pubmed生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)實(shí)用教案

1、2021-12-101教學(xué)內(nèi)容：6.1 Pubmed簡(jiǎn)介6.2 通過(guò)(tnggu)PubMed可檢索到的信息6.3 PubMed檢索界面的結(jié)構(gòu)6.4 PubMed的檢索6.5 檢索結(jié)果顯示及下載6.6 My NCBI第1頁(yè)/共74頁(yè)第一頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10226.1 PubMed簡(jiǎn)介(jin ji)PubMed(手工檢索手工檢索) (聯(lián)機(jī)檢索、光盤(pán)聯(lián)機(jī)檢索、光盤(pán)(un pn)檢檢索索) (網(wǎng)絡(luò)檢索網(wǎng)絡(luò)檢索)特點(diǎn)：信息資源豐富、質(zhì)量高、更新及時(shí)、特點(diǎn)：信息資源豐富、質(zhì)量高、更新及時(shí)、檢索方式靈活多樣、鏈接功能強(qiáng)大、使用免檢索方式靈活多樣、鏈接功能強(qiáng)大、使用免費(fèi)等。費(fèi)等。第2頁(yè)/共7

2、4頁(yè)第二頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1036.2 通過(guò)(tnggu)PubMed可檢索信息 Medline 6.2.2 PreMedline 6.2.3 出版商提供的書(shū)目信息 6.2.4 NCBI其它(qt)數(shù)據(jù)庫(kù)的相關(guān)記錄第3頁(yè)/共74頁(yè)第三頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-104 6.2.1 MEDLINE：美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館MEDLARS系統(tǒng)中最大的生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。收錄1966年以來(lái)(yli)70多個(gè)國(guó)家近4800種生物醫(yī)學(xué)期刊的書(shū)目信息和著者文摘，每周更新。每條記錄均帶有PubMed-Indexed for MEDLINE標(biāo)志。第4頁(yè)/共74頁(yè)第四頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-105 6

3、.2.2 PreMedline 未正式給予MeSH詞、出版類(lèi)型等深度標(biāo)引信息的一個(gè)前期臨時(shí)庫(kù)，可檢索。 “PubMed計(jì)劃”：出版商在期刊出版之前或同時(shí)，將期刊論文題錄提供給PubMed，每天NLM把最新記錄加入到PreMedline庫(kù)。 工作人員一周(y zhu)內(nèi)將這些記錄標(biāo)引，然后轉(zhuǎn)入MEDLINE，同時(shí)從PreMedline中刪去。 帶有PubMed-in Process標(biāo)志。第5頁(yè)/共74頁(yè)第五頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-106 6.2.3 出版商提供的書(shū)目(shm)信息： 出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分沒(méi)有被MEDLINE收錄，PubMed仍保存，在記錄中做PubMed-

4、as supplied by publisher的標(biāo)記(bioj)。 出版商提供的記錄若有全文，PubMed則建立了與此期刊節(jié)點(diǎn)的鏈接，可免費(fèi)或交一定的費(fèi)用直接聯(lián)機(jī)獲取原文 。第6頁(yè)/共74頁(yè)第六頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-107圖1第7頁(yè)/共74頁(yè)第七頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-108 6.2.4 NCBI其它(qt)數(shù)據(jù)庫(kù)的相關(guān)記錄：PubMed建立了與NCBI其他數(shù)據(jù)庫(kù)之間聯(lián)系，通過(guò)Medline記錄鏈接獲取(huq)相關(guān)的基因庫(kù)記錄，也可以通過(guò)基因庫(kù)記錄鏈接獲取(huq)相關(guān)的Medline記錄。第8頁(yè)/共74頁(yè)第八頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-109PubMed與其它(qt)數(shù)據(jù)

5、庫(kù)的關(guān)系第9頁(yè)/共74頁(yè)第九頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1010NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)庫(kù)第10頁(yè)/共74頁(yè)第十頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1011All Database跨庫(kù)檢索(jin su)第11頁(yè)/共74頁(yè)第十一頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1012Pre-MedlineMedlineNew DataCollectProcess檢索檢索(jin su)第12頁(yè)/共74頁(yè)第十二頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1013PUBMED進(jìn)入(jnr)方式 或用搜索引擎搜“PubMed”地址(dzh)。第13頁(yè)/共74頁(yè)第十三頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10146.3 PubMed檢索界面(jimi

