細菌的分類與鑒定

黃海2021.3細菌的分類與鑒定1整理ppt內容一、細菌的分類概述 〔一〕通用分類單元 〔二〕微生物的界級分類學說二、細菌的分類和鑒定 〔一〕生物分類的兩種根本原那么 〔二〕細菌分類鑒定的指標 〔三〕細菌分類鑒定的實驗室技術2整理ppt一、細菌的分類概述 〔一〕通用分類單元 〔二〕微生物的界級分類學說3整理ppt微生物分類學〔microbialtaxonomy〕：是一門按微生物的親緣關系把它們安排成條理清楚的各種分類單元或分類群的科學。具體任務分類〔classification〕鑒定〔identification〕命名〔nomenclature〕一、細菌的分類概述4整理ppt命名(nomenclature)：根據(jù)命名法規(guī)，給每一個分類群一個專有的名稱。鑒定(identification或determination)：借助于現(xiàn)有的微生物分類系統(tǒng)，通過特征測定，確定未知的、或新發(fā)現(xiàn)的、或未明確分類地位的微生物所應歸屬分類群的過程。分類(classification)：根據(jù)一定的原那么對微生物進行分群歸類，根據(jù)相似性或相關性水平排列成系統(tǒng)，并對各個分類群的特征進行描述，以便查考和對未被分類的微生物進行鑒定。5整理ppt〔一〕通用分類單元七級分類單元：

界(Kingdom)、

門(Phylum)、

綱(Class)、

目(Order)、

科(Family)、

屬(Genus)、

種(Species)。大腸埃希氏菌界：細菌界門：變形菌門(Bacteria)綱：γ-變形菌綱(Proteobacteria)目：腸桿菌目(Enterobacteriales)科：腸桿菌科(Enterobacteriaceae)屬：埃希氏菌屬(Escherichia)種：大腸桿菌種(coli)6整理ppt必要時可在兩級之間添加輔助單元，如亞門。七級分類單元的第一個字母必須大寫，而且整個名稱用正體字表示。如：子囊菌綱Ascomycetes7整理ppt種：根本分類單位，是一大群表型特征高度相似、親緣關系極其接近、與同屬內其他種有著明顯差異的菌株的總稱。種內可進一步分為亞種種是最根本的分類單位。具有完全或極多相同特點的有機體構成同種。性質相似、相互有關的各種組成屬。相近似的屬合并為科。近似的科合并為目。近似的目歸納為綱。綜合各綱成為門。由此構成一個完整的分類系統(tǒng)。8整理ppt1.學名學名：一個菌種的科學名稱，是按照?國際細菌命名法那么?命名的，國際學術界公認并通用的正式名字。俗名：普通的、通俗的、地區(qū)性的名字，如：用“結核桿菌〞表示“結核分枝桿菌〞，大腸埃希氏菌(E.coli)通常稱為大腸桿菌。9整理ppt采用“雙名制〞的國際植物命名法那么?！半p名制〞是瑞典植物學家林奈〔Linneaus〕于1953年介紹的植物命名原那么，該方法已廣泛用于植物、動物、微生物的命名?！半p名制〞是用兩個拉丁文或拉丁化的其他文字組成的一個學名。2.學名的命名10整理ppt學名由屬名和種名組成書寫時：屬名+種名；Escherichiacoli翻譯時：種名在前，屬名在后；印刷時，學名用斜體字；書寫時，在學名下加一橫線表示斜體字母。如：Aspergillusniger或Aspergillusniger屬名〔曲霉〕種名〔黑〕11整理ppt3.屬名屬名：表示微生物的主要形態(tài)特征、生理特征或以研究者的人名表示。單數(shù)，字首大寫。根霉屬、毛霉屬：形態(tài)特征丙酸桿菌屬、乳酸桿菌屬：生理特征+形態(tài)特征沙門氏桿菌屬：研究者的人名+形態(tài)特征12整理ppt4.種名種名：說明微生物的顏色、形狀、用途，有時用人名、地名、微生物寄生的宿主名稱和致病的性質來表示。字母小寫。黑曲霉——顏色巴斯德酵母——人名北京棒桿菌——地名豬霍亂沙門氏菌——寄生的宿主名稱和致病性質13整理ppt種名未確定：屬名加sp.〔單數(shù)〕或spp.〔復數(shù)〕表示。Bacillussp.一種芽孢桿菌Bacillusspp.假設干芽孢桿菌14整理ppt5.亞種、變種的命名亞種：subspecies，簡稱“subsp.〞變種：variety，簡稱“var.〞命名：三名法屬名+種名+〔subsp.或var.〕+亞種〔或變種〕可省略如：Saccharomycescerevisiaevar.ellipsoideus釀酒酵母橢圓變種Bacteroidesfragilissubsp.Ovatus脆弱擬桿菌卵形亞種15整理ppt6.新種的命名新種：屬名+種名+sp.nov.

