material-studio個(gè)人經(jīng)驗(yàn)講解

MaterialsStud誕Accelrys專為材料科學(xué)領(lǐng)域開(kāi)發(fā)的可運(yùn)行于PC機(jī)上的新一代材料計(jì)算軟件，可幫助研究人員解決當(dāng)今化學(xué)及材料工業(yè)中的許多重要問(wèn)題。MaterialsStudi軟件采用Client/Serve結(jié)構(gòu)，客戶端可以是Windows98、2000或NT系統(tǒng)，計(jì)算服務(wù)器可以是本機(jī)的Windows2000或NT，也可以是網(wǎng)絡(luò)上的Windows2000、WindowsNT、Linux或UNIX系統(tǒng)。使得任何的材料研究人員可以輕易獲得與世界一流研究機(jī)構(gòu)相一致的材料模擬能力。MaterialsStudi是ACCELRYS公司專門為材料科學(xué)領(lǐng)域研究者所涉及的一款可運(yùn)行在PC上的模擬軟件。他可以幫助你解決當(dāng)今化學(xué)、材料工業(yè)中的一系列重要問(wèn)題。支持Windows98、NT、Unix以及Linux等多種操作平臺(tái)的MaterialsStudi^^C學(xué)及材料科學(xué)的研究者們能更方便的建立三維分子模型，深入的分析有機(jī)、無(wú)機(jī)晶體、無(wú)定形材料以及聚合物。任何一個(gè)研究者，無(wú)論他是否是計(jì)算機(jī)方面的專家，都能充分享用該軟件所使用的高新技術(shù)，他所生成的高質(zhì)量的圖片能使你的講演和報(bào)告更引人入勝。同時(shí)他還能處理各種不同來(lái)源的圖形、文本以及數(shù)據(jù)表格。多種先進(jìn)算法的綜合運(yùn)用使MaterialStudio成為一個(gè)強(qiáng)有力的模擬工具。無(wú)論是性質(zhì)預(yù)測(cè)、聚合物建模還是X射線衍射模擬，我們都可以通過(guò)一些簡(jiǎn)單易學(xué)的操作來(lái)得到切實(shí)可靠的數(shù)據(jù)。靈活方便的Client-Serve結(jié)構(gòu)還是的計(jì)算機(jī)可以在網(wǎng)絡(luò)中任何一臺(tái)裝有^、Linux或Unix操作系統(tǒng)的計(jì)算機(jī)上進(jìn)行，從而最大限度的運(yùn)用了網(wǎng)絡(luò)資源。ACCELRYS的軟件使任何的研究者都能達(dá)到和世界一流工業(yè)研究部門相一致的材料模擬的能力。模擬的內(nèi)容囊括了催化劑、聚合物、固體化學(xué)、結(jié)晶學(xué)、晶粉衍射以及材料特性等材料科學(xué)研究領(lǐng)域的主要課題。MaterialsStudi采用了大家非常熟悉乂江「。$。的標(biāo)準(zhǔn)用戶界面，它允許你通過(guò)各種控制面板直接對(duì)計(jì)算參數(shù)和計(jì)算結(jié)構(gòu)進(jìn)行設(shè)置和分析。模塊簡(jiǎn)介：基本環(huán)境MS.MaterialsVisualizer分子力學(xué)與分子動(dòng)力學(xué)MS.DISCOVERMS.COMPASSMS.AmorphousCellMS.ForciteMS.ForcitePlusMS.GULPMS.EquilibriaMS.Sorption晶體、結(jié)晶與X射線衍射MS.PolymorphPredictorMS.MorphologyMS.X-CellMS.ReflexMS.ReflexPlusMS.ReflexQPA量子力學(xué)MS.Dmol3MS.CASTEPMS.NMRCASTEPMS.VAMP高分子與介觀模擬MS.SynthiaMS.BlendsMS.DPDMS.MesoDynMS.MesoPro定量結(jié)構(gòu)-性質(zhì)關(guān)系MS.QSARMS.QSARPlus MS.Dmol3Descriptor基本環(huán)境MSVisualizerPDF文件下載提供了搭建分子、晶體、界面、表面及高分子材料結(jié)構(gòu)模型所需的所有工具，可以操作、觀察及分析計(jì)算前后的結(jié)構(gòu)模型，處理圖型、表格或文本等形式的數(shù)據(jù)，并提供軟件的基本環(huán)境和分析工具以支持MaterialsStudio的其它產(chǎn)品。是MaterialsStudio產(chǎn)品系列的核心模塊。同時(shí)MaterialsVisualize還支持多種輸入、輸出格式，并可將動(dòng)態(tài)的軌跡文件輸出成@丫1文件加入到。￡魚。0系列產(chǎn)品中。MS4.0版本增加了納米結(jié)構(gòu)模建、分子疊合以及分子庫(kù)枚舉等功能。分子力學(xué)與分子動(dòng)力學(xué)MS.DISCOVERPDF文件下載Discover是MaterialsStudi的分子力學(xué)計(jì)算引擎。它使用了多種成熟的分子力學(xué)和分子動(dòng)力學(xué)方法，這些方法被證明完全適應(yīng)分子設(shè)計(jì)的需要。以多個(gè)經(jīng)過(guò)仔細(xì)推導(dǎo)的力場(chǎng)為基礎(chǔ)，Discover可以準(zhǔn)確地計(jì)算出最低能量構(gòu)象，并可給出不同系綜下體系結(jié)構(gòu)的動(dòng)力學(xué)軌跡。Discover還為AmorphousCell等產(chǎn)品提供了基礎(chǔ)計(jì)算方法。周期性邊界條件的引入使得它可以對(duì)固態(tài)體系進(jìn)行研究，如晶體、非晶和溶劑化體系。另外，Discover還提供強(qiáng)大的分析工具，可以對(duì)模擬結(jié)果進(jìn)行分析，從而得到各類結(jié)構(gòu)參數(shù)、熱力學(xué)性質(zhì)、力學(xué)性質(zhì)、動(dòng)力學(xué)量以及振動(dòng)強(qiáng)度。MS.COMPASSPDF文件下載COMPASS是“Condensed-phaseOptimizedMolecularPotentialforAtomisiticSimulationStudy'的縮寫。它是一個(gè)支持對(duì)凝聚態(tài)材料進(jìn)行原子水平模擬的功能強(qiáng)大的力場(chǎng)。它是第一個(gè)由凝聚態(tài)性質(zhì)以及孤立分子的各種從頭算和經(jīng)驗(yàn)數(shù)據(jù)等參數(shù)化并驗(yàn)證的從頭算力場(chǎng)。使用這個(gè)力場(chǎng)可以在很大的溫度、壓力范圍內(nèi)精確地預(yù)測(cè)出孤立體系或凝聚態(tài)體系中各種分子的構(gòu)象、振動(dòng)及熱物理性質(zhì)。在COMPASS 力場(chǎng)地最新版本中，Accelrys加入了45個(gè)以上的無(wú)機(jī)氧化物材料以及混合體系（包括有機(jī)和無(wú)機(jī)材料的界面）的一些參數(shù)，使它的應(yīng)用領(lǐng)域最終包含了大多數(shù)材料科學(xué)研究者趕興趣的有機(jī)和無(wú)機(jī)材料。你可以用它來(lái)研究諸如表面、共混等非常復(fù)雜的體系。COMPASS 力場(chǎng)是通過(guò)Discover模塊來(lái)調(diào)用的。MS.AmorphousCellPDF文件下載AmorphousCell允許你對(duì)復(fù)雜的無(wú)定型體系建立有代表性的模型，并對(duì)主要性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)。通過(guò)觀察體系結(jié)構(gòu)和性質(zhì)的關(guān)系，可以對(duì)分子的一些重要性質(zhì)有更深入的了解，從而設(shè)計(jì)出更好的新化合物和新配方。可以研究的性質(zhì)有：內(nèi)聚能密度9￡0）、狀態(tài)方程行為、鏈堆砌以及局部鏈運(yùn)動(dòng)、末端距和回旋半徑、X光或中子散射曲線、擴(kuò)散系數(shù)、紅外光譜和偶極相關(guān)函數(shù)等。AmorphousCell的特征還包括提供：任意共混體系的建模方法（包括小分子與聚合物的任意混合）、特殊的產(chǎn)生有序的向列型中間相以及層狀無(wú)定型材料的能力（用于建立界面模型或適應(yīng)粘合劑及潤(rùn)滑劑研究需要）、限制性剪切模擬、研究電極化和絕緣體行為的Poling法、多溫循環(huán)模擬以及雜化的蒙特卡羅模擬。AmorphousCell的使用需要Discover分子力學(xué)引擎的支持。MS.ForcitePDF文件下載先進(jìn)的經(jīng)典分子力學(xué)工具，可以對(duì)分子或周期性體系進(jìn)行快速的能量計(jì)算及可靠的幾何優(yōu)化。包含UniversalDreiding等被廣泛使用的力場(chǎng)及多種電荷分配算法。支持二維體系的能量計(jì)算。MS4.0版本中可以進(jìn)行剛體優(yōu)化，同時(shí)還加入了分析Discover所產(chǎn)生的.@W和.his軌跡文件的功能.MS.ForcitePlusPDF文件下載先進(jìn)的經(jīng)典力學(xué)模擬工具，能夠進(jìn)行能量計(jì)算、幾何優(yōu)化、動(dòng)力學(xué)模擬?？蓪?duì)從簡(jiǎn)單分子到二維表面到三維周期等范圍很廣的結(jié)構(gòu)進(jìn)行上述操作。一整套的分析工具可用來(lái)對(duì)諸如偶極相關(guān)等復(fù)雜性質(zhì)進(jìn)行分析。MS4.0版本中可以進(jìn)行剛體優(yōu)化，同時(shí)還加入了分析Discover所產(chǎn)生的.@「0和.his軌跡文件的功能。