第9章文獻信息管理與分析

1、第九章文獻信息的管理與分析中國高等教育學會醫(yī)學教育專業(yè)委員會規(guī)劃教材中國高等教育學會醫(yī)學教育專業(yè)委員會規(guī)劃教材醫(yī)學文獻檢索本章內容本章內容第一節(jié) 文獻信息的管理第二節(jié) 文獻信息的分析第三節(jié) 文獻信息的利用第一節(jié)第一節(jié) 文獻信息的管理文獻信息的管理一、 文獻信息管理概述二、 NoteExpress三、 EndNote 一、文獻信息管理概述一、文獻信息管理概述 “參考文獻管理軟件是學者或作者用于記錄、組織、調閱引用文獻的計算機程序。一旦引用文獻被記錄，就可以重復、多次地生成文獻引用目錄?！逼浠镜墓δ馨? 文獻信息的收集；文獻信息的整理和組織；論文中對文獻引用的插入和參考書目的生成。二、二、No

2、teExpressNoteExpress (一)NoteExpress簡介 NoteExpress（為便于表達，后面將其縮寫為NE）是北京愛琴海軟件公司開發(fā)的一款專業(yè)級別的中文文獻檢索與管理系統。 (二) 安裝 用戶可以從http:/www.RefL/網站上下載NoteExpress的安裝程序，個人用戶請下載標準版，集團用戶請下載相應的集團版。(三)題錄和全文管理1.建立數據庫2.數據導入 NE提供了四種導入題錄的方式：利用菜單欄的在線檢索導入、內嵌瀏覽器檢索導入、過濾器導入（網絡數據庫檢索導入）和手工錄入。3.題錄管理 可以對題錄進行增、刪、改、查重。（舉例）4.附件和筆記的管理

3、 在NE中，可以為文獻題錄添加附件、筆記，可以關聯題錄和文件夾。（舉例）5.數據庫的備份 如果要備份題錄和筆記，在菜單【文件】下，有【備份數據庫】選項。(四)題錄統計與分析 首先選中需要進行統計的文件夾，然后點擊鼠標右鍵，選擇菜單【文件夾信息統計】，或點擊【文件】的下拉菜單中的【文件夾信息統計】。(五)自動編排論文或書籍的參考文獻（舉例）三、三、EndNoteEndNote (一)EndNote簡介 EndNote由Thomson Corporation下屬的Thomson ResearchSoft開發(fā)，專門用于管理參考文獻，是世界上最有名、歷史最久的文獻管理軟件之一。 1.建立數據庫 和NE

4、一樣，用使用時需建立自己的新的數據庫。在EndNote主程序的【File】下拉菜單中點擊【new】，然后選擇保存位置即可。 2.數據導入 戶需要將文獻題錄添加到數據庫中。EndNote提供了四種導入題錄方式：利用菜單欄的在線檢索導入、過濾器導入（網絡數據庫檢索導入）、手工錄入和pdf全文導入（X5以上版本）。 3.題錄管理 題錄的管理包括了增、刪、改、查以及排序和去重等。這些操作既可以通過菜單欄【reference】操作，也可以通過在題錄上用鼠標右鍵操作。 4.附件管理 在題錄上點擊右鍵選擇【File Attachments】為每一條文獻信息添加附件，方便在需要的時候快速打開全文。 5.數據庫

5、的備份 選擇菜單【File】然后選擇【Export】。還可以通過【Compressed library】將題錄導出為壓縮庫。 6.同步功能 EndNote是一個單機版軟件，與它對應的還有EndNote web版。web版需要在 web版并且安裝。 7.統計分析 同NE軟件相同，EndNote也提供了簡單的文獻統計功能，在tool菜單中有一個subject bibliography選項，選擇后就可以根據作者、期刊、年代等字段進行統計分析。 8.使用論文模板 EndNote中內置了近200種英文期刊論文模板，在tool菜單欄有manuscript templates選項，選擇需要的期刊模板就可以開

