Genemapper 微衛(wèi)星分析中文操作指南.doc

GeneMapper 軟件微衛(wèi)星分析中文簡易操作手冊 設定微衛(wèi)星分析方法：1. 登錄軟件2. 創(chuàng)建分析所需kit、panel和marker等參數(shù)；3. 創(chuàng)建新文件，導入數(shù)據(jù)；4. 設置分析參數(shù)；5. 執(zhí)行初始分析；5. 創(chuàng)建Bin以及Bin Set； 微衛(wèi)星分析流程：分析并檢查結果：1. 編輯分析方法；2. 分析數(shù)據(jù)；3. 查看結果；打印并導出數(shù)據(jù)（可選）：1. 打印結果；2. 導出結果。軟件術語介紹：術語定義Analysis Parameters軟件中分析樣品所使用的特定設置；用于計算片段大小和基因型，這些特定設置包括analysis method, size standard 和panelbin在marker 內(nèi)設定等位基因的片段大小和顏色bin set等位基因特定實驗條件下一組binmarker微衛(wèi)星標記，通過位點名稱、片段大小、熒光標記和重復長度進行設定panelMarker組合kitpanel 組合一 設定微衛(wèi)星分析方法：1. 登錄GeneMapper軟件：1.1 選擇開始 - All Programs - Applied Biosystems - GeneMapper-GeneMapper ；或雙擊桌面快捷方式 打開軟件；1.2 登錄GeneMapper軟件：用戶名默認為gm，在Passwprd中輸入密碼，點擊OK進入GeneMapper軟件2 創(chuàng)建分析所需kit、panel和marker等參數(shù): 2.1 點擊軟件上方工具欄Tools，選擇Panel Manager；2.2 在Panel Manager對話框中，選中1 Panel Manager，點擊2 新建 Kit；于New Kit對話框中依次輸入Kit名稱，Kit類型，并點擊OK保存設置；2.3 在Panel Manager對話框中，選中1 STR KIT，點擊2 新建 Panel；3中輸入Panel名稱；2.4 選中1 STR panel，點擊2 新建Marker，在3 位置依次輸入Marker Name (Marker名稱) ，Dye Color (熒光標記種類) ，Min Size，Max Size (片段最小值和最大值) ，Marker Repeat (重復次數(shù)) ；2.5 重復2.4步驟，完成所有Marker設置， 點擊OK保存；3. 創(chuàng)建新文件，導入數(shù)據(jù)： 3 .1 點擊1 新建文件夾，在2 Project Type中文件夾類型選擇Microsatellite ，點擊OK；3.2 導入數(shù)據(jù)：點擊1 Add Samples To Project 添加數(shù)據(jù)，在彈出的對話框中選擇待分析數(shù)據(jù)，通過3 Add To List 添加到右邊的面板中，點擊4 Add完成數(shù)據(jù)添加；4. 設置分析參數(shù)：4.1 完成數(shù)據(jù)添加后，在1 位置，Analysis Method中選擇New Analysis Method 新建分析方法；在彈出的對話框中選擇分析類型 2 Microsatellite，點擊OK確認；4.2 設置分析參數(shù)：在Analysis Method Editor中，點擊1 General，填寫2 Name（分析方法名稱）；之后點擊3 Allele，在將4 Bin Set選擇none；其它參數(shù)為軟件默認，不需要 修改；點擊OK確認；4.3 選定好之前設定的分析方法，在后續(xù)的欄目中設定Panel 和Size Standard（分子量內(nèi)標）；4.4 完成分析參數(shù)設定后，選中Analysis Method，Panel和Size Standard欄目，點擊1File，選擇2Fill Down；此時，Analysis Method，Panel和Size Standard欄目會使用之前選定的分析參數(shù)；也可以使用鼠標分別選擇；4.5 保存分析文件：點擊File，選擇Save Project，輸入文件夾名稱：5. 執(zhí)行初始分析：5.1 點擊分析按鈕1，分析數(shù)據(jù)：5.2 在1 Genotypes中查看初步分析結果，或通過2 Display Plots選項查看樣品分型圖：5.3 在樣品分型圖界面中，Plot Setting選擇 Microsatellite Default；通過軟件上方的快捷按鈕編輯數(shù)據(jù)顯示方式：6 創(chuàng)建Bin Set：6.1 打開ToolsPanel Manager，選中1 STR Kit，點擊2 新建Bin Set，在彈出的New Bin Set 對話框 3中輸入Bin Set名稱：6.2 添加參考數(shù)據(jù)：6.2.1 確保1 Bin Set已選擇新建的Bin Set，選中2 STR Panel，此時會顯示出之前新建的每個Marker，點擊3 Add Reference Data 添加參考數(shù)據(jù)；6.2.3 在Add Microsatellite Reference Data對話框中，選擇1 參考數(shù)據(jù)，通過2 Add To List 添加至右面的面板中，點擊3 Add，完成添加：6.3 生成Bin Set：完成參考數(shù)據(jù)添加后，點擊1 Auto Bin，之后使用軟件默認參數(shù)，點擊2 OK，自動生成Bin Set：6.4 編輯Bin Set：分別選中每個Marker 1 查看其對應的Bin，選中2 Bin，右鍵進行Bin的編輯或者刪除，也可通過軟件3處的快捷圖標進行Bin的編輯；完成后點擊OK生成Bin Set；二 分析并檢查結果：1. 編輯分析方法：點擊軟件上方快捷圖標1 Analysis Method Editor，將Allele中的2 Bin Set修改為之前新建的Bin Set，其他參數(shù)保持默認，點擊OK；2. 點擊分析按鈕再次分析數(shù)據(jù)，通過Genotypes查看分型結果，或選中數(shù)據(jù)通過Display Plots查看樣品分型圖；選中需要查看的數(shù)據(jù)，否則無法查看Samples Plot：查看樣品分型圖：三 打印并導出數(shù)據(jù)（可選）：1. 在View中選擇不同的界面（Samples，G