Gaussview軟件使用手冊(cè)

1、Gaussvi e w 軟件使用手冊(cè)GaussView是一個(gè)被設(shè)計(jì)來(lái)幫助準(zhǔn)備輸入進(jìn)入高斯軟件的文檔以及以圖形的形式來(lái)檢驗(yàn)高斯軟件完成并輸出 的結(jié)果的圖形化的用戶(hù)界面。GaussView是不在高斯軟件的計(jì)算模塊中，而是以前端/后端的模式來(lái)協(xié)助高斯軟件的運(yùn)行。GaussView為高斯用戶(hù)提供了三種主要的便利。 首先，通過(guò)它先進(jìn)的可視化工具，GaussView使得用戶(hù)可以很快的做出大分子的結(jié)構(gòu)圖甚至是很大的分子，然后旋轉(zhuǎn)，在這些分子的基礎(chǔ)上經(jīng)過(guò)簡(jiǎn)單的搜尋操作來(lái)編譯和放大。它同樣可以載入例如PDB類(lèi)型的標(biāo)準(zhǔn)的分子結(jié)構(gòu)文檔。 第二，GaussView使得建立多種形式的高斯計(jì)算變得容易。它使得準(zhǔn)備為普通工

2、作模式以及如ONIOMQST2/OST3I專(zhuān)變結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法，CASSCF十算方法，周期邊緣狀態(tài)計(jì)算方法（ PB。以及其他的許多前沿方法的 復(fù)雜的載入更加簡(jiǎn)單。如果高斯軟件被安裝在了同一臺(tái)電腦上的話(huà)，用戶(hù)同樣可以使用GaussView來(lái)進(jìn)行工作。 最后，GaussView使得用戶(hù)可以通過(guò)多種的圖形技巧來(lái)檢驗(yàn)高斯計(jì)算的結(jié)果。高斯的計(jì)算結(jié)果中可以用圖形 來(lái)表示的有下列幾種： 1.經(jīng)過(guò)優(yōu)化的分子結(jié)構(gòu)； 2.分子軌道 3.任何估算密度的電子密度表面； 4.靜電潛在表面； 5.原子價(jià)； 6.與振動(dòng)頻率相符的一般模型； 7. IR,Raman,NMR,VCD以及其他的頻譜； 8.結(jié)構(gòu)優(yōu)化，IRC反應(yīng)途徑的后

3、續(xù)，能級(jí)表面的掃描以及ADM儕口 BOM甑道的模擬；9.整體能量的小部分以及其他來(lái)自于相同工作類(lèi)型的數(shù)據(jù)； 這本書(shū)為所有的 GaussView結(jié)構(gòu)提供了一個(gè)參考。該軟件的每一個(gè)程序的結(jié)構(gòu)都被詳細(xì)記錄。將項(xiàng)目按照一 般目的分類(lèi)。在每一個(gè)分類(lèi)中，項(xiàng)目是按照邏輯結(jié)構(gòu)來(lái)排列的，開(kāi)始于最簡(jiǎn)單的項(xiàng)目，然后是引用最廣泛的 項(xiàng)目，最后是更加復(fù)雜和不經(jīng)常使用的項(xiàng)目。為了找出用戶(hù)感興趣的特殊信息，可以通過(guò)索引來(lái)打開(kāi)有關(guān)主 題或者是特殊的對(duì)話(huà)框。顏色收集以及對(duì)話(huà)在索引中的主題菜單下（下面直接中英語(yǔ)）顯示了出來(lái)。菜單項(xiàng) 目通過(guò)菜單=> 項(xiàng)目的格式顯示出來(lái)。按鈕在索引中顯示為“名稱(chēng)按鈕” 。如下圖（從圖1開(kāi)始）顯

