畢業(yè)論文-長非編碼RNA的作用

1、- -殖細胞系衍生物的潛能。在哺乳動物胚胎發(fā)育的過程中，多數(shù)性僅限于胚胎細胞，到囊胚期時只有少數(shù)細胞組成的短暫存在的內(nèi)細胞團具有多能性，在原長胚形成及隨后的胚胎發(fā)育中逐漸失去多能性并獲得特異性。1.2 長非編碼區(qū)RNAZRANB2-AS2結(jié)構(gòu)與功能的預(yù)測過程簡介本文研究的是長非編碼RNA ZRANB2-AS2結(jié)構(gòu)與功能的預(yù)測。首先在NONCODE數(shù)據(jù)庫中找到lncRNA ZRANB2-AS2轉(zhuǎn)錄本的表達譜共16個，由于到后續(xù)三級結(jié)構(gòu)分析的長度限制（小于500nt),故在16個轉(zhuǎn)錄本中選擇了滿足其條件的NONHSAT003891轉(zhuǎn)錄本，然后在RNAfold中進行二級分析，然后在Composer數(shù)

2、據(jù)庫中預(yù)測出三級結(jié)構(gòu)并對其進行分析，然后再通過starBase找到與之相互作用的蛋白，然后通過RCSB獲得相互作用蛋白的三維結(jié)構(gòu)圖。再通過NPDock結(jié)合protein-RNA的CLIP-Seq數(shù)據(jù)結(jié)果通過分子對接預(yù)測ZRANB2-AS2與相關(guān)蛋白可能的相互作用模式。最后，整合數(shù)據(jù)庫資源分析ZRANB2-AS2的潛在功能分析。1.3 本課題研究的意義首先，最近的轉(zhuǎn)錄組研究透露大約人類3/4基因有轉(zhuǎn)錄能力的，但蛋白質(zhì)編碼區(qū)僅僅占基因的2%，所以絕大多數(shù)的轉(zhuǎn)錄序列都沒有編碼成蛋白質(zhì)，這些RNA就叫做非編碼區(qū)RNA,其中長度大于200nt的就是長非編碼RNA。積累的證據(jù)表明lncRNA在多方面生物進

3、程中充當(dāng)著關(guān)鍵的角色。如印跡控制，電路系統(tǒng)控制的潛能性和變異，免疫應(yīng)答和染色體動力學(xué)。LncRNA與編碼區(qū)RNA對于細胞的結(jié)合同等重要。其次，高通量測序方法的發(fā)展已經(jīng)減少了RNA測序的開銷，因此新定義的lncRNA帶來了爆炸式的增長，也給對lncRNA的研究提供了很多基礎(chǔ)。第三，癌癥已成為目前威脅人類健康和生命的重要疾病之一，研究癌癥的分子機制，探索新型腫瘤標(biāo)志物是目前本領(lǐng)域的研究熱點之一。并且近年來大量的研究已經(jīng)證實，ncRNA具有重要的生物學(xué)功能。所以對長非編碼區(qū)RNA結(jié)構(gòu)和功能的計算研究是很有必要的。2 材料與方法2.1 材料2.1.1 數(shù)據(jù)來源ZRANB2-AS2，相互作用的蛋白，數(shù)據(jù)

4、庫中的蛋白2.1.2 相關(guān)分析工具及平臺1）NONCODE。NONCODE是一個致力于非編碼區(qū)的RNA的綜合信息數(shù)據(jù)庫（不包括tRNA和rRNAs）現(xiàn)在在NONCODE中有16個物種（人，鼠，奶牛，雞類，果蠅，斑馬魚，線蟲等)網(wǎng)站： HYPERLINK 2）RNAfold web server:預(yù)測單鏈RNA和DNA序列的二級結(jié)構(gòu)，目前限流是7500nt分區(qū)函數(shù)的計算和10000堿基最小自由能的唯一預(yù)測網(wǎng)站。網(wǎng)址: http:/rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi 3）RNAComposer:對三維RNA結(jié)構(gòu)的了解是生物分子研

5、究的各個領(lǐng)域關(guān)鍵作為對實驗研究的補充,在世界各地的幾個實驗室發(fā)展了新的計算方法,以預(yù)測和模擬第三代RNA結(jié)構(gòu)。該平臺提供了一個新的用戶友好的rnacomposer接近全自動大型RNA三維結(jié)構(gòu)預(yù)測。方法是基于機器翻譯的原理和操作上的RNA frabase數(shù)據(jù)庫作為有關(guān)RNA二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)元素的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址： HYPERLINK http:/rnacomposer.cs.put.poznan.pl http:/rnacomposer.cs.put.poznan.pl4）starBase：是預(yù)測長非編碼區(qū)RNA，miRNA,ceRNA的相互作用網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫，MicroRNA、競爭性內(nèi)源RNA (

