該技術(shù)能夠快速在目標(biāo)基因組染色體中確定特異DNA結(jié)合蛋白準(zhǔn)確結(jié)合位點(diǎn)

1、該技術(shù)能夠快速在目標(biāo)基因組的染色體中確定特異DNA結(jié)合蛋白的準(zhǔn)確結(jié)合位點(diǎn)，ChIP芯片也可以在一個(gè)基因組的任何感興趣的區(qū)域內(nèi)尋找染色體的結(jié)構(gòu)改變。一、ChIP-Chip的用途（1）在基因組范圍內(nèi)確定基因轉(zhuǎn)錄因子的DNA結(jié)合位點(diǎn)和其他DNA結(jié)合蛋白或蛋白復(fù)合體的DNA結(jié)合位點(diǎn)。（2）染色體活性狀態(tài)的定量分析。（3）組蛋白修飾的功能研究。通過(guò)用酰基化或甲基化的組蛋白的特異抗體和沒(méi)有進(jìn)行修飾的組蛋白的特異抗體，可以確定與組蛋白修飾有關(guān)的結(jié)合模式的變化。（4）聚合酶活性的定量分析。（5）精煉生物信息方法，用功能數(shù)據(jù)來(lái)確定啟動(dòng)子的位置。二、具體實(shí)驗(yàn)原理和實(shí)驗(yàn)步驟染色質(zhì)免疫沉淀芯片流程圖三、GeneChi

2、p-TilingArray技術(shù)簡(jiǎn)介Affymetrix公司于2006年1月24日宣布推出GeneChip（R）人類和鼠源嵌合芯片（TilingA，ray）系列產(chǎn)品。該系列芯片研究范圍大大超出已知編碼蛋白序列，可以對(duì)整個(gè)人類和小鼠基因組進(jìn)行系統(tǒng)的研究。研究人員可以利用這一芯片對(duì)轉(zhuǎn)錄因子和其他蛋白結(jié)合結(jié)構(gòu)域進(jìn)行研究。最近，更有研究人員利用Affymetrix的嵌合芯片在過(guò)去認(rèn)為是垃圾DNA的區(qū)域中間找到了許多以前從未發(fā)現(xiàn)過(guò)的轉(zhuǎn)錄活性區(qū)域。嵌合芯片（TilingArray）是迄今為止分辨率最高的基因芯片類型，其探針設(shè)計(jì)幾乎涵蓋了目標(biāo)DNA的全部序列。迄今為止，Affymetrix公司已經(jīng)開(kāi)發(fā)出了人、

3、小鼠、酵母、線蟲、擬南芥等模式生物的全基因組Tiling芯片，為全基因組規(guī)模上研究目的蛋白與核酸的相互作用提供了強(qiáng)有力的分析工具。GeneChip-TilingArray除了全基因組芯片外，還包括了專門應(yīng)用于ChIPChip技術(shù)中的人啟動(dòng)子和小鼠啟動(dòng)子兩款芯片，探針設(shè)計(jì)覆蓋了轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近10kb的范圍，可針對(duì)腫瘤相關(guān)的1 300個(gè)基因，覆蓋范圍更是增加到了12.5kb。1882年，德國(guó)細(xì)胞學(xué)家弗萊明首次公開(kāi)發(fā)表了細(xì)胞有絲分裂現(xiàn)象的觀察結(jié)果，他的工作也被看作是科學(xué)史上最重要的發(fā)現(xiàn)之一。除了對(duì)有絲分裂進(jìn)行描繪以及命名之外，弗萊明還對(duì)這一過(guò)程中看似起關(guān)鍵作用的物質(zhì)染色質(zhì)作了標(biāo)記。目前，它是生物學(xué)

4、兩個(gè)最熱門領(lǐng)域基因組學(xué)和蛋白組學(xué)研究關(guān)注的焦點(diǎn)。但是，不同之處在于：弗萊明采用的是光學(xué)顯微鏡和裝有少量苯胺染色的玻璃瓶對(duì)其進(jìn)行研究，而最新的基因組階段的染色質(zhì)研究采用的是尖端的技術(shù)染色質(zhì)免疫沉淀作用測(cè)定法（ChIP）?；蚪M學(xué)和蛋白組學(xué)都將把染色質(zhì)作為研究對(duì)象，但兩個(gè)領(lǐng)域采用的方法各異。在基因組學(xué)研究中，研究人員通常從一個(gè)蛋白質(zhì)開(kāi)始研究，采用ChIP去找出與基因組關(guān)聯(lián)的蛋白質(zhì)。而蛋白組學(xué)研究采用的是反向方法，先用一個(gè)特殊的DNA序列作為尋找蛋白質(zhì)的誘餌；然后用ChIP去證實(shí)：那些蛋白質(zhì)就是在體內(nèi)與DNA序列相關(guān)聯(lián)的蛋白質(zhì)。四、使用說(shuō)明：1. 樣品超聲處理?xiàng)l件的優(yōu)化：A. 準(zhǔn)備適量冰浴預(yù)冷的PB