4、示了一系 列的按鈕名稱(chēng)，菜單途徑一等價(jià)于按鈕和鍵盤(pán)的快捷鍵。在多種GaussView結(jié)構(gòu)的基于指導(dǎo)的幫助包含在了網(wǎng)上幫助中。在主幫助窗口中選擇指導(dǎo)主題來(lái)打開(kāi)他們。GaussView 指導(dǎo)基礎(chǔ)分子創(chuàng)建 分子創(chuàng)建的例子和策略 下面舉例說(shuō)明怎樣利用 GaussView來(lái)創(chuàng)建分子。創(chuàng)建維生素分子：利用不典型的原子下面是一個(gè)使用 GaussView創(chuàng)建維生素分子的例子：1 .在View窗口中的File菜單中選擇New的選項(xiàng)來(lái)創(chuàng)建一個(gè)新的文件；2 .在Builder窗口中選擇好 Rings;3 .在Active Fragment button上面點(diǎn)擊。在環(huán)碎片中選擇苯。4 .返回到View窗口。點(diǎn)擊一下演

5、示苯。5 .在Builder窗口中點(diǎn)擊 Element選項(xiàng)，在氮上點(diǎn)擊。6 . 點(diǎn)擊 Active Fragment ,點(diǎn)擊氮原子。7 .在View窗口中，點(diǎn)擊你想變成氮的碳原子。注意：不要選擇雜交原子中的一個(gè)，通常選擇不典型的原子 更加容易。8 .在創(chuàng)建窗口中點(diǎn)擊 Delete Atom鍵。9 .在View窗口上，通過(guò)點(diǎn)擊該鍵刪除與氮相連的氫。10.在Builder窗口上點(diǎn)擊Rebond按鈕，然后點(diǎn)擊 Clean按鈕。注意：通常在清除前應(yīng)該重新成鍵。 維生素現(xiàn)在已經(jīng)完成了。創(chuàng)建芳環(huán)維生素:在環(huán)之間設(shè)置角度下面的例子展示了怎樣在已存在的文件上創(chuàng)建芳環(huán)維生素。在這個(gè)例子中，以維生素為基礎(chǔ)來(lái)創(chuàng)建。

6、1、你可以接著上述例子來(lái)做，創(chuàng)建維生素；2、在Builder窗口上點(diǎn)擊Rings按鈕。確保芳環(huán)已經(jīng)被選中；3、在View窗口上點(diǎn)擊氮原子對(duì)面碳原子上的氫原子。另一個(gè)環(huán)就在屏幕上顯示了出來(lái)；4、在Builder 窗口上選擇 Dihedral按鈕。確保 Move Group被標(biāo)記；5、選擇兩環(huán)之間的原子，如下所示：更改角度6、移動(dòng)光標(biāo)來(lái)是的各環(huán)所處的平面相互垂直（或者 是在文本框中輸入 90.0 ）;7、點(diǎn)擊Ok按鈕；芳環(huán)維生素現(xiàn)在完成了。創(chuàng)建五價(jià)鐵原子：在指定的項(xiàng)目上選擇最好的構(gòu)型下面是創(chuàng)建五價(jià)鐵原子的一個(gè)例子1、打開(kāi)一個(gè)新的模型。選擇鐵分子然后選擇雙錐形的鐵的構(gòu)型： 2、選擇線(xiàn)形的 C-N構(gòu)型

7、然后將該基團(tuán)連接在鐵原子上。須注意的是我們選擇這種構(gòu)型而不是選擇一種C-O基團(tuán)是因?yàn)槠涫蔷€(xiàn)形的?，F(xiàn)在分子已經(jīng)完成了。3、將氮原子轉(zhuǎn)換成氧原子（選擇氧元素之后再是自由電子模板）創(chuàng)建初級(jí)紫染：懸掛結(jié)構(gòu)下面是一個(gè)展示怎樣在 GaussView上面創(chuàng)建一個(gè)初級(jí)紫染的6, 6' -dibromoindigo :1、創(chuàng)創(chuàng)建一個(gè)新文件；2、在Builder窗口上選擇互聯(lián)的 5和6元碳環(huán)（在左側(cè)中的插圖中），然后再View窗口上點(diǎn)擊來(lái)放置一個(gè) 片段；3、在五元環(huán)中，點(diǎn)擊合適的氧原子來(lái)將其換成氫原子；4、將與氧原子相對(duì)的碳原子改變成氮原子；5、將六圓環(huán)（在氮原子同一側(cè)的）中的最外層碳原子上的氫原子改成在