如：Corymebacteriumpekinensesp.Nov.AS1.229

北京棒桿菌AS1.229新種16整理ppt★菌株〔在病毒中稱毒株〕：表示任何由一個獨立別離的單細胞〔或單個病毒粒子〕繁殖而成的純種群體及其一切后代。一種微生物的每一個不同來源的純培養(yǎng)物均可稱為該菌種的一個菌株?！锞甑拿Q放在學名的后面，可用字母、符號、編號、研究機構或菌種保藏機構的縮寫來表示。17整理ppt7.定名人、定名年份的表示屬名+種名+〔首次定名人〕+現(xiàn)名定名人+定名年份如：Escherichiacoli(Migula)CastellanietChalmers1919大腸桿菌Bacillussubtilis(Ehrenberg)Cohn1872枯草芽孢桿菌18整理ppt〔二〕微生物的界級分類學說生物分界是把地球上的所有生物按照形態(tài)、結構、生理功能、分布、生態(tài)等等特點而劃分成一個個比較接近的各種生物類型集體的過程，生物分界是一項不斷進行中的工作，隨著科學的開展而不斷深化。陰影局部為微生物19整理ppt二界系統(tǒng)：植物界和動物界兩界系統(tǒng)〔林奈〕傳統(tǒng)的分類認為界是最高級的分類單位。在林奈時代，他以生物能否運動為標準，將生物劃分為兩界，即植物界和動物界。將細菌、真菌等都歸入植物界。1.微生物的分類系統(tǒng)20整理ppt二界系統(tǒng)皂物〔山毛櫸科〕膏物〔睡蓮科〕核物〔核果類〕〔豆科〕〔薺屬〕