6、n)的結(jié)構(gòu)基本檢索區(qū)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接(lin ji)、 檢索提問(wèn)框檢索提示(tsh)區(qū)對(duì)各項(xiàng)檢索功能的簡(jiǎn)單描述Entrez簡(jiǎn)介、 PubMed服務(wù)、特有檢索、相關(guān)資源輔助檢索區(qū)個(gè)性化檢索區(qū)第14頁(yè)/共74頁(yè)第十四頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1015Overview-介紹PubMed的覆蓋范圍和刊物信息。New/Noteworthy-關(guān)于PubMed系統(tǒng)更新和未來(lái)發(fā)展。Journal Databases-通過(guò)標(biāo)題，關(guān)鍵詞，標(biāo)題縮寫(xiě)，或者ISSN號(hào)，在PubMed和其他(qt)Entrez數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索期刊標(biāo)題，還可以查看提供全文的刊物的列表。MeSH Databases-瀏覽MeSH表并選詞檢索。

7、Citation Matcher-通過(guò)輸入文獻(xiàn)的線(xiàn)索查找某一特定文章，特定一期內(nèi)容，或者整個(gè)刊物的內(nèi)容。Clinical Queries-為臨床醫(yī)生準(zhǔn)備，關(guān)注于四個(gè)領(lǐng)域：療法，診斷，病因，和預(yù)后。My NCBI-為注冊(cè)用戶(hù)（免費(fèi)注冊(cè)）提供的檢索策略存儲(chǔ)空間，可以生成檢索歷史信息，并及時(shí)更新。Order Documents-購(gòu)買(mǎi)原文（大約$5/篇）。NLM Gateway-連接到NLM集成數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)，可對(duì)MEDLINE/PubMed, OLDMEDLINE, LOCATORplus, MEDLINEplus, DIRLINE, AIDS Meetings, Health Services Res

8、earch Meetings, Space Life Sciences Meetings, and HSRProj等NLM數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索。 Consumer Health-提供與MEDLINEplus的鏈接，是與消費(fèi)者健康信息相關(guān)的國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書(shū)館的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)。Clinical Alerts-迅速公布由NIH資助的，會(huì)顯著影響發(fā)病率和死亡率的臨床研究結(jié)果。Clinical Trials-對(duì)公眾提供臨床科研的當(dāng)前信息。PubMed Central-可免費(fèi)提供全文的生命科學(xué)文獻(xiàn)。服 務(wù) ( f w ) 功 能第15頁(yè)/共74頁(yè)第十五頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10166.4 PubMed的檢索(ji

9、n su) 6.4.1 基本檢索 PubMed檢索輔助工具 Limits （限定功能） Preview/Index（預(yù)覽/索引(suyn)） History（檢索史） Clipboard（剪貼板或文件夾） Details（明細(xì)欄） 主題詞/副主題詞檢索 6.4.4 其他檢索一框五鍵第16頁(yè)/共74頁(yè)第十六頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10176.4.1 基本(jbn)檢索一. 詞語(yǔ)檢索*二. 期刊(qkn)檢索三. 作者檢索四. 截詞檢索第17頁(yè)/共74頁(yè)第十七頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1018第18頁(yè)/共74頁(yè)第十八頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1019例：檢索幽門(mén)(yumn)螺旋桿菌（

10、helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文獻(xiàn)。基本檢索的優(yōu)點(diǎn)：提高查全率，涵蓋最新文獻(xiàn)。第19頁(yè)/共74頁(yè)第十九頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1020強(qiáng)制(qingzh)短語(yǔ)檢索PubMed首先將鍵入的檢索詞（如： diabetes mellitus ）視為合理的短語(yǔ)在短語(yǔ)索引中進(jìn)行查找，并自動(dòng)(zdng)把兩個(gè)詞分開(kāi)以“邏輯與”組配檢索。如不希望系統(tǒng)將兩詞分開(kāi)：增加了關(guān)系不大的文獻(xiàn)（如“gastric cancer” ）分開(kāi)后意義有變化（如 “single cell” ）用“”進(jìn)行強(qiáng)制詞組檢索。如 “single cell”、 “gastric can