MS.GULPGULP是一個(gè)基于分子力場(chǎng)的晶格模擬程序，可以進(jìn)行幾何結(jié)構(gòu)和過(guò)渡態(tài)的優(yōu)化，離子極化率的預(yù)測(cè)，以及分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算。GULP既可以處理分子晶體，也可以計(jì)算離子性的材料。GULP可以計(jì)算的性質(zhì)包括：氧化物的性質(zhì)，點(diǎn)缺陷、摻雜和空隙，表面性質(zhì)，離子遷移，分子篩和其他多孔材料的反應(yīng)性和結(jié)構(gòu)，陶瓷的性質(zhì)，無(wú)序結(jié)構(gòu)等，可應(yīng)用于多相催化、燃料電池、核廢物處理、蒸氣電解、氣體傳感器、汽車尾氣催化以及石油化工等諸多工業(yè)領(lǐng)域。MS.EquilibriaPDF文件下載使用獨(dú)有的nerd力場(chǎng)來(lái)計(jì)算烴類化合物單組分體系或多組分混合物的氣液、液液相圖，溶解度作為溫度、壓力和濃度的函數(shù)也可同時(shí)得到，還可計(jì)算單組分體系的二階viria系數(shù)，臨界常數(shù)和共存曲線可以通過(guò)IsingScaling分析得到。適用領(lǐng)域包括石油及天然氣加工過(guò)程（如凝析氣在高壓下的性質(zhì)）、石油煉制（重?zé)N相在高壓下的性質(zhì)）、氣體處理、聚烯烴反應(yīng)器（產(chǎn)物控制）、橡膠（作為溫度和濃度的函數(shù)的不同溶劑的溶解度）。最新的版本中可計(jì)算的體系增加了：主要的醇類、硫化物、硫醇、氫化硫和氮?dú)?。MS.Sorption PDF文件下載使用GrandCanonicalMonteCarlo（GCMC）方法預(yù)測(cè)分子在微孔材料如分子篩）中的吸附性質(zhì)，可用于吸附等溫線、結(jié)合位、結(jié)合能、擴(kuò)散途徑及分子選擇性的研究。晶體、結(jié)晶與X射線衍射MS.PolymorphPredictorPDF文件下載Polymorph是一個(gè)算法集，目的是測(cè)定晶體的低能多晶型。此方法可以與實(shí)驗(yàn)衍射數(shù)據(jù)相關(guān)聯(lián)或者僅僅使用材料的化學(xué)結(jié)構(gòu)來(lái)實(shí)現(xiàn)此目的。晶體的多晶型可能會(huì)導(dǎo)致不同的性質(zhì)，因此判斷哪種晶型更加穩(wěn)定或者接近穩(wěn)定態(tài)勢(shì)非常重要的。在處理過(guò)程中微小的改變都會(huì)導(dǎo)致穩(wěn)定性的大幅度變化。Polymorph中的相似性挑選和聚類算法允許用戶將相似模型歸類，從而節(jié)省計(jì)算時(shí)間。MS.MorphologyPDF文件下載從晶體的原子結(jié)構(gòu)來(lái)模擬晶體形貌。可以預(yù)測(cè)晶體外形，研發(fā)特殊效果的摻雜成分，控制溶劑和雜質(zhì)的效應(yīng)。MS.X-CellPDF文件下載已申請(qǐng)專利的X-Cell是一種全新、高效、綜合、易用的指標(biāo)化算法，它使用消光決定（extinction-specific二分法方法對(duì)參數(shù)空間進(jìn)行詳盡無(wú)遺的搜索，最終給出可能的晶胞參數(shù)的完整清單。在許多情況下顯示出比01制。1、TREOR和ITO更高的成功率。X-Cell可以很好的處理粉末衍射指標(biāo)化中的許多難點(diǎn)，如樣品含有雜質(zhì)相、峰位重疊、零點(diǎn)偏移、極端形狀的晶胞等。MS.ReflexPDF文件下載模擬晶體材料的X光、中子以及電子等多種粉末衍射圖譜?？梢詭椭_定晶體的結(jié)構(gòu)，解析衍射數(shù)據(jù)并用于驗(yàn)證計(jì)算和實(shí)驗(yàn)結(jié)果。模擬的譜圖可以直接與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)比較，并能根據(jù)結(jié)構(gòu)的改變進(jìn)行即時(shí)的更新。粉末衍射指標(biāo)化算法包括：TREOR90,DICVOL91,ITOandX-cell結(jié)構(gòu)精修工具包括Rietvelc精修和Pawley精修。MS.ReflexPlusPDF文件下載在Reflex標(biāo)準(zhǔn)功能的基礎(chǔ)上加入已被廣泛驗(yàn)證的PowderSolve技術(shù)，提供了一套可以從高質(zhì)量的粉末衍射數(shù)據(jù)確定晶體結(jié)構(gòu)的完整工具。包括粉末指標(biāo)化、Pawley精修、解結(jié)構(gòu)以及Rietveld精修。結(jié)構(gòu)的全局搜索過(guò)程可以選用MonteCarlo模擬退火和MonteCarlo并行回火兩種算法之一，求解過(guò)程中同時(shí)考慮到了優(yōu)先取向的影響。MS.ReflexQPAPDF文件下載利用粉末衍射數(shù)據(jù)及Rietveld方法進(jìn)行定量相分析的強(qiáng)大工具，可以通過(guò)多相樣品的粉末衍射圖判定不同組成成分相對(duì)比例的。用于化學(xué)品或醫(yī)藥工業(yè)中有機(jī)或無(wú)機(jī)材料組成成分的確定。量子力學(xué)MS.DMol3PDF文件下載獨(dú)特的密度泛M（DFT）量子力學(xué)程序，是唯一可以模擬氣相、溶液、表面及固體等過(guò)程及性質(zhì)的商業(yè)化量子力學(xué)程序，應(yīng)用于化學(xué)、材料、化工、固體物理等許多領(lǐng)域?？捎糜谘芯烤啻呋⒍嘞啻呋?、半導(dǎo)體、分子反應(yīng)等，也可預(yù)測(cè)諸如溶解度、蒸氣壓、配分函數(shù)、溶解熱、混合熱等性質(zhì)。可計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度?；趦?nèi)坐標(biāo)的算法強(qiáng)健高，支持并行計(jì)算。MS4.0版本中加入了更方便的自旋極化設(shè)置，可用于計(jì)算磁性體系。4.0版本起還可以進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算。MS.CASTEPPDF文件下載先進(jìn)的量子力學(xué)程序，廣泛應(yīng)用于陶瓷、半導(dǎo)體以及金屬等多種材料?？裳芯浚壕w材料的性質(zhì)（半導(dǎo)體、陶瓷、金屬、分子篩等）、表面和表面重構(gòu)的性質(zhì)、表面化學(xué)、電子結(jié)構(gòu)（能帶及態(tài)密度、聲子譜）、晶體的光學(xué)性質(zhì)、點(diǎn)缺陷性質(zhì)（如空位、間隙或取代摻雜）、擴(kuò)展缺陷（晶粒間界、位錯(cuò)）、成分無(wú)序等。可顯示體系的三維電荷密度及波函數(shù)、模擬STM圖像、計(jì)算電荷差分密度。MS4.0版本中加入了更方便的自旋極化設(shè)置，可用于計(jì)算磁性體系。4.0版本起還可以計(jì)算固體材料的紅外光譜。關(guān)于K點(diǎn).應(yīng)當(dāng)使用多少個(gè)女網(wǎng)格？很難一般地回答，只能給出一般建議。注意：一定要檢查女網(wǎng)格，首先用較粗糙的網(wǎng)格計(jì)算，接下來(lái)用精細(xì)的網(wǎng)格計(jì)算。通過(guò)比較兩次的結(jié)果，決定選用較粗糙的網(wǎng)格，或是繼續(xù)進(jìn)行更精細(xì)網(wǎng)格的計(jì)算，直到達(dá)到收斂。金屬體系需要精細(xì)的網(wǎng)格，絕緣體使用很少的k點(diǎn)通常就可以。小單胞需要精細(xì)格點(diǎn)，大單胞很可能不需要。因此：?jiǎn)挝痪О麅?nèi)原子數(shù)很多（比如40-60個(gè)）的絕緣體，可能僅需要一個(gè)（移動(dòng)后的）k點(diǎn)。另一方面，面心立方的鋁可能需要上萬(wàn)個(gè)卜點(diǎn)以獲得好的0。$。對(duì)于孤立原子或分子的超晶胞，僅需要在6@m!^點(diǎn)計(jì)算。對(duì)于表面（層面）的超晶胞計(jì)算，僅需要（垂直于表面）％方向上有1個(gè)k點(diǎn)。甚至可以增加晶格參數(shù)c,這樣即使對(duì)精細(xì)格點(diǎn)，沿2方向上也只產(chǎn)生一個(gè)k點(diǎn)（產(chǎn)生卜點(diǎn)后，不要忘記再把。改回）。.當(dāng)體系沒(méi)有出現(xiàn)時(shí)間反演對(duì)稱操作時(shí)，是否加入？大多數(shù)情況下的回答是“是”，只有包含自旋-軌道耦合的自旋極化（磁性）計(jì)算除外。這時(shí)，時(shí)間反演對(duì)稱性被破壞（+卜和-k的本征值可能不同），因此決不能加入時(shí)間反演對(duì)稱性。3.是否移動(dòng)女網(wǎng)格？（只對(duì)某些格子類型有效）“移動(dòng)”k網(wǎng)格意味著把所有產(chǎn)生的k點(diǎn)增加（x,x,x）,把那些位于高對(duì)稱點(diǎn)（或線）上的k點(diǎn)移動(dòng)到權(quán)重更大的一般點(diǎn)上。通過(guò)這種方法（也即眾所周知的“特殊k點(diǎn)方法”）可以產(chǎn)生等密度的，k點(diǎn)較少的網(wǎng)格。通常建議移動(dòng)。只有一點(diǎn)注意：當(dāng)對(duì)半導(dǎo)體的帶隙感興趣時(shí)（通常位于Gamma,X,或BZ邊界上的其它點(diǎn)），使用移動(dòng)的網(wǎng)格將不會(huì)得到這些高對(duì)稱性的點(diǎn)，因此得到的帶隙和預(yù)期結(jié)果相比或大或小。