叢物〔蘆葦屬〕羽物〔鳥類〕〔龜類〕〔鱉類〕〔魚類〕〔蛇類〕毛物〔哺乳類〕裸物〔人科〕

小蟲之屬〔相當于無脊椎動物〕莢物植物

介物鱗物大獸〔相當于脊椎動物〕動物生物〔古代稱“物生〞〕21整理ppt三界系統(tǒng)：1866年E.N.Haeckel〔赫克爾〕提出動物界、植物界和原生生物界〔單細胞生物、無核類〕。由于顯微鏡的創(chuàng)造和使用，人們發(fā)現(xiàn)許多單細胞生物是有動、植物兩種屬性的中間類型的生物。如裸藻、甲藻等既可自養(yǎng)，有的也可異養(yǎng)生活。因而，赫克爾將原生生物〔包括細菌、藻類、真菌和原生動物、黏菌等〕另立為界，提出原生生物界、植物界、動物界的三界系統(tǒng)。22整理ppt四界系統(tǒng)：1956年Copeland提出植物界、動物界、原始生物界〔原生動物、真菌、局部藻類〕和菌界〔細菌、藍細菌〕。五界系統(tǒng)：1969年R.H.Whittaker〔魏泰克〕提出動物界、植物界、原生生物界〔原生動物、單細胞藻類、粘菌等〕、真菌界〔真菌和酵母〕、原核生物界。隨著電子顯微鏡技術的開展，生物學家發(fā)現(xiàn)細菌、藍藻細胞結構無核膜、無核仁及膜結構形成的細胞器，從而與其它真核細胞生物有顯著區(qū)別，應該另立為界。于是，1959年，魏泰克根據(jù)細胞結構的復雜程度及營養(yǎng)方式的不同，將細菌和藍藻、真菌從植物界中分出，分別另立為界，提出五界分類系統(tǒng)：原核生物界〔包括細菌和藍藻等〕、原生生物界(單細胞真核生物)、植物界、真菌界和動物界。23整理ppt五界系統(tǒng)它們組成了一個縱橫統(tǒng)一的系統(tǒng)，從縱向上看，它顯示了生命歷史的三大階段：即原核單細胞階段、真核單細胞階段和真核多細胞階段〔具有三個分支〕。在橫向上看，它顯示了生物演化的三大方向：營光合自養(yǎng)的植物，為自然界的生產者；分解和吸收有機物的真菌，為自然界的分解者；以攝食有機物的方式進行營養(yǎng)的動物，為自然界的消費者〔同時又是分解者〕。24整理ppt六界系統(tǒng)：1977年我國學者王大耜在Whittaker五界系統(tǒng)根底上增加病毒界。三總界五界系統(tǒng)：我國學者陳世驤提出非細胞總界、原核總界〔細菌界和藍細菌界〕、真核總界〔植物界、真菌界、動物界〕。25整理ppt三原界系統(tǒng)：1978年R.H.Whittaker和L.Margulis提出古細菌原界、真細菌原界、真核生物原界。分子生物學的開展，特別是rRNA和rDNA的序列分析為整個生物界系統(tǒng)發(fā)育的研究提供了大量的數(shù)據(jù)。分子系統(tǒng)發(fā)育學已經說明，傳統(tǒng)的魏泰克五界系統(tǒng)并不完全代表生物的五個進化譜系。伍斯〔Woese〕和伍夫〔Wolfe〕提出原核生物在進化上有兩個重要分支，應將原核生物分為二界：古細菌界〔甲烷菌、極嗜鹽菌和嗜熱嗜酸菌〕和真細菌界〔包括古細菌以外的其他原核生物，藍藻、真細菌等〕。真核生物分四界〔原生生物界、真菌界、動物界和植物界〕。因此，提出六界分類系統(tǒng)。1990年，伍斯根據(jù)分子生物學的研究資料，對生物分類提出新的建議，認為整個生物界可以區(qū)分為三個獨立起源的大類群，即形成三個原界：古細菌原界、真細菌原界和真核生物原界。26整理ppt三原界系統(tǒng)27整理ppt二、細菌的分類鑒定 〔一〕生物分類的兩種根本原那么 〔二〕細菌分類鑒定的指標 〔三〕細菌分類鑒定的實驗室技術28整理ppt〔一〕生物分類的二種根本原那么：根據(jù)表型(phenetic)特征的相似程度分群歸類，這種表型分類重在應用，不涉及生物進化或不以反映生物親緣關系為目標。按照生物系統(tǒng)發(fā)育相關性水平來分群歸類，其目標是探尋各種生物之間的進化關系，建立反映生物系統(tǒng)發(fā)育的分類系統(tǒng)。29整理ppt〔二〕細菌分類鑒定的指標

1.傳統(tǒng)指標2.分子生物學指標30整理ppt1.生物分類的傳統(tǒng)指標形態(tài)特征群體：菌落形態(tài)，在半固體或液體培養(yǎng)基中的生長狀態(tài)等；個體：細胞形態(tài)，染色反響，各種特殊構造等。從不同層次，用不同學科的技術方法來研究和比較不同微生物的細胞、細胞組分或代謝產物，從中發(fā)現(xiàn)的反映微生物類群特征的資料。31整理ppt生理生化反響營養(yǎng)要求：能源，碳源，氮源，生長因子等；酶：產酶種類和反響特性等；代謝產物：種類，產量，顯色反響等。32整理ppt生態(tài)特性： 生長溫度，對氧的需要，宿主種類等；生活史特點： 在生活史中出現(xiàn)的菌體變化特點及其規(guī)律性；血清學反響： 利用抗原構造上的差異進行鑒定；噬菌體的敏感性；其他33整理ppt2.生物分類的分子生物學指標DNARNA34整理ppt染色鏡鑒形態(tài)觀察按照標準進行傳統(tǒng)的生化反響鑒定標準化成品鑒定產品〔如：API試劑條〕半自動細菌鑒定儀〔如：ATBExpression〕