11、cer ” 。 注意：強(qiáng)制短語(yǔ)檢索時(shí)，PubMed將不執(zhí)行自動(dòng)(zdng)詞語(yǔ)匹配功能。 第20頁(yè)/共74頁(yè)第二十頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1021PubMed的基本(jbn)檢索二. 期刊檢索在檢索框中鍵入雜志全名molecular biology of the cell也可以直接鍵入Medline的期刊標(biāo)準(zhǔn)縮寫(xiě)形式，如：mol boil cell，鍵入刊物的ISSN(國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)(u j bio zhn)出版物代碼）進(jìn)行檢索，如1059-1524。Cell transplantation ta第21頁(yè)/共74頁(yè)第二十一頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1022PubMed的基本(jbn)檢索三

12、. 作者檢索 在檢索框內(nèi)按照“姓+名縮寫(xiě)”的格式(不用(byng)標(biāo)點(diǎn)) 鍵入作者姓名，如“Smith j”，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)查找“Smith JH”，“Smith JW”等作者姓名形式的文獻(xiàn)。 如果想進(jìn)行更精確的檢索，可以用雙引號(hào)將作者名引起來(lái)，再加au，如“smith j”au 第22頁(yè)/共74頁(yè)第二十二頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1023PubMed的基本(jbn)檢索四. 截詞檢索截詞符“*”、“？”截詞功能可擴(kuò)充檢索詞以檢出更多的相關(guān)文獻(xiàn)。如：bacter*，可以檢出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等詞。PubMed一次最多可以檢索出6

13、00個(gè)詞形變異詞。若超過(guò)600個(gè)如tox*，將顯示警告信息，提醒增加詞根(cgn)長(zhǎng)度。第23頁(yè)/共74頁(yè)第二十三頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1024提示信息第24頁(yè)/共74頁(yè)第二十四頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10256.4.2 PubMed檢索(jin su)輔助工具略將以瀏覽器的網(wǎng)頁(yè)收藏功能保存該策略。略將以瀏覽器的網(wǎng)頁(yè)收藏功能保存該策略。第25頁(yè)/共74頁(yè)第二十五頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1026例：檢索幽門(mén)螺旋桿菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文獻(xiàn)(wnxin)。優(yōu)點(diǎn)：提高查全率，涵蓋最新文獻(xiàn)(wnxin)。存儲(chǔ)(cn ch

14、)檢索策略 點(diǎn)擊后可用瀏覽器的書(shū)簽功能（bookmark)保存該策略。第26頁(yè)/共74頁(yè)第二十六頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1027第27頁(yè)/共74頁(yè)第二十七頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10286.4.2 PubMed檢索(jin su)輔助工具第28頁(yè)/共74頁(yè)第二十八頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1029All Field（字段選擇）：Publication Types（出版物類(lèi)型選擇）：Languages（語(yǔ)種選擇）：Ages（年齡組選擇）：Gender（性別選擇）：男性(nnxng)、女性Human or Animal（人或動(dòng)物實(shí)驗(yàn)選擇）Subsets（子集）：13個(gè)子集Entre

15、z Date（日期）：8個(gè)時(shí)間段Limits第29頁(yè)/共74頁(yè)第二十九頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1030字段限定(xindng)(有29個(gè)字段可供選擇)字段限定(xindng)第30頁(yè)/共74頁(yè)第三十頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1031出版物類(lèi)型及年齡(ninlng)限定出版物類(lèi)型(lixng)限定(有49種選擇)年齡組限定(xindng)(共有13個(gè)年齡段)第31頁(yè)/共74頁(yè)第三十一頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1032文獻(xiàn)(wnxin)語(yǔ)種限定(共57個(gè)語(yǔ)種限定)檢索子集(z j)限定(3種期刊子集(z j)、8種主題子集(z j)、3種數(shù)據(jù)庫(kù)子集(z j)）語(yǔ)種(y zhn)與子集