這個(gè)問(wèn)題的解決：用移動(dòng)的網(wǎng)格做SCF循環(huán)，但對(duì)0。$計(jì)算，改用精細(xì)的未移動(dòng)網(wǎng)格。關(guān)于k空間布點(diǎn)的問(wèn)題，建議參閱以下文獻(xiàn)Phys.Rev.B49,16223(1994)如何構(gòu)建缺陷晶體結(jié)構(gòu)晶體結(jié)構(gòu)改成P1,然后去掉想抹去的原子就可以了在ms中如何做空穴對(duì)于金屬缺陷，是直接剪切一個(gè)原子？個(gè)人經(jīng)驗(yàn)：就是直接把原子去掉就OK;如果不是正版軟件，有可能出現(xiàn)同時(shí)去掉其他同位置的原子，如果這種情況，就重新定義，問(wèn)題就不會(huì)出現(xiàn)了．還有，一般考慮孔穴的時(shí)候，都要標(biāo)明哪些原子的遲豫，具體為什么不知道，國(guó)外的文獻(xiàn)有提到．希望有做空位的一起多討論.我Q：183876402PDOS選項(xiàng)計(jì)算0。$時(shí)，選擇PDOS,可以畫出$邛,軌道的DOS，但無(wú)法畫出某一個(gè)原子的$邛,圖關(guān)于PDOS的Chart中求積分的問(wèn)題在用Castep計(jì)算出PDOS后,如何在Chart中對(duì)曲線局部進(jìn)行積分?將北@班輸出為cav格式，然后在excel中求和？簡(jiǎn)單，把數(shù)據(jù)導(dǎo)出，在。班8血里作圖，程序里有積分微分卷積功能，在數(shù)據(jù)分析下面。作圖時(shí)選取積分范圍。優(yōu)化結(jié)構(gòu)算能帶一般需要優(yōu)化結(jié)構(gòu)。如果選擇實(shí)驗(yàn)的參數(shù)，全部固定的話就不需要了如何做二維電子密度圖MS結(jié)果文件夾中*.gr政件內(nèi)存儲(chǔ)的是三維空間各點(diǎn)的電荷密度值，利用這個(gè)數(shù)據(jù)就可以得到二維的電荷密度等值線圖，應(yīng)該有專門的軟件能畫,不過(guò)用1^^@地扁自己編程序也不難，其中關(guān)鍵命令是contourslice實(shí)現(xiàn)在某一平面內(nèi)繪制等高線對(duì)DOS圖的分析根據(jù)DOS的積分曲線可以計(jì)算出，對(duì)于表面Nb和C原子，大約有16.8%和14.8%的電子態(tài)集中在4.0~2.0eV的區(qū)域，而對(duì)體相原子則分別為6.4%和6.0%表面吸附我做H在ZnO上吸附。剛開(kāi)始時(shí)后我構(gòu)建的吸附構(gòu)型忘記imposesymmetry了，Groupname是P1。在第二次計(jì)算的時(shí)候我加上了symmetry。兩次計(jì)算差別出來(lái)了： (1)首先是imposesymmetry后，supercel中的原子位置由原來(lái)的現(xiàn)面跑到了上面，也就是和真空層換了一下位置！而且吸附原子竟然超出了supercell的白色線框！（2）比較兩次計(jì)算的DOS，一模一樣；但是兩次計(jì)算的Band5="。皿這卻有很大差異！回答：1）只是顯示問(wèn)題（2）Band5="。皿區(qū)有很大差異是指那種差異？使用不同對(duì)稱性計(jì)算能帶時(shí)，默認(rèn)計(jì)算的K點(diǎn)是不同的，所以圖像肯定不同。如果你確定是選擇計(jì)算了同樣的K點(diǎn)，能帶結(jié)構(gòu)仍然不同，那可能是采用對(duì)稱后結(jié)構(gòu)變化導(dǎo)致的。如何計(jì)算結(jié)構(gòu)中某一元素的分波態(tài)密度.我最近看了關(guān)于氧氣鋅的論文，上面有鋅原子的分波態(tài)密度圖，可是我怎么都沒(méi)算出來(lái)，一直得到氧和鋅原子的分波態(tài)密度，希望哪位大俠指教.在計(jì)算性質(zhì)選擇了計(jì)算densityofsta是，對(duì)話框下面有一個(gè)口calculatePDOS把它勾選上，計(jì)算成功后，在分析就能看到總態(tài)密度和分態(tài)密度，隨你選擇。.按照樓上的指導(dǎo)計(jì)算成功后，需要哪個(gè)原子的PDOS,就選中哪個(gè)原子，然后在analysis里0。$項(xiàng)前打勾，partia項(xiàng)打勾，再丫16亞就改了。有關(guān)能帶分析能帶圖分析能帶圖的橫坐標(biāo)是在模型對(duì)稱性基礎(chǔ)上取的K點(diǎn)。為什么要取K點(diǎn)呢？因?yàn)榫w的周期性使得薛定諤方程的解也具有了周期性。按照對(duì)稱性取K點(diǎn)，可以保證以最小的計(jì)算量獲得最全的能量特征解。能帶圖橫坐標(biāo)是K點(diǎn)，其實(shí)就是倒格空間中的幾何點(diǎn)。其中最重要也最簡(jiǎn)單的就是gamma那個(gè)點(diǎn)，因?yàn)檫@個(gè)點(diǎn)在任何幾何結(jié)構(gòu)中都具有對(duì)稱性，所以在castep里，有個(gè)最簡(jiǎn)單的K點(diǎn)選擇，就是那個(gè)8@m!^選項(xiàng)。縱坐標(biāo)是能量。那么能帶圖應(yīng)該就是表示了研究體系中，各個(gè)具有對(duì)稱性位置的點(diǎn)的能量。我們所得到的體系總能量，應(yīng)該就是整個(gè)體系各個(gè)點(diǎn)能量的加和。記得氫原子的能量線吧？能帶圖中的能量帶就像是氫原子中的每條能量線都拉寬為一個(gè)帶。通過(guò)能帶圖，能把價(jià)帶和導(dǎo)帶看出來(lái)。在castep里，分析能帶結(jié)構(gòu)的時(shí)候給定scissor這個(gè)選項(xiàng)某個(gè)值，就可以加大價(jià)帶和導(dǎo)帶之間的空隙，把絕緣體的價(jià)帶和導(dǎo)帶清楚地區(qū)分出來(lái)。DOS叫態(tài)密度，也就是體系各個(gè)狀態(tài)的密度，各個(gè)能量狀態(tài)的密度。從DOS圖也可以清晰地看出帶隙、價(jià)帶、導(dǎo)帶的位置。要理解DOS，需要將能帶圖和DOS結(jié)合起來(lái)。分析的時(shí)候，如果選擇了fuU就會(huì)把體系的總態(tài)密度顯示出來(lái)，如果選擇了PDOS，就可以分別把體系的s、p、d、f狀態(tài)的態(tài)密度分別顯示出來(lái)。還有一點(diǎn)要注意的是，如果在分析的時(shí)候你選擇了單個(gè)原子，那么顯示出來(lái)的就是這個(gè)原子的態(tài)密度。否則顯示的就是整個(gè)體系原子的態(tài)密度。要把周期性結(jié)構(gòu)能量由于微擾裂分成各個(gè)能帶這個(gè)概念印在腦袋里。最后還有一點(diǎn)，這里所有的能帶圖和DOS的討論都是針對(duì)體系中的所有電子展開(kāi)的。研究的是體系中所有電子的能量狀態(tài)。根據(jù)量子力學(xué)假設(shè)，由于原子核的質(zhì)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于電子，因此奧本海默假設(shè)原子核是靜止不動(dòng)的，電子圍繞原子核以某一概率在某個(gè)時(shí)刻出現(xiàn)。我們經(jīng)常提到的總能量，就是體系電子的總能量。這些是我看書的體會(huì)，不一定準(zhǔn)確，大家多多批評(píng)??！

如何分析第一原理的計(jì)算結(jié)果轉(zhuǎn)自：/phpwind/frame/轉(zhuǎn)自量化網(wǎng)/摘要：本文總結(jié)了對(duì)于第一原理計(jì)算工作的結(jié)果分析的三個(gè)重要方面，以及各自的若干要點(diǎn)用第一原理計(jì)算軟件開(kāi)展的工作，分析結(jié)果主要是從以下三個(gè)方面進(jìn)行定性/定量的討論：1、電荷密度圖(chargedensity；2、能帶結(jié)構(gòu)(EnergyBandStructure；3、態(tài)密度。0巧立丫ofStates簡(jiǎn)稱DOS)。電荷密度圖是以圖的形式出現(xiàn)在文章中，非常直觀，因此對(duì)于一般的入門級(jí)研究人員來(lái)講不會(huì)有任何的疑問(wèn)。唯一需要注意的就是這種分析的種種衍生形式，比如差分電荷密圖(def-ormationchargedensity和二次差分圖(differencechargedens)t等等，加自旋極化的工作還可能有自旋極化電荷密度圖(spin-polarizechargedensit)。所謂差分”是指原子組成體系（團(tuán)簇）之后電荷的重新分布，“二次”是指同一個(gè)體系化學(xué)成分或者幾何構(gòu)型改變之后電荷的重新分布，因此通過(guò)這種差分圖可以很直觀地看出體系中個(gè)原子的成鍵情況。通過(guò)電荷聚集（accumulation）/損失（depletio）的具體空間分布，看成鍵的極性強(qiáng)弱；通過(guò)某格點(diǎn)附近的電荷分布形狀判斷成鍵的軌道（這個(gè)主要是對(duì)d軌道的分析，對(duì)于s或者p軌道的形狀分析我還沒(méi)有見(jiàn)過(guò)）。分析總電荷密度圖的方法類似，不過(guò)相對(duì)而言，這種圖所攜帶的信息量較小。能帶結(jié)構(gòu)分析現(xiàn)在在各個(gè)領(lǐng)域的第一原理計(jì)算工作中用得非常普遍了。但是因?yàn)槟軒н@個(gè)概念本身的抽象性，對(duì)于能帶的分析是讓初學(xué)者最感頭痛的地方。關(guān)于能帶理論本身，我在這篇文章中不想涉及，這里只考慮已得到的能帶，如何能從里面看出有用的信息。首先當(dāng)然可以看出這個(gè)體系是金屬、半導(dǎo)體還是絕緣體。判斷的標(biāo)準(zhǔn)是看費(fèi)米能級(jí)和導(dǎo)帶（也即在高對(duì)稱點(diǎn)附近近似成開(kāi)口向上的拋物線形狀的能帶）是否相交，若相交，則為金屬，否則為半導(dǎo)體或者絕緣體。