6、 cernas )、RNA結(jié)合蛋白(限制性商業(yè)慣例)和mrna的大規(guī)模剪輯(支安打、par、iclip、碰撞)數(shù)據(jù)和腫瘤樣本的相互作用網(wǎng)絡(luò)( 14種癌癥類型, 6000個樣本)；StarBase同時還發(fā)展用于解釋蛋白質(zhì)- RNA和mirna-靶相互作用,如蛋白質(zhì)lncrna、蛋白質(zhì)sncrna、蛋白質(zhì)mrna、蛋白質(zhì)假基因、微小RNA、微小RNA、微小RNA、微小RNA、微小RNA相互作用和采爾納網(wǎng)絡(luò),從108個片段數(shù)據(jù)集；并且StarBase提供了mirfunction和cernafunction的web工具來預(yù)測微小RNA (采爾納)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中ncrnas ( MicroRNA、lncrn

7、as、pseduogenes)和蛋白質(zhì)編碼基因的功能。5）RCSB PDB:這個資源來源于蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)銀行儲存關(guān)于蛋白質(zhì)，核酸，等復(fù)雜元件的三維結(jié)構(gòu)，從而幫助學(xué)生和研究人員從健康和疾病的蛋白質(zhì)合成上了解生物醫(yī)學(xué)和農(nóng)學(xué)的方方面面。RCSB PDB的數(shù)據(jù)建立在創(chuàng)建工具和資源研究以及在分子生物學(xué)，結(jié)構(gòu)生物學(xué)，計算生物學(xué)的基礎(chǔ)上，甚至超越。目前該網(wǎng)站支持3D結(jié)構(gòu)的可視化，選擇4中模式任一種方式(NGL,PV,Jmol,protein,Workshop)這四種模式提供不同的方式和分析方法來展示3D結(jié)構(gòu)。網(wǎng)址： HYPERLINK / /6）Cytoscape軟件：cytoscape是一個開源的軟件平臺，用

8、于圖形化顯示蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)并進行分析和編輯。它支持多種網(wǎng)絡(luò)描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文檔或Microsoft Excel文件作為輸入，或者利用軟件本身的編輯器模板直接構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，它還能為網(wǎng)絡(luò)添加豐富的注釋信息，并且可以利用自身以及第三方開發(fā)的大量的功能插件，針對網(wǎng)絡(luò)問題進行深入分析，它是根據(jù)基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)構(gòu)建可視化的網(wǎng)絡(luò)，因子，分子，蛋白質(zhì)用點表示，而兩點間的相互作用則用邊來表示。本實驗是通過與長非編碼區(qū)RNA ZRANB2-AS2相互作用的蛋白作為RNA來找出與之相互作用的蛋白，進而構(gòu)建相互作用的蛋白與長非編碼區(qū)RNAZRANB2-AS2相互作用的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖。2.2 方法2.2

9、.1 長非編碼RNA ZRANB2-AS2的選取（1）進入NONCODE網(wǎng)站主界面，在搜索框中檢索ZRANB2-AS2（2）點擊“search”，進行搜索，將得到16個轉(zhuǎn)錄本從中選擇了長度小于500nt轉(zhuǎn)錄本進行后續(xù)具體分析，選擇的是NONHSAT0038912.2.2 長非編碼區(qū)RNA ZRANB2-AS2二級結(jié)構(gòu)的分析（1）進入RNAfoldWebServer網(wǎng)站，在“paste or type your sequence here”下面直接粘貼要分析的NONHSAT003891序列，其他選項保持不變，由于有些電腦受到網(wǎng)速的限制分析時間過長，可以輸入自己的郵箱地址，分析完后網(wǎng)站會發(fā)郵件，點

10、擊proceed建進行二級結(jié)構(gòu)的分析。（2）得到結(jié)構(gòu)分析后，在二級結(jié)構(gòu)下方中Vienna Format單擊右鍵從鏈接另存文件到記事本，保存二級結(jié)構(gòu)用來分析三級結(jié)構(gòu)。2.2.3 長非編碼區(qū)RNA ZRANB2-AS2三級結(jié)構(gòu)的分析進入RNAcomposer網(wǎng)站（Popenda, M., Szachniuk, M., Antczak, M., Purzycka, K.J., Lukasiak, P., Bartol, N., Blazewicz, J., Adamiak, R.W. Automated 3D structure composition for large RNAs,Nucleic

