進(jìn)化樹的構(gòu)建

1、煩請各位看看，有沒有什么大的問題，請直接貼上你的意見和建議，我會盡快修改。主要是針對初學(xué)者，寫得盡量簡單一些。謝謝！phyloge ntics_lylover.doc (73.0k) lz還真勤勞，一個字：頂Amazi ng!Thank you for your hard work!oldfish的批評意見也一并上傳。寫得不錯。呵呵phyloge ntics_lylover_with_comme nts.doc (105.5k)暈，出丑了改過來了。謝謝再貼一個來自yzwpf的批評意見。寫得很不錯。NJ,ML,Bayes 均需要選擇模型，對PAUP和MrBayes而言，ModelTest 有專門

2、的版本可 自動選擇模型，意味著它會輸出兩者專用的設(shè)置模型的命令，用戶需要的只是將該命令簡單的復(fù)制粘貼。MrBayes和MAC5均可利用gap信息構(gòu)建進(jìn)化樹。ml法無需比對應(yīng)該是錯誤的。至少在 paup中未比對會出錯。計(jì)算基因分化的年代，這個更一般的是知道進(jìn)化樹中某兩個或更多物種的分歧時間，然后可以使用r8s軟件分析進(jìn)化樹中其他序列的分歧時間。在mega中打開樹后也可進(jìn)行極為簡單的年代分析，但必須滿足分子鐘假設(shè)且無法根據(jù)多個分歧時間進(jìn)行校正！>樓主，這是我寫的帖子呀！怎么變成了mediocrebe ing，呵呵！NJ,ML,Bayes 均需要選擇模型，對PAUP和MrBayes而言，Mod

3、elTest 有專門的版本可 自動選擇模型，意味著它會輸出兩者專用的設(shè)置模型的命令，用戶需要的只是將該命令簡單的復(fù)制粘貼。MrBayes和MAC5均可利用gap信息構(gòu)建進(jìn)化樹。ml法無需比對應(yīng)該是錯誤的。至少在 paup中未比對會出錯。計(jì)算基因分化的年代，這個更一般的是知道進(jìn)化樹中某兩個或更多物種的分歧時間，然后可以使用r8s軟件分析進(jìn)化樹中其他序列的分歧時間。在mega中打開樹后也可進(jìn)行極為簡單的年代分析，但必須滿足分子鐘假設(shè)且無法根據(jù)多個分歧時間進(jìn)行校正！1 Mega的功能：數(shù)據(jù)輸入 排序功能 數(shù)據(jù)處理 密碼子分析 序列綜合編輯 序列閱讀 Substitution Pattern Homo

4、geneity Test單因子模式替換分析 遺傳距離 選擇測試 分子鐘 進(jìn)化樹構(gòu)建 距離矩陣 系統(tǒng)樹分析2 Bioedit 的功能：序列處理和編輯功能 用于序列處理和編輯的簡單的圖形界面 使用編輯選項(xiàng)包括殘基的 select and drag 選擇和拖動和 grab and drag 抓取和拖動 變量選擇選項(xiàng)鼠標(biāo)點(diǎn)擊插入和刪除缺口全框選擇全屏編輯中剪切復(fù)制和粘貼編輯窗口的自 動刷新。 固定序列框保護(hù)排列中的固定殘基 自動的和手動的注解序列使用一個模板序列自動注解同 一排列中的其他序列。 序列分組分為各個顏色編碼家族為同步手動排列鎖定組 成員。 根本的多基因樹圖閱讀器支持節(jié)點(diǎn)翻轉(zhuǎn)和打印。 鏈接多

5、基因樹圖到排列并保存到 BioEdit 格式排列文件。 在 ABI 自動序列模型 377 373 3700 中顯示打印和編輯ABI 痕跡文件在版本 2 和 3 中有 SCF 文件就象用 Licor 序列輸出文件。RNA 比較分析功能 RNA 比較分析工具包括共變，可能配對和互交信息分析。 使用鼠標(biāo)指示的動態(tài)數(shù)據(jù)視圖的互交信息輸出 2 D 矩陣圖表，關(guān)于互交信息矩陣行和框的互交式的1 D 圖表。 用 BioEdit 或 GanBank 格式保存序列注解信息。 通過氨基酸翻譯排列蛋白質(zhì)編碼核酸序列在排列中搜索 保存的殘基尋找好的 PCR 目標(biāo)或幫助定義基序。 在核酸或蛋白質(zhì)序列中搜索用戶定義的基序