對(duì)于本征半導(dǎo)體，還可以看出是直接能隙還是間接能隙：如果導(dǎo)帶的最低點(diǎn)和價(jià)帶的最高點(diǎn)在同一個(gè)k點(diǎn)處，則為直接能隙，否則為間接能隙。在具體工作中，情況要復(fù)雜得多，而且各種領(lǐng)域中感興趣的方面彼此相差很大，分析不可能像上述分析一樣直觀和普適。不過(guò)仍然可以總結(jié)出一些經(jīng)驗(yàn)性的規(guī)律來(lái)。主要有以下幾點(diǎn)：1）因?yàn)槟壳暗挠?jì)算大多采用超單胞（supercell的形式，在一個(gè)單胞里有幾十個(gè)原子以及上百個(gè)電子，所以得到的能帶圖往往在遠(yuǎn)低于費(fèi)米能級(jí)處非常平坦，也非常密集。原則上講，這個(gè)區(qū)域的能帶并不具備多大的解說(shuō)/閱讀價(jià)值。因此，不要被這種現(xiàn)象嚇住，一般的工作中，我們主要關(guān)心的還是費(fèi)米能級(jí)附近的能帶形狀。2）能帶的寬窄在能帶的分析中占據(jù)很重要的位置。能帶越寬，也即在能帶圖中的起伏越大，說(shuō)明處于這個(gè)帶中的電子有效質(zhì)量越小、非局域（non-local的程度越大、組成這條能帶的原子軌道擴(kuò)展性越強(qiáng)。如果形狀近似于拋物線形狀，一般而言會(huì)被冠以類sp帶（spTikeban!之名。反之，一條比較窄的能帶表明對(duì)應(yīng)于這條能帶的本征態(tài)主要是由局域于某個(gè)格點(diǎn)的原子軌道組成，這條帶上的電子局域性非常強(qiáng)，有效質(zhì)量相對(duì)較大。3）如果體系為摻雜的非本征半導(dǎo)體，注意與本征半導(dǎo)體的能帶結(jié)構(gòu)圖進(jìn)行對(duì)比，一般而言在能隙處會(huì)出現(xiàn)一條新的、比較窄的能帶。這就是通常所謂的雜質(zhì)態(tài)（dopingstate）或者按照摻雜半導(dǎo)體的類型稱為受主態(tài)或者施主態(tài)。4）關(guān)于自旋極化的能帶，一般是畫出兩幅圖：majorityspi和minorityspg經(jīng)典的說(shuō)，分別代表自旋向上和自旋向下的軌道所組成的能帶結(jié)構(gòu)。注意它們?cè)谫M(fèi)米能級(jí)處的差異。如果費(fèi)米能級(jí)與majoritysp^q能帶圖相交而處于minoritysp^q能隙中，則此體系具有明顯的自旋極化現(xiàn)象，而該體系也可稱之為半金屬（halfmetal）。因?yàn)閙ajorityspin與費(fèi)米能級(jí)相交的能帶主要由雜質(zhì)原子軌道組成，所以也可以此為出發(fā)點(diǎn)討論雜質(zhì)的磁性特征。5）做界面問(wèn)題時(shí)，襯底材料的能帶圖顯得非常重要，各高對(duì)稱點(diǎn)之間有可能出現(xiàn)不同的情況。具體地說(shuō)，在某兩點(diǎn)之間，費(fèi)米能級(jí)與能帶相交；而在另外的k的區(qū)間上，費(fèi)米能級(jí)正好處在導(dǎo)帶和價(jià)帶之間。這樣，襯底材料就呈現(xiàn)出各項(xiàng)異性：對(duì)于前者，呈現(xiàn)金屬性，而對(duì)于后者，呈現(xiàn)絕緣性。因此，有的工作是通過(guò)某種材料的能帶圖而選擇不同的面作為生長(zhǎng)面。具體的分析應(yīng)該結(jié)合試驗(yàn)結(jié)果給出。（如果我沒(méi)記錯(cuò)的話，物理所薛其坤研究員曾經(jīng)分析過(guò)$\beta$-Fe的（100）和（111）面對(duì)應(yīng)的能帶。有興趣的讀者可進(jìn)一步查閱資料。）原則上講，態(tài)密度可以作為能帶結(jié)構(gòu)的一個(gè)可視化結(jié)果。很多分析和能帶的分析結(jié)果可以一一對(duì)應(yīng)，很多術(shù)語(yǔ)也和能帶分析相通。但是因?yàn)樗庇^，因此在結(jié)果討論中用得比能帶分析更廣泛一些。簡(jiǎn)要總結(jié)分析要點(diǎn)如下：1）在整個(gè)能量區(qū)間之內(nèi)分布較為平均、沒(méi)有局域尖峰的DOS,對(duì)應(yīng)的是類sp帶，表明電子的非局域化性質(zhì)很強(qiáng)。相反，對(duì)于一般的過(guò)渡金屬而言，d軌道的DOS一般是一個(gè)很大的尖峰，說(shuō)明d電子相對(duì)比較局域，相應(yīng)的能帶也比較窄。2）從DOS圖也可分析能隙特性：若費(fèi)米能級(jí)處于DOS值為零的區(qū)間中，說(shuō)明該體系是半導(dǎo)體或絕緣體；若有分波DOS跨過(guò)費(fèi)米能級(jí)，則該體系是金屬。此外，可以畫出分波（PDOS）和局域《0。$）兩種態(tài)密度，更加細(xì)致的研究在各點(diǎn)處的分波成鍵情況。3）從DOS圖中還可引入贗能隙”（pseudogap）的概念。也即在費(fèi)米能級(jí)兩側(cè)分別有兩個(gè)尖峰。而兩個(gè)尖峰之間的DOS并不為零。贗能隙直接反映了該體系成鍵的共價(jià)性的強(qiáng)弱：越寬，說(shuō)明共價(jià)性越強(qiáng)。如果分析的是局域態(tài)密度LDOS），那么贗能隙反映的則是相鄰兩個(gè)原子成鍵的強(qiáng)弱：贗能隙越寬，說(shuō)明兩個(gè)原子成鍵越強(qiáng)。上述分析的理論基礎(chǔ)可從緊束縛理論出發(fā)得到解釋：實(shí)際上，可以認(rèn)為贗能隙的寬度直接和Hamiltonian矩陣的非對(duì)角元相關(guān)，彼此間成單調(diào)遞增的函數(shù)關(guān)系。4）對(duì)于自旋極化的體系，與能帶分析類似，也應(yīng)該將majoritysp訕Dminorityspi分別畫出，若費(fèi)米能級(jí)與majority的DOS相交而處于minority的DOS的能隙之中，可以說(shuō)明該體系的自旋極化。5）考慮LDOS,如果相鄰原子的10。$在同一個(gè)能量上同時(shí)出現(xiàn)了尖峰，則我們將其稱之為雜化峰（hybridizedpeak這個(gè)概念直觀地向我們展示了相鄰原子之間的作用強(qiáng)弱。以上是本人基于文獻(xiàn)調(diào)研所總結(jié)的一些關(guān)于第一原理工作的結(jié)果分析要點(diǎn)。期冀能對(duì)剛進(jìn)入這個(gè)領(lǐng)域內(nèi)的科研工作者有所啟發(fā)。受本人的水平所限，文章的內(nèi)容可能會(huì)有理論上的不足甚至錯(cuò)誤之處，希望大家指出，共同發(fā)展第一原理計(jì)算物理的方法和研究?jī)?nèi)容。希望大家多讀幾遍。http://cmt.dur.ac.uk/sjc/Castep_Publications/pub blications.html看看人家用castep怎樣選擇贗勢(shì)和K點(diǎn)的關(guān)于出錯(cuò)信息的解讀（對(duì)自己解決問(wèn)題有幫助）GeomrtryOptimization寸，到77步（共100步）就沒(méi)有反應(yīng)，我等了一天終于把它停止了，文件中有下列出錯(cuò)信息，請(qǐng)大俠幫忙解讀一下。精度是Fine,之前在。館”6下可以24步就完成。1、Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheconvergenceand/orleadtoaninaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextra_bandsand/orreducingsmearing_widthintheparamfile.Recommendusingnextra_bandsof6to12.2、BFGS:Warning-RepeatedconsecutiveresetofinverseHessianBFGS:withoutsatisfyingconvergencecriteriawhichBFGS:lookslikeBFGShasrunoutofsearchdirections.BFGS:Warning-LetstryallowingsomeuphillstepsandseeifBFGS:wecangetaroundthisbarrier.BFGS:Warning-ItispossiblethatthesystemmaynowconvergetoBFGS:astationarypointOTHERthanthedesiredminimum.BFGS:Hint-thismaybeanindicationthateither:BFGS:a)youareusingapoorguessatgeom_frequency_estBFGS:and/orgeom_modulus_est,orBFGS:b)youareusingunrealisticconvergencecriteria.BFGS:Suggestthereforethatyouconsiderchangingthem!3、energiesnotcorrectedforfinitebasisset什么意思？要修改那些參數(shù)？？回答：你可以在property中的SCF增加emptyband和減小smearing來(lái)試試關(guān)于結(jié)合能形成能的問(wèn)題我不太明白形成能結(jié)合能和總能之間的關(guān)系?是否可以指教回答：舉例來(lái)說(shuō)吧。對(duì)于Si塊體材料，通過(guò)CASTEP計(jì)算得到的能量就叫總能。如果你想把它切開(kāi)，得到（100）面，通過(guò)添加真空層構(gòu)建一個(gè)sperceLl計(jì)算得到的也叫總能。