SNP分型技術(shù)簡(jiǎn)介課件

SNP分型簡(jiǎn)介單核苷酸多態(tài)性分型SNP技術(shù)交流QQ群：107750067

1精選2021版課件SNP概念SNP（singlenucleotidepolymorphisms）單核苷酸多態(tài)性是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的改變所引起的DNA序列多態(tài)性。單個(gè)？核苷酸？多態(tài)性？2精選2021版課件突變與多態(tài)性多態(tài)性是一個(gè)群體概念，多態(tài)性指這個(gè)差異占群體的1%以上。否則就叫突變（小于1%）。SNP是多態(tài)性中的一種，只是進(jìn)一步限定了差異只是單堿基。SNP一般來說，是全部體細(xì)胞一樣的基因型。突變一般不是一個(gè)個(gè)體全部體細(xì)胞的變化。如果突變發(fā)生在生殖細(xì)胞，則可以遺傳，但是只要這個(gè)突變?nèi)簺]有達(dá)到總?cè)后w的1%，它就只是一個(gè)突變株/系；達(dá)到了1%就是多態(tài)性了。3精選2021版課件SNP多態(tài)性SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500～1000個(gè)堿基對(duì)中就有1個(gè)，估計(jì)其總數(shù)可達(dá)300萬個(gè)甚至更多。人類30億堿基中共有300萬以上的SNPs。各地各民族人群中特定SNP并非一定都存在，其所占比率也不盡相同，但大約有85%應(yīng)是共通的。4精選2021版課件SNP的發(fā)生形式這種變異可能是轉(zhuǎn)換(CT，在其互補(bǔ)鏈上則為GA)，也可能是顛換(CA，GT，CG，AT)。AACGGATCGACTTGCCTAGGTGAACGAATCGACTTGCTTAGGTG5精選2021版課件SNP的發(fā)生形式轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異，具有轉(zhuǎn)換型變異的SNP約占2/3可能是因?yàn)镃pG二核苷酸上的胞嘧啶殘基C是人類基因組中最易發(fā)生突變的位點(diǎn)，其中大多數(shù)是甲基化的，可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶T。6精選2021版課件SNP的影響編碼區(qū)SNP有同義和非同義2種，非同義突變由于會(huì)導(dǎo)致氨基酸的變化，從而影響蛋白質(zhì)的功能，特別是發(fā)生在結(jié)構(gòu)功能區(qū)域的SNP尤其重要非同義突變，雖然沒有明顯的功能的分子機(jī)制，但是在遺傳學(xué)上可能因?yàn)榕c附近的其它致病基因的表達(dá)或者SNP連鎖，因此在流行病學(xué)上形成陽性結(jié)果一般以此解釋。7精選2021版課件SNP研究的優(yōu)勢(shì)SNP在基因組中每500-1000個(gè)堿基就有一個(gè)標(biāo)記。無論是比較于RFLP還是SSR（6000一個(gè)標(biāo)記），都要廣泛得多；SNP在人群中是等位基因性的，在任何人群中其等位基因頻率都可估計(jì)出來；與微衛(wèi)星位點(diǎn)相比，SNP是高度穩(wěn)定的，尤其是處于編碼區(qū)的SNP，而前者的高突變率容易引起對(duì)人群的遺傳分析出現(xiàn)困難；部分位于基因內(nèi)部的SNP可能會(huì)直接影響產(chǎn)物蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)或基因表達(dá)水平，因此，它們本身可能就是疾病遺傳機(jī)制的候選位點(diǎn)；易于自動(dòng)化、規(guī)?；治?，縮短了研究時(shí)間。

8精選2021版課件功能研究發(fā)展與方向通過測(cè)序手段對(duì)SNP的存在及頻率信息進(jìn)行確定,對(duì)不同人群進(jìn)行SNP的基因分型都需借助這些序列信息才能得以進(jìn)行SNP連鎖分析、單體型構(gòu)建以及標(biāo)簽SNP尋找預(yù)測(cè)啟動(dòng)子SNP位點(diǎn)與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的改變,編碼區(qū)SNP對(duì)蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu),生物功能的影響等SNP作為復(fù)雜性疾病的遺傳標(biāo)記的關(guān)聯(lián)性研究（吸煙人群中患肺部疾病的相關(guān)連鎖性）9精選2021版課件1.未知SNP位點(diǎn)尋找未知的SNP或確定某一未知SNP與某遺傳病的關(guān)系