11、Acids Research,2012, 40(14):e112 (doi: HYPERLINK /content/40/14/e112 10.1093/nar/gks339).在you are in interactive mode中Load example的三個例子中任選一個將2.1.2中獲得的二級結(jié)構(gòu)替換例子中的二級結(jié)構(gòu)，其余不變。（2）選擇右下角的“Email results to”選項，填入用來接收三級結(jié)構(gòu)的郵箱，單擊compose。（3）程序開始運行，運行的結(jié)果將會發(fā)至郵箱，然后將郵箱的三級結(jié)構(gòu)保存到自己論文文件夾即可。2.2.4 RNA ZRANB2-AS2相互作用蛋白的獲取（1

12、）進入starbase數(shù)據(jù)庫，選擇Protein-LncRNA interaction 界面（2）然后在“clade”、”genome”、“assembly”選擇填入”Mammal”human”,”hg19”,接著在lncRNA Gene symbol “填入“ZRANB2-AS2”,單擊search，得到與之相互作用的蛋白。（3）進入RCSB PDB 網(wǎng)站在GO中輸入要查找的蛋白質(zhì)，然后運行程序，得到相關(guān)蛋白的三維結(jié)構(gòu)，并保存在選擇好的文件夾中的。（4）安裝查看蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的軟件，安裝順序是python-2.7.8 - numpy-1.9.0-win32-superpack-python2

13、.7-biopython-1.62.win32-py2.7-pymol-.win32-py2.7.exe，pymol用于查看三維結(jié)構(gòu)。2.2.5 ZRANB2-AS2與相關(guān)蛋白分子對接的預(yù)測（1）在NPDock中點擊“submit your job”進入與RNA相互作用的蛋白界面，在NPDock界面，在submit中輸入相關(guān)的信息，“job title ”，“E-mail address”中輸入項目的標(biāo)題和接受結(jié)果的郵箱地址（可以用自己的郵箱）（2）選擇“docking”欄，在下拉欄中選擇我們所需要的“RNA-protein”接著在“protein”中選擇我們保存的蛋白的pdb格式，在“RNA

14、”中選擇保存的RNA三級結(jié)構(gòu)pdb格式，然后其余默認。（3）然后點擊submit提交，即可讓程序運行，提交結(jié)果后以郵件的形式發(fā)到你之前保存的郵箱。2.2.6 預(yù)測GNG12-AS1可能存在的潛在功能，并利用Cytoscape軟件建立相互作用的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖（1）進入starBase數(shù)據(jù)庫（HYPERLINK / /）中的miRNA-mRNA中選擇miRNA-target intersections進入界面；（2）進入miRNA-target intersections界面后，在“Gene Symbol”中輸入與GNG12-AS1相互作用的蛋白，以此蛋白作為RNA的名稱，然后單擊“search”尋找

15、與之相互作用的蛋白；（3）利用Cytoscape軟件建立蛋白-RNA-GNG12-AS1相互作用的功能網(wǎng)絡(luò)圖。3結(jié)果3.1 ZRANB2-AS2轉(zhuǎn)錄本表達譜的分析長非編碼區(qū)RNA ZRANB2-AS2轉(zhuǎn)錄本具有16個，由于后續(xù)三級結(jié)構(gòu)的分析受到了長度的限制（小于500nt），所以從16個轉(zhuǎn)錄本中選擇了NONHSAT003891.2來進行分析。圖3.1 選取的NONHSAT003891.2轉(zhuǎn)錄本圖3.2 NONHSAT003891.2轉(zhuǎn)錄本從該轉(zhuǎn)錄本的表達譜中我們可以看出是通過FPKM值來反映該RNA表達的程度。FPKM值反映的是每1百萬個map上的reads中map到外顯子的每1K個堿基上的r

16、eads個數(shù)。假如有1百萬個reads映射到了人的基因組上，那么具體到每個外顯子呢，有多少映射上了呢，而外顯子的長度不一，那么每1K個堿基上又有多少reads映射上了呢，這就是對FPKM值的直觀解釋。該表達譜在脂肪，腎上腺，大腦，大腸，包皮，心臟，HLF-1,HLF-2,腎臟，肝臟，淋巴結(jié)，胎盤，中均未表達，而在大腦，胸腺，肺，前列腺，睪丸，甲狀軟骨，白細胞中均有表達（即外顯子的映射）其中在胸腺中FPKM值最大。3.2 ZRANB2-AS2轉(zhuǎn)錄本的分析cagagtttcgctctttttgaccaagctggagtgcaatggcgtgatctcggctcgctgcaatctctgccttcc