剛才對(duì)于Si塊體材料的總能乘上系數(shù)再減去Si（100）面總能 這就是Si（100）面的形成能。乘上的系數(shù)保證他們的原子總數(shù)一致。結(jié)合能：如果在Si（100）面上吸附了一個(gè)Mn原子（假如你關(guān)心磁性），和原來(lái)一樣計(jì)算出總能后，減去$其100面的總能再減去Mn原子的總能，得到的就是bindingenergy那位高手能夠介紹一下MS中CASTEP的勢(shì)能模型的適用范圍？比如說(shuō)LDA的什川配丫呱），GGA的（PW91,BP,PBE,BLYPBOP,VWN-BP,PRBE,HCTH），能夠簡(jiǎn)述一下其大致差別更好LDA局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一階梯。它僅僅采用空間點(diǎn)r處的電子密度9（r）來(lái)決定那點(diǎn)交換-相關(guān)能密度的形式。交換-相關(guān)能密度由密度相同的均勻電子氣完全確定。泛函的交換部分就準(zhǔn)確的用均勻電子氣的微分表達(dá)。各種不同的局域密度近似(LDA)僅僅是相關(guān)部分表示方法不同，所有現(xiàn)代應(yīng)用的局域密度泛國(guó)都基于Ceperly和Alder's在80年代對(duì)均勻電子氣總能量的MonteCarlo模擬。廣義梯度近似(GGA):GGA是Jacob階梯的第二個(gè)臺(tái)階，將電子密度的梯度也作為一個(gè)獨(dú)立的變量(I9仕))，在描述交換-相關(guān)能方面，梯度引入了非定域性。66人泛函包含了兩個(gè)主要的方向：一個(gè)稱為“無(wú)參數(shù)”，泛函中新的參數(shù)通過(guò)已知形式中參數(shù)或在其它準(zhǔn)確理論幫助下得到。另外一個(gè)就是經(jīng)驗(yàn)方法，未知參數(shù)來(lái)自于對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的擬和或通過(guò)對(duì)原子和分子性質(zhì)準(zhǔn)確的計(jì)算。Perdew,BurkeandEmzerhof(PBE)以及Perdew-Wangfrom1991(PW91)是無(wú)參數(shù)的，在量子化學(xué)中廣泛采用的GGA，比如Becke,Lee,ParrandYang(BLYP)是經(jīng)驗(yàn)性。LYP校正采用了密度的二階Laplace算符，因此嚴(yán)格上講屬于Jacob階梯的第三階，但通常仍然歸類為GGA.(見(jiàn)后面英文介紹)請(qǐng)問(wèn)：在用CASTEP計(jì)算材料空位缺陷時(shí)，如何才能實(shí)現(xiàn)只取一個(gè)空位呢*在builc下的symtrey有makeP1*不是降低對(duì)稱性，是構(gòu)建超胞makesuppercell然后就可以刪去一個(gè)原子了正常的話如果晶體是原胞，直接刪除一個(gè)原子可能造成很大影響可以建大一點(diǎn)的超晶胞(比如2x2x2超晶胞)然后刪掉一個(gè)原子，這樣比較合理，畢竟缺陷濃度是很低的。*都可以?。∠瓤匆幌聅howsymmetry是P1就可以直接刪一個(gè)，如果不是就換成PI,一般makesupercell后自動(dòng)變成P1了，你可以根據(jù)自己所需的濃度選擇其中一種方式MS無(wú)法收斂請(qǐng)大家?guī)兔纯戳?，摻雜Eu的體系，一開(kāi)始提示增加emptyband,減小$1^@一都做了,把精度設(shè)置到。。@”6,可最后還是在100輪后提示無(wú)法收斂. <--SCF*Warning*max.SCFcyclesperformedbutsystemhasnotreachedthegroundstate.Currenttotalenergy,E=-10141.84970726eVCurrentfreeenergy(E-TS)=-10141.84970726eV(energiesnotcorrectedforfinitebasisset)NBest.0Kenergy(E-0.5TS)=-10141.84970726eV山&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&********************************************************Warning:electronicminimisationdidnotconvergeduringfinitebasissetcorrection.山&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)Checkpointfilecannotbewritten.Errorcalculate_finite_basis:Convergencefailedwhendoingfinitebasissetcorrection.Errorcalculate_finite_basis:Convergencefailedwhendoingfinitebasissetcorrection.山&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&********************************************************Warning:electronicminimisationdidnotconvergeduringfinitebasissetcorrection.山&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)個(gè)Checkpointfilecannotbewritten.[1]MPIAbortbyuserAbortingprogram![1]Abortingprogram![0]MPIAbortbyuserAbortingprogram![0]Abortingprogram!回答：1.增加smearing容易收斂，但是太大可能結(jié)果會(huì)有些問(wèn)題。2.增加循環(huán)的圈數(shù)，3.增加空帶數(shù)目，.體系有自旋單電子的，要設(shè)置自旋極化，如果設(shè)置非自旋極化，可能不收斂.如果是金屬體系，比較難收斂，可以試試修改k點(diǎn)和emptyband試試看。幾何優(yōu)化可以在多大范圍內(nèi)改變?cè)拥奈恢冒?？感覺(jué)每次優(yōu)化后的位置調(diào)整不是很多?。看蠹以谒隳軒Ш蛻B(tài)密度的時(shí)候的時(shí)候是用單點(diǎn)能計(jì)算給出能帶還是幾何優(yōu)化給出能帶??？回答：?jiǎn)栴}1幾何優(yōu)化的目的是尋找壓力最小的幾何結(jié)構(gòu)，原子位置改變不多是因?yàn)槟憬ǖ臉?gòu)形比較合理，比如直接從軟件數(shù)據(jù)庫(kù)中導(dǎo)入的結(jié)構(gòu)在0壓力下改變很小，如果加個(gè)壓力就會(huì)變化大一些。問(wèn)題2一般都是優(yōu)化的時(shí)候算，如果你想算特定構(gòu)形的能帶或其它性質(zhì)，就可以用單點(diǎn)能；【表面模擬】castep計(jì)算中遇到的幾個(gè)問(wèn)題

CODE:[Copytoclipboard]第一"句題：大家回答的差不多。你的結(jié)果肯定是有問(wèn)題的，必須要調(diào)試到?jīng)]這個(gè)警告出現(xiàn)。噌加bands的做法不是很可靠，最好是調(diào)整smearing,怎么調(diào)？最好的方法是測(cè)試，就是大小都調(diào)。不過(guò)你這里提示是要你激小這個(gè)數(shù)值，可以一沈第二個(gè)問(wèn)題：1，每個(gè)位置都要算，通過(guò)能量高低判斷最隹吸附位置。對(duì)于分子可能有多種組合的位置，都要計(jì)算，不過(guò)最好參考下文獻(xiàn)，一般是在高對(duì)稱點(diǎn)咯！推薦下，計(jì)算的時(shí)候固定xy坐標(biāo)，保持高度變化就口k!士，根絕原子半徑判斷，呵呵，在表面就不要考慮，如果你考慮他可能吸附到體內(nèi)去，比如那里是feu位置，有一個(gè)洞，那是可以考慮原子半徑。因?yàn)榘霃酱罅耍莻€(gè)洞容不下他肯定不會(huì)進(jìn)去咯。不過(guò)你把他放到洞里算下就知道噠。一般是用吸附能判斷，吸附能為正就是可以吸附，為負(fù)不吸附。不過(guò)吸附能定義的計(jì)算方法要搞正確就是。吸附能定義為吸附前后物質(zhì)總能量的變化，是結(jié)合能的反數(shù)，也就是吸附體系的能量瀛去清潔表面的能量，再激去被吸附物質(zhì)的能量口3；是否選擇^optimizedcell"一般的體系都可以不選擇，選擇上了計(jì)算量噌大太多。如果不選擇，也不是位置固定。只是那個(gè)合子，或者說(shuō)整體的體積和外形不變化而已。我是這樣的理解的！“怎么模擬表面一殷來(lái)說(shuō)計(jì)算表面吸附是不會(huì)固定下面的基地的，固定了可信度小，發(fā)出去自己也沒(méi)底氣。八般采用的2種辦法，一種是樓上說(shuō)的，固定的最下面層，然后上面和吸附原子接觸的就relax,這個(gè)是相當(dāng)在考慮一個(gè)表面。固定的層數(shù)對(duì)半開(kāi)。第二種方法是不固定層數(shù)，選擇很大的層數(shù)，或者選擇小一點(diǎn)的層數(shù)，固定中間層數(shù)，兩面的原子層數(shù)不固定，這個(gè)就是有兩個(gè)表面的情況。還有少數(shù)是全部固定原子層數(shù)。