Mothur分析atpD過(guò)程記錄

1、Muthor分析atpD過(guò)程記錄2012-11-22Mothur軟件分析OTU或?qū)⑿蛄袣w為不同的種類(lèi)，可相似性來(lái)分（前半部分，第2到15張ppt），或按是否完全一樣來(lái)分(最后的4張ppt)。1.用Mothur確定OTU 也就是將序列相似性97%的定為一個(gè)OTU。如果按Plos One上提出的三個(gè)基因的相似性為準(zhǔn)，那么就能定出OTU了。如何在dos環(huán)境下運(yùn)行mothur？ (1) 文件準(zhǔn)備：將目標(biāo)序列保存為fasta格式； (2) 將mothur.exe與x.fasta放在同一文件目錄下： (3) 打開(kāi)mothur，注意在英文輸入法下打開(kāi)mothur，否則會(huì)造成程序不響應(yīng)。(4) 調(diào)用dist.

2、seqs指令，產(chǎn)生距離矩陣；輸入完后按entercalc以不同方式處理gap:onegap指把所有把對(duì)偶排列中出現(xiàn)的所有連續(xù)缺失的堿基當(dāng)做一個(gè)gap;nogap按實(shí)際缺失的堿基數(shù)對(duì)待；默認(rèn)為onegap; countends: 用以處理末端gap的罰分，=F,指對(duì)末端gap不罰分；=T指對(duì)末端gap進(jìn)行罰分；cutoff：OTU的分界閾值Output: lt (指low triangle)或square, 指輸出距離矩陣為下三角還是矩形 運(yùn)行之后產(chǎn)生一個(gè)輸出文件： 注意文件格式：xxx.phylip.dist，該文件位于同一個(gè)目錄下，見(jiàn)下頁(yè)。生成的文件：atpD_Aligned-fasta.p

3、hylip.dist 說(shuō)明：與Mega5中形成的距離值類(lèi)似。用記事本打開(kāi)生成的文件：atpD_Aligned-fasta.phylip.dist，如下，為距離值 （5）讀入距離矩陣，用cluster進(jìn)行OTU聚類(lèi)(PS: mothur的早期版本此處要用read.dist先讀入距離矩陣，最新版本將其與cluster指令整合在一起) Method有三種選擇：回車(chē)，屏幕顯示如下結(jié)果：(7) 輸出OTU的分類(lèi)結(jié)果，用bin.seqs指令xxx.phylip.fn.0.01.fasta文件對(duì)應(yīng)于序列相似為99%的OTU (cutoff=0.01);xxx.phylip.fn.0.03.fasta文件對(duì)應(yīng)

4、于序列相似為97%的OTU (cutoff=0.03)這個(gè)上面的輸出中沒(méi)有，是舉個(gè)例子，來(lái)自于原始的文件用記事本打開(kāi)atpD_Aligned-fasta.phylip.fn.unique文件，即可看出將每個(gè)序列歸到不同的種類(lèi)里去，即OTU。從中可看出，12個(gè)序列共有7個(gè)OTU。這與Mega5中聚樹(shù)結(jié)果是一致的。給出獨(dú)特的序列：7個(gè)OTU，99%相似性以上的：5個(gè)OUT，輸出的文件見(jiàn)相應(yīng)的名字。打開(kāi)文件如下，將序列歸類(lèi)，與前面的一致，但是沒(méi)有了序列，只有序列號(hào)名字。如果為unique，則表示某一個(gè)序列與其它的全一樣，或全不一樣。并將其中一個(gè)序列定為代表序列，如atpD_15644。 或如下，有0

5、.01，則將99%以上相似性的序列歸到一起。并將其中一個(gè)序列定為代表序列，如atpD_15644。這張片子在我處理的數(shù)據(jù)中沒(méi)有，因?yàn)闆](méi)有低于97%的序列，因此沒(méi)有出現(xiàn)這種情況。一篇博士論文中提到的Unique.seq也應(yīng)與前面的原理一樣。可以試著做一下。 測(cè)試成功！見(jiàn)下面的片子！使用unique.seqs分析獨(dú)特的序列類(lèi)型 在Mothur中輸入：Unique.seqs(fasta=XXX.fasta)，回車(chē)。即能計(jì)算出來(lái)。如我分析的atpD序列，共12個(gè)序列，產(chǎn)生7個(gè)獨(dú)特的序列。并產(chǎn)生兩個(gè)文件。兩個(gè)文件的內(nèi)容見(jiàn)下頁(yè)。輸入的命令產(chǎn)生的結(jié)果，12條序列，7個(gè)獨(dú)特 的序列產(chǎn)生的兩個(gè)文件，打開(kāi)后見(jiàn)下頁(yè)。新生成的文件 文件格式