醫(yī)療大數(shù)據(jù)平臺建設(shè)及應(yīng)用

醫(yī)療大數(shù)據(jù)平臺建設(shè)及應(yīng)用中山大學(xué)腫瘤防治中心 孫穎2提綱數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化及集成建立數(shù)據(jù)字典建立數(shù)據(jù)對應(yīng)關(guān)樣本庫、測序數(shù)據(jù)系數(shù)據(jù)加工處理后結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)歸一時(shí)間軸數(shù)據(jù)應(yīng)用數(shù)據(jù)查詢與導(dǎo)出CRF表建立及填寫臨床輔助決策支持系統(tǒng)·

淋巴結(jié)GTVnd(L)GTVnd-

LGTVnd_LNeck

LN(L)GTVnx-

LGTVNLGTVLNLNeck

LN(L)GTV-

nd-

L·

CTVCTV

1P_CTV

1CTV-

1CTV

60Taegrt1Target1CTV·

CTVnd(L)·

GTV-

ND-

L·

GTV-

ND-

l前瞻性研究(內(nèi)部已經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化）:互連互通共享回顧性研究(大數(shù)據(jù)）從全樣本(單病種）中快速準(zhǔn)確地篩選出某個(gè)參數(shù)/亞組·

腦干Brain

StemOR

Brain

StemBrainBrain

stemOR

brainstemOR

Brain

Stem1GTVGTVGTVnxGTVpGTV-nxGTV-NXGTV70關(guān)鍵一步:建立數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)(應(yīng)用導(dǎo)向）數(shù)據(jù)應(yīng)用數(shù)據(jù)查詢

CRF表建與導(dǎo)出 立及填寫臨床輔助決策支持系統(tǒng)數(shù)據(jù)加工處理后結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)歸一時(shí)間軸數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化及集成建立數(shù)據(jù) 建立數(shù)據(jù) 樣本庫、字典 對應(yīng)關(guān)系測序數(shù)據(jù)人口學(xué)信息就診記錄診斷主表一訴五史手術(shù)治療TNM分期放射治療化療靶向治療醫(yī)囑信息通用字段集(疾病）…專病字段集

(胃癌）專病字段集

(肝癌）專病字段集

(肺癌）……?？仆ㄓ米侄?腫瘤）放療專科病理?？屏馨徒Y(jié)轉(zhuǎn)移部位右頸部II區(qū)左側(cè)咽后區(qū)

左側(cè)鎖骨上區(qū)專病字段集(鼻咽癌）分子標(biāo)志物

E

B

.

DNA病理角化性鱗狀細(xì)胞癌分化型非角化性鱗狀細(xì)胞癌未分化型非角化性鱗狀細(xì)胞癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移部位腹腔干腸周腸系膜內(nèi)專病字段集(腸癌）分子標(biāo)志物

CEA病理腺癌;髓樣癌;腺瘤;印戒細(xì)胞癌;粘液腺癌;乳頭狀腺癌微創(chuàng)介入?？啤P(guān)鍵一步:建立數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)(應(yīng)用導(dǎo)向）數(shù)據(jù)應(yīng)用數(shù)據(jù)查詢

CRF表建與導(dǎo)出 立及填寫臨床輔助決策支持系統(tǒng)數(shù)據(jù)加工處理后結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)歸一時(shí)間軸數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化及集成建立數(shù)據(jù) 建立數(shù)據(jù) 樣本庫、字典 對應(yīng)關(guān)系測序數(shù)據(jù)關(guān)鍵一步:建立數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)(應(yīng)用導(dǎo)向）建自己擅長疾病的數(shù)據(jù)庫(對數(shù)據(jù)的感覺最到位)大的架構(gòu)參考國內(nèi)外同類數(shù)據(jù)庫參考行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)結(jié)合醫(yī)院自身特色數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)融入平臺系統(tǒng)(不能紙上談兵）數(shù)據(jù)集成:廣度(放療,從業(yè)務(wù)系統(tǒng)建設(shè)開始）數(shù)據(jù)應(yīng)用立及填寫數(shù)據(jù)查詢

CRF表建

臨床輔助決與導(dǎo)出策支持系統(tǒng)數(shù)據(jù)加工處理后結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)歸一 時(shí)間軸數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化及集成建立數(shù)據(jù)

建立數(shù)據(jù)字典 對應(yīng)關(guān)系樣本庫、測序數(shù)據(jù)歷時(shí)10年,完成了放療中心信息化、平臺化、智能化的改造國內(nèi)首家無紙化流程、全績效管理、消除放療信息"孤島"數(shù)據(jù)集成:廣度數(shù)據(jù)應(yīng)用立及填寫數(shù)據(jù)查詢