對(duì)于樓主來(lái)說(shuō)，camtep要固定的話，肯定在你計(jì)算的時(shí)候你選擇的任務(wù)是只算能量，我估計(jì)你應(yīng)該是選擇了結(jié)構(gòu)優(yōu)化，所以朧想你是沒(méi)固定原子位置的。第三個(gè)問(wèn)題：選擇自旋極化，推薦采用默認(rèn)設(shè)置。正常情而下，都會(huì)收斂到比較合理的值。除非自己了解很透徹，再自定義。PW91Perdew-Wanggeneralized-gradientapproximationPerdewandWang(1992)BPBeckeexchangeplusPerdewcorrelationBecke(1988),PerdewandWang(1992)PBEPerdew-Burke-ErnzerhofcorrelationPerdewetal.(1996)RPBERevisedPBEfunctionalbyHammeretal.Hammeretal.(1999)HCTHHamprecht,Cohen,TozerandHandyfunctionalBoeseandHandy(2001)BLYPBeckeexchangeplusLee-Yang-ParrcorrelationBecke(1988),Leeetal.(1988)BOPBeckeOneParameterfunctionalTsunedaetal.(1999)VWN-BPBPfunctionalwiththelocalcorrelationreplacedbytheVWNfunctional.Voskoetal.(1980),Becke(1988),PerdewandWang(1992)VWN:TheVosko-Wilk-Nusair(VWN)functionalisthemostpopularLSDcorrelationpotential.Itusesafittoaccuratenumericalresults(byCeperlyandAlder)ofauniformelectrongas.CeperleyandAlderperformedquantumMonteCarlocalculationsonauniformelectrongasatlowandhighspinlimitsforseveralelectrondensities.VWNusesthePadeinterpolationproceduretofittheCAresultsforboththeparaandferrostatesandforlowandhighdensities.DMol3usesthebestVWN(socalled"Fit")parameters.PWC:ThePerdew-Wang(PWC)functionalisarecentparameterizationoftheCeperleyandAlderdata,whichcorrectssomeVWNproblemswithfitting.PWCisthedefaultfunctionalforDMol3calculations.Thelocalspin-density(LSD)approximationaccuratelypredictsstructures,vibrations,andrelativeenergiesofcovalentsystems;ho,webvoenrdenergiesareseriouslyoverestimated.ThelocalDFTshouldnotbeusedforsystemswithweakbonds,suchashydrogenbonds.TheseproblemswiththeLSDmethodcanbecorrectedtoalargeextentbyusingtheso-calledgradient-corrected(ornonlocal)functionals.P91,BP,BLYP,BOP:DMol3supportsseveralnonlocalexchangeandcorrelationfunctionals.Themostpopular,theBeckeexchangefunctional(B88)isusedinconjunctionwiththePerdew-Wangcorrelationfunctional(BP)ortheLee-Yang-Parrcorrelationfunctional(BLYP).Theso-calledgeneralizedgradientcorrected(GGA)functional,byPerdewandWang(P91)wasderivedbyconsideringlowandhighdensityregimesandbyenforcingvarioussummationrules.PBE:ThePBE(Perdew,BurkeandEnzerhof)functional(1996,1997)isanotherGGAfunctionalinwhichalltheparameters(otherthenthoseinitsLDAcomponent)arefundamentalconstants.TheexchangepartofthisfunctionalissimilartotheBeckeformula(1986),andthecorrelationpartisclosetothePerdew-Wangfunctional(1986).Thisfunctionalhasastrongphysicalbackground,reliablenumericalperformanceanditisfrequentlyusedinDFTcalculations.RPBE:Morerecently,Hamme,rHansenandNorskov(1999)proposedamodifiedversionofthePBEformulathatimprovesconsiderablythermochemicalresults.Sofarthisfunctional,calledRPBE,hasbeenmainlyusedforsolids.HCTH:TheHCTHfunctional,namedfortheauthors'initial(sHamprechtetal.,1998),representsa"pragmatic"philosophyindesigningaDFTfunctional.Assumingthattheexactfunctionalwillneverbefound,theyproposeaflexibleformofgradientcorrectedfunctionalthatisfittedtothetrainingsetofmolecules.Thedefaultforthecurrentimplementation,thesocalledHCTH/407functional,thatwasobtainedbyfittingtothesetofthe407atomicandmolecularsystems(BoeseandHandy,2001).Thisfunctionalwasfoundtopredictamuchimprovedthermochemistryforinorganicandhydrogenbondedsystems.Thestandalonekeywordforthisfunctionalishcth407.TheoriginalHCTH-typefunctionalscanbeactivatedbykeywordhcth93(Hamprechtetal,1998)andhcth147(Boeseetal.2000).AlthoughtheNLSDmethodsaresignificantlybetterthantheLSDmethod,particularlyinstudyingchemicalreactions,theNLSDmethodsmaystillleadtoreactionbarriersthataretoolow.VWN-BP:TheVWN-BPfunctionalisrecommendedforCOSMOandCOSMO-RSstudies.Materials-Studio論壇問(wèn)答全集(精選眾多論壇討論貼)1、問(wèn)：用MS構(gòu)造晶體時(shí)要先確立空間群,可是那些空間群的代碼是啥意思啊，看不懂，我想做的是聚乙烯醇的晶體,嘿嘿,也不知道去哪可以查到它的空間群答：人、要做晶體，首先要查詢晶體數(shù)據(jù)，然后利用晶體數(shù)據(jù)再建立模型。晶體數(shù)據(jù)來(lái)源主要是文獻(xiàn)，或者一些數(shù)據(jù)庫(kù)，比如CCDC。你都不知道這個(gè)晶體是怎么樣的，怎么指定空間群呢？要反過(guò)來(lái)做事情哦：）B、我不知道你指示的代碼是數(shù)字代碼還是字母代碼，數(shù)字代碼它對(duì)應(yīng)了字母的代碼，而字母的代碼它含蓋了一些群論的知識(shí)（晶系,對(duì)稱操作等）,如果要具體了解你的物質(zhì)或者材料屬于那一個(gè)群，你可以查閱一下相關(guān)的手冊(cè),當(dāng)然你要了解一些基本的群論知識(shí).MS自帶了一些材料的晶體結(jié)構(gòu),你可以查詢一下.2、問(wèn)：各位高手，我用ms中的castep進(jìn)行運(yùn)算。無(wú)論cpu是幾個(gè)核心，它只有一個(gè)核心在工作。這個(gè)怎么解決呢？答：請(qǐng)先確認(rèn)以下幾個(gè)問(wèn)題：1，在什么系統(tǒng)下裝，是否裝了并行版本。2，計(jì)算時(shí)設(shè)置參數(shù)的地方是否選擇了并行。3,程序運(yùn)算時(shí)，并不是時(shí)時(shí)刻刻都要用到多個(gè)CPU3、問(wèn)：我已經(jīng)成功地安裝了乂$3.1的Linux版本，串行的DMol3可以成功運(yùn)行。但是運(yùn)行并行的時(shí)候出錯(cuò)。