5、S，以及100mM PMSF。將SDS Lysis Buffer適當(dāng)溫浴，使其中的SDS充分溶解，并混勻。B. 將細(xì)胞培養(yǎng)于10cm細(xì)胞培養(yǎng)皿中，細(xì)胞培養(yǎng)液的用量為10 ml。在預(yù)期發(fā)生目的蛋白和基因組DNA結(jié)合的時(shí)間點(diǎn)，直接在細(xì)胞培養(yǎng)液中加入適量甲醛，輕輕混勻，至最終濃度為1%。隨即在37孵育10分鐘，以交聯(lián)目的蛋白和相應(yīng)的基因組DNA。例如，對(duì)于常規(guī)的每個(gè)10cm細(xì)胞培養(yǎng)皿中加入10 ml細(xì)胞培養(yǎng)液的情況，需加入270微升37%甲醛。請(qǐng)注意盡量使用高質(zhì)量的在有效使用期限內(nèi)的甲醛。細(xì)胞也可以培養(yǎng)于6cm細(xì)胞培養(yǎng)皿中，相關(guān)溶液的用量需按照比例進(jìn)行相應(yīng)調(diào)整。C. 加入1.1ml Glycine

6、Solution （10X），輕輕混勻。室溫放置5分鐘。D. 將有細(xì)胞樣品的培養(yǎng)皿置于冰浴上。吸盡含甲醛和glycine的培養(yǎng)液，盡量保持沒(méi)有液體殘留。E. 在上述室溫放置5分鐘期間，用冰浴預(yù)冷的PBS稀釋100mM PMSF至1mM，即配制成冰浴預(yù)冷的含1mM PMSF的PBS。PMSF水性溶液一定要新鮮配制，其在水相中的半衰期約為30分鐘。F. 加入5-10ml冰浴預(yù)冷的含1mM PMSF的PBS，洗滌細(xì)胞，吸盡液體，盡量保持沒(méi)有液體殘留。G. 再加入5-10ml含冰浴預(yù)冷的1mM PMSF的PBS，進(jìn)一步洗滌細(xì)胞，吸盡液體，盡量保持沒(méi)有液體殘留。H. 加入1ml冰浴預(yù)冷的含1mM PMS

7、F的PBS，用細(xì)胞刮子刮下細(xì)胞，收集至離心管中。如果細(xì)胞可以用槍吹打下來(lái)，也可以用槍吹打。對(duì)細(xì)胞進(jìn)行計(jì)數(shù)，分裝成每管大約100萬(wàn)細(xì)胞。I. 4，800-1000g離心1-2分鐘，以充分沉淀細(xì)胞。如果發(fā)現(xiàn)沉淀不充分，可以適當(dāng)延長(zhǎng)離心時(shí)間。吸盡上清，盡量減少液體殘留。J. 配制適量含有1mM PMSF的SDS Lysis Buffer。上一步驟的100萬(wàn)細(xì)胞沉淀用0.2ml含有1mM PMSF的SDS Lysis Buffer重懸。K. 在冰浴上孵育10分鐘，以充分裂解細(xì)胞。L. 超聲處理，以剪切基因組DNA，使DNA大部分?jǐn)嗔殉?00-1000bp大小，如果能把大部分控制在400-800bp則更