17、aggttcaagtgattctcctgcctcagccttctgagtagttgggattacagGTGGCTTTTCTACAATATAAAGATGGAAATGGGAAGAAGATGTTCATTGCAAATTAAGGAAGCTCTTCCACGAGTTCACGAATGGAAATAACATCAAGAGTTTTTCATCTTCTTAGTGTGCAAGGTA3.3 ZRANB2-AS2的NONHSAT003891.2的二級結(jié)構(gòu)的分析從上個步驟中獲得的二級結(jié)構(gòu)，然后用RNA FOld Webserver網(wǎng)站獲取二級結(jié)構(gòu)，然后對其分析。3.3.1 最小自由能的預(yù)測結(jié)果最佳的二級結(jié)構(gòu)dot-bracket

18、符號自由能最小為58.60千卡/摩爾，如圖所示。其中顏色表示堿基互補配對的概率，如圖所示。1 CAGAGUUUCGCUCUUUUUGACCAAGCUGGAGUGCAAUGGCGUGAUCUCGGCUCGCUGCAAUCUCUGCCUUCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUUCUGAGUAGUUGGGAUUACAGGUGGCUUUUCUACAAUAUAAAGAUGGAAAUGGGAAGAA160 GAUGUUCAUUGCAAAUUAAGGAAGCUCUUCCACGAGUUCACGAAUGGAAAUAACAUCAAGAGUUUUUCAUCUUCUUAGUGUGCAAGGUA

19、1 .(.)(.(.(.().).).).(.(.().).).(.(.(.(160 (.(.(.().).).).).).無任何顏色的版本如圖所示1 CAGAGUUUCGCUCUUUUUGACCAAGCUGGAGUGCAAUGGCGUGAUCUCGGCUCGCUGCAAUCUCUGCCUUCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUUCUGAGUAGUUGGGAUUACAGGUGGCUUUUCUACAAUAUAAAGAUGGAAAUGGGAAGAA160 GAUGUUCAUUGCAAAUUAAGGAAGCUCUUCCACGAGUUCACGAAUGGAAAUAACAUCAAG

20、AGUUUUUCAUCUUCUUAGUGUGCAAGGUA1 .(.)(.(.(.().).).).(.(.().).).(.(.(.(160 (.(.(.().).).).).).我們將維也納格式保存下來，以備之后的三級結(jié)構(gòu)使用。3.3.2 總熱力學(xué)的預(yù)測結(jié)果總熱力學(xué)自由能63.78千卡/摩爾，MFE結(jié)構(gòu)的頻率是0.02%，總差異是56.59，下面給出的是最小自由能51.60千卡每摩爾的中心二級結(jié)構(gòu)的中心結(jié)構(gòu)。其中顏色表示堿基互補的概率，如圖所示。 1CAGAGUUUCGCUCUUUUUGACCAAGCUGGAGUGCAAUGGCGUGAUCUCGGCUCGCUGCAAUCUCUGCCUUC

21、CAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUUCUGAGUAGUUGGGAUUACAGGUGGCUUUUCUACAAUAUAAAGAUGGAAAUGGGAAGAA160 GAUGUUCAUUGCAAAUUAAGGAAGCUCUUCCACGAGUUCACGAAUGGAAAUAACAUCAAGAGUUUUUCAUCUUCUUAGUGUGCAAGGUA1 .(.)(.(.(.().).).)(.(.().)(.(.(.(160 (.().).).).).無任何顏色的版本如圖所示：1 CAGAGUUUCGCUCUUUUUGACCAAGCUGGAGUGCAAUGGCGUGAUCUCGGC

22、UCGCUGCAAUCUCUGCCUUCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUUCUGAGUAGUUGGGAUUACAGGUGGCUUUUCUACAAUAUAAAGAUGGAAAUGGGAAGAA160 GAUGUUCAUUGCAAAUUAAGGAAGCUCUUCCACGAGUUCACGAAUGGAAAUAACAUCAAGAGUUUUUCAUCUUCUUAGUGUGCAAGGUA1 .(.)(.(.(.().).).)(.(.().)(.(.(.(160 (.().).).).).3.3.3 圖像輸出 圖3.3a MFE二級結(jié)構(gòu) 圖3.3b 質(zhì)心結(jié)構(gòu)MFE結(jié)構(gòu)表示的是最小

