細菌16S rDNA序列比對進化樹構(gòu)建

1、細菌16S rDNA序列比對進化樹構(gòu)建生物科學(xué)131班 13213103王馨悅一、實驗?zāi)康膶W(xué)習(xí)并掌握使用MEGA軟件構(gòu)建細菌16S rDNA的進化樹二、實驗原理1、細菌識別與鑒定手段的發(fā)展1）傳統(tǒng)的表型觀察：群體（菌落）、個體2）生理生化分類：如格蘭仕陽性或陰性細菌的鑒定3）分子水平鑒定：如（G+C）mol%、16SrDNA等，具有耗時短，成本低，準確性高的優(yōu)點2、rRNA的特性1）具有重要且恒定的生理功能；2）約占細胞中RNA含量的90%，易于提取3、細菌中包括三種rRNA，分別為5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA1）5S rRNA核苷酸太少，沒有足夠的遺傳信息用于分類研究2

2、）23S rRNA核苷酸數(shù)幾乎是16S rRNA的兩倍，分析較困難3）16S rRNA適于作為序列分析對象的依據(jù)在16S rRNA分子中，既含有高度保守的序列區(qū)域，又有中度保守和高度 變化的序列區(qū)域，因而它適用于進化距離不同的各類生物親緣關(guān)系的研究；16S rRNA分子分子量大小適中，約1540bp，便于序列分析；16S rRNA普遍存在于真核生物和原核生物中（真核生物中其同源分子是18S rRNA）。因此它可以作為測量各類生物進化的工具。三、實驗步驟1、NCBI序列下載根據(jù)實驗中老師提供的Genbank登錄號（EF012357，AF506513，AB017203）在 NCBI 上（ HYPE

3、RLINK /blast/Blast.cgi /blast/Blast.cgi）下載菌株的序列2、Eztaxon序列比對將前一步所得的菌株序列在Eztaxon網(wǎng)站進行序列比對，并下載親緣關(guān)系 較近的模式菌株序歹列如圖（ HYPERLINK /eztaxon /eztaxon）隊皿皿EzWonHm m -=3 t-bXi h*atahyT Mr-xniBL-: CrwipCmt十QJMEz Genome-TmcinOwrvisIdejuJfyRjKuteArwir-WtRje-Dhcc AcL-euhnEz臥I熙兇E2Fi*igSwwa f mrrl頗 p Cem-TfllEdustiqCeMr

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10、ls&KDEdobsd: al. 2D13LAMJuLlODOO96.42湖削b.將所選序列（Fasta格式文件）下載保存Mh: AJignmenIrbEp|oreAmrysn-Djms)3、MEGA構(gòu)建進化樹Wm 6dll Setch AlflMWTl Wrt) Seoueixs* Ospiay HHpIIIT頗前m FTHJN1 知HtflEfl,EfrcdMWKT/|皿皿 Rat1. DfJt-sL_LawlkjkieinJB-M_15S_iLi&jsu:cLal_se-jjhwe_E=DL2S$7,1S. 0tn：#Li_4LMglL*n_E.L5 III角 fert-sli.ciil

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