語言入門與繪圖-2.r01散點圖

R基礎(chǔ)——繪1散點頻率直方盒形聚類熱2小散點圖的介紹與應(yīng)散點圖的繪制（R代碼3散點圖是典型的二維簡單但應(yīng)用最廣合理使用，可以良好呈現(xiàn)數(shù)據(jù)的 用不同的顏色2） 4兩組樣本重復(fù) 整合不同類型的數(shù)據(jù)：火山

5不同處理的數(shù)據(jù)的比不同處理組導(dǎo)致的差異

不同組學(xué)數(shù)據(jù)的比較（轉(zhuǎn)錄—蛋白關(guān)聯(lián)6 注：在 的系列課程中講解各類曼哈頓圖的詳細(xì)畫法73D圖形雖然好看，但不直8 富集因子（X軸通路類型（Y軸通路 的數(shù)量（圓圈大小富集的Qvalue（圓圈顏色9BarshisDJ,LadnerJT,OliverTA,etal.Genomicbasisforcoralresiliencetoclimatechange[J].ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,2013,110(4):1387-1392. 遍在普通珊瑚組大于耐高溫珊瑚組（在45° 練習(xí)中，有類似的練習(xí)來期望得到與處理相關(guān)的生物學(xué)結(jié) 反饋：tooboring 小散點圖的介紹與應(yīng)散點圖的繪制（R代碼plot(cars)cars是預(yù)存在R軟件中的數(shù)main,sub,xlab,xlim,col,col.main,col.sub,col.axis,font.main,font.sub,font.axis,cex,cex.main,cex.sub,cex.axis,"p"for"l"for"b"for"c"forthelinespartaloneof"o"forboth"h"for‘histogram’like(or‘high-density’)verticallines,"s"forstair"S"forothersteps,see‘Details’"n"forno1：正常（默認(rèn)）234 main,sub,xlab,xlim,col,col.main,col.sub,col.axis,font.main,font.sub,font.axis,cex,cex.main,cex.sub,cex.axis,繪制樣品C1和C2的表達(dá)散點改變當(dāng) 到“你個人電腦的路徑/散點圖 all.fpkm中含有所有樣本 表達(dá)信參 備注：這 #readtheexpressionexpr=入數(shù)據(jù)框#draw

圖結(jié)果導(dǎo)入png文

#對expr數(shù)據(jù)框的兩列取log2值并畫圖，expr$C1_FPKM表數(shù)據(jù)框色紅色，x軸和y軸的限定范圍都是-5~10；并對x、y軸設(shè)定；表達(dá)量取log2后(讓數(shù)據(jù)更加均一)，繪制散點圖；$是下一級xlim=c(-5,12),ylim=c(- 保留三位有效數(shù) #將相關(guān)系數(shù)的結(jié)果補充 上dev.off()#關(guān)閉畫圖程突變頻率（MAF）與效長度與包含的SNP在兩個物種中的拷貝…突變的人群頻率與效 1學(xué)習(xí)來自《Rforbeginner》中的一個經(jīng)典實例，了x<-y<-plot(x,plot(x,y,xlab="Tenrandomvalues",ylab="Tenothervalues",xlim=c(-2,2),ylim=c(-2,2),pch=22,customizeaplotwithR",las=1,cex=1.5)bg:制背景#bty:控制圖形邊框形狀，可用的值為（邊框和字符的外表相像）；如果則不繪制邊標(biāo)文本高度）百分比，默認(rèn)值是-0.5；#las:控制坐標(biāo)軸刻度數(shù)字標(biāo)記方向的整數(shù)（0行于軸，12豎排xlim=c(-2,2),ylim=c(-2,2),pch=22,col="red",bg="yellow",bty="l",tcl=-.25,las=1,cex=1.5)title("HowtocustomizeaplotwithR(bis)",font.main=3,#圖形都將按照par指定的參數(shù)來繪left,top,right),缺省值為c(5.1,4.1,4.1,2.1)#tile:加標(biāo)題#adj:控制關(guān)于文字的對齊方式，0是左對齊是居中對齊，1是右對齊，值>1時，對齊位置的地方；如果給出兩個值（例如c(0,0))，第二個:: 完全“手工par(bg="lightgray",mar=c(2.5,1.5,2.5,plot(x,y,type="n",xlab="",ylab="",xlim=c(-2,2),ylim=c(-2,2),xaxt="n",yaxt="n")rect(-3333,col="cornsilkpoints(x,y,pch=10,col="red",axis(side=1,c(-2,0,2),tcl=-0.2,axis(side=2,-1:1,tcl=-0.2,title("HowtocustomizeaplotwithR(ter)",font.main=4,adj=1,mtext("Tenrandomvalues",side=1,line=1,at=1,cex=0.9,mtext("Tenothervalues",side=3,line=0.5,at=-1.8,cex