8、佳。超聲過(guò)程中請(qǐng)一定注意要保持樣品處于冰浴中，并且處于較低溫度。超聲剪切的效果在后續(xù)去交聯(lián)后可以用常規(guī)的DNA瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。超聲處理的條件通?？梢栽O(shè)置為10秒每次，共3-4次，功率為50W時(shí)設(shè)置為最大功率的30%，采用2mm超聲頭。不同的超聲處理儀器的設(shè)置不太一樣，摸索超聲條件時(shí)，可以先固定其他條件，先確定每次超聲多長(zhǎng)時(shí)間不會(huì)導(dǎo)致明顯發(fā)熱，然后摸索不同的超聲次數(shù)。直至找到比較合適的超聲次數(shù)可以使大部分基因組DNA斷裂成200-1000bp大小。需要注意的是每次的超聲體積和細(xì)胞用量宜固定，否則就不能使用一個(gè)相對(duì)比較固定的超聲條件用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)。M. 在0.2ml經(jīng)過(guò)超聲處理的樣品中加入8微升

9、5M NaCl，混勻。65加熱4小時(shí)，以去除蛋白和基因組DNA之間的交聯(lián)。N. 加入等體積的Tris平衡苯酚，vortex劇烈混勻，隨后4，12000g左右離心5分鐘。吸取上清至另一離心管中。O. 加入等體積氯仿，vortex劇烈混勻，隨后4，12000g左右離心5分鐘。吸取上清至另一離心管中。說(shuō)明：上述步驟1N和1O的酚氯仿抽提可以使用DNA純化試劑盒進(jìn)行操作。例如碧云天的PCR/DNA純化試劑盒（D0033）。P. 取少量通過(guò)酚氯仿抽提或DNA純化試劑盒獲得的液體，對(duì)于酚氯仿抽提產(chǎn)物可以取5-10微升，對(duì)于DNA純化試劑盒純化產(chǎn)物可以取2-5微升，進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳，觀察超聲處理對(duì)于基因組

10、DNA的剪切效果。2. 染色質(zhì)免疫沉淀：A. 在對(duì)樣品超聲處理?xiàng)l件進(jìn)行優(yōu)化后，對(duì)于待檢測(cè)樣品按照步驟1A-1K進(jìn)行操作，并參考步驟1L進(jìn)行超聲處理。B. 隨后對(duì)于經(jīng)過(guò)超聲處理的樣品在4，12000-14000g離心5分鐘。取上清（約0.2ml）至一2ml離心管中，置于冰浴。C. 配制適量含有1mM PMSF的ChIP Dilution Buffer。加入1.8ml含有1mM PMSF的ChIP Dilution Buffer以稀釋經(jīng)過(guò)超聲處理的樣品，使最終體積為2毫升。D. 取出20微升樣品作為Input用于后續(xù)檢測(cè)。其余近2ml樣品加入70微升Protein A+G Agarose/Salm

11、on Sperm DNA（其中約35微升為沉淀，35微升為液體），在4緩慢轉(zhuǎn)動(dòng)或擺動(dòng)混勻30分鐘。此步驟的目的是減少Protein A+G Agarose/Salmon Sperm DNA和目的蛋白或目的DNA序列的非特異性結(jié)合。E. 4，1000g左右離心1分鐘，將上清轉(zhuǎn)移至一個(gè)新的2毫升離心管中。F. 加入適量一抗，一抗的用量可以參考抗體的說(shuō)明書。如果抗體的說(shuō)明中未給出用于ChIP的稀釋比例，可以參考普通的免疫沉淀的稀釋比例。通常一抗的用量為0.5-1微克。4緩慢轉(zhuǎn)動(dòng)或擺動(dòng)混勻過(guò)夜?？梢圆患涌贵w作為陰性對(duì)照，或用無(wú)關(guān)的抗體作為陰性對(duì)照，同時(shí)可以用沒(méi)有細(xì)胞樣品的溶液作為空白對(duì)照。G. 加入6

12、0微升Protein A+G Agarose/Salmon Sperm DNA（其中約30微升為沉淀，30微升為液體），在4緩慢轉(zhuǎn)動(dòng)或擺動(dòng)混勻60分鐘，以沉淀一抗識(shí)別的蛋白或相應(yīng)的復(fù)合物。H. 4，1000g左右離心1分鐘。非常小心地去除液體，切勿觸及沉淀。隨后依次用如下溶液對(duì)沉淀進(jìn)行洗滌，每次洗滌液的用量為1ml，每次在4緩慢轉(zhuǎn)動(dòng)或擺動(dòng)洗滌3-5分鐘，隨后4，1000g左右離心1分鐘。非常小心地去除液體，切勿觸及沉淀。a. Low Salt Immune Complex Wash Buffer洗滌一次。b. High Salt Immune Complex Wash Buffer洗滌一次。c

