測序常用名詞解釋

1、測序常用名詞解釋整理作者:日期:400Mb480Mb490Mb480Mb370MbP730Mb2300Mb350M2002.42006.92007.92008J2008.42009J 2009JI 2009.11高通量測序領(lǐng)域常用名詞解釋大全rabidopsisilialianajsativa)%K(Populus trichocaipa) 葡萄(Vitisvinifera)小 yL(Physcomtrella patens) 番木瓜(Cnnd 口 papa) -a) 周粱(Sojghutn bicolor) 玉來侶 mays) 黃瓜 fa mi ber)jlycine max)穗短柄草(Br

2、achypodiim distachyon)1100Mb355Mb2010,12010.2什么是高通量測序？ 高通量測序技術(shù)（High-throughput seque ncing, HTS ）是對傳統(tǒng)San ger測序（稱為 一代測序技術(shù)）革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條核酸分子進行序列測定，因此在 有些文獻中稱其為下一代測序技術(shù)（next generation sequencing NGS）足見其劃時 代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的分析成為 可能，所以又被稱為深度測序（Deep sequencing。什么是Sanger法測序（一代測序）San ge

3、r法測序利用一種DNA聚合酶來延伸結(jié)合在待定序列模板上的引物。直到摻入一種鏈終止核苷酸為止。每一次序列測定由一套四個單獨的反應(yīng)構(gòu)成，每個反應(yīng)含有所有四種脫氧核苷酸三磷酸（dNTP），并混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三 磷酸（ddNTP）。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基團，使延長的寡聚核苷酸選 擇性地在G A、T或C處終止。終止點由反應(yīng)中相應(yīng)的雙脫氧而定。每一種dNTPs和 ddNTPs的相對濃度可以調(diào)整，使反應(yīng)得到一組長幾百至幾千堿基的鏈終止產(chǎn)物。它們具有共同的起始點，但終止在不同的的核苷酸上，可通過高分辨率變性凝膠電泳分離大小不同的片段，凝膠處理后可用X-光膠片放射自顯影或非同位素

4、標記進行檢測。什么是基因組重測序（Genome Re-sequencing全基因組重測序是對基因組序列已知的個體進行基因組測序，并在個體或群體耳水平上進行差異性分析的方法。隨著基因組測序成本的不斷降低，人類疾病的致病突變研 究由外顯子區(qū)域擴大到全基因組范圍。通過構(gòu)建不同長度的插入片段文 庫和短序列、雙 末端測序相結(jié)合的策略進行高通量測序，實現(xiàn)在全基因組水平上檢測疾病關(guān)聯(lián)的常見、低 頻、甚至是罕見的突變位點，以及結(jié)構(gòu)變異等，具有重大的科研和產(chǎn)業(yè)價值。什么是de novo測序Genomic DNA打碎成固定長度片段測序儀J序列測定第二代測序技術(shù)組裝程序J序列組裝SOAPdenovo軟件A 宮 sm

5、mblgclgmnQrnde novo測序也稱為從頭測序：其不需要任何現(xiàn)有的序列資料就可以對某個物種進行測序，利用生物信息學(xué)分析手段對序列進行拼接，組裝，從而獲得該物種的基因組圖 譜。獲得一個物種的全基因組序列是加快對此物種了解的重要捷徑。隨著新一代測序技術(shù)的飛速發(fā)展，基因組測序所需的成本和時間較傳統(tǒng)技術(shù)都大大降低， 大規(guī)?；蚪M測序漸入佳境，基因組學(xué)研究也迎來新的發(fā)展契機和革命性突破。利用新一 代高通量、高效率測序技術(shù)以及強大的生物信息分析能力，可以高效、低成本地測定并分析所有生物的基因組序列。4 /15測序名詞關(guān)系圖Scaffold八。山Contig 2FragnwntRAad :know

6、n sequence)Roughly known length but not known sequence什么是fragmentsfragments就是打成的片段，而測序測的就是這些fragments，測出來的結(jié)果就 是 reads,又可以分為單端側(cè)和雙端側(cè)，單端測序的話，只是從fragments的一端測序，測 多長read就多長，雙端測序就是從一個fragments的兩端測，就會 得出兩個reads什么是Reads高通量測序平臺產(chǎn)生的序列就稱為reads。（測序讀到的堿基序列片段，測序的最小單位；）什么是Contig拼接軟件基于reads之間的overlap區(qū)，拼接獲得的序列稱為Conti

