AMP+酶

117117aa-tRNAsynthase118ComplexofClassITyr-tRNAsynthetasewithtRNAtyr

Fig.Interactionsbetweentyrosyl-tRNAsynthetaseandtRNAtyr.(A)TheC-terminaldomain(orange)bindsintheelbowbetweenthelongvariablearmandtheanti-codonstemofthetRNA(redbackbone,greenbases).Theanti-codonstemloopinteractswithboththeC-terminaldomainandthe-helicaldomain(pink).ThetRNAmakesnocontactwiththecatalyticdomainofthesamesubunit(cyan).(B)Theunusualconformationoftheanti-codontripletinwhichAde-36isstackedonGua-34,whilePsu-35bulgesout.(C)Base-specificinteractionsofAsp-259fromthe-helicaldomainwithGua-34andAsp-423fromtheC-terminaldomainwithPsu-35.119mRNA120氨酰tRNA的去向由tRNA來(lái)決定,tRNA憑借自身的反密碼子與mRNA上密碼子相識(shí)別。結(jié)論:〔1〕氨基酸的活化和氨酰tRNA的合成是蛋白質(zhì)生物合成的第一步,活化和連接都發(fā)生在氨基酸的羧基上?!?〕載體tRNA憑借自身的反密碼子與mRNA上的密碼子識(shí)別而把所攜帶的氨基酸送到肽鏈的一定位置上〔3〕遺傳信息是通過(guò)mRNA上的密碼子與tRNA上的反密碼子間堿基配對(duì)作用而傳遞。121氨酰tRNA合成酶:氨酰tRNA合成酶既能識(shí)別氨基酸,又能識(shí)別tRNA,從而使氨基酸與tRNA相對(duì)應(yīng),故把氨酰tRNA合成酶的雙向識(shí)別功能稱為第二遺傳密碼。122不同氨酰tRNA合成酶在分子量、氨基酸序列、亞基組成上差異較大。其識(shí)別氨基酸的機(jī)理尚不太清楚。一些氨基酸構(gòu)造極其相似,盡管Ile與Val僅差一個(gè)甲基,但tRNAIle合成酶也能正確識(shí)別。偶爾也錯(cuò)誤形成Val–tRNAIle,但是氨酰-tRNA合成酶都有一個(gè)校正位點(diǎn),由于大小原因,只有Val–tRNAIle才能結(jié)合到校正位點(diǎn),然后合成酶將Val又從tRNAIle上將其水解下來(lái)。123氨酰tRNA合成酶能正確識(shí)別和結(jié)合tRNA,一些氨酰tRNA合成酶識(shí)別tRNA上的反密碼子,以及tRNA上的受體莖環(huán)〔acceptorstem〕。tRNA分子的突變與校正基因tRNA是一個(gè)萬(wàn)能接頭:〔1〕有氨酰-tRNA合成酶的識(shí)別位點(diǎn)〔接頭合成酶〕〔2〕3端-CCA上的氨基酸運(yùn)載位點(diǎn)〔接頭氨基酸,裝載〕〔3〕有核糖體的識(shí)別位點(diǎn)〔將氨基酸運(yùn)送到目的地〕〔4〕反密碼子位點(diǎn)〔接頭mRNA,驗(yàn)貨并卸載〕124回復(fù)突變:突變型生物有時(shí)通過(guò)遺傳物質(zhì)的變化重新獲得其原有表型,被回復(fù)的生物稱為回復(fù)子?;貜?fù)突變的原因很多,有一種回復(fù)突變是其基因上發(fā)生一個(gè)突變而引起,稱為基因校正突變。大多數(shù)基因較正突變發(fā)生在tRNA基因上。125〔二〕蛋白質(zhì)合成的一般過(guò)程可以分為三個(gè)階段:起始、延伸、終止,分別由不同的起始因子、延伸因子和終止因子〔釋放因子〕參與。126Fig14-14Overviewoftheeventsoftranslation/ribosomecycle127Polysome/polyribosome:anmRNAbearingmultipleribosomesEachmRNAcanbetranslatedsimultaneouslybymultipleribosomesFig14-15Apolyribosome1281、翻譯起始〔1〕小亞基與mRNA結(jié)合〔2〕起始氨酰tRNA進(jìn)入P位點(diǎn),其反密碼子與mRNA上的起始密碼子AUG堿基配對(duì)?!?〕大亞基與小亞基結(jié)合形成起始復(fù)合物。1292、延伸方向:mRNA5/3/新生肽:N/C/〔1〕就位:第二個(gè)氨酰tRNA通過(guò)密碼子—反密碼子的配對(duì)作用進(jìn)入核糖體的A位點(diǎn)〔氨基位點(diǎn)〕?!?〕轉(zhuǎn)肽:在大亞基上肽酰轉(zhuǎn)移酶作用下,A位點(diǎn)氨基酸的α-氨基親核攻擊P位點(diǎn)上氨基酸的羧基并形成肽鍵,結(jié)果兩個(gè)氨基酸均連到A位點(diǎn)的tRNA上,該過(guò)程稱為轉(zhuǎn)肽作用,此時(shí),P位點(diǎn)上卸載的tRNA從核糖體上離開(kāi)?!?〕移位〔translocation〕:核糖體沿著mRNA移動(dòng)1個(gè)密碼子位置,tRNA移位到P位點(diǎn),A位點(diǎn)空出以便接納下一個(gè)氨基酸。1303、