6、或用通配符 搜索精確的文本并選擇包括或忽略缺口。 使用自動更新的排列蛋白質(zhì)全標(biāo)題和 GenBank 區(qū)域信息進(jìn)行 ClustalW 多序列排列。 基本序列處理在文檔之間復(fù)制粘貼序列翻譯和還原編碼 RNA DNA RNA 反轉(zhuǎn) / 互補(bǔ)，大寫字母 / 小寫字母。 多文檔界面最多同時打開 20 個文檔但是在其他打開的窗口不能設(shè)置限制 六框翻譯核酸序列為 Fasta 格式 ORF 表 用矢量圖進(jìn)行半自動質(zhì)粒矢量繪圖和注解自動酶切位點(diǎn)和位置標(biāo)記自動多接頭視圖 和用戶控制繪圖工具 將質(zhì)粒文件保存為可編輯的矢量圖形文件如位圖復(fù)制到其他圖形程序并可以打印 氨基酸和核苷酸成分摘要和圖表Revert to Sa

7、ved 恢復(fù)保存和 undo 撤銷功能 編輯氨基酸和核酸序列簡單的指定色彩表編輯蛋白質(zhì)和核酸序列使用不同的色彩表排列易感的描影法以信息為根據(jù)其中包括排列位置BioEdit能夠讀寫 Gen Ba nk, Fasta, NBRF/PIR, Phylip 3.2和 Phylip 4 格式能夠讀ClustalW 和 GCG 格式.10個附加格式的導(dǎo)入輸出過濾器使用Don Gilbert 的ReadSeq導(dǎo)入/添加一個文件到最后的另一個文件上（不考慮文件格式） 基本的多文本編輯器限制性內(nèi)切酶圖譜用于任何或所有形式的翻譯復(fù)酶和輸出選項(xiàng)包括酶的提供者和環(huán)狀DNA選項(xiàng)游覽限制性內(nèi)切酶創(chuàng)造商自動連接到你喜歡的網(wǎng)

8、頁游覽器如Netscape 或In ternet Explorer 。Paup的功能：PAUP （簡約法和其他方法的親緣分析）是由簡約法、最大似然法和距離法用于親緣分析的程序，為系統(tǒng)發(fā)育分析提供一個簡單的，帶有菜單界面的，與平臺無關(guān)的，擁有多種功能（包括進(jìn)化樹圖）的程序。管理數(shù)據(jù)（排除元素、刪除分類）定義假設(shè)（增加元素權(quán)重、設(shè)置元素類型、保存當(dāng)前假設(shè)、重新打開假設(shè)）查找樹（定義最佳標(biāo)準(zhǔn)、定義查找策略）、打印樹（顯示樹、描述樹、打印低決議樹、 打印高決議樹）設(shè)置最優(yōu)標(biāo)準(zhǔn)為距離依靠法（設(shè)置最優(yōu)標(biāo)準(zhǔn)、顯示距離、構(gòu)建鄰位相連樹、建立最小平 方樹）、可能性法（設(shè)置最優(yōu)標(biāo)準(zhǔn)、評價簡約性樹、設(shè)置可能性模式參

9、數(shù)、開始查找樹）在批文件中提交命令（四）、DAMBE的功能：單倍型歸納，基因頻率和堿基組成分析，遺傳距離計(jì)算，序列排 序，其中以單倍型歸納最為常用。 DNA and protein seque nee editi ng DNA和蛋白質(zhì)序列的編輯 DNA seque nee con version DNA序列的格式轉(zhuǎn)換 Multiple seque nee alig nment, alig nment edit ing and an alysis多序列比對，序歹U編輯和分析 Phyloge netic tree an alysis系統(tǒng)發(fā)生樹分析 Dot-matrix comparison of

10、DNA or protein seque nces DNA或蛋白質(zhì)的點(diǎn)矩陣比較 DNA seque nee assembly and edit ing DNA序列裝配編輯 Gen erat ing BLAST docume nts for access ing the BLAST E-mail Server產(chǎn)生BLAST文檔，以供聯(lián)系 BLAST的E-mail服務(wù)器 En ha need motif search in seque nee and database在序列和數(shù)據(jù)庫方面增強(qiáng)了主題搜索的功能 Restrict ion an alysis限定分析 Drawi ng seque nee

11、maps with publicatio n-quality以公眾出版物的質(zhì)量畫出序列的分析圖 Restrict ion patter n predicti on模式限定 Electro nic cloning模擬的無性繁殖系化從已定的碎片中重沉默的轉(zhuǎn)變分析有指導(dǎo)的修正錯配堿基is蛋白質(zhì)親水/疏水基團(tuán)的分析 Recon struct ing restrictio n maps from restrictio n fragme nts建DNA的限制性分析圖 Sile nt mutati on an alysis to create/destroy restrict ion sites Direc