13、. LiCl Immune Complex Wash Buffer洗滌一次。d. TE Buffer洗滌兩次。說(shuō)明：完成上述所有洗滌步驟后所獲得的沉淀即可用于PCR擴(kuò)增目的基因序列或用Southern檢測(cè)目的基因序列，或者用于Western檢測(cè)等。3. PCR擴(kuò)增目的基因序列（如果ChIP產(chǎn)物用于檢測(cè)目的基因序列）：A. 新鮮配制適量Elution buffer （1% SDS， 0.1M NaHCO3）。B. 完成步驟2H后，即完成所有洗滌步驟后，加入250微升Elution buffer。Vortex混勻，室溫轉(zhuǎn)動(dòng)或擺動(dòng)繼續(xù)洗脫3-5分鐘。C. 1000g左右離心1分鐘，將上清轉(zhuǎn)移到一新的

14、離心管中。沉淀中再加入250微升Elution buffer。Vortex混勻，室溫轉(zhuǎn)動(dòng)或擺動(dòng)繼續(xù)洗脫3-5分鐘。D. 1000g左右離心1分鐘，取出上清。和上一步驟，即步驟3C中獲得的上清合并。共計(jì)約500微升上清。E. 在500微升上清中加入20微升5M NaCl，混勻。65加熱4小時(shí)，以去除蛋白和基因組DNA之間的交聯(lián)。對(duì)于步驟2D獲得的作為Input的20微升樣品，加入1微升5M NaCl，混勻，65加熱4小時(shí)，同樣用于去除蛋白和基因組DNA之間的交聯(lián)。此步驟完成后可以繼續(xù)進(jìn)行后續(xù)步驟，也可以先-20凍存，第二天繼續(xù)后續(xù)步驟。說(shuō)明：此時(shí)的樣品已經(jīng)可以用于PCR，可以嘗試使用1、2、5或

15、10微升樣品作為模板用于PCR檢測(cè)目的基因。此時(shí)PCR的效果和可能被沉淀下來(lái)的DNA的量，以及整個(gè)PCR擴(kuò)增體系是否容易擴(kuò)增目的基因有關(guān)。如果發(fā)現(xiàn)PCR效果欠佳，可以考慮通過(guò)后續(xù)的純化步驟，純化并濃縮樣品，然后再進(jìn)行PCR檢測(cè)。F. 在約520微升樣品中加入10微升0.5M EDTA，20微升1M Tris pH 6.5和1微升20mg/ml 蛋白酶K?；靹蚝?5孵育60分鐘。G. 加入等體積Tris平衡苯酚，vortex劇烈混勻，隨后4，12000g左右離心5分鐘。吸取上清至另一離心管中。H. 加入等體積氯仿，vortex劇烈混勻，隨后4，12000g左右離心5分鐘。吸取上清至另一離心管中。

16、I. 加入20微克glycogen或yeast tRNA，加入1/10體積的3M NaAc，pH5.2，再加入2.5倍體積無(wú)水乙醇?；靹蚝?70沉淀不少于1小時(shí)，或-20沉淀8小時(shí)以上。J. 4，12000-14000g離心10分鐘，小心吸去大部分上清，切勿觸及沉淀。K. 加入約1ml 70%乙醇洗滌沉淀。4，12000-14000g離心10分鐘，小心吸去大部分上清，切勿接觸沉淀。L. 4，12000-14000g離心1分鐘，非常小心地吸除殘留液體。M. 用少量TE或水重懸DNA沉淀，用于目的基因的PCR檢測(cè)。用于PCR的引物最好能設(shè)計(jì)2組，可以用Input作為模板預(yù)先摸索出相應(yīng)的PCR條件，

17、并選擇一組效果較好的引物用于最終的PCR檢測(cè)。少數(shù)情況下，當(dāng)PCR條帶過(guò)弱時(shí)，可以采用nested PCR技術(shù)，進(jìn)行兩輪擴(kuò)增。說(shuō)明：步驟G至步驟M也可以采用適當(dāng)?shù)腄NA純化試劑盒純化DNA，例如碧云天的PCR/DNA純化試劑盒（D0033）。4. Western檢測(cè)ChIP產(chǎn)物（如果ChIP產(chǎn)物用于Western檢測(cè)）：A. 接步驟2H，在完成所有的洗滌步驟后，加入25微升SDS-PAGE蛋白上樣緩沖液（1X）。SDS-PAGE蛋白上樣緩沖液（1X）可以用SDS-PAGE蛋白上樣緩沖液（5X）用水稀釋配制而成。沸水浴煮沸10分鐘。B. 可以取10-20微升用于Western檢測(cè)ChIP-Seq