全自動細菌鑒定儀（如：VITEK2）色譜、光譜分析技術分子生物學技術1.生理生化檢測技術2.色譜、光譜分析技術3.分子生物學技術〔三〕細菌分類鑒定的實驗室技術35整理ppt人工鑒定培養(yǎng)基的微量化、標準化和商品化數(shù)碼分類鑒定技術〔生化反響的數(shù)字化〕自動化鑒定技術〔生物信息的電腦化〕細菌的鑒定和藥敏試驗都實現(xiàn)了自動化1.生理生化檢測技術36整理ppt前期準備增菌劃線別離染色鏡檢血清手工細菌鑒定手工鑒定流程37整理ppt1〕雙岐索引法Exampleofmethodsforidentification38整理pptTheBibleofmicrobiologists-Bergey’sManualofSystematicBacteriologyBergey'sManualofDeterminativeBacteriology-1ste1923Bergey’sManualofSystematicBacteriology-2nd

e2001伯杰氏細菌手冊39整理ppt早在七十年代中期，一些國外公司就研究出借助生物信息編碼鑒定細菌的新方法。這些技術的應用，為醫(yī)學微生物檢驗工作提供了一個簡便、科學的細菌鑒定程序，大大提高了細菌鑒定的準確性。目前，微生物編碼鑒定技術已經得到普遍應用，并早已商品化和形成獨特的不同細菌鑒定系統(tǒng)。如API、Micro-ID、RapID、Enterotube和Minitek等系統(tǒng)。這種鑒定系統(tǒng)是自動化鑒定系統(tǒng)的根底。2〕數(shù)碼鑒定法40整理ppt數(shù)碼鑒定是指通過數(shù)學的編碼技術將細菌的生化反響模式轉換成數(shù)學模式，給每種細菌的反響模式賦予一組數(shù)碼,建立數(shù)據(jù)庫或編成檢索本。通過對未知菌進行有關生化試驗并將生化反響結果轉換成數(shù)字〔編碼〕，查閱檢索本或數(shù)據(jù)庫，得到細菌名稱。其根本原理是計算并比較數(shù)據(jù)庫內每個細菌條目對系統(tǒng)中每個生化反響出現(xiàn)的頻率總和。數(shù)碼鑒定法根本原理41整理ppt微量生化反響系統(tǒng)Micro-ID系統(tǒng)VP硝酸鹽還原

苯丙氨酸脫羧酶硫化氫吲哚鳥氨酸賴氨酸丙二酸鹽尿素七葉甘ONPG阿拉伯糖側金盞花醇肌醇三梨醇421421421421421—+——+++——

—

+

+

+——

020021400021400

234

3

4相加所得數(shù)字：23434查出相應細菌為：大腸埃希菌項目分值數(shù)碼鑒定法根本原理42整理ppt先將細菌別離純化。做染色形態(tài)觀察、氧化酶、糖發(fā)酵試驗。根據(jù)染色、氧化酶、糖發(fā)酵試驗結果選擇不同的生化反響板進行接種〔同一個鑒定系統(tǒng)，配有不同細菌的生化反響板〕。培養(yǎng)后，讀取生化反響結果，得到一組數(shù)據(jù)。將這組數(shù)據(jù)查編碼本〔即數(shù)據(jù)庫〕，即得到鑒定結果。實驗方法：數(shù)碼鑒定法根本原理43整理ppt3〕自動化的微生物鑒定和藥敏試驗分析系統(tǒng)細菌數(shù)碼分類技術是細菌自動化鑒定技術的根底，細菌鑒定自動化是把生化反響數(shù)字化技術進一步電腦化，數(shù)據(jù)庫用電腦管理，結果用電腦分析和鑒定。鑒定系統(tǒng)的工作原理因不同的儀器和系統(tǒng)而異。不同的細菌對底物的反響不同是生化反響鑒定細菌的根底，而試驗結果的準確度取決于鑒定系統(tǒng)配套培養(yǎng)基的制備方法、培養(yǎng)物濃度、孵育條件和結果判定等。大多鑒定系統(tǒng)采用細菌分解底物后反響液中pH的變化，色原性或熒光原性底物的酶解，測定揮發(fā)或不揮發(fā)酸，或識別是否生長等方法來分析鑒定細菌。44整理ppt對標本同時進行鑒定與藥敏測試全自動細菌鑒定/藥敏檢測系統(tǒng)鑒定局部：51孔鑒定實驗改進經典實驗顯色＋熒光檢測藥敏局部：85孔藥敏實驗比濁＋氧化復原實測倍比稀釋MIC值藥物種類與濃度梯度耐藥機制檢測同步進行鑒定/藥敏復合板設計46整理ppt47整理ppt48整理ppt鑒定原理45種反響底物。檢測板每20分鐘檢測一次Green,blueandred