CRF表建

臨床輔助決與導(dǎo)出策支持系統(tǒng)數(shù)據(jù)加工處理后結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)歸一 時(shí)間軸數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化及集成建立數(shù)據(jù)

建立數(shù)據(jù)字典 對應(yīng)關(guān)系樣本庫、測序數(shù)據(jù)放射治療17個(gè)步驟全部無紙化,部分結(jié)論性的結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)傳給大數(shù)據(jù)平臺1個(gè)群,5個(gè)廠商,30個(gè)人數(shù)據(jù)集成:廣度(生物樣本庫）10LeveI

2LeveI

3通過結(jié)構(gòu)化和歸一算法將大段自然語言處理為標(biāo)準(zhǔn)字段和閾值可進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析結(jié)構(gòu)化數(shù)化數(shù)據(jù)LeveI

1根據(jù)多份病歷(時(shí)間關(guān)系)、多次結(jié)果(不同來源)進(jìn)行多種形式的關(guān)聯(lián)和復(fù)雜邏輯計(jì)算直接映射存儲規(guī)范的數(shù)據(jù)多病歷跨文本一訴五史、檢查報(bào)告等長文本人口學(xué)信息,藥品醫(yī)囑等數(shù)據(jù)"喚醒"按數(shù)據(jù)特性分為3級非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)應(yīng)用數(shù)據(jù)查詢

CRF表建與導(dǎo)出 立及填寫臨床輔助決策支持系統(tǒng)數(shù)據(jù)加工處理后結(jié)構(gòu)化 數(shù)據(jù)歸一時(shí)間軸數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化及集成建立數(shù)據(jù) 建立數(shù)據(jù) 樣本庫、字典 對應(yīng)關(guān)系測序數(shù)據(jù)基于L1字段、設(shè)立規(guī)則、自動入庫,動態(tài)增長序號 專病/

?？坪Y選條件數(shù)據(jù)源入組條件HIs門診HIs-ADT記錄HIs住

HIs住

住院醫(yī)

病理院就診

院診斷

生站診

診斷記錄

斷1鼻咽癌√√1

）包含"NPC"或"鼻咽癌",且2

）鼻咽科住院患者2大腸癌√√√

1

）包含"直"或者"結(jié)",2

）包含"腸"3

）包含"癌"或者"瘤",上述3個(gè)條件為且的關(guān)系3甲狀腺√√√ 包含"甲狀"的患者4重癥√有ICU記錄的患者,即在ICU住院的所有患者5兒童腫瘤√√初診年齡小于等于18的患者6肺癌√√1

）"肺",且2

）"肺"之后包含"癌"或"惡性腫瘤7胃癌√√1

）"胃"或者"賁門"或者"幽門",且2）"胃"或者"賁門"或者"幽門"之后包含"癌"或"瘤"8淋巴癌√√包含,每個(gè)條件為或關(guān)系:1

）淋巴瘤、2

）曹樣、3

）漿細(xì)胞、4

）巨球蛋白、5

）白血病、6

）淋巴肉瘤、7Castleman、8

）NK/T、9）DLBCL、10

）FL、11

）HL、12

）MZL、13）LBL、14

）s

LL、15

）

CLL、16

）MF、17

）TCL、18

）MCL9肝癌√√包含:1."肝"、且2."肝"之后包含"癌"或"瘤"或"占位"或"結(jié)節(jié)"?；蛘?3.包含"H

C"P

L

C"或"F

N

H"的英文縮寫,且4.等于"ICC",且5.等于"ICC術(shù)后",且6.等于"I

C

C?"10胰腺癌√√包含:1."胰",且2."胰"之后包含"癌"或"瘤"或"占位"?；蛘?3.包含"P

D

A

C"的英文縮寫。數(shù)據(jù)"喚醒"鼻咽腔狹窄,鼻咽頂壁、頂后壁、雙側(cè)壁明顯增厚,T1W呈等信號,T2W呈

稍高信號,增強(qiáng)后明顯強(qiáng)化,雙側(cè)咽隱窩消失。左側(cè)咽旁脂肪間隙變窄,左側(cè)腭帆提肌、左側(cè)翼內(nèi)肌內(nèi)上緣、左側(cè)頭長肌受侵。左側(cè)咽后見淋巴結(jié),直徑約10～13mm,腫塊向上侵犯左側(cè)蝶竇,左側(cè)破裂孔及左側(cè)卵圓孔見軟組織影,增強(qiáng)后強(qiáng)化,并向上累及左側(cè)海綿竇及左側(cè)題部腦膜,形成結(jié)節(jié)影,大小約30mmx19mm,增強(qiáng)后強(qiáng)化,包繞左側(cè)頸內(nèi)動脈管。向后突向左側(cè)橋前池?？谘孰p側(cè)壁未見異常。蝶骨基底部、斜坡、左側(cè)翼突、左側(cè)蝶骨大翼、