8、相同形式的澳原子；6、在Builder窗口上點(diǎn)擊Clean按鈕。不要重新成鍵。然后保存文件；7、在View窗口上展示剛剛保存的文檔；8、旋轉(zhuǎn)和移動(dòng)另一個(gè)環(huán)是的兩個(gè)碳原子近到足夠成鍵，同時(shí)使得兩結(jié)構(gòu)方向合適；注意：如果只是要兩個(gè)結(jié)構(gòu)中的一個(gè)，在按住 Alt鍵的同時(shí)拖動(dòng)鼠標(biāo)即可。在展示復(fù)雜結(jié)構(gòu)的同時(shí)使用另外 一個(gè)窗口同樣也是很有用處的。在View菜單上通過(guò) Add View選項(xiàng)來(lái)創(chuàng)建。9、將兩個(gè)成鍵碳原子上的氫原子刪除；10、 在Builder 窗口上選擇 Bond來(lái)創(chuàng)建一個(gè) C=G11、 點(diǎn)擊 Clean;分子結(jié)構(gòu)完成。取代兩種結(jié)構(gòu)：創(chuàng)建二氯化二苯下面的例子給出了一種包含取代結(jié)構(gòu)的分子結(jié)構(gòu)。1、

9、創(chuàng)建一個(gè)新的View窗口，然后在上面放置一個(gè)苯環(huán)。將其中的一個(gè)碳原子換成氯原子。重復(fù)該過(guò)程創(chuàng)建 另一個(gè)氯代苯環(huán)。2、旋轉(zhuǎn)其中的一個(gè)環(huán)，使得氯原子處于另一換的相反位置。用戶(hù)可以通過(guò)按住Alt鍵同時(shí)按下鼠標(biāo)左鍵拖3、4、動(dòng)來(lái)完成該過(guò)程:將環(huán)放置使得它們重疊同時(shí)碳原子的成鍵位置正確;刪除重疊部位的氫原子同時(shí)移動(dòng)鍵;0 705、在兩個(gè)碳原子之間創(chuàng)建一個(gè)鍵，完成分子結(jié)構(gòu):分子結(jié)構(gòu)完成。onioMU 子在一個(gè)小的縮氨酸鏈中的ONIOMB上分配原子注意：這個(gè)例子是為了更好的說(shuō)明而不是為了精確1、創(chuàng)建一個(gè)包含以下氨基酸的縮氨酸鏈：Phe-Ala-Gly ;選擇氨基末端的 Phenylalanine ,中心Fr

10、agment的Alanine以及有厥基末端的甘氨酸。2、將所有院子分配在最底層，在 Edit菜單上選擇 Assign Layer ,然后點(diǎn)擊 Select All 。確定當(dāng)前層被設(shè) 定為L(zhǎng)ow。結(jié)構(gòu)大致如下：點(diǎn)擊Apply3、將下列原子分配到中間層：所有在 Ala中的原子，在 Phe環(huán)上的碳原子以及甘氨酸雙鍵上的原子：選擇 Ala中的中心碳原子。點(diǎn)擊 Expand Selection的右端然后添加更多的原子（兩到三倍）。添加少量原子通常比添加很多更容易。點(diǎn)擊Apply。在下列添加附加的原子（選擇然后點(diǎn)擊Apply ）直到結(jié)構(gòu)正確是十分必要的。根據(jù)需要利用中間的鼠標(biāo)鍵來(lái)給選項(xiàng)添加原子，然后點(diǎn)擊A

11、pply來(lái)固定結(jié)構(gòu)，根據(jù)需要重復(fù)操作。下圖中中間層軌道的原子以棍狀出現(xiàn)，底層則以線(xiàn)狀出現(xiàn)：點(diǎn)擊Ala中的中間碳原子。4、將下列原子分配到高層上：Ala上所有包括與之相連的重原子在內(nèi)的所有原子。 將Using場(chǎng)轉(zhuǎn)換成Distance 。在Expand選項(xiàng)的右端點(diǎn)擊兩次。結(jié)果如下：點(diǎn)擊Apply o然后結(jié)果如下:已完成的ONIOM配的原子點(diǎn)擊剛才放置到高層的氫原子然后將其移動(dòng)（放置）至中間層。點(diǎn)擊Close。原子層的分配完成。運(yùn)行一個(gè)ON I OM工作該例子使用了創(chuàng)建的分子，層在創(chuàng)建程序中最終的例子上被定義，然后接著以下步驟來(lái)。1、在 Calculate 菜單中選擇 Gaussian。2、點(diǎn)擊 M