23、自由能的結(jié)果，質(zhì)心結(jié)構(gòu)是用來比較預(yù)測的RNA莖區(qū)的集合，還可以預(yù)測假結(jié)的位置，圖中顏色越偏像紅色的表明堿基處于配對的概率越大。這里用峰狀圖來代表MFE結(jié)構(gòu)圖，RNA熱力學(xué)結(jié)構(gòu)圖，和圖心圖。關(guān)于堿基配對的概率。下面的結(jié)構(gòu)為堿基配對的概率，未配對地區(qū)的顏色表示未配對的概率。圖3.4 堿基配對的概率3.3 ZRANB2-AS2三級結(jié)構(gòu)的分析通過RNA Composer 網(wǎng)站來對三級結(jié)構(gòu)進行檢索，但是三級結(jié)構(gòu)圖的查看必須在安裝了pymol軟件的情況下才能看到，結(jié)果如圖3.5所示，圖3.5 ZRANB2-AS2三級結(jié)構(gòu)圖3.4 與ZRANB2-AS2相互作用蛋白的分子獲取及分子對接的預(yù)測3.4.1 與Z

24、RANB2-AS2相互作用的蛋白本文采用的是starBase平臺對ZRANB2-AS2蛋白的預(yù)測，預(yù)測結(jié)果如圖3.6.圖3.6 與ZRANB2-AS2相互作用的蛋白然后通過網(wǎng)站RCSB PDB,對這四種相互作用的蛋白的三級結(jié)構(gòu)進行搜索，由于每種蛋白結(jié)構(gòu)在許多文章中都有采用，所以我們選擇其中一種蛋白進行分子對接。1）IGF2BP3蛋白本（選擇的其中一種蛋白本) 2）FUS蛋白本 圖3.7 IGF2BP3蛋白本（選擇的其中一種蛋白本) 圖3.8 FUS蛋白本3）U2AF65蛋白本 4） TIAL1 蛋白本 圖3.9 U2AF65蛋白本 圖3.10 TIAL1 蛋白本3.4.2結(jié)合protein-R

25、NA的CLIP-Seq數(shù)據(jù)結(jié)果通過分子對接預(yù)測ZRANB2-AS2與相關(guān)蛋白可能的相互作用模式，分別是以下四種相互作用的模式圖,其中，ZRANB2-AS2 RNA三級結(jié)構(gòu)與這四種蛋白對接相互作用，其對接的編號對應(yīng)分別是：1）IGF2BP3對應(yīng)2e44 2）FUS對應(yīng)21a6 圖3.11 IGF2BP3對應(yīng)2e44 圖3.12 FUS對應(yīng)21a63）U2AF65對應(yīng)5EV1 4）TIAL1對應(yīng)1x4g 圖3.13 U2AF65對應(yīng)5EV1 圖3.14 TIAL1對應(yīng)1x4g5）IGF2BP3與ZRANB2-AS2相互作用的MC評分 6)FUS蛋白本與ZRANB2-AS2相互作用的MC評分圖3.1

26、5 IGF2BP3與ZRANB2-AS2相互作用的MC評分 圖3.16 FUS蛋白本與ZRANB2-AS2相互作用的MC評分7）U2AF65與ZRANB2-AS2相互作用的MC評分 8）TIAL1與ZRANB2-AS2相互作用的MC評分圖3.17 U2AF65與ZRANB2-AS2相互作用的MC評分 圖3.18 TIAL1與ZRANB2-AS2相互作用的MC評分3.5 ZRANB2-AS2功能網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建對ZRANB2-AS2相互作用的蛋白作為其調(diào)控的上游RNA，與之相互作用的MiRNA，在StarBase中，選用miRNA-mRNA中miRNA-Target來匹配到與之相互作用的miRNA，構(gòu)

27、建一個miRNA-蛋白ZRANB2-AS2的相互關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖，在StarBase中我們篩選出分別與IGF2BP3、FUS、U2AF65、TIAL1相互作用的miRNA,結(jié)果如下圖3.19所示。與IGF2BP3相互作用的miRNA情況如下所示：圖3.19 IGF2BP3相互作用的miRNA與FUS相互作用的miRNA情況如下所示：圖3.20FUS相互作用的miRNA與U2AF65相互作用的miRNA情況如下所示：圖3.21 U2AF65相互作用的miRNA與U2AF65相互作用的miRNA情況如下所示：圖3.22U2AF65相互作用的miRNA以上是四種mRNA與相應(yīng)的miRNA相互作用的情況，據(jù)