18、 數(shù)據(jù)分析ChIP-Seq Data Analysis 背景介紹染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation），是一類通過(guò)將與特定蛋白質(zhì)與其結(jié)合DNA序列共同沉淀下來(lái)研究其相互作用的方法，這一方法和測(cè)序技術(shù)結(jié)合起來(lái)，可以研究轉(zhuǎn)錄因子在基因組上的結(jié)合區(qū)域、特異性修飾的組蛋白位點(diǎn)以及其他DNA結(jié)合蛋白的基因組特異結(jié)合位點(diǎn)等表觀遺傳性學(xué)問(wèn)題。ChIP-Seq技術(shù)是在ChIPonChip的基礎(chǔ)上發(fā)展來(lái)的，相對(duì)于ChIP-on-Chip來(lái)說(shuō)，ChIP-Seq有很多優(yōu)勢(shì)：更高的通量；更低廉的價(jià)格；雙通道ChIP-Seq可以彌補(bǔ)單通道帶來(lái)的GC偏向問(wèn)題，產(chǎn)生更加

19、可靠的數(shù)據(jù)。 ChIP-Seq的實(shí)驗(yàn)流程圖： Fig.1 ChIP-Seq技術(shù)流程圖。1）提取核內(nèi)染色質(zhì)；2）將染色質(zhì)打碎；3）加入可以和特定蛋白結(jié)合的抗體；4）共沉淀并洗脫復(fù)合物；5）去除蛋白復(fù)合物，純化DNA;6）測(cè)序并且定位到基因組上。  數(shù)據(jù)分析流程圖： Fig 2. ChIP-seq 數(shù)據(jù)分析流程圖 數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目 一數(shù)據(jù)基本質(zhì)量分析基于不同的技術(shù)平臺(tái)，所需要的分析方法不盡相同。對(duì)于一般的單通道測(cè)序，我們進(jìn)行序列長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)、豐度統(tǒng)計(jì)、定位百分比（mapping coverage）統(tǒng)計(jì)等等，

20、通過(guò)隨機(jī)mapping，我們可以對(duì)數(shù)據(jù)質(zhì)量進(jìn)行估計(jì)。對(duì)于有Input lane的雙通道測(cè)序，我們會(huì)進(jìn)行橫向的對(duì)比以得到更準(zhǔn)確的結(jié)果。 二峰值的定位對(duì)于不同的數(shù)據(jù)質(zhì)量，可以選擇相對(duì)合適的mapping方法，包括允許不同的mismatch數(shù)目等等以得到比較可靠的數(shù)據(jù)。然后基于這些定位到基因組上的序列和其豐度，找到那些有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的位點(diǎn)峰值（peak calling）。一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子FOXA3的相關(guān)例子如下：Fig.3   ChIP-Seq結(jié)果分析圖。轉(zhuǎn)錄因子FOXA3結(jié)合在特定基因的轉(zhuǎn)錄起始位置，利用ChIP-Seq技術(shù)得到高通量的核酸序列，圖中顯示這些序列可

21、以清楚的定位出一個(gè)基因組上的峰值，這個(gè)峰值區(qū)域就是FOXA3的結(jié)合區(qū)域。  三Binding motif分析一般的DNA結(jié)合因子都是特異性的，有特定的結(jié)合基序，對(duì)于檢測(cè)到的峰值序列，我們進(jìn)行DNA binding motif分析，以期驗(yàn)證或者得到新的DNA結(jié)合因子binding motif。Fig.4     Binding motif分析圖。轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位置的核酸序列有一定的偏好性，圖中顯示各個(gè)位置核酸出現(xiàn)的頻率，可以清楚看到此轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合DNA序列的特異性。 四和annotation library的分析對(duì)比P

22、eak calling在基因組中的位置在已知注釋信息中的分布可以顯示DNA結(jié)合蛋白的結(jié)合偏好性，我們會(huì)給出基于不同注釋庫(kù)的分布信息。  Fig.5 組蛋白修飾的基因組分布圖 五基因本體學(xué)分析（Gene Ontology Analysis）對(duì)于特定的轉(zhuǎn)錄因子，其DNA結(jié)合位點(diǎn)的下游轉(zhuǎn)錄基因在特定試驗(yàn)條件下可能會(huì)行使相似的功能，GO分析會(huì)找出富集的那些可能的功能。 Fig.6  基因功能分析圖。每一列表示一個(gè)特定的基因功能分類，每一行顯示分析中所參與的基因，綠色表示基因具有列所顯示的功能，黑色表示沒(méi)有。 六Pathwa