12、ultilayer ONIOM Model 。三種選項(xiàng)（High, Medium和Low）出現(xiàn)在了 Method系列中，從這些選 項(xiàng)中用戶(hù)可以分別選擇作用于不同層原子的方法。3、點(diǎn)擊High選項(xiàng)，然后選擇 RHF/6-31G工作。4、點(diǎn)擊Medium選項(xiàng)，然后選才I受限制的AM1工作。5、點(diǎn)擊Low選項(xiàng)具體說(shuō)明一種在使用Amber force區(qū)域的原子結(jié)構(gòu)計(jì)算方法。6、下列的結(jié)構(gòu)（高斯 ONIOMT作的運(yùn)行例子）顯示了在正常運(yùn)行狀態(tài)的著三種選項(xiàng)（一個(gè)重疊著一個(gè)）：這些運(yùn)行的區(qū)域在工作的route section 顯示：# ONIOM= （RHF/6-31G: RAM1 Amber）用戶(hù)現(xiàn)在可以

13、繼續(xù)填寫(xiě)剩下的文本框，然后工作就可以準(zhǔn)備好保存并運(yùn)行了。H6 ml Mg4jrriLvii | 修M gl |創(chuàng)建周期性的結(jié)構(gòu)周期性束縛狀態(tài)（PBC指示1通過(guò)乙烯創(chuàng)建一個(gè)經(jīng)過(guò)多元快的聚合體PBC/1D1-1通過(guò)點(diǎn)擊工具欄的“ NeW按鈕來(lái)創(chuàng)建一個(gè)新的分子和一個(gè)對(duì)應(yīng)的視圖窗口。1-2首先雙擊“R-Group Fragment”的工具箱按鈕，然后點(diǎn)擊"Select R-Group Fragment”對(duì)話(huà)框中的"vinyl 按鈕來(lái)創(chuàng)建乙烯基（乙烯）（當(dāng)前的結(jié)構(gòu)）。1-3在視圖窗口中的任意空白位置點(diǎn)擊來(lái)創(chuàng)建一個(gè)乙烯分子。1-4點(diǎn)擊“Center "工具箱按鈕來(lái)使得視圖窗口

14、以該分子為中心。1-5在住窗口中的“ View”菜單中點(diǎn)擊“ Labels”來(lái)打開(kāi)該視圖窗口的原子標(biāo)簽。1-6在視圖窗口中，點(diǎn)擊乙烯的原子5來(lái)創(chuàng)建一個(gè)穿過(guò)丁烷基的分子1-7在主窗口的“ Edit ”菜單中選擇“ PBC來(lái)顯示分子的 PBC對(duì)話(huà)框。1-8在PBC對(duì)話(huà)框的"Symmetry”選項(xiàng)中，選擇"Lattice Dimensions ”多選框中的"1"。1-9在PBC對(duì)話(huà)框的“ Cell ”選項(xiàng)中，在確定“ Vertex ”被選擇的情況下按下“ Place ”按鈕，這樣就可以在視圖窗口中使用鼠標(biāo)來(lái)選擇任何原子的細(xì)胞起源定點(diǎn)(“0 (0)”)。在視圖窗

15、口中，點(diǎn)擊原子 2.1-10 在PBC對(duì)話(huà)框的“ Cell ”選項(xiàng)上，用鼠標(biāo)在 View窗口中點(diǎn)擊選擇“ a (1)”來(lái)代替“0 (0)”使得a胞的替代。在 View窗口中，點(diǎn)擊原子 7。1-11 在 PBC對(duì)話(huà)中匡的 Cell 選型上，在"Trim Contents ”菜單中選擇" Delete All Atoms Outside Cell ”。1-121-131-14在PBC對(duì)話(huà)框的"Cell "選項(xiàng)上，點(diǎn)擊“Center Contents "按鈕。這樣，我們就為穿越多乙快的聚合體的在PBC對(duì)話(huà)框的« View”選型上，使用PBC/1D模型定義了一個(gè)初始合成胞體。"Cell Replication”的旋轉(zhuǎn)空間來(lái)顯示兩個(gè)沿著“ a "軸的胞體。