7、g （重疊群）。（由reads通過對overlap區(qū)域拼接組裝成的沒有g(shù)ap的序列段；）什么是Contig N50Reads拼接后會獲得一些不同長度的Contigs。將所有的Contig長度相加，能獲得一個Contig總長度。然后將所有的Contigs按照從長到短進行排序，如獲得Con tig 1 ， Co ntig 2， Con tig 3Con tig 25。將 Co ntig 按照這個順序依次相加，當相加的長度達到Contig總長度的一半時，最后一個加上的Contig長度即為Contig N50。舉例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Conti

8、g總長度*1/2時，Contig 4的長度即為Contig N5 （。Contig N50可以作為基因組拼接的 結(jié)果好壞的一個判斷標準。什么是Scaffold基因組de novo測序（沒有參考基因組的測序，需要研究人員從頭拼接得到的序列），通 過reads拼接獲得Contigs后，往往還需要構(gòu)建454 Paired-end庫或Mu mi na Matepair庫，以獲得一定大小片段（如3Kb 6Kb 10Kb 20Kb）兩端的序列?；谶@些序列，可以確定一些Con tig之間的順序關(guān)系，這些先后順序已知的Contigs組成Scaffold。（通過pair e nds信息確定出的con tig排

9、列，中間有g(shù)ap）什么是 Scaffold N50Scaffold N50與Co ntig N50的定義類似。Con tigs拼接組裝獲得一些不同長度的 Scaffolds。將所有的Scaffold長度相加，能獲得一個Scaffold總長度。然后將所有的 Scaffolds按照從長到短進行排序，如獲得Scaffold 1, Scaffold 2, Scaffold 3 Scaffold 25。將Scaffold按照這個順序依次相加，當相加的長度達到Scaffold總長度的一半時，最后一個加上的Scaffold長度即為Scaffold N5Q 舉例：Scaffold 1+Scaffold 2+

10、Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold 總長 度*1/2時，Scaffold 5的長度即為Scaffold N5d Scaffold N50可以作為基因組拼接的 結(jié)果好壞的一個判斷標準。什么是測序深度和覆蓋度測序深度：是指測序得到的總堿基數(shù)與待測基因組大小的比值。假設(shè)一個基因大小為2M測序深度為10X,那么獲得的總數(shù)據(jù)量為20M覆蓋度：是指測序獲得的序列占整 個基因組的比例。Gap由于基因組中的高GC重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，測序最終拼接組裝獲得的序列往 往無法覆蓋有所的區(qū)域，這部分沒有獲得的區(qū)域就稱為。例如一個細菌基因組測序，覆蓋度是98%那么

11、還有2%勺序列區(qū)域是沒有通過測序獲得的。什么是RPKM FPKMRPKM,ReadPer Kilobase of ex on model per Millio n mappedreads, is defi ned in thisway Mortazavi etal., 2008:每1百萬個map上的reads中map到外顯子的每1K個堿基上的reads個數(shù)。假如有1 百萬個reads映射到了人的基因組上，那么具體到每個外顯子呢，有多少映射上了呢，而外 顯子的長度不一，那么每1K個堿基上又有多少reads映射 上了呢，這大概就是這個RPKM勺直觀解釋RKPM (exonJ = 10 exon_t

12、ag_count / (total_tag_count * exon_size)RPKM (gene) = W9 gene tagAcount / (totalT tagAcount * canonical_transcrip size)Mortjuiivi 抓(20031 Nature Methods如果對應(yīng)特定基因的話，那么就是每1000000 mapped到該基因上的reads中每kb有多少是map ped到該基因上的exo n的readTotal exon reads:This is the nu mber in the colu mn with header Total exon r

13、eads in the row for the gene. This is the nu mber of reads that have beenmappedto a region in which an exon is annotated for the gene or across thebo un daries of two exons or an intron and an exon for an anno tated tran script ofthe gene. For eukaryotes, exons and their internal relatio nships are