6、始撰寫論文。 9.過濾器和樣式的導入 樣式的獲取方式有兩種：一種是在網上下載，另一種方式是在edit菜單欄新建樣式。（舉例）( (二二) )編排論文或書籍的參考文獻編排論文或書籍的參考文獻 安裝完EndNote后，在word字處理軟件中就會多出一個EndNote菜單項。Insert Citation表示插入在EndNote中選中的引文；EN go to EndNote表示EndNote和word之間的切換；Edit&Manage citation(s)表示編輯word文件中的參考文獻；Edit Library Reference(s)表示編輯EndNote庫中的引文。Style是一個選擇項，可

7、以選擇EndNote提供的各種英文期刊論文格式，選擇好對應的格式后點擊Update Citations and Bibliography，就會將論文格式化為指定期刊的要求。Convert Citations AND Bibliography 和NE中的去除格式化作用相同，是去除參考文獻帶有的域代碼，使之成為普通文本。切記在轉換之前保留原來帶有域代碼的副本。( (三三) )常見問題常見問題問題1 已有文獻如何批量導入EndNote ？1.手動輸入，既可以打開EndNote新建文獻，逐條輸入信息，也可以把信息直接錄成規(guī)范的txt文件，自制filter導入；2.通過EndNote的在線檢索功能，輸入

8、關鍵詞重新檢索，將檢索結果導入EndNote。問題2 如何改變期刊的輸出格式，使得文獻頁碼只保留起始頁？更改期刊的output styles，在Page numbers選擇show only the first page number。問題3 學位論文庫數據如何導入EndNote？1.西文學位論文數據庫常用的是ProQuest，但是一定要選擇文摘數據庫，選中文獻后點擊Export可以直接把文獻導出到EndNote中。2.中文學位論文庫常用CNKI，需注意通過網址進入；保存EndNote形式文本，選擇EndNote import過濾器；選擇UTF-8文字編碼格式。問題4 圖書信息怎樣錄入EndN

9、ote？:手工錄入；通過查找導入；通過Google Scholar查找導入。問題5 全文怎樣和EndNote關聯？ 1.選中記錄右鍵添加附件；2.通過找全文的功能添加附件（注意不要過量下載）。問題6 腳注文字如何插入，如何編輯？在word中插入腳注，在EndNote中編輯output styles的footnotes部分，可以選擇類似引用格式、參考文獻格式或者自編格式。問題7 期刊的全簡稱怎樣互換？1.如果文獻記錄中已有期刊的簡稱，直接編輯output styles的journal names選擇一種簡寫形式，通常是abbreviation ；2.如果文獻記錄中

10、沒有期刊簡稱，可以通過term list的功能直接導入EndNote自帶的期刊全簡稱。具體操作是：toolsopen term listjournal term listlists，然后選擇import lists ,到安裝目錄下的term list文件夾中選中本學科領域的文件導入。然后更改output style的journal names為abbreviation 1。問題8 用latex寫文章如何使用調用EndNote的文獻庫？使用latex系統寫文章調用EndNote文獻庫時，文獻庫的文件為*.bib文件，先將EndNote的library以Output styles：Bib Tex

11、Export的形式輸出，另存為bib文件。問題9 如何編制個性化的output style？編輯期刊的output style，包括：style介紹，匿名作者寫法；期刊的書寫形式，頁碼形式，引用格式，參考文獻格式，腳注格式，圖表格式。其中引用格式citation、參考文獻格式bibliography和腳注格式footnotes的核心都是templates的編輯。可以到期刊網站上下載期刊的參考文獻投稿要求，對照要求編寫template，可以選擇一個類似的期刊output style格式加以修改。問題10 邊寫作邊引用中出現的格式問題，文中和文后參考文獻的編輯？參考文獻格式更改可以通過修改outp

12、ut style實現，引用過程中citation修改通過edit citation實現，切忌直接刪除，很容易由于刪除不完全導致參考文獻字體、懸掛縮進等通過formatlayout來修改。文獻引用完成要投稿時需去掉域代碼，這個過程不可逆，切記要保存一個留有域代碼的版本，以便日后改投其他刊物時再修改。問題11 與NoteExpress及其他文獻管理軟件之間的數據互相導入？NoteExpress的文獻可以通過EndNote格式的Export /Import實現，如果其他文獻只要是RIS格式都是可以直接互導。問題12 Endnote 與EndNote Web如何共享文件？可以在EndNote 左邊導航