檢測顯色反應UVlight檢測熒光反應panel49整理ppt儀器判讀結果儀器自動記錄每次判讀的每個反響孔的結果。將反響結果與上一次判讀結果進行比較。當兩次結果沒有差異，那么該反響結束。內置的運算法那么：顏色比率的變化依時間而變的數(shù)據(jù)庫：2、3、4、6、12小時，依據(jù)每個測試周期的判讀結果產生“百分比圖〞，如獲得足夠的信息，那么給出鑒定結果。標準菌量,可信度＞90％，給出結果。50整理ppt鑒定性能鑒定能力

革蘭氏陽性菌鑒定>180種革蘭氏陽性球菌革蘭氏陽性桿菌

革蘭氏陰性菌鑒定>200種革蘭氏陰性發(fā)酵桿菌革蘭氏陰性非發(fā)酵桿菌無需附加實驗95-96%準確性鑒定時間

minimum 1:26hr maximum12:25hr average 3:24hr

median 2:26hr 95th% 6:26hr鑒定儀性能51整理ppt檢測流程純培養(yǎng)新鮮平板上挑取菌落制成標準濁度〔0.5~0.6麥氏單位〕的菌懸液菌液參加肉湯中，倒入檢測板，上機檢測。52整理ppt檢測流程掃描板條，輸入資料，等待鑒定結果。檢測流程53整理ppt2.質譜、色譜、光譜分析技術MALDI-TOF特征蛋白指紋圖譜分析FT-IR紅外光譜分析FAME(fattyacidmethylester)GC-MS脂肪酸分析質譜：定性、定量，可以推測物質的組成；

色譜：定量，可分辨樣品中的不同物質；

光譜：定性，確定樣品中主要基團，確定物質類別54整理ppt質譜分析鑒定技術—生物質譜離子源(MALDI)質量分析器

TimeofFlight(TOF)離子源

MALDI

ESI質量分析器TOFIonTrap(IT)Quadrupoles(Q)FTMS+質譜儀的類型MALDI-TOF;MALDI-TOF/TOFESI-TOFESI-Qq-TOFESI-IonTrapESI-tripleQuadrupolesESI(orMALDIor….)FTMSESI(orMALDIor….)Q-qFTMS ………55整理pptE=U·z=1/2mv2

和

t=L/V

E：離子在加速電場獲得的動能;U：加速電場電壓z：離子所帶電荷;m：離子質量v：離子飛行速度;L：飛行管道長度t：離子飛行時間;c：常數(shù)質量分析范圍：500Da---100KDat=c·m/zMALDI-TOF質譜的原理56整理pptLaserSample

plateAnalytemolecules

inmatrixAccelerationgridsDrifttubeIondetectorMassspectrumVacuumsystemVacuum

lock幾秒鐘即可得到結果MALDI-TOF-MS線性模式檢測57整理pptIntensityM/ZParentIonPeptideChainAr,HeorLaser571131289714787+7918699GlyLeuorIleLysProPheSer+P*TrpValDaughterIonGlyLeuorIleLysProPheSer+P*TrpVal對多肽進行分析58整理ppt繪制肽質量指紋圖(PMF)59整理ppt931.5131046.555354.201400.216110.064517.260647.358756.390263.14701000200030004000500060001002003004005006007008009001000m/z繪制肽質量指紋圖譜——二級質譜圖60整理ppt931.5131046.555354.201400.216110.064517.260647.358756.390263.14701000200030004000500060001002003004005006007008009001000m/z多肽的序列匹配——鑒定61整理ppt挑選菌落樣品制備于樣品盤上菌種鑒定結果未知微生物?