14、defi ned bya nno tati ons of type mRNA. 映射至 U 夕卜顯子上總的reads個數(shù)。這個是映射到某個區(qū)域上的reads個數(shù)，這個區(qū)域或者是已知注釋的基因 或者跨兩個外顯子的邊界或者是某個基因已經(jīng)注釋的轉(zhuǎn)錄本的內(nèi)含子、外顯子。對于真核生 物來說，外顯子和它們自己內(nèi)部的關(guān)系由某類型的mRNAA注釋。 Exonlen gth: This is the nu mber in the colu mn with the header Exon len gth in the row for the gene, divided by 1000. This is calcu

15、lated as the sum of thelengths of all exons annotated for the gene. Each exon is included only once in this sum, eve n if it is prese nt in more anno tated tran scripts for the gene.Partly overlapping exons will count with their full length, eve n though theyshare the same region.夕卜顯子的長度。計 算時，計算所有某個

16、基因已注釋的所有外顯子長度的總和。即使某個基因以多種注釋的轉(zhuǎn)錄本呈現(xiàn)，這個外顯 子在求和時只被包含一次。即使部分重疊的外顯子共享相同的區(qū)域，重疊的外顯子以其總長 來計算。Mapped reads: The sum of all the numbers in the column with headerTotalgene reads. The Total gene reads for a gene is the total number ofreads that after mapp ing have bee n mapped to the regi on of the gene.Thus th

17、is in eludes all the reads uniq uely mappedto the regi on of the gene as well asthose of the reads which match in more places (below the limit set in thedialog in figure 18.110) that have been allocated tothis genes regi on. A gen es regi on is that comprised of the flanking regi on s(if it was spec

18、ified in figure 18.110), the exons, the introns an dacross exon-exon boundaries of all transcripts annotated for the gene. Thus,thesum of the total gene reads nu mbers is the nu mber of mapped reads for thesample (you can find the number in the RNA-Seq report).map的 reads總和。映射到某個基因上的所有reads總數(shù)。因此這包含所有

19、的唯一映射到這個區(qū)域上的 reads舉例：比如對應(yīng)到該基因的read有1000個，總reads個數(shù)有100萬，而該基因的外顯 子總長為 5kb，那么它的 RPKMfe： 10A9*1000(reads 個數(shù))/10a6(總 reads 個數(shù))*5000(外顯子長度)=200或者：1000(reads個數(shù))/1(百萬)*5(K)=200這個值反映基因 的表達水平。FPKM(fragme nts per kilobase of exon per millio n fragme nts mapped). FPKM 與 RPKM計算方法基本一致。不同點就是FPKM計算的是fragments，而RPKM

20、計算的是reads。Fragment比read的含義更廣，因此FPKM包含的意義也更廣，可以是 pair-end 的一個fragment，也可以是一個 read0 什么是 soft-clipped reads當基因組發(fā)生某一段的缺失，或轉(zhuǎn)錄組的剪接，在測序過程中，橫跨缺失位點及剪接位點 的reads回帖到基因組時，一條reads被切成兩段，匹配到不同的 區(qū)域，這樣的reads叫 做soft-clipped reads，這些reads對于鑒定染色體結(jié)構(gòu)變異及外源序列整合具有重要作 用。什么是 multi-hits reads由于大部分測序得到的reads較短，一個reads能夠匹配到基因組多個位

21、置，無法區(qū)分其 真實來源的位置。一些工具根據(jù)統(tǒng)計模型，如將這類reads分配給reads較多的區(qū)域。什么是夕卜顯子測序(whole exon sequencing外顯子組測序是指利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA甫捉并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。外顯子測序相對于基因組重測序成本較低，對研究已 知基因的SNP In del等具有較大的優(yōu)勢，但無法研究基因組結(jié)構(gòu)變異如染色體斷裂重組 等。什么是 mRNAM 序(RNA-seq)轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics )是在基因組學(xué)后新興的一門學(xué)科，即研究特定細 胞在某一功 能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA(包括mRNA和非編碼R

