圖解blast驗證引物教程2.doc

圖中代表這些序列與引物匹配的得分值小于40分圖中代表這些序列與引物匹配的得分值位于4050分圖中代表這些序列與引物匹配的得分值位于80120分，分值越高，特異性越好。線段代表上或下游引物，其顏色和上面對照后就可得出該條引物的分值。圖中兩線段間有連線的代表這些序列與上游引物匹配（Strand=Plus/Plus）、并與下游引物互補(bǔ)（Strand=Plus/Minus），理論上可以擴(kuò)增出基因片斷。沒有連線的，表示單條引物與該基因一致。 點擊線段，就能跳轉(zhuǎn)到該基因的結(jié)果信息概要。（2）結(jié)果信息概要：Accession、數(shù)據(jù)庫系列的身份證：點擊之后可以獲得該序列的信息Desscription、系列的簡單描述 Total score高的就是有兩線段間有連線的，如圖劃線的。E value：代表被比對的兩個序列不相關(guān)的可能性。【The E value decreases exponentially as the Score (S) that is assigned to a match between two sequences increases】。E值最低的最有意義，也就是說序列的相似性最大。設(shè)定的E值是我們限定的上限，E值太高的就不顯示了E、最后一欄有的有UEG的字樣，其中： U代表：Unigene數(shù)據(jù)庫 E代表：GEO profiles數(shù)據(jù)庫G代表：Gene數(shù)據(jù)庫（3）結(jié)果詳細(xì)信息： 劃線上代表上游引物與該序列的正鏈【Plus/Plus】的匹配情況：劃線下代表下游引物與該序列的負(fù)鏈【Plus/Minus】的匹配情況：共有20個堿基匹配，得分40.1分【2020.140.1】，E值為0.077。為什么與上下游引物匹配的ABCG2序列有多種？A、 為同一個基因來源的不同的mRNA片段B、 為該基因的DNA系列C、 為同一個基因來源的不同的cDNA克隆片段。結(jié)果判斷：驗證文獻(xiàn)報道的引物是否正確：如果你可以在所顯示的結(jié)果中找出你的目的基因，一般說明你的引物正確性沒問題。如果你blast后沒有發(fā)現(xiàn)你的目的基因，或者分值很低，該引物就可能不適合用檢測該對引物是否可與其它序列匹配，引起PCR的非特異性擴(kuò)增。如果找到了你的目的基因名稱，而且找到了一大批同物種的不同基因，（上下游引物分別搜索到相同的基因），而且分?jǐn)?shù)也較高。這時表明你的引物設(shè)計的特異性不高，極有可能在你的擴(kuò)增產(chǎn)物中出現(xiàn)非特異性產(chǎn)物。更多信息請參見1、/bbs/actions/archive/post/2168427_1.html2、/index.php/BLAST3、/Education/BLASTinfo/tut1.html4、/bbs/post/view?bid=73&id=288677&sty=3&keywords=blast5、/bbs/actions/archive/post/6441600_1.html6、/topic/004/netgui