左側(cè)巖尖、骨質(zhì)信號減低,增強(qiáng)后強(qiáng)化;右側(cè)海綿竇形態(tài)正常,未見增寬。雙眼大小、形態(tài)、位置均屬正常、信號均勻,球后未見占位性病變;蝶鞍形態(tài)正常,其內(nèi)未見占位性病變。針

對

"

L

2

"

字

段

:

"后"結(jié)構(gòu)化(長文本的一訴五史、檢查報(bào)告）采用自然語言處理檢查所見檢查結(jié)論鼻咽腫物,考慮鼻咽癌。顱底骨質(zhì)破壞。左側(cè)咽后淋巴結(jié)腫大,考慮轉(zhuǎn)移。鼻竇炎;左側(cè)乳突炎。1122TNM分期輸出解剖結(jié)構(gòu)受侵側(cè)分期腭帆提肌左T1翼內(nèi)肌左T3蝶骨基底部無側(cè)性T3斜坡無側(cè)性T3巖尖左T3蝶骨大翼左T3破裂孔左T3卵圓孔左T3腦池左T4蝶竇左T3海綿竇左T4腦膜左T4解剖結(jié)構(gòu)分區(qū)受侵側(cè)淋巴結(jié)N轉(zhuǎn)移Y左淋巴結(jié)M轉(zhuǎn)移N是否肝轉(zhuǎn)移N是否肺轉(zhuǎn)移N數(shù)據(jù)"喚醒":加工處理,提升數(shù)據(jù)"精度"數(shù)據(jù)"喚醒":加工處理,提升數(shù)據(jù)"精度"實(shí)時(shí)評估填充率（反復(fù)迭代,形成數(shù)據(jù)資產(chǎn)）數(shù)據(jù)平臺:數(shù)據(jù)組織能力→時(shí)間數(shù)據(jù)平臺:數(shù)據(jù)組織能力→時(shí)間軸數(shù)據(jù)平臺:數(shù)據(jù)組織能力→時(shí)間軸數(shù)據(jù)平臺:數(shù)據(jù)組織能力→時(shí)間軸數(shù)據(jù)平臺:數(shù)據(jù)組織能力→時(shí)間軸數(shù)據(jù)平臺:數(shù)據(jù)組織能力→時(shí)間軸數(shù)據(jù)平臺:數(shù)據(jù)組織能力→時(shí)間軸數(shù)據(jù)平臺:數(shù)據(jù)組織能力→時(shí)間軸數(shù)據(jù)平臺:數(shù)據(jù)組織能力→時(shí)間軸選擇決策指導(dǎo)決策性分析應(yīng)用 對決策進(jìn)行指導(dǎo)和優(yōu)化預(yù)測未來預(yù)測性分析應(yīng)用對事物發(fā)展的趨勢進(jìn)行預(yù)測中國科學(xué)院院士、中國人民解放軍軍事科學(xué)院副院長梅宏大數(shù)據(jù)的應(yīng)用層次認(rèn)知現(xiàn)狀描述性分析 信息和知識展現(xiàn)數(shù)據(jù)應(yīng)用數(shù)據(jù)應(yīng)用數(shù)據(jù)查詢

CRF表建與導(dǎo)出 立及填寫臨床輔助決策支持系統(tǒng)數(shù)據(jù)加工處理后結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)歸一時(shí)間軸數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化及集成建立數(shù)據(jù) 建立數(shù)據(jù) 樣本庫、字典 對應(yīng)關(guān)系測序數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)應(yīng)用:專病庫數(shù)據(jù)應(yīng)用立及填寫數(shù)據(jù)查詢

CRF表建

臨床輔助決與導(dǎo)出策支持系統(tǒng)數(shù)據(jù)加工處理后結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)歸一 時(shí)間軸數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化及集成建立數(shù)據(jù)

建立數(shù)據(jù)字典 對應(yīng)關(guān)系樣本庫、測序數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)應(yīng)用:數(shù)據(jù)查詢（條件樹搜索）1.提供候選項(xiàng)化療目的為同期或誘導(dǎo)2.提供符合條件的病例.支持相對時(shí)間的事件搜索進(jìn)行了誘導(dǎo)或同期化療的病人中,5次EBV數(shù)據(jù)應(yīng)用:數(shù)據(jù)查詢(事件搜索）●HBV.reIated

hepatitis14●出現(xiàn)了HBV激活51●規(guī)律性檢測HBV

DNA563●HBsAg.positive3710●進(jìn)行了HBV檢查11616●2

008

.