22、NA的類型與拷貝數(shù)。川 umina提供的mRN測序技術(shù)可在整個mRN領(lǐng)域進行各種相關(guān)研究和新的發(fā)現(xiàn)。mRNA序不對引物或探針進行設(shè)計，可自由提供關(guān)于轉(zhuǎn)錄的客觀和權(quán)威信息。研究人員 僅需要一次試驗即可快速生成完整的poly-A尾的RNA完整序列信息，并分析基因表達、cSNP全新的轉(zhuǎn)錄、全新異構(gòu)體、剪接位點、等位基因 特異性表達和罕見轉(zhuǎn)錄等最全面的轉(zhuǎn)錄組信息。簡單的樣品制備和數(shù)據(jù)分析軟件支持在所 有物種中的mRNAM序研究。什么是small RNA測序Small RNA (micro RNAs、siRNAs和pi RNAs )是生命活動重要的調(diào)控因子，在 基因表 達調(diào)控、生物個體發(fā)育、代謝及疾病的

23、發(fā)生等生理過程中起著重要的作用。Illumi na能夠?qū)毎蛘呓M織中的全部Small RNA進行深度測序及定量分析等研究。實 驗時首先將18-30 nt范圍的Small RNA從總RNA中分離出來，兩端分別加上特定接頭 后體外反轉(zhuǎn)錄做成cDNA再做進一步處理后，利用測序儀對DNA片段進行單向末端直接 測序。通過Illumina對Small RNA大規(guī)模測序分析，可以從中獲得物種全基因組水平的 miRNA圖譜，實現(xiàn)包括新miRNA分子的挖掘，其作用靶基因的預(yù)測和鑒定、樣品間差異 表達分析、miRNAs聚類和表達譜分析等科學(xué)應(yīng)用。什么是miRNAM序成熟的microRNA(miRNA是1724n

24、t的單鏈非編碼RNA分子，通過與mRNA目互作 用影響目標mRNA勺穩(wěn)定性及翻譯，最終誘導(dǎo)基因沉默，調(diào)控著基因表達、細胞生長、發(fā) 育等生物學(xué)過程?；诘诙鷾y序技術(shù)的microRNA測序，可以一 次性獲得數(shù)百萬條microRNA序列，能夠快速鑒定出不同組織、不同發(fā)育階段、不同疾病狀態(tài)下已知和未知的microRNA及其表達差異，為研究microRNA對細胞 進程 的作用及其生物學(xué)影響提供了有力工具。什么是Chip-seq染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(Chromatinimmunoprecipitation，ChIP)也稱結(jié)合位點分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點

25、 或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與第二代測序技術(shù)相結(jié)合的ChlP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū) 段。ChlP-Seq的原理是：首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChIP)特異性地富集目的蛋白結(jié)合 的DNA片段，并對其進行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數(shù)百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從 而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。什么是CHIRP-Seq CHIRP-Seq( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一種檢測與 R

26、NA綁定的DNA和蛋白的高通量測序方法。方法是通過設(shè)計生物素或鏈霉親和素探針，把目 標RNA拉下來以后，與其共同作用的DNA染色體片段就會附在到磁珠上，最后把染色 體片段做高通量測序，這樣會得到該RNA能夠結(jié)合到在基因組的哪些區(qū)域，但由于蛋白測序技術(shù)不夠成熟，無法知道與該RNA吉合的蛋白。什么是RIP-seq RNAmmunoprecipitation是研究細胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn) 錄后調(diào)控 網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具，能幫助我們發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點。這種技術(shù)運用針對目標 蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA蛋白復(fù)合物沉淀下來，然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合 物上的RNA行測序分析。

27、 RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對象是 RNA蛋白復(fù)合物而不是DNA蛋白復(fù)合物，RIP實驗的優(yōu)化條件與ChIP實驗不太相同(如 復(fù)合物不需要固定，RIP反應(yīng)體系中的試劑和抗體絕對不能含有RNA酶，抗體需經(jīng)RIP 實驗驗證等等)。RIP技術(shù)下游結(jié)合microarray技術(shù)被稱為RIP-Chip，幫助我們更高通量 地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。什么是CLIP-seqCLIP-seq,又稱為HITS-CLIP,即紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序（crossli nkin g-im mun precipitatio n and high-thro

