義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)課件

1、義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)第四章 數(shù)據(jù)庫(kù)檢索The CUCKOO WorkgroupThe CUCKOO Workgroup義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)rNucleotide: 核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)rPubMed: 生物醫(yī)學(xué)科學(xué)文摘數(shù)據(jù)庫(kù)生物醫(yī)學(xué)科學(xué)文摘數(shù)據(jù)庫(kù)rGEO：基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)。收集存儲(chǔ)