23、y AnalysisDNA結(jié)合蛋白的靶基因有可能會(huì)富集在特定的生物信號(hào)通路或者代謝通路里面，利用富集檢測(cè)的統(tǒng)計(jì)手段，可以推測(cè)出DNA結(jié)合因子在特定的環(huán)境下所可能行使的生物學(xué)功能。如下圖所示，靶基因以橙色表示： Fig.7   Pathway分析圖。圖中橘紅色表示在這個(gè)生物通路中表達(dá)的基因，灰色表示沒(méi)有表達(dá)的基因，統(tǒng)計(jì)分析顯示基因富集在這個(gè)通路中，表明這個(gè)pathway很可能在實(shí)驗(yàn)中啟重要作用ChIP-on-chip數(shù)據(jù)分析報(bào)告Scanning image: 原始Cy3、Cy5熒光掃描圖像；Raw data：探針的掃描熒光信號(hào)強(qiáng)度原始數(shù)據(jù)。log2-rat

24、io：經(jīng)過(guò)校正得到log2(ChIP/Input)值，此值代表每個(gè)探   針在實(shí)驗(yàn)樣本ChIP DNA和對(duì)照樣本DNA中的相對(duì)富集強(qiáng)度。Scatter plot：散點(diǎn)圖，X軸為Input（Cy3）數(shù)據(jù)值，Y軸為ChIP(Cy5)數(shù)據(jù)值，表示芯片上兩通道數(shù)據(jù)總體分布集中趨勢(shì)；MA-plot：MA圖，X軸為A值log2(ChIP)+log2(Input)/2，代表點(diǎn)的整體信號(hào)強(qiáng)度，Y軸為M值log2(ChIP)log2(Input)表示點(diǎn)的兩通道信號(hào)差，可由MA圖觀察芯片數(shù)據(jù)是否存在強(qiáng)度依賴的 系統(tǒng)偏移以及信號(hào)差異點(diǎn)的比例；Peaks GFF文件：由軟件計(jì)算出探針相對(duì)強(qiáng)度在統(tǒng)計(jì)

25、學(xué)意義上顯著的Peaks，代表可能的啟動(dòng)子區(qū)。Peaks GFF 文件包含每個(gè)Peaks的基因組位置、寬度和P-value值概述 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。將ChIP與第二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。 ChIP-Seq的原理是：首先通過(guò)染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，并對(duì)其進(jìn)行純化與文庫(kù)構(gòu)建；然后

26、對(duì)富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。研究人員通過(guò)將獲得的數(shù)百萬(wàn)條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。  技術(shù)路線 1實(shí)驗(yàn)流程（Solexa）  實(shí)驗(yàn)流程示意圖  生物信息分析流程示意圖 研究?jī)?nèi)容 1測(cè)序 對(duì)客戶提供的ChIP樣品（如果有陰陽(yáng)參啟動(dòng)子區(qū)域或DNA序列的）進(jìn)行定量檢測(cè)，檢測(cè)合格后進(jìn)行測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建、DNA成簇（Cluster generation）擴(kuò)增、高通量測(cè)序。 2基本數(shù)據(jù)分析 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)：對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行圖像識(shí)別（Base calling），去除污染及接頭序列；統(tǒng)計(jì)結(jié)果包括：測(cè)定的序列（Reads）長(zhǎng)度、Reads數(shù)量、數(shù)據(jù)產(chǎn)量。 3. 高級(jí)數(shù)據(jù)分析 標(biāo)準(zhǔn)高級(jí)數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包括： （1）ChIP-Seq序列與參考序列比對(duì)； （2）Peak calling：統(tǒng)計(jì)樣品Peak信息（峰檢測(cè)及計(jì)數(shù)、平均峰長(zhǎng)度、峰長(zhǎng)中位數(shù)）； （3）統(tǒng)計(jì)樣品Uniquely mapped reads在基因上、基因間區(qū)的分布情況及覆蓋深度； （4）給出每個(gè)樣品Peak關(guān)聯(lián)基因列