28、ughput seque ncin g）, 是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA吉合蛋白相互作用的革命性技術(shù)。其主要原 理是基于RNA分子與RNA吉合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián)，以RNA吉合蛋白的特異性 抗體將RNA蛋白質(zhì)復(fù)合體沉淀之后，回收其中的RNAt段，經(jīng)添加接頭、RT-PCF等步 驟，對這些分子進行高通量測序，再經(jīng)生物信息學(xué)的分析和處理、總結(jié)，挖掘出其特定規(guī) 律，從而深入揭示RNA吉合蛋白與RNA分子的調(diào)控作用及其對生命的意義。什么是metagenomic （宏基因組）：Mage nomics研究的對象是整個微生物群落。相對于傳統(tǒng)單個細菌研究來說，它具有眾多 優(yōu)勢，其中很重要的兩點

29、：（1）微生物通常是以群落方式共生于某一小生境中，它們的 很多特性是基于整個群落環(huán)境及個體間的相互影響的，因此做Metagenomics研究比做單 個個體的研究更能發(fā)現(xiàn)其特性；（2）Metagenomics研究無需分離單個細菌，可以研究那些不能被實驗室分離培養(yǎng)的微生物。宏基因組是基因組學(xué)一個新興的科學(xué)研究方向。宏基因組學(xué)（又稱元基因組學(xué)，環(huán)境基因組學(xué)，生態(tài)基因組學(xué)等），是研究直接從環(huán)境樣本中提取的基因組遺傳物質(zhì)的學(xué) 科。傳統(tǒng)的微生物研究依賴于實驗室培養(yǎng)，宏基因組的興起填補了無法在傳統(tǒng)實驗室中培 養(yǎng)的微生物研究的空白。過去幾年中，DNA測序技術(shù)的進步以及測序通量和分析方法的改 進使得人們得以一窺

30、這一未知的基因組科學(xué)領(lǐng)域。什么是SNP、SNV （單核苷酸位點變 異）單核苷酸多態(tài)性singlenucleotide polymorphism，SNP或單核苷酸位點變異SNV個體間基因組DNA序列同一位置單個核苷酸變異（替代、插入或缺失）所引起的多 態(tài)性。不同物種、個體基因組DNA序列同一位置上的單個核苷酸存在差別的現(xiàn)象。有這 種差別的基因座、DNA序列等可作為基因組作圖的標志。人基因組上平均約每1000個核苷酸即可能出現(xiàn)1個單核苷酸多態(tài)性的變化，其中有些單核苷酸 多態(tài)性可能與疾病有關(guān)，但可能大多數(shù)與疾病無關(guān)。單核苷酸多態(tài)性是研究人類家族和動 植物品系遺傳變異的重要依據(jù)。在研究癌癥基因組變異時

31、，somatic相對于正常組織，癌癥中特異的單核苷酸變異是一種體細胞突變（mutation），稱做 SNV什么是INDEL （基因組小片段插入）基因組上小片段（50bp）的插入或缺失，形同SNP/SNV什么是copy number variation （CNV）:基因組拷貝數(shù)變異基因組拷貝數(shù)變異是基因組變異的一種形式，通常使基因組中大片段的DNA形成非正常的拷貝數(shù)量。例如人類正常染色體拷貝數(shù)是2,有些染色體區(qū)域拷貝數(shù)變成1或 3,這樣，該區(qū)域發(fā)生拷貝數(shù)缺失或增加，位于該區(qū)域內(nèi)的基因表達量也會受到影響。如果 把一條染色體分成A-B-C-D四個區(qū)域，則A-B-C-C-D/A-C-B-C-D/A-C

32、-C-B-C-D/A-B-D 分別發(fā)生了 C 區(qū)域的擴增及缺失，擴增的位置可以是連續(xù)擴增如A-B-C-C-D也可以是在其他位置的擴增，如A-C-B-C-D o什么是structure variation （SV）:基因組結(jié)構(gòu)變異染色體結(jié)構(gòu)變異是指在染色體上發(fā)生了大片段的變異。主要包括染色體大片段的插入和缺失（引起CNV勺變化），染色體內(nèi)部的某塊區(qū)域發(fā)生翻轉(zhuǎn)顛換，兩條染色體之間發(fā)生重組（inter-chromosome trans-location）等。一般 SV 的展示利用Circos軟件。什么是 Segment duplication一般稱為SD區(qū)域，串聯(lián)重復(fù)是由序列相近的一些DNA片段串聯(lián)