機(jī)器是雙Xeon5320（四核）服務(wù)器，rsh和^^^勻開(kāi)啟，RHEL4.6系統(tǒng)。其中hosts.equi的內(nèi)容如下：localhostibm-consolemachines.LINUX的內(nèi)容如下：localhost:8現(xiàn)在運(yùn)行RunDMol3.sh時(shí)，腳本停在$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun$nolocal-np$nproc$MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe$rootname$DMOL3_DATA這一處，沒(méi)法執(zhí)行這一命令并行運(yùn)算時(shí)，出現(xiàn)以下PIxxxx（x為數(shù)字）輸出ibm-console0/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exelocalhost3/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe請(qǐng)問(wèn)這是什么原因？謝謝！答：主要是rsh中到ibm-consol的沒(méi)有設(shè)置把/etc/hos!改為 localhost.localdomainlocalhostibm-console在后面加個(gè)ibm-console也希望對(duì)大家有幫助!4、問(wèn)：在最后結(jié)果的dos圖中，會(huì)顯示不同電子spd的貢獻(xiàn)，我想問(wèn)的是，假設(shè)MS考慮的原子乂8的電子組態(tài)為2p63s2那么最后的dos結(jié)果中的$,提不是就是2p,跟3s的貢獻(xiàn).比如更高能量的3p是否可能出現(xiàn)在dos中？如果可能的話，在這種情況下，如何區(qū)分2p和3p的貢獻(xiàn)，謝謝.答：A、取決于你的饜勢(shì)勢(shì)里面沒(méi)有3p電子，DOS怎么會(huì)有呢？自然，你的1p1s也不會(huì)出現(xiàn)在你的DOS中。B、我覺(jué)得原子沒(méi)有d軌道但是計(jì)算出來(lái)的DOS圖上有d軌道的貢獻(xiàn)，這可能是電子躍遷所引起的，雖然按照教科書上的d軌道上沒(méi)有電子，但是不排除有電子躍遷過(guò)去，但及時(shí)躍遷也應(yīng)該只是很少的而且一般也都是這樣。C、我考慮的是dos并非指電子出現(xiàn)的幾率，而是能級(jí)的密度.3p構(gòu)成導(dǎo)帶能級(jí)不可能嗎？沒(méi)有d電子出現(xiàn)d的貢獻(xiàn)可以理解是躍遷過(guò)去,那是不是也不否認(rèn)3p的可能？既然不可能有3p,怎么會(huì)有1s1p?畢竟一開(kāi)始計(jì)算中已經(jīng)做了近似？D、第一性原理計(jì)算高于費(fèi)米面的能帶本來(lái)就不怎么可靠的?，F(xiàn)在，計(jì)算的帶隙小于實(shí)驗(yàn)值，很大的原因就來(lái)源于價(jià)帶計(jì)算不準(zhǔn)。p能量高于$不太好理解這里有成鍵反鍵的因素p的反鍵是有可能小于s的成鍵的另外有時(shí)候原子電子組態(tài)沒(méi)有d電子的時(shí)候計(jì)算結(jié)果也出現(xiàn)了d軌道估計(jì)是做軌道投影的問(wèn)題。vasp就有這個(gè)問(wèn)題，但是可以消除這個(gè)錯(cuò)誤的。5、問(wèn)：那位高手能夠介紹一下MS中CASTEP的勢(shì)能模型的適用范圍？比如說(shuō)LDA的也川配丫呱），GGA的（PW91,BP,PBE,BLYP,BOP,VWN-BP,PRBE,HCTH），能夠簡(jiǎn)述一下其大致差別更好答：LDA局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一階梯。它僅僅采用空間點(diǎn)r處的電子密度9（r）來(lái)決定那點(diǎn)交換-相關(guān)能密度的形式。交換-相關(guān)能密度由密度相同的均勻電子氣完全確定。泛函的交換部分就準(zhǔn)確的用均勻電子氣的微分表達(dá)。各種不同的局域密度近似（LDA）僅僅是相關(guān)部分表示方法不同，所有現(xiàn)代應(yīng)用的局域密度泛國(guó)都基于Ceperly和4^6金在80年代對(duì)均勻電子氣總能量的MonteCarl（模擬。廣義梯度近似（GGA）:GGA是Jacob階梯的第二個(gè)臺(tái)階，將電子密度的梯度也作為一個(gè)獨(dú)立的變量（I9仕））,在描述交換-相關(guān)能方面，梯度引入了非定域性。66人泛函包含了兩個(gè)主要的方向：一個(gè)稱為無(wú)參數(shù)”泛函中新的參數(shù)通過(guò)已知形式中參數(shù)或在其它準(zhǔn)確理論幫助下得到。另外一個(gè)就是經(jīng)驗(yàn)方法，未知參數(shù)來(lái)自于對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的擬和或通過(guò)對(duì)原子和分子性質(zhì)準(zhǔn)確的計(jì)算。Perdew,Burkeand￡山26丑0￡^8以及Perdew-Wangfrom1991（PW91）是無(wú)參數(shù)的，在量子化學(xué)中廣泛采用的GGA，比如Becke,Lee,ParrandYang（BLYP經(jīng)驗(yàn)性。LYP校正采用了密度的二階12似a。0算符，因此嚴(yán)格上講屬于Jacob階梯的第三階，但通常仍然歸類為GGA.6、求助］Linux上MS的安裝問(wèn)題我在RHES4.6上安裝MS3.0但是在castej和dmol下的RunDMol3.sh大小為零，沒(méi)有東西,同時(shí)在share下也沒(méi)有匕血目錄，也找不到1^_$6皿。.$腳本請(qǐng)問(wèn)是什么原因？相應(yīng)的出現(xiàn)這樣的錯(cuò)誤信息：/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom:errorwhileloadingsharedlibraries:libcxa.so.3:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory答：假如你有Material^Studio3.1的ISO版本以及l(fā)icene.da^linux機(jī)器上的用戶名為firefox下面是安裝MaterialsStudio3.1lin版本的步驟1假定把MaterialStudio3.的1$。文件mount到/home/firefox/目錄，切換到root帳號(hào)下，然后用下面的命令如下：mount-oloop/home/firefox/MS_MODELI.NiGso/home/firefox/ms2文件mount上去后，退出root帳號(hào)，回到firefo帳號(hào)。然后到/home/firefox/ms/UNIX目錄，運(yùn)行下面的：./Install3、開(kāi)始按提示安裝了）、指定你要Materials$皿（安裝到的目錄，比如/home/firefox/MaterialsStudio2）、下面就是指定你所需要安裝的模塊了，根據(jù)自己的需要選擇，當(dāng)然也可以全部選上3）、然后指定你License_Pack所在的目錄，我們假定也是放到/home/firefox/MaterialsStudio/Licens目錄中，那么先建立這樣的目錄：mkdir/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack接著按提示￡玳0石開(kāi)始安裝Licens_PackJ。4）、下面把你所得到的licene文件msilic.lic拷貝到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/目錄中^$并改名為msilicense.dat5）把/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msi完整ns文佛名按提示輸入。這些完成后。就基本安裝好了。下面就是把gateway運(yùn)行起來(lái)。4到/home/firefox/MaterialsStudio/Ga目錄y運(yùn)行下面的命令：./msgateway_control_18888start提示說(shuō)Gatewaystartsucceeded-runningasproces后，xx就啟動(dòng)成功了。5在ie的地址欄輸入，:188測(cè)頁(yè)面會(huì)顯示該機(jī)器上已經(jīng)安裝好的計(jì)算模塊基本就安裝成功了。注意之處：不要用「。用安裝它）。7、問(wèn)：我想對(duì)NaYF4的電子云分布進(jìn)行模擬計(jì)算，請(qǐng)各位高手指點(diǎn)怎么計(jì)算?？如果有NaYF4的結(jié)構(gòu)的話,請(qǐng)分享一下.