終止由于終止密碼子不能結(jié)合任何氨酰tRNA,于是終止因子〔又稱釋放因子〕識(shí)別并結(jié)合到終止密碼子上,接著肽轉(zhuǎn)移酶的酯化酶功能轉(zhuǎn)變成水解功能,將肽鏈從P位點(diǎn)tRNA上水解掉,核糖體釋放掉mRNA并解體成大小亞基,翻譯完畢。在翻譯過(guò)程中除了核糖體大小亞基、mRNA和氨酰tRNA外,還需要GTP和許多蛋白輔助因子。這些輔助因子有的起催化作用,有的起改變和穩(wěn)定構(gòu)象作用。1314、翻譯后加工一些肽鏈翻譯完成后,能直接折疊成最終的活性形式,不需加工修飾。然而許多新生肽鏈需要翻譯后加工或修飾,包括:〔1〕切除局部肽段〔蛋白酶〕,例如,酶原激活〔2〕在特定氨基酸殘基側(cè)鏈上添加基團(tuán)〔共價(jià)修飾〕,例如糖基化、羥基化〔3〕插入輔因子,還有些單肽要聚合折疊成多亞基蛋白。132分子伴侶〔MolecularChaperones〕

定義:與新生肽鏈形成復(fù)合物并協(xié)助它正確折疊成具有生物功能構(gòu)象的蛋白質(zhì),協(xié)助多肽鏈跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)以及多亞基蛋白質(zhì)的組裝和解體,但它不屬于新生肽鏈的組成局部。在原核表達(dá)時(shí)使用分子伴侶,減少包涵體的形成133包涵體-蛋白表達(dá)時(shí)的雙刃劍包涵體是指細(xì)菌表達(dá)的重組蛋白在細(xì)胞內(nèi)凝集,形成無(wú)活性、不溶性的固體顆粒。包涵體的存在常使得細(xì)胞破碎后很渾濁。

包涵體中一般含有50%以上的重組蛋白,其余為核糖體元件、RNA聚合酶、外膜蛋白o(hù)mpC、ompF和ompA等,環(huán)狀或缺口的質(zhì)粒DNA,以及脂體、脂多糖等,大小為0.5-1um,難溶與水,只溶于變性劑如尿素、鹽酸胍等.

134包涵體的形成原因主要因?yàn)樵谥亟M蛋白的表達(dá)過(guò)程中缺乏某些蛋白質(zhì)折疊的輔助因子,或環(huán)境不適,無(wú)法形成正確的次級(jí)鍵等原因形成的。

1、表達(dá)量過(guò)高,研究發(fā)現(xiàn)在低表達(dá)時(shí)很少形成包涵體,表達(dá)量越高越容易形成包涵體。原因可能是合成速度太快,以至于沒(méi)有足夠的時(shí)間進(jìn)展折疊,二硫鍵不能正確的配對(duì),過(guò)多的蛋白間的非特異性結(jié)合,蛋白質(zhì)無(wú)法到達(dá)足夠的溶解度等。

2、重組蛋白的氨基酸組成:一般說(shuō)含硫氨基酸越多越易形成包涵體,而脯氨酸的含量明顯與包涵體的形成呈正相關(guān)。

3、重組蛋白所處的環(huán)境:發(fā)酵溫度高或胞內(nèi)pH接近蛋白的等電點(diǎn)時(shí)容易形成包涵體。

4、重組蛋白是大腸桿菌的異源蛋白,由于缺乏真核生物中翻譯后修飾所需酶類,致使中間體大量積累,容易形成包涵體沉淀。因此有人采用共表達(dá)分子伴侶的方法以增加可溶蛋白的比例。