33、組成。串聯(lián)重復(fù)在人類 基因多樣性的靈長類基因中發(fā)揮重要作用。在人類染色體丫和22號染色體上，有很大的 SD序列。什么是 genotype and phenotype既基因型與表型；一般指某些單核苷酸位點變異與表現(xiàn)形式間的關(guān)系。什么是轉(zhuǎn)錄本重構(gòu)用測序的數(shù)據(jù)組裝成轉(zhuǎn)錄本。有兩種組裝方式：1, de-novo構(gòu)建；2，有參考基因組重構(gòu)。其中de-novo組裝是指在不依賴參考基因組的情況下，將有overlap的reads連接成一個更長的序列，經(jīng)過不斷的延伸，拼成一個個的con tig及scaffoldo常用工具包括velvet，trans-ABYSS，Trinity等。有參考基因組重構(gòu)，是指先將rea

34、d貼回到基因組上，然后在基因組通過reads覆蓋度，junction位點的信 息等得到轉(zhuǎn)錄本，常用工具包括scripture、cufflinks。什么是 genefusion將基因組位置不同的兩個基因中的一部分或全部整合到一起，形成新的基因，稱作融合基 因，或嵌合體基因。該基因有可能翻譯出融合或嵌合體蛋白。什么是表達譜基因表達譜(geneexpression profile):指通過構(gòu)建處于某一特定狀態(tài)下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫，大規(guī)模cDNAW序，收集cDNA序列片段、定性、定量 分析其mRN鮮體組成，從而描繪該特定細胞或組織在特定狀態(tài)下的基因表達種類和豐度 信息，這樣編制成的數(shù)據(jù)表

35、就稱為基因表達譜什么是功能基因組學(xué)功能基因組學(xué)(Functuionalgenomics )又往往被稱為后基因組學(xué)(Postgenomics )，它利用結(jié)構(gòu)基因組所提供的信息和產(chǎn)物，發(fā)展和應(yīng)用新的實驗手段， 通過在基因組或系統(tǒng)水平上全面分析基因的功能，使得生物學(xué)研究從對單一基因或蛋白質(zhì) 得研究轉(zhuǎn)向多個基因或蛋白質(zhì)同時進行系統(tǒng)的研究。這是在基因組靜態(tài)的堿基序列弄清楚 之后轉(zhuǎn)入對基因組動態(tài)的生物學(xué)功能學(xué)研 究。研究內(nèi)容包括基因功能發(fā)現(xiàn)、基因表達分析 及突變檢測。基因的功能包括：生物學(xué)功能，如作為蛋白質(zhì)激酶對特異蛋白質(zhì)進行磷酸化 修飾；細胞學(xué)功能，如參與細胞間和細胞內(nèi)信號傳遞途徑；發(fā)育上功能，如參與形

36、態(tài)建成 等。采用的手段包括經(jīng)典的減法雜交，差示篩選，cDNA代表差異分析以及mRN差異顯 示 等，但這些技術(shù)不能對基因進行全面系統(tǒng)的分析，新的技術(shù)應(yīng)運而生，包括基因表達的 系統(tǒng)分析(serial analysis of gene expression,SAGE) , cDNA 微陣列(cDNAmicroarray ) , DNA 芯片(DNAchip )和序列標志片段顯示(sequenee tagged fragme ntsdisplay 。什么是比較基因組學(xué)比較基因組學(xué)(ComparativeGenomics)是基于基因組圖譜和測序基礎(chǔ)上，對已知的基因 和基因組結(jié)構(gòu)進行比較，來了解基因的功能、表達機理和物種進化的學(xué)科。利用模式生物基因組與人類基因組之間編碼順序上和結(jié)構(gòu)上的同源性，克隆人類疾病基因，揭