MALDI

BioTyper軟件-數(shù)據(jù)庫分析獲取質譜指紋信號以蛋白為根底的分析方法(Proteinbasedapproach)1.樣品制備2.質譜信號3.菌種鑒定質譜分析的細菌鑒定流程62整理ppt直接涂抹法(DirectTransfer)單一菌種(Pureculture)涂抹單一菌落于樣品盤上(SinglecolonyonMALDI)Target加上1

ml基質溶液(Overlaywith1mlHCCAMatrix)90-95%以上的常規(guī)樣品可于此制備法得到鑒定結果步驟1：樣品制備63整理ppt4364.065380.646254.646315.495096.017157.657273.876410.907870.628368.99010002000300040005000Intens.[a.u.]400045005000550060006500700075008000m/z質譜圖:多數(shù)為核糖體蛋白(ribosomalproteins)信號大腸桿菌

(E.coli)步驟

2：采集譜圖64整理pptCalculationofamatchingscorebasedon:RelScore

%matchesofthereferencespectrum (e.g.6/10=0.6)

RelP-Num.

%matchesoftheunknownspectrum (e.g.6/20=0.3)I-Corr.

valueofintensitycorrelationUnknownmicroorganismismatchedagainsteachMainspectruminbiotyperlibrary.Rankingaccordingtomatchingscore,thresholdforIDMSP:MainSpectrumPeaks步驟

3：數(shù)據(jù)庫比對65整理pptResultReport|DetectedSpecies|Ranking|actSc|maxSc|RelScore|PNk|PNb|PNm|RelP-Num.|I-Corr.|1000*Pro---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Spectrum#12|Ps.mendocinaDSM50017|1|3813|4271|0.89|41|10|83|0.55|0.88|438|Ps.oleovoransB396|2|1671|3450|0.48|14|8|83|0.22|0.39|41|Ps.fluoreszensB340|3|868|4186|0.21|6|7|83|0.11|0.19|4|Ps.veroniiDSM11331|4|847|4250|0.20|5|7|83|0.10|0.14|3|Ps.putidaDSM291|5|374|2821|0.13|3|3|83|0.05|0.12|1|Ps.putidaB401|6|329|2638|0.12|3|2|83|0.05|0.11|1譜圖模式比對進行細菌鑒定66整理ppt得分范圍分數(shù)的解釋2.300-3.000highlyprobablespeciesidentification完全可靠地鑒定到種的水平2.000-2.299securegenusidentification,probablespeciesidentification可靠鑒定到屬的水平，有可能鑒定到種的水平1.700-1.999

probablegenusidentification有可能鑒定到屬的水平0.000-1.699

noreliableidentification沒有可信的鑒定結果微生物鑒定得分及含義67整理ppt

革氏陽性

(GRAMnegativebacteria)

革氏陰性

(GRAMpositivebacteria)

非發(fā)酵菌

(Nonfermentingbacteria)

厭氧性細菌

(Anaerobicbacteria)

酵母菌

(Yeasts)