135包涵體表達(dá)的有利因素1、可溶性蛋白在細(xì)胞內(nèi)容易受到蛋白酶的攻擊,包涵體表達(dá)可以防止蛋白酶對(duì)外源蛋白的降解。

2、降低了胞內(nèi)外源蛋白的濃度,有利于表達(dá)量的提高。

3、包涵體中雜蛋白含量較低,且只需要簡(jiǎn)單的低速離心就可以與可溶性蛋白別離,有利于別離純化。

4、對(duì)機(jī)械攪拌和超聲破碎不敏感,易于破壁,并與細(xì)胞膜碎片別離。

136提高目的蛋白的可溶性的策略〔1〕在細(xì)胞中表達(dá)分子伴侶〔天然或異源〕,輔助新生肽鏈折疊,防止

肽鏈相互聚合;

〔2〕共表達(dá)折疊酶,催化共價(jià)鍵形成;

〔3〕通過(guò)降低培養(yǎng)溫度和搖床速度來(lái)降低蛋白合成速度,以降低有聚

合傾向的中間體的濃度;

〔4〕選擇中等強(qiáng)度或低強(qiáng)度的啟動(dòng)子代替強(qiáng)啟動(dòng)子,降低重組蛋白的合

成速度;

〔5〕選擇適合的宿主菌株;

〔6〕表達(dá)含可溶性多肽或信號(hào)肽的重組蛋白,提高可溶性;

〔7〕蛋白質(zhì)的可溶性往往與自身的氨基酸序列有關(guān),因此可利用誘突

技術(shù)改變其氨基酸序列,提高目的蛋白的可溶性;

〔8〕誘導(dǎo)過(guò)程中參加化學(xué)物質(zhì),以增加滲透壓或改變培養(yǎng)基的pH值。

137★在蛋白質(zhì)折疊中有兩類分子伴侶:〔1〕Hsp70s。Hsp70s是在折疊早期階段起作用的分子伴侶家族。大量的Hsp70s。大量的Hsp70s單體結(jié)合在未折疊的疏水的正延伸肽段上。每一個(gè)Hsp70s有兩個(gè)結(jié)合位點(diǎn):未折疊多肽結(jié)合位點(diǎn)和ATP結(jié)合位點(diǎn)。多肽從Hsp70s上釋放需要能量。內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的Hsp70s還是多肽跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)所必須的?!?〕Hsp60s。一旦未折疊的多肽從Hsp70s上被釋放,它就結(jié)合到一些Hsp60s上〔也稱chaparonins,cpn60s〕。Hsp60s形成一個(gè)巨大的桶狀構(gòu)造,它有兩個(gè)蓋,未折疊蛋白進(jìn)入桶中,Hsp60s幫助它形成正確的構(gòu)造。分子伴侶還能幫助因各種脅迫而局部去折疊蛋白的重新折疊,如果不能重新折疊的話,分子伴侶就促進(jìn)它的降解。138139伴侶素GroEL/GroES系統(tǒng)促進(jìn)蛋白質(zhì)折疊過(guò)程

伴侶素的主要作用——為非自發(fā)性折疊蛋白質(zhì)提供能折疊形成天然空間構(gòu)象的微環(huán)境。140分子伴侶的應(yīng)用及根底研究文獻(xiàn)作用:促進(jìn)原核表達(dá)蛋白的可溶性LuciaBanci,etal.MolecularchaperonefunctionofMia40triggersconsecutiveinducedfoldingstepsofthesubstrateinmitochondrialproteinimport.PNAS,2021,107:20210-20215StephanieMateriaetal.Clusterin(ApolipoproteinJ),aMolecularChaperoneThatFacilitatesDegradationoftheCopper-ATPasesATP7AandATP7B.J.Biol.Chem.,2021,286:10073-10083141翻譯后加工的目的:〔1〕功能需要〔2〕定向轉(zhuǎn)運(yùn)的需要〔真核生物中尤為復(fù)雜,合成的蛋白要定向運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞質(zhì)、質(zhì)膜、各種細(xì)胞器如葉綠體、線粒體、溶酶體、過(guò)氧化物酶體等〕。盡管原核生物與真核生物在蛋白質(zhì)合成方面有許多相似之處,但也存在差異,這些差異正是一些抗生素治療和研究應(yīng)用的根底。

142非核糖體合成肽(NRP)MorganA.Wyatt,etal.StaphylococcusaureusNonribosomalPeptideSecondaryMetabolitesRegulateVirulence.Science,2021,329:294-296HervéRoyandMichaelIbba.Bridgingthegapbetweenribosomalandnonribosomalproteinsynthesis.PNAS,2021,107:14517-14518143Aminoacyl-tRNAsynthetases(aaRSs)aretheenzymesnormallyrespons

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