13、欄EndNote web configuration 中構造EndNote web 的賬戶名和密碼，構造好后EndNote 就可以EndNote web互相共享數據。問題13 Endote下載安裝過程出現的問題，比如word中沒有出現EndNote工具條怎么辦？1，選擇菜單視圖工具欄看是否EndNote工具被選中。2.選擇工具模板和加載項看EndNote文件（EndNote Cwyw.dot）是否被正確加載。如果沒有加載，選擇路徑C:Documents and SettingsUSER NAMEApplication DataEndnote加載文件。3.選擇工具選項文件位置啟動看文件是否被安裝

14、在路徑下C:Documents and SettingsUSER NAMEApplication DataMicrosoftWordStartup；如果沒有正確安裝，關閉word，打開EndNote安裝程序，拷貝兩個文件N10CWYW.dot;EN10Cwyw.WordXP.wll至路徑下。第二節(jié)第二節(jié) 文獻信息的分析文獻信息的分析 一、為什么要進行文獻信息分析 二、文獻信息分析的工具 三、RefViz 四、Hiscite一、為什么要進行文獻信息分析一、為什么要進行文獻信息分析 對于用戶來說，除了掌握快速的收集信息和有效管理信息的能力之外，還需要有一定的信息分析能力。 通過文獻信息分析可以幫助

15、用戶： 1.更快找到自己需要的東西； 2.處理大量信息； 3.從不同角度發(fā)現新的信息。二、文獻信息分析的工具二、文獻信息分析的工具 文獻分析有很多方法，如引文分析、聚類分析、引文耦合等。這些方法使用比較復雜，但可喜的是已有成熟的軟件實現了這些方法，用戶直接使用這些軟件就可以進行文獻分析。 比如有RefViz、Hiscite、TDA、Citesapce、OmniViz、Biblioscape等，這些軟件有的是基于內容分析，有的是是基于引文分析。三、三、RefVizRefViz(一)RefViz介紹 RefViz 可以幫助用戶分析、組織和管理大量的文獻。它通過采取與用戶閱讀文獻類似的方式，即通讀所

16、有文獻、找出關鍵信息，然后進行歸類，并以可視化的圖形方式將歸類的結果展示出來，可以幫助用戶發(fā)現研究熱點，找出文獻間的相互關系，快速了解某一領域的整體情況等。因此，該軟件可以幫助用戶確定研究方向，開拓研究思路，尋找新的解決方案和突破口等。(二)RefViz工作原理 RefViz 處理文獻的方式與用戶平時閱讀文獻的過程類似：把一類文獻全部找來，逐一閱讀文章標題以及摘要，然后根據主題內容的不同分成若干類。(三)基本功能1.數據來源 可供RefViz 進行分析的文獻信息有三條來源途徑：一是通過RefViz 直接聯網檢索；二是對文獻管理軟件已經建立的數據庫進行分析；三是通過一些預存的文本文獻信息或通過格

17、式轉換過來的文獻信息。RefViz 分析的結果有兩種展示方式， Galaxy 視圖和Matrix 視圖。2.界面介紹 主頁面有四個窗口：視圖窗口( Galaxy/Matrix )、主題/ 檢索窗口( T opics/ Search )、參考文獻瀏覽窗口( Reference Viewer)和顧問窗口( Advisor)3.軟件操作 選擇 File-new view，在create new view 子窗口選擇 searching database(s) using reference retriever。4. Galaxy 視圖 Galaxy 顯示的是所有文獻分類的結果，表示的是一組文獻，單個