1

~

2016

.

12●病理確診M0,NPC46919數(shù)據(jù)應(yīng)用:遴選出罕見事件化療導(dǎo)致乙肝病毒激活:提示高危方案鼻咽癌調(diào)強(qiáng)放療后腦干損傷

(

B

S

I

）

劑量學(xué)分析SYSUCC大數(shù)據(jù)智能平臺鼻咽癌單病種庫初診無遠(yuǎn)轉(zhuǎn)IMRT的NPC(2009-2

0

1

5

,

n

=

1

0

1

2

6

)MRI禁忌癥(n=9

8)

放療后MRI隨訪不超過1年(n=2

5

9

2)放療計(jì)劃缺失、中斷或再計(jì)劃(n=1

1

4

8)n=6288中位隨訪56.3m3-y

OS

96.8%24

BSI

vs

6264

non-BSI歸影像學(xué)轉(zhuǎn)BSI發(fā)生率0.38%(24/6288)中位潛伏期為14.5m

CR

54.2%(13/24,中位

12.5m)PR

20.8%(5/24)LASSO回歸:32個(gè)DVH參數(shù)→DmaxROC曲線:Dmax=67.4Gy(D2)(AUC=0.898;se=0.833;spe=0.835)IMRT時(shí)代下NPC放療后

Bs

I發(fā)生率低,影像學(xué)轉(zhuǎn)歸預(yù)后較好推薦較為寬松的腦干高劑量區(qū)限制D

max=67.4

Gy

(D

2)劑量學(xué)分析首個(gè)IMRT時(shí)代BSI影像學(xué)及劑量學(xué)的大型隊(duì)列研究鼻咽癌放化療后復(fù)查,與2015.1.5片對比;鼻咽腔稍狹窄,鼻咽左頂壁、左頂后壁稍增厚,左側(cè)咽隱窩稍狹窄,較前無大變化,其余各壁未見明顯增厚,右側(cè)咽隱窩存在。左側(cè)咽隱窩及稍上方咽旁間隙、咽后間隙見片狀異常信號區(qū),增強(qiáng)后稍有強(qiáng)化,病變范圍大致同前。左側(cè)腭帆張肌和腭帆提肌、左側(cè)頭長肌結(jié)構(gòu)欠清晰。雙側(cè)翼內(nèi)肌未見異常,雙側(cè)咽后未見明顯腫大淋巴結(jié)?？谘孰p側(cè)壁未見增厚。雙側(cè)翼腭窩、雙側(cè)咀嚼肌間隙未見異常。斜坡、左側(cè)巖尖、蝶骨基底部、左側(cè)枕骨基底部骨質(zhì)信號減低,不均勻輕度強(qiáng)化,大致同前。雙側(cè)上頜竇、篩竇、蝶竇、左側(cè)乳突粘膜增厚,部分內(nèi)見分泌物,骨壁完整。蝶鞍形態(tài)、大小正常,未見異常信號影。雙側(cè)海綿竇形態(tài)正常,未見增寬。雙眼未見異常。甲狀腺右葉后份見異常信號影,大小約10

mmx

16

mm,邊界清楚,T

1

w

1為稍低信號,T

2

w

1為高信號,增強(qiáng)后不均勻強(qiáng)化,病變較前無大變化。甲狀腺左葉、雙側(cè)頜下腺未見異常信號。雙側(cè)腮腺未見異常信號。喉部結(jié)構(gòu)未見異常。雙頸部未見腫大淋巴結(jié)。雙側(cè)題葉見斑片、結(jié)節(jié)狀強(qiáng)化灶,周圍見片狀水腫帶。數(shù)據(jù)應(yīng)用:從幾萬份報(bào)告中遴選出罕見事件鼻咽癌EBV

DNA,cutoff值:有爭議（病例數(shù)少）作者Twu

(2007)雜志Int

J

Radiat

Oncol,Biol,

Phys樣本量114中位隨訪46月放療2D-CRTcutoff1500OS:

<cutoff

vs

≥cut-off4y:

3.1%

vs60.3%Wei

(2014)Oncol

Res

Treat21460.1月2D-CRT15005y:

86.8%

vs64.6%Lin

(2004)N

Engl

J

Med9930月2D-CRT15002y:

100%

vs