研究方法：?jiǎn)捂湗?gòu)象多態(tài)性(SSCP)高效液相色譜檢測(cè)(HPLC)限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA(RAPD)測(cè)序(SEQ)

只能發(fā)現(xiàn)含有SNP確知SNP的位置和堿基SNP檢測(cè)對(duì)象10精選2021版課件SNP檢測(cè)對(duì)象2.已知SNP位點(diǎn)對(duì)不同群體SNP遺傳多樣性檢測(cè)或在臨床上對(duì)已知致病基因的遺傳病進(jìn)行基因診斷。

研究方法：等位基因特異寡核苷酸片段分析(ASO)

基因芯片技術(shù)(genechips)熒光定量PCR技術(shù)（RealTimePCR）---Taqman探針

飛行質(zhì)譜

測(cè)序11精選2021版課件SNP研究方法DNA測(cè)序

最終的確認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)

傳統(tǒng)的酶切方法，資金少的實(shí)驗(yàn)室做，結(jié)果不準(zhǔn)確，工作量大，需測(cè)序確認(rèn)。TaqMan實(shí)時(shí)熒光PCR

國(guó)內(nèi)很少做，成本高M(jìn)assARRAY飛行質(zhì)譜SNP

成本高限制性酶切片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)基因芯片大規(guī)模，成本高，某些流程還不成熟等位基因特異的寡聚核苷酸雜交(ASO)

12精選2021版課件測(cè)序法13精選2021版課件項(xiàng)目案例114精選2021版課件已知SNP位點(diǎn)測(cè)序項(xiàng)目案例VKORC1基因-1639G/A位點(diǎn)測(cè)序項(xiàng)目簡(jiǎn)單了解VKORC1基因研究背景

VKORC1基因：VitaminKepoxidereductasecomplexsubunit1，維生素K環(huán)氧化物還原酶復(fù)合物1查找SNP位點(diǎn)參考序列。公開的SNP數(shù)據(jù)庫：http:///index.htmlhttp:///生產(chǎn)前準(zhǔn)備15精選2021版課件根據(jù)參考序列，在SNP位點(diǎn)附近設(shè)計(jì)引物，并檢測(cè)引物效率。SNP位點(diǎn)引物名稱引物序列產(chǎn)物大小rs9923231

(-1639G/A)VKORC1_1FACAGACGCCAGAGGAAGAG306bpVKORC1_1RCAGGGTTCAAGTGGTTCTC16精選2021版課件生產(chǎn)過程上機(jī)檢測(cè)測(cè)序反應(yīng)PCR產(chǎn)物純化PCR反應(yīng)測(cè)序模版質(zhì)控電泳檢測(cè)17精選2021版課件PCR擴(kuò)增3730xl測(cè)序峰圖

18精選2021版課件SNP位點(diǎn)分析生產(chǎn)后分析Codoncode軟件19精選2021版課件

統(tǒng)計(jì)信息Samplenamers9923231rs9934438rs7294P1-001TAGP1-002TAGP1-003TAGP1-004TAGP1-005YRRP1-006TAGP1-007TAGP1-008TAGP1-009YRR20精選2021版課件項(xiàng)目案例221精選2021版課件未知SNP位點(diǎn)測(cè)序項(xiàng)目案例CTSL基因Exon4中未知SNP位點(diǎn)測(cè)序項(xiàng)目

簡(jiǎn)單了解CTSL基因背景

CTSL基因：cathepsinL，組織蛋白酶L。查找CTSL基因Exon4參考序列。公開的數(shù)據(jù)庫：http:///index.htmlhttp:///生產(chǎn)前準(zhǔn)備22精選2021版課件根據(jù)參考序列，在Exon4區(qū)域設(shè)計(jì)引物，并檢測(cè)引物效率。引物名稱引物序列產(chǎn)物大小CTSL-4FACCAGTGGAAGGCAACTCAC492bpCTSL-4RACAGAGGAGAGGAGGCACAA23精選2021版課件生產(chǎn)過程上機(jī)檢測(cè)測(cè)序反應(yīng)PCR產(chǎn)物純化PCR反應(yīng)測(cè)序模版質(zhì)控電泳檢測(cè)24精選2021版課件PCR擴(kuò)增