常用基因檢測方法原理與局限

1、常用基因檢測方法原理與局限單擊此處添加副標(biāo)題陳白雪Oct. 31, 2018染色體?。喝旧w畸變引起單基因遺傳病常染色體顯性遺傳：攜帶雜合致病突變即可發(fā)病。常染色體隱性遺傳：攜帶純合致病突變或復(fù)合雜合突變才能發(fā)病。伴X連鎖遺傳伴Y連鎖遺傳多基因遺傳?。憾嗷?、環(huán)境因素聯(lián)合作用導(dǎo)致疾病發(fā)生 線粒體遺傳病：呈母系遺傳 （復(fù)習(xí)：母系遺傳=患病女性所有子女都患病？）沒有哪一種檢測方法能夠搞定所有的事情，如果有，那就是忽悠沒有一種藥包治百病，如果有，那就是毒藥復(fù)習(xí)遺傳病的基因檢測，本質(zhì)上就是以參考基因?yàn)榛鶞?zhǔn)，對樣本基因進(jìn)行校對字句堿基段落外顯子章節(jié)染色體片段書冊染色體經(jīng)典的直接測序方法，基因突變檢測的“

2、金標(biāo)準(zhǔn)”檢測范圍：細(xì)胞核基因線粒體基因檢測精度：20個以內(nèi)堿基的替換、缺失、重復(fù)局限性僅適用于目標(biāo)基因明確的單基因遺傳病檢測一代測序/Sanger測序Sanger測序應(yīng)用舉例探針與待檢測基因序列進(jìn)行特異性雜交，通過探針的連接、PCR擴(kuò)增，收集數(shù)據(jù)并進(jìn)行分析可應(yīng)用于缺失、重復(fù)突變檢測，主要針對基因外顯子。亦可用于分析特定的點(diǎn)突變（通常是熱點(diǎn)突變），前提是試劑盒里已經(jīng)有針對該突變設(shè)計(jì)的探針多重連接酶依賴性探針擴(kuò)增技術(shù)（MLPA）技術(shù)原理MLPA探針結(jié)構(gòu)擴(kuò)增產(chǎn)物毛細(xì)管電泳結(jié)果片段分析（Fragment Analysis，F(xiàn)A）借助毛細(xì)管電泳，檢測待測物（通常為PCR擴(kuò)增產(chǎn)物）中是否有特定長度（范圍）

3、DNA片段出現(xiàn)無法檢測出序列內(nèi)部的堿基改變例如“SRY基因片段分析”項(xiàng)目：提取樣本總DNA后，用SRY基因特異引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，并將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行毛細(xì)管電泳，觀察是否有目標(biāo)長度的擴(kuò)增產(chǎn)物片段分析的應(yīng)用范圍廣泛一對染色體分別來自父母。當(dāng)缺失了其中一方來源的染色體（LOH），或者是某一對染色體同時來自父或母親的一方（單親二倍體，UPD）UPD可以發(fā)生在局部，也可發(fā)生于整個染色體組如果發(fā)生在染色體“印跡區(qū)”，則可導(dǎo)致疾病發(fā)生可用于單親二倍體/LOH的檢測片段分析（Fragment Analysis，F(xiàn)A）以下為全染色體組UPD的CMA結(jié)果對樣本目標(biāo)序列進(jìn)行甲基化特異性PCR后，印跡（DNA甲基化狀態(tài)

4、）不同的序列會發(fā)生堿基的改變，并擴(kuò)增得到長短不一的片段借助毛細(xì)管電泳，檢測待測物（通常為PCR擴(kuò)增產(chǎn)物）中是否有特定長度DNA片段出現(xiàn)低通量檢測：“有的放矢”Sanger測序MLPAFA已知微小突變未知微小突變大片段重復(fù)/缺失*UPD（單親雙體）動態(tài)突變* ：FA分析大片段缺失需要明確具體缺失范圍，而MLPA只需要明確基因即可*：理論上Sanger測序也能數(shù)動態(tài)突變重復(fù)單位個數(shù)，但人工數(shù)易出錯，且當(dāng)片段過長時容易超出Sanger測序分析的范圍。猜中“有獎”猜不中“白折騰”G顯帶染色體核型分析技術(shù)仍然是細(xì)胞遺傳學(xué)產(chǎn)前診斷的“金標(biāo)準(zhǔn)”應(yīng)用范圍使染色體大小和形態(tài)一目了然,特別是發(fā)生在染色體上的遺傳疾

5、病，如染色體倒位、易位、互換和短缺，都可以及時發(fā)現(xiàn),有利于臨床診斷局限性細(xì)胞培養(yǎng)耗時長、分辨率低以及耗費(fèi)人力對線粒體病無能為力染色體顯帶技術(shù)，Chromosome banding報告單出現(xiàn)類似右邊的圖像_就是核型報告有該項(xiàng)目疑問請咨詢陳帆 吳夢華47，XX，+21應(yīng)用范圍兒童復(fù)雜、罕見遺傳病，如：智力障礙、生長發(fā)育遲緩、多發(fā)畸形、孤獨(dú)癥樣臨床表現(xiàn)，排除染色體病、代謝病和脆性X綜合征之后的全基因組CNV檢測 （包括智力低下、發(fā)育遲緩、多種體征畸形以及自閉癥中，CMA比傳統(tǒng)G顯帶核型分析技術(shù)的檢出率提高了10）對自然流產(chǎn)、胎死宮內(nèi)、新生兒死亡等妊娠產(chǎn)物的遺傳學(xué)檢測可以檢測出同源性單親二倍體（UPD

6、）局限性無法檢出染色體倒位,易位,互換等結(jié)構(gòu)變異染色體微陣列分析Chromosome microarray analysis, CMA相當(dāng)于升級版的核型分析，能查到比普通核型分析更加細(xì)小的拷貝數(shù)改變以及單親二倍體。但是結(jié)構(gòu)改變不行書撕成一頁一頁的再拿去校對，就不能檢查出頁碼裝訂錯誤了213456781357157正常213456781357151同源UPD213456781357153異源UPDPWS/AS：CMA or FA？CMAFA核基因組全局分析僅檢測患者，區(qū)分PWS/AS僅檢測患者，區(qū)分LOH/UPD對于首選片段分析（FA）方法的PWS/AS患者，先做3370項(xiàng)目（協(xié)助確診）。若結(jié)果

7、為陽性，可以再做3381（協(xié)助判斷預(yù)后）注意：若患者為異源性UPD，則CMA無法檢出，但片段分析項(xiàng)目可以優(yōu)勢：能同時對無數(shù)條DNA分子進(jìn)行序列測定，效率極高技術(shù)特點(diǎn)：每次測很短的片段（讀長較短），但是可以通過超大量的平行測序，獲得大量的序列?！跋乱淮睖y序技術(shù)Next-generation sequencing , NGS（某個位點(diǎn)的）深度：這個位點(diǎn)被測的次數(shù)read(s)：測序直接得出的短序列相當(dāng)于把幾本一樣的書撕碎了（一份DNA溶液里面有無數(shù)條DNA分子）。再叫一堆人（一個人就是一個read），每人發(fā)一個碎片校對。由于撕碎是隨機(jī)的，會有N個人校對到同一個句子（N=深度）。一個地方被校對的次數(shù)越多，校對結(jié)果準(zhǔn)確性就越高。高通量檢測：“鳥槍法”核型分析CMANGS核基因組全局分析*大片段缺失/重復(fù)=3M=100k*結(jié)構(gòu)改變單親二倍體（