絲狀真菌(Filamentousfungi)數(shù)據(jù)庫含括超過2,185種物種,>5,100株菌株，超過100,000組質譜信號CanIidentifyallkindofmicroorganisms?6869MALDIBiotyper1樣品~5分鐘96樣品(整盤)~30分鐘生化反響測試鑒定法8小時–數(shù)天CanIidentifymicroorganisms

fast

?69整理pptAcetobacteracetisubsp.acetiAcetobacterpasteurianussubsp.lovaniensisAcetobacterpasteurianussubsp.pasteurianusActinomaduraaurantiacaActinomaduralibanoticaActinomaduralividaAgrobateriumtumefaciensArthrobacterglobiformisArthrobacteroxydansArthrobacterpyridinolisArthrobactersulfureusBacillusalcalophilusBacilluscohniiBacillussphaericusBrevibacillusbrevisBrevibacteriumlinensCellulomonasflavigenaCellulomonasturbataCorynebacteriumglutamicumComamonastestosteroniiGluconobacteroxydanssubsp.oxydansGluconobacteroxydanssubsp.oxydansGordoniaamaraeGordoniarubropertinctaGordoniaterraeHalomonasdenitrificansHalomonaselongataHalomonaselongataHalomonashalmophilaHalomonashalmophilaHydrogenophagaflavaHydrogenophagapseudoflavaMethylobacteriummesophilicumMethylobacteriumorganophilumMethylobacteriumradiotoleransMethylobacteriumrhodesianumParacoccusversutusParacoccusversutusPseudomonasbalearicaPseudomonasfluorescensPseudomonasfluorescensPseudomonasoleovoransPseudomonasputidaPseudomonasstutzeriPseudonocardiahydrocarbonoxydansRhizobiumleguminosarumRhodococcuscoprophilusRhodococcusfasciansRhodococcusgloberulusRhodococcusrhodniiRhodococcusrhodochrousRhodococcusruberSinorhizobiummelilotiStarkayanovellaStarkayanovellaStreptomycesalbusStreptomycesavidiniiStreptomycesazureusStreptomycesbadiusStreptomycesgriseusStreptomyceshirsutusStreptomyceslavendulaeStreptomycesphaeochromogenesStreptomycesviolaceoruberStreptomycesviridisporus>4600種微生物菌株，可直接應用于微生物鑒定用戶可使用軟件自行生成新的微生物的標準譜圖

模式并用于鑒定質譜儀建立的微生物數(shù)據(jù)庫〔主庫〕70整理ppt質譜儀在生物分析方面還可以做什么

蛋白鑒定和蛋白質組分析定量蛋白質組學細菌鑒定血清多肽譜分析核酸分析分子成像71整理ppt血清多肽譜的分析血清樣品磁珠別離過程數(shù)據(jù)分析結果***疾病正常正常BindingWashingElutionMALDITOF檢測72整理ppt正常組疾病組疾病診斷標志物的篩查73整理ppt3000400050006000m/z

60

80

100

120

140

160

180

200

220

240

260

280

300

320

340

360

380a.i.核酸的分析

74整理pptSNP位點的檢測位點1位點2引物275整理pptSNP位點檢測的質譜圖引物剩余產物純合子純合子雜合子76整理ppt500070009000m/z

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

110

120

130

140a.i.Polystyrene7000化學合成多聚物的分析

77整理pptGC比例分析分子雜交DNA脈沖場凝膠電泳16SrRNA寡核苷酸編目分析分子指紋圖譜分析基因測序分析其它3.分子生物學技術78整理pptGC比例分析DNAbasecomposition(GC%)通過GC構成百分比判斷同源性79整理ppt分子雜交

DNA:DNAhybridization

80整理pptDNA-DNA雜交親緣關系相對近的微生物之間的親緣關系比較DNA-rRNA雜交親緣關系相對遠的微生物之間的親緣關系比較核酸探針利用特異性的探針，用于細菌等的快速鑒定電子雜交隨著微生物基因信息，特別是全基因組完全測序的不斷增加，我們可以通過各種計算機軟件對不同物種的遺傳信息進行直接比較，從而分析不同微生物間的親緣關系。81整理ppt82整理ppt83整理ppt16SrRNA寡核苷酸編目分析〔Ribotyping〕

84整理ppt分子指紋圖譜〔Molecularfingerprinting〕

PCR擴增〔PCRamplification〕限制消化酶切〔Restrictiondigestion〕檢測Probing(Southernblotting)數(shù)據(jù)分析〔Dataanalysis〕85整理ppt基因測序分析-第二代測序技術SamplefragmentationLibr