12、ted mismatch to create/destroy restrict ion sites密碼子分析及其翻譯 Tran slatio n and codo n usage an alysis Protein hydrophobic/hydrophilic profile an alys Protein characterizati on: seque nee compositi on and predictio n of isoelectric point.蛋白質(zhì)描述：序列合成和等電點(diǎn)預(yù)測 Protein seco ndary structure predicti on蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)

13、預(yù)測 Reverse tran slati on反轉(zhuǎn)錄 Desig n of PCR and seque ncing primers PCR反應(yīng)的引物設(shè)計(jì) Characterizati on of thermody namic properties of DNA or primer seque nces DNA或引物序列的熱力學(xué)特征分析 Misprimi ng an alysis底物分析 Man ageme nt of oligo, DNA and protein databases DNA和蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫管理 Gen eratio n of random seque nces隨機(jī)序列的產(chǎn)生

14、In ternet access with in tegrated Web browser自動連接到你喜歡的因特網(wǎng)瀏覽器 Multi-process ing to uni eash computer power計(jì)算機(jī)擴(kuò)展Fasta 格式：Fasta格式，又叫Person （ Fasta的主要作者）格式，是最簡單的格式，使用最多。A sequence in FASTA format begins with a single-line description, followed by lines of sequence data. The description line is distingui

15、shed from the sequence data by a greater-tha n （">"） symbol in the first colu mn. It is recomme nded that all li nes of text be shorter tha n 80 characters in len gth.Fasta格式先以一單行的描述開始，后接序列的詳細(xì)數(shù)據(jù)。FASTA格式第一行是描述行，第一個字符必須是“ >'字符；隨后的行是序列本身，一般每行序列不要超過80個字符，回車符不會影響程序?qū)π蛄羞B續(xù)性的看法。序列由標(biāo)準(zhǔn)的IUB/

16、IUPAC 氨基酸和核酸代碼代表；小寫字符會全部轉(zhuǎn)換成大寫；單個“”號代表不明長度的空位；在氨基酸序列里允許出現(xiàn)“U和“*號；任何數(shù)字都應(yīng)該被去掉或換成字母（如，不明核酸用“N；不明氨基酸用“X”。）此外，對于核酸序列，除了 A、C、G、T、U分別代表各種核酸之外，R代表G或A（嘌呤）；Y代表T或C（嘧啶）；K代表G或T（帶酮基）；M代表A或C（帶氨基）；S代表G或C（強(qiáng)）； W 代表A或T（弱）；B代表G、T或C ； D代表G、A或T ； H代表A、C或T ； V代表G、 C或A ； N代表A、G、C、T中任意一種。對于氨基酸序列，除了20種常見氨基酸的標(biāo)準(zhǔn)單字符標(biāo)識之外，B代表Asp或As

17、n ； U代表硒代半胱氨酸；Z代表Glu或Gln ； X代表 任意氨基酸；“ * '代表翻譯結(jié)束標(biāo)志。Mega格式：第一行必須以“ #MEGA”作為Mega格式序列的開頭。第二行以“Title開頭，后面跟上題目，題目必須簡潔明了以便于以后的工作。再后面接數(shù)據(jù)文件的屬性描述部分。注釋可以標(biāo)注在任意位置，但必須用方括號“括起來。PHYLIP是多個軟件的壓縮包，下載后雙擊則自動解壓。當(dāng)你解壓后就揮發(fā)現(xiàn) PHYLIP的功 能極其強(qiáng)大，主要包括五個方面的功能軟件：i，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的分析軟件。ii，序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變成距離數(shù)據(jù)后，對距離數(shù)據(jù)分析的軟件。iii，對基因頻率和連續(xù)的元素分析的軟件。

18、iv,把序列的每個堿基/氨基酸獨(dú)立看待（堿基/氨基酸只有0和1的狀態(tài)）時，對 序列進(jìn)行分析的軟件。 V，按照DOLLO簡約性算法對序列進(jìn)行分析的軟件。vi，繪制和修改進(jìn)化樹的軟件。Gen ba nk 格式：簡單地講，Gen ba nk 格式包括三個部分：描述部分；特征部分； 序列本身。其中特征部分是記錄的最重要部分，它概述了被測序DNA生物的背景。需要注意的是，Genbank格式在最后的末尾必須以II結(jié)尾，以示終結(jié)。以上是介紹了一下幾種軟件的功能，和幾種常用序列的格式，希望對大家有用！不錯，贊！好?。『苡杏?，謝謝 你寫得太好了，我收藏!寫得太好了 不頂，對不起這么好的文章 學(xué)習(xí)先現(xiàn)在我想知道，如何用軟件直接得出序列的轉(zhuǎn)換 I顛換