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Huang’slabZEN圖象處理教程——————選取與微調(diào)整2021.5.1唐浚博.前言本教程以一張共聚焦顯微鏡照片〔20210120_crb-HA_HA-aPKC_st11-1Az_40X〕為例,講解如何選取感興趣區(qū)域并加以處理。本教程僅對最根底最簡單的功能進(jìn)行說明。歡送大家批評指正和完善。.一、版本ZENlite軟件分為blueedition和blackedition版本更迭:Zen2021Zen2021Zen2021Zen2021zen2zen2.1此后仍有更新,但版本號無變化。2021與2此兩個(gè)版本適用的顯微鏡不同,所以市面上均有存在,但圖片處理相互兼容。Zenlite為免費(fèi)軟件,與zessi激光共聚焦掃描顯微鏡一同食用效果更佳。://zeiss/microscopy/zh_cn/downloads/zen.html#inpagetabs-1關(guān)于blueedition和blackedition的區(qū)別blueedition處理功能更豐富;blackedition的導(dǎo)出選項(xiàng)更豐富。二者互補(bǔ)。理論上兩個(gè)版本都應(yīng)安裝,安裝時(shí)請注意系統(tǒng)位數(shù).二、1.文件格式ZenLiteBlueEdition默認(rèn)翻開“.czi〞格式文件。在拍攝好圖像后,保存的圖象格式可選很多種,其中本實(shí)驗(yàn)室大局部為“.lsm〞格式。注:建議在拍攝時(shí)就直接保存為“.czi〞格式以簡化后續(xù)操作。.2.格式轉(zhuǎn)換(1)默認(rèn)使用blackedition翻開.lsm格式文件需要說明的是,格式轉(zhuǎn)換不是必須的,但轉(zhuǎn)換后可方便之后隨時(shí)對文件修改。.點(diǎn)擊左上角file--saveas圖片格式選擇第一個(gè)czi保存保存后的圖片即可用blueedition翻開.2.格式轉(zhuǎn)換(2)此方法無需轉(zhuǎn)換格式。同時(shí)翻開blueedition和blackeditionFlie—sendtoZEN2-blueedition注意:必須同時(shí)翻開兩個(gè)版本此選項(xiàng)才能被選中.3.用ZENblueedition翻開圖片翻開后可以看到處理功能更加豐富〔假設(shè)安裝的是實(shí)驗(yàn)通用的版本那么為中文版〕.三、圖象旋轉(zhuǎn)點(diǎn)擊左側(cè)任務(wù)欄中的:處理-幾何可通過兩種方式旋轉(zhuǎn)圖象點(diǎn)擊Rotate2D,在參數(shù)中調(diào)整夾角度數(shù)〔正值為順時(shí)針旋轉(zhuǎn)角度〕,點(diǎn)擊應(yīng)用點(diǎn)擊旋轉(zhuǎn),在參數(shù)中調(diào)整夾角Z度數(shù)〔正值為順時(shí)針旋轉(zhuǎn)角度〕,點(diǎn)擊應(yīng)用OR.用兩種方式旋轉(zhuǎn)45°后的效果相同應(yīng)用后可以發(fā)現(xiàn)并非在原圖根底上修改而是新建了一張?zhí)幚磉^的圖象每一次應(yīng)用一種新的效果都會(huì)在當(dāng)前圖象上進(jìn)行處理,并新建一張新的圖象.四、選取感興趣區(qū)域〔ROI〕當(dāng)旋轉(zhuǎn)到適宜的角度后,即可圈選出所需區(qū)域在下方工具欄中點(diǎn)擊標(biāo)注-選擇感興趣區(qū)域ROI.通過調(diào)整下方工具欄中的尺寸,可精確調(diào)整所選區(qū)域大小及位移,保證多張圖片所選區(qū)域一致。本操作在2D模式下進(jìn)行即是對所有通道同時(shí)進(jìn)行操作,假設(shè)需要單獨(dú)對某一通道進(jìn)行操作,請?jiān)诓鸱帜J较逻M(jìn)行。.右鍵單擊框選的區(qū)域-設(shè)置一個(gè)感興趣的圖集設(shè)置后選中區(qū)域在3個(gè)通道中都被裁切。.五、圖象色彩調(diào)整單擊自動(dòng)或最正確可有效改善圖象色調(diào),單擊重設(shè)可復(fù)原。其他調(diào)整效果請自行嘗試。注:假設(shè)gamma值不為1可能導(dǎo)致不同顯示器顯示效果差異.六、導(dǎo)出假設(shè)要導(dǎo)出為多通道拼合的圖片,那么需要使用blackedition同時(shí)翻開blueedition和blackedition在blueedition中:文件--圖象轉(zhuǎn)移至ZEN-black版本在blackedition中:file—export輸出選項(xiàng)中選擇fullresolution自動(dòng)輸出為tif格式假設(shè)要直接從blueedition版本導(dǎo)出,那么文件—導(dǎo)出/導(dǎo)入—導(dǎo)出值得一提的是假設(shè)圖象具有時(shí)間條那么可以導(dǎo)出為videoZ-位置可以提取某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的圖象.導(dǎo)出后的文件此時(shí)的圖象依然不是最終圖象,還要通過ps調(diào)整分辨
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