基因組文庫(kù)和cDNA文庫(kù)的比較.ppt

1、,基因組文庫(kù)和cDNA文庫(kù)的比較,01,基因組文庫(kù),02,cDNA文庫(kù),03,兩者比較,01,基因組文庫(kù) 概念 文庫(kù)構(gòu)建（原核） 文庫(kù)構(gòu)建（真核）,01,概念,基因組文庫(kù)：某種生物基因組的全部遺傳信息通過(guò)克隆載體貯存在一個(gè)受體菌的群體中，這個(gè)受體菌群體就是該種生物的基因組文庫(kù)。 公式:N=ln（1-P）/ln（1-f）, 實(shí)際克隆子數(shù)應(yīng)為2N3N或更大。,01,文庫(kù)構(gòu)建（原核）,物理學(xué)方法：機(jī)械類或超聲波等 生物化學(xué)方法：限制酶部分切割,制備基因組DNA并片段化,重組DNA導(dǎo)入受體菌細(xì)胞并擴(kuò)增,DNA片段與載體重組連接,篩選鑒定基因組文庫(kù),原核生物基因組較小，一般采用質(zhì)粒載體或載體。,01,文

2、庫(kù)構(gòu)建（真核）,a.構(gòu)建 噬菌體型基因組文庫(kù),真核生物和原核生物基因組文庫(kù)構(gòu)建的原理和過(guò)程基本相似，方法有異（原核采用質(zhì)粒載體或載體）。下面介紹三種方法：,01,文庫(kù)構(gòu)建（真核）,b.構(gòu)建 Cosmid基因組文庫(kù),由于篩選困難、重組效率低、文庫(kù)不易貯存，Cosmid使用不如噬菌體載體普遍。,01,文庫(kù)構(gòu)建（真核）,c.構(gòu)建酵母人工染色體型基因組文庫(kù),酵母人工染色體,02,基因組文庫(kù) 概念 文庫(kù)制備,02,概念,cDNA文庫(kù)：以mRNA為模板，經(jīng)反轉(zhuǎn)錄酶催化，在體外反轉(zhuǎn)錄成cDNA，與適當(dāng)?shù)妮d體連接后轉(zhuǎn)化受體菌，則每個(gè)細(xì)菌含有一段cDNA，并能繁殖擴(kuò)增，這樣包含著細(xì)胞全部mRNA信息的cDNA克

3、隆集合稱為該組織細(xì)胞的cDNA文庫(kù)。 公式:N=ln（1-P）/ln（1-f）,02,文庫(kù)構(gòu)建,細(xì)胞總RNA的制備及mRNA的分離 包括mRNA、tRNA、rRNA cDNA第一條鏈的合成 oligo引導(dǎo)合成法、隨機(jī)引物引導(dǎo)合成法 雙鏈cDNA的合成 四種常用方法 cDNA與載體的連接和噬菌體顆粒的包裝及轉(zhuǎn)染或質(zhì)粒的轉(zhuǎn)化,02,文庫(kù)構(gòu)建,引導(dǎo)合成第一鏈,oligo,02,文庫(kù)構(gòu)建,雙鏈 合成方法,DNA,02,文庫(kù)構(gòu)建,大腸桿菌 酶降解取代法,RNaseH,02,文庫(kù)構(gòu)建,寡聚引物引導(dǎo)法,Oligo,02,文庫(kù)構(gòu)建,PCR法,03,比較 cDNA文庫(kù)優(yōu)點(diǎn) 基因組文庫(kù)優(yōu)點(diǎn),03,cDNA文庫(kù)優(yōu)點(diǎn),真核生物克隆序列直接應(yīng)用于基因工程，基因組文庫(kù)不能。,以mRNA為原料，研究RNA病毒的基因組結(jié)構(gòu)和基因克隆分離。,復(fù)雜性低、篩選簡(jiǎn)易。其克隆子數(shù)為基因組文庫(kù)的十分之一。,假陽(yáng)性概率低?；蚪M克隆子復(fù)雜，假陽(yáng)性概率高。,03,基因組文庫(kù)優(yōu)點(diǎn),基因組文庫(kù)含有全部基因， cDNA文庫(kù)只含有全部蛋白質(zhì)編碼的結(jié)構(gòu)基因且受材料影響,cDNA文庫(kù)能反映mRNA信息，但不能直接獲得基因的內(nèi)含子序列和基因編碼區(qū)外大量的調(diào)控序列信息。需要基因組文庫(kù)。,cDNA文庫(kù)中，高豐度mRNA的cDNA克隆,所