答：如果是晶體的話，可以找相關(guān)的文獻(xiàn)看晶格常數(shù)和原子坐標(biāo)，自己構(gòu)建模型后計(jì)算如果沒(méi)有文獻(xiàn)，可以上無(wú)機(jī)晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)ICSD查詢，如果查到，直接導(dǎo)出來(lái)就可以用ms算了電子云分布算一下電子密度就可以了可以用dmol和castep如果要某個(gè)軌道的電子云，dmol算homo-lumo上下若干個(gè)軌道castep算能帶最后那visulizet電子云密度圖就ok了8、問(wèn)：各位高手請(qǐng)教一下用demoJ計(jì)算分子軌道怎么看HUMO,LUMO 圖，其中的黃色藍(lán)色代表什么啊，謝謝了答：dmol計(jì)算的時(shí)候選擇properti（里面的orbitals把homo和lumo選上然后計(jì)算，算完以后打開(kāi)analysi對(duì)話框選擇orbita|就看到你算的homo和lumo了，然后impor^^在模型中可以看見(jiàn)homo和lumo了9、求助有乂$并行計(jì)算經(jīng)驗(yàn)的朋友解答一下我雖然在LINUXCLUSTER 并行成功了，但是并行的時(shí)候CPU計(jì)算利用率很不均衡也不穩(wěn)定有時(shí)候100%有時(shí)候0%而且計(jì)算到一定程度的時(shí)候會(huì)變換運(yùn)行程序在LINUX中的進(jìn)程名換了一次之后CPU使用就開(kāi)始出現(xiàn)不均衡的情況，有一個(gè)CPU90%+，別的都是2-5%的樣子進(jìn)程處與sleepin狀態(tài)只有那一個(gè)CPU在RUN另外說(shuō)一下我每個(gè)節(jié)點(diǎn)的硬件配置相同，用的是CASTEP模塊，K點(diǎn)數(shù)是CPU數(shù)的整數(shù)倍，但是算能帶的時(shí)候不知道如何調(diào)節(jié)K點(diǎn)數(shù)目，不均衡不知道是不是算能帶的時(shí)候?qū)е翶點(diǎn)在每個(gè)CPU上分布不均造成的還想問(wèn)一下我各個(gè)節(jié)點(diǎn)都是同一個(gè)交換機(jī)下的機(jī)器，NFS的效率如何評(píng)估答：A、你應(yīng)該看看內(nèi)存的使用率，一般如果內(nèi)存不足，會(huì)造成你說(shuō)的現(xiàn)象8、所有節(jié)點(diǎn)空閑內(nèi)存都在50%以上啊，發(fā)現(xiàn)只有一個(gè)節(jié)點(diǎn)的CPU占用的厲害別的不超過(guò)10%C、你選用的幾個(gè)cpu進(jìn)行計(jì)算，如果是一個(gè),那就是你發(fā)生的問(wèn)題原因，如果不是一個(gè)，而是選擇幾個(gè)cpu進(jìn)行計(jì)算那么應(yīng)該是節(jié)點(diǎn)之間的通訊問(wèn)題了,這需要進(jìn)行機(jī)群的的調(diào)節(jié)了10、問(wèn)：CASTEP能算pdos的自旋情況嗎答：可以計(jì)算體系的自旋態(tài)密度alpha和beta分別為自旋向上和自旋向下totalsp是l總自旋計(jì)算的時(shí)候必須把自旋極化-spinpolariz選上才能畫自旋態(tài)密度11、問(wèn)：大家?guī)兔纯催@是什么問(wèn)題我再用demol計(jì)算動(dòng)力學(xué)的時(shí)候,不管怎么設(shè)置參數(shù)它老出現(xiàn)這個(gè)提示Error:SCFiterationsnotconverg5ed0itnerationsMessage:SCFnotconverging.Choose"UseSmearing"onDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfileYoumayalsoneedtochangespinorusesymmetryResubmitDMol3Message:DMol3jobfailedError:DMol3exiting請(qǐng)教高手這是什么原因啊?答：SCFnotconverging.Choose“UseSmearing"onDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfile無(wú)法收斂，加大計(jì)算步數(shù)。你錯(cuò)誤的原因是體系在50步內(nèi)不能收斂,你可以增加收斂計(jì)算步數(shù),比如增加到100系統(tǒng)提示你改變"UseSmearing"FD"OccupationThermal"H設(shè)置參數(shù)這兩個(gè)參數(shù)在設(shè)置對(duì)話框中）,還提出建議讓你改變自旋和對(duì)稱設(shè)置來(lái)試一試。不收斂，解決方法一加大圈數(shù)，DMol3calculations》electron標(biāo)簽下More選項(xiàng)一》SCF選項(xiàng)，中Max.SCFCycles加大，最多1000圈，如果1000圈收斂不了就用方法二，加大smearing在SCF標(biāo)簽下把orbitaloccypan下面的勾打上，然后設(shè)置smearing設(shè)置重小到大逐漸增大，smearing如果很大，雖然能收斂但是最后的構(gòu)型有問(wèn)題。做乂$計(jì)算，我的感覺(jué)是沒(méi)有必要一步算到位，就是說(shuō)你的計(jì)算精度（能量，力等等）可以一步一步來(lái)，或者是$!^@「血且慢慢變小，這樣容易收斂些。12、新手請(qǐng)教幾個(gè)不專業(yè)的問(wèn)題1.（1x1）CO中（1x1：是什么意思？2.態(tài)密度、能態(tài)密度和電子態(tài)密度的區(qū)別？K|-resolve是什么意思？如何在半導(dǎo)體上建金屬表面？如何翻譯？supercellgeometrytheViennaab-initiosimulationpaAcSkPa）ge（Vthegeneralizedgradientapproximationtheplanewaveexpansionstructuralrelaxationsatight-bindinglinearmuffintinorbital（TB-LMTO）methodtheTB-LMTOmethodtheprincilpaayle-rGreen’sfunctiontechniquetheK||-resolvedtransmissionK||-resolvedDOSattheFermient這句y話怎么理解??？用MS能不能計(jì)算一個(gè)體系的電導(dǎo)？如何去算？答：1.（1乂）表示的是表面的構(gòu)型，2乂是（1乂）的四倍，也就是x和y上分別用兩倍單位平移定義表面的晶格常數(shù)a和b,c軸與表面方向平行，c的大小取決于原子層和真空層厚度2.應(yīng)該是沒(méi)有區(qū)別，可能是稱呼不同而已。3.不清楚什么意思.用ms里面的3丫0「buil（構(gòu)建界面，基底為半導(dǎo)體，半導(dǎo)體上長(zhǎng)金屬層是通過(guò)layerbuilder構(gòu)建的.supercellgeomet-y超胞結(jié)構(gòu)theViennaab-initiosimulationpackage—eA隹也納從頭算模擬軟件包thegeneralizedgradientapproximat廣o義梯度近似theplanewaveexpan—ion平面波展開(kāi)structuralrelaxa——o結(jié)構(gòu)弛豫atight-bindinglinearmuffintinorbital（18-1乂0）—緊束縛線性丸盒軌道theTB-LMTOmetho—d—緊束縛線性丸盒軌道方法theprincilpaayle-rGreen’sfunctiontechniq？ue——theK|-resolvedtransmission?.不是很清楚，沒(méi)有上下文先計(jì)算出態(tài)密度。然后通過(guò)由玻爾茲曼方程推導(dǎo)出的電導(dǎo)率公式來(lái)算,見(jiàn)固體物理。提供兩篇參考文獻(xiàn)是做輸運(yùn)系數(shù)的計(jì)算的：GeorgK.H.Madsen,DavidJ.Singh.ComputerPhysicsCommunications175（200667~71.PhilipB.Aleen,WarrenE.Pickett,HenryKarkauer.PhyscicalReviewB37（1988）2721~2726.13、請(qǐng)問(wèn)：在用CASTEP計(jì)算材料空位缺陷時(shí)，如何才能實(shí)現(xiàn)只取一個(gè)空位呢？答：降低對(duì)稱性，再0￡1￡1￡一個(gè)原子就可以了在匕31嚇的$丫m仃6丫有makeP1不是降低對(duì)稱性，是構(gòu)建超胞makesuppercell然后就可以刪去一個(gè)原子了正常的話如果晶體是原胞，直接刪除一個(gè)原子可能造成很大影響可以建大一點(diǎn)的超晶胞（比如2乂乂超晶胞）然后刪掉一個(gè)原子，這樣比較合理，畢竟缺陷濃度是很低的。14、求助］MS是否可以做原子數(shù)在10-20個(gè)左右的簇合物的結(jié)構(gòu)模擬我想得到一些原子數(shù)在10-20個(gè)左右的一元或二元原子簇合物的低能構(gòu)型。MS里的分子模擬功能是否可以模擬出一些能量局部最小化的構(gòu)型？如果不行的話，麻煩熟悉這方面的蟲子給推薦個(gè)軟件，最好是免費(fèi)的。我的要求很簡(jiǎn)單，就只要找到低能量構(gòu)型即可。手動(dòng)直接構(gòu)建實(shí)在是太麻煩了，而且說(shuō)服力很低。謝謝指教！答：人、可以，dmol模塊可以達(dá)到你的要求B、感謝樓上各位。不過(guò)我琢磨了半天，好像無(wú)論是Gaussian還是MS,都是要給定基本定型的構(gòu)型，然后進(jìn)行優(yōu)化后獲得更精煉一些的構(gòu)型。我想做這樣一件事：已知原子數(shù)為10的構(gòu)型，第11個(gè)原子任意放置，然后程序自動(dòng)變化第11個(gè)原子的位置，甚至變化11個(gè)原子的位置（既第11個(gè)原子對(duì)其他10原子的構(gòu)型進(jìn)行微擾）得到不同能量的局部的低能構(gòu)型。自己琢磨的，肯定很多不足，不是否有相關(guān)的參考資料。還請(qǐng)賜教，15、msdiscove停電后如何處理msdisc。ve算了一個(gè)星期，還有