28、此我們可以構(gòu)建相互的功能網(wǎng)絡(luò)圖，由前面我們已經(jīng)得到長非編碼RNA ZRANB2-AS2與之相互作用的蛋白IGF2BP3、FUS、 U2AF65、TIAL1 具有相互作用關(guān)系，在StarBase平臺上我們也得到了以各種蛋白作為RNA并與之相互作用的miRNA，由此我們可以構(gòu)建miRNA-蛋白- ZRANB2-AS2相互作用的功能網(wǎng)絡(luò)圖，來清晰展示其相互作用關(guān)系，有利于我們從各節(jié)點，各條關(guān)系中任意找出相互作用連線，對于我們以后的各種miRNA參與怎樣的調(diào)控途徑有較清晰的了解，同時對于同一種miRNA可能參與不同的調(diào)控途徑也提供了很好的借鑒，功能網(wǎng)絡(luò)圖如下所示：圖3.23 ZRANB-AS2的功能網(wǎng)

29、絡(luò)圖在Cytoscape 軟件中通過將上述相互作用關(guān)系的miRNA、mRNA與ZRANB2-AS2文本導(dǎo)入后，對于任何一種相互作用關(guān)系的節(jié)點我們都可以清晰找出，對于ZRANB2-AS2相互作用的miRNA我們也通過軟件得出，于是我們發(fā)現(xiàn)與ZRANB2-AS2相互作用的miRNA同樣的會與編碼與ZRANB2-AS2相互蛋白的mRNA相互作用，至于對于這些蛋白的表達量是促進還是抑制，需要我們進一步去探索與進一步挖掘。4 討論與總結(jié)本實驗是在閱讀大量文獻資料的基礎(chǔ)上，所進行的對于當(dāng)前生物學(xué)領(lǐng)域新興起的對于長非編碼RNA的一項探索實驗；本研究在眾多分析軟件的幫助下，通過查找文獻資料針對人類長非編碼RN

30、A ZRANB2-AS2進行研究的一項具有深刻指導(dǎo)作用的研究。通過軟件分析我們得到了ZRANB2-AS2具有多個轉(zhuǎn)錄譜，本實驗選擇了轉(zhuǎn)錄本NONHSAT003891進行研究，為了后續(xù)三級結(jié)構(gòu)及相互作用，本研究選擇了500nt的序列進行進一步的分析，在RNAfold Webserver對序列進行二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測，從而得到其二級結(jié)構(gòu)；得到其二級結(jié)構(gòu)后，我們又利用RNAComposer軟件通過二級結(jié)構(gòu)預(yù)測到了其三級結(jié)構(gòu)；其三級結(jié)構(gòu)由于鏈?zhǔn)菃捂?，所以在有些堿基之間的相互作用力下，形成了一定的空間結(jié)構(gòu)。然后，本研究旨在研究長非編碼RNA與蛋白是怎么一種作用方式，于是本研究通過StarBase軟件預(yù)測了與Z

31、RANB2-AS2相互作用的蛋白，并對進一步分析與蛋白的分子對接打下了基礎(chǔ)，在RCSB PDB得到與各個蛋白相互作用的蛋白的后，對得到的蛋白與ZRANB2-AS2相互作用的蛋白分析得出，這些蛋白哪些鏈在其中發(fā)揮作用，并通過PyMol軟件將這些蛋白相互作用相關(guān)的鏈分離出，這也大大降低了我們對于分子對接結(jié)果的得到。將這些分離出的肽鏈與GNG12-AS1的三維結(jié)構(gòu)提交到NPDock中得到分子對接的結(jié)果，并且也得到了MC評分，通過用MC細化na，仿真步驟的數(shù)量定義了模擬的長度。長時間的模擬允許分子移出局部極小值，并允許更廣泛的采樣的構(gòu)象景觀。從而可以讓我們在MC評分中找到最佳模型的位置，幫助我們分析蛋白和RNA相互作用的哪些位置可能是最佳的位置，便于我們進一步分析出哪些基團在其中發(fā)揮著作用，為我們提供了很好的參照。在獲得最佳作用模式與蛋白和RNA的MC評分。對于各種相互作用的蛋白和RNA我們已經(jīng)有了較深的理解。為了進一步分析出這些