16、限定第32頁(yè)/共74頁(yè)第三十二頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1033文摘與全文(qun wn)限定出版(chbn)時(shí)間及收入數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)間限定（有11種選擇）人與動(dòng)物實(shí)驗(yàn)(shyn)選擇性別限定時(shí)間、性別、文摘等的限定第33頁(yè)/共74頁(yè)第三十三頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1034例：查找有關(guān)學(xué)齡前兒童(r tng)糖尿病的英文RCT文獻(xiàn)。 diabetes mellitus Randomized Controlled Trial English preschool child 第34頁(yè)/共74頁(yè)第三十四頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1035第35頁(yè)/共74頁(yè)第三十五頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-

17、1036第36頁(yè)/共74頁(yè)第三十六頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1037第37頁(yè)/共74頁(yè)第三十七頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1038第38頁(yè)/共74頁(yè)第三十八頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10396.4.2 PubMed檢索(jin su)輔助工具符進(jìn)行檢索。符進(jìn)行檢索。第39頁(yè)/共74頁(yè)第三十九頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1040檢索(jin su)式檢索結(jié)果(ji gu)條數(shù)檢索(jin su)式序號(hào)檢索提問(wèn)輸入框選擇邏輯算符第40頁(yè)/共74頁(yè)第四十頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1041第41頁(yè)/共74頁(yè)第四十一頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10426.4.2 PubMed檢索(ji

18、n su)輔助工具索策略。索策略。最多存貯檢索式數(shù)為最多存貯檢索式數(shù)為100個(gè)，檢索式的存貯時(shí)間個(gè)，檢索式的存貯時(shí)間為為1小時(shí)。小時(shí)。第42頁(yè)/共74頁(yè)第四十二頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1043第43頁(yè)/共74頁(yè)第四十三頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1044失。失。6.4.2 PubMed檢索(jin su)輔助工具第44頁(yè)/共74頁(yè)第四十四頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1045使用(shyng)方法： 在檢索結(jié)果界面點(diǎn)擊記錄左側(cè)的復(fù)選框，該文獻(xiàn)序號(hào)將變成綠色。再點(diǎn)“sent to”后選“ Clipboard”。第45頁(yè)/共74頁(yè)第四十五頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1046 主題詞主題詞

19、/副主題詞檢索副主題詞檢索(jin su)第46頁(yè)/共74頁(yè)第四十六頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1047第47頁(yè)/共74頁(yè)第四十七頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1048主題詞及其解釋(jish)、沿革副主題詞選擇(xunz)擴(kuò)展(kuzhn)下位主題詞主要主題詞限定入口詞列表第48頁(yè)/共74頁(yè)第四十八頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1049第49頁(yè)/共74頁(yè)第四十九頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1050第50頁(yè)/共74頁(yè)第五十頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1051此界面供檢查(jinch)檢索詞或用布爾邏輯增加檢索詞第51頁(yè)/共74頁(yè)第五十一頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1052 microb

20、iology (MI) 與器官、動(dòng)物和高等植物以及疾病主題詞組配, 說(shuō)明與其有關(guān)的微生物學(xué)方面的研究, 對(duì)寄生蟲(chóng)方面的研究則用“寄生蟲(chóng)學(xué)”。 微生物學(xué)的下位詞包括：病毒學(xué)。 virology (VI) 用于器官、動(dòng)物和高等植物以及疾病的病毒學(xué)研究。細(xì)菌、立克次體、真菌等用“微生物學(xué)”，對(duì)寄生蟲(chóng)方面的研究用“寄生蟲(chóng)學(xué)”。 標(biāo)引要求(yoqi)使用最專(zhuān)指的副主題詞。副主題詞在應(yīng)用范圍上相互獨(dú)立。第52頁(yè)/共74頁(yè)第五十二頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1053正確的檢索(jin su)策略?xún)?yōu)點(diǎn)：1）與課題(kt)要求相吻合，提高查準(zhǔn)率。2）在精力與時(shí)間允許范圍內(nèi)。第53頁(yè)/共74頁(yè)第五十三頁(yè)，共75

21、頁(yè)。2021-12-10546.4.4 其他(qt)檢索服務(wù)第54頁(yè)/共74頁(yè)第五十四頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1055一. Clinical Queries臨床(ln chun)咨詢(xún)Clinical queries具備特殊的過(guò)濾器裝置，幫助臨床醫(yī)生更快捷獲取與臨床關(guān)系密切的PubMed數(shù)據(jù)：如有關(guān)疾病的病因?qū)W、預(yù)后、診斷、預(yù)防以及治療等方面的信息，以及獲取系統(tǒng)綜述、醫(yī)學(xué)遺傳方面文獻(xiàn)(wnxin)。能濾除部分不相關(guān)或相關(guān)性差的文獻(xiàn)(wnxin)。第55頁(yè)/共74頁(yè)第五十五頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1056第56頁(yè)/共74頁(yè)第五十六頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10571）Search

22、by Clinical Study Category search）第57頁(yè)/共74頁(yè)第五十七頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1058第58頁(yè)/共74頁(yè)第五十八頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10593）Medical Genetics Searches 全部診斷鑒別診斷臨床記錄管理遺傳咨詢(xún)分子(fnz)遺傳學(xué)遺傳學(xué)試驗(yàn)第59頁(yè)/共74頁(yè)第五十九頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1060二. Citation Matcher單篇(dn pin)/多篇引文匹配器第60頁(yè)/共74頁(yè)第六十頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1061第61頁(yè)/共74頁(yè)第六十一頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1062三. Journa

23、l Database：期刊(qkn)瀏覽器第62頁(yè)/共74頁(yè)第六十二頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1063第63頁(yè)/共74頁(yè)第六十三頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-10646.5 檢索結(jié)果(ji gu)的處理6 . 5 . 1 顯 示 檢 索 結(jié) 果 ( j i gu)(Display)：PubMed可用6種不同的格式顯示檢索結(jié)果(ji gu)，默認(rèn)Summary格式?？赏ㄟ^(guò)Display下拉菜單選擇其它顯示方式：Brief，Abstract，Citation，等，可以根據(jù)需要進(jìn)行選擇。 點(diǎn)擊Show鍵，可選擇每屏顯示記錄的條數(shù)。 點(diǎn)擊Sort鍵，可以對(duì)檢索結(jié)果(ji gu)進(jìn)行排序。第64頁(yè)/

24、共74頁(yè)第六十四頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1065每頁(yè)顯示的記錄(jl)條數(shù)排序(pi x)第65頁(yè)/共74頁(yè)第六十五頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1066顯示(xinsh)格式選擇第66頁(yè)/共74頁(yè)第六十六頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1067各種顯示方式的主要(zhyo)內(nèi)容Summary作者姓名、文章題目、出處、記錄狀態(tài)、語(yǔ)種、出版物類(lèi)型(lixng)、PMID。Brief作者姓名、文章題目的前30個(gè)字母、PMIDAbstract出處、記錄狀態(tài)、文章題目、作者姓名、作者單位、文摘、出版物類(lèi)型(lixng)、縮寫(xiě)、注釋、PMID等。Citation出處、記錄狀態(tài)、文章題目、作者姓名、作者單位、文摘、出版物類(lèi)型(lixng)、縮寫(xiě)、注釋、MeSH、化學(xué)物質(zhì)名稱(chēng)、SI數(shù)據(jù)庫(kù)索取號(hào)、基金號(hào)、PMID等。MEDLINE所有記錄字段都是以?xún)蓚€(gè)字目格式顯示，應(yīng)用該格式保存套錄記錄可以用文獻(xiàn)管理者軟件保存。第67頁(yè)/共74頁(yè)第六十七頁(yè)，共75頁(yè)。2021-12-1068各種( zhn)顯示方式的主要內(nèi)容（Abstract Syntax Notation One）指文獻(xiàn)整個(gè)(zhngg)的結(jié)構(gòu)格式，顯示相關(guān)