18、的小點表示的是具體某一篇文獻。圖標的大小表示文獻數目的多少，圖標間相對位置表示了每組文獻間的關系。5. Matrix視圖 Matrix 顯示的是group 和major topic 之間的關系，或者顯示major topic 相互間的關系。每行顯示的是每組中三個major topic，每列顯示的是用于區(qū)別每組文獻的major topic。方格中的顏色代表了major topic 與group 的 相關性。紅色表示正相關，藍色表示兩者沒有相關性。6.創(chuàng)建子視圖 通過RefViz 對一批文獻進行分析，可能發(fā)現其中只有一部分與特定目標相關，對這部分文獻再進行分析，有助于深入理解特定主題的相關信息。首

19、先選擇感興趣的文獻，依次點擊File - Create Subset View，RefViz 可以對這部分文獻進行分析?？稍趶棾龅拇翱谥袑π碌囊晥D進行命名。（四）應用案例（四）應用案例利用關鍵詞Notch Signaling Pathway在PubMed 檢索，共檢索到739篇文獻，利用RefViz進行分析。案例2：對案例1檢索結果以matrix視圖的形式顯示：橫坐標代表主題詞，縱坐標代表不同的組?？v橫坐標的交叉點表示了主題詞和該組的關系強弱，關系的強弱用顏色表示，紅色表示關系最強。在瀏覽完Galaxy 視圖后，再分析它的matrix視圖，就能很快了解該組文獻最重要的主題概念。圖中組1和主題詞

20、leukemia、ligand、mutation和inhibit等交叉點為紅色，說明關系最緊密。案例3：檢索Nature 雜志2010年論文，共查到2640篇文獻。分析Galaxy 視圖。四、四、hiscitehiscite（一）Hiscite介紹 Histcitehistory of cite，意味引文歷史，或者叫引文圖譜分析軟件。該軟件系SCI的發(fā)明人加菲爾德開發(fā)，其作用在于通過圖示的方式展示某一領域不同文獻之間的關系，從而為廣大的科研人員、各研究所和大學的科研管理部門和圖書館人員提供一種便捷的工具, 指導他們如何從眾多的科學文獻資料中找出各個學科本身, 以及之間的研究歷史軌跡、發(fā)展規(guī)律和

21、未來趨勢。Hiscite的主要作用是對文獻搜索的結果進行分析和組織，從而了解各個學科發(fā)展的峰谷趨勢，歷史重大事件，以及各大學、研究所及作者的科研文章的產出數量等，并根據結果進一步做出其所需拓撲圖表。 （二）功能特色 1.可根據搜索結果中的關鍵文獻條目的頻率分布，獲知某個作者、單位或期刊在搜索結果中出現的頻次。 2.可根據搜索結果勾畫出眾多文章出版的時間圖，獲知某個學科領域的峰谷時期。 3.可根據搜索采用的單詞在文章題目中出現的頻次， 獲知某個國家或研究單位的文章產出量以及許多其他的趨勢分析。 4.可根據搜索去研究文章之間的引用關系，易于用戶確定引用最多的文章、作者、單位及全球分布規(guī)律，從而得知

22、誰是該領域的引領人物，是什么研究結果影響著這個領域的發(fā)展走向。 5.可根據自動生成的某次搜索結果做出文章之間的引用關系圖表。（三）Hiscite操作和相關概念 1.基本操作 （1）軟件下載與安裝 從Histcite網站下載軟件，安裝之后，點擊Histcite圖標即可開啟軟件。軟件打開后的窗口類似IE的界面。 （2）數據的獲取 Histcite目前用于分析的文獻信息只能來源于Web of Science數據庫。 （3）數據分析 數據導入后，軟件會自動進行分析。初學者可以不去追究各種按鈕的含義。 （4）讀圖 做出圖之后，理解圖譜才是關鍵。一般默認會畫出30篇文獻之間的關聯。2.相關概念GCS是global citation score，即引用次數，也就是用戶在Web of Science網站上看到的引用次數。如果點擊gcs，軟件會按照GCS進行排序。此時的結果與用戶在Web of Science網站按被引頻次排序的結果是一樣的。CR是cited references，即文章引用的參考文獻數量。如果某篇文獻引用了50篇參考文獻，則CR為50。這個數據通常能幫初步判斷一下某篇文獻是一般論文還是綜述。LCS是local citation score的簡寫，即本地引用次數。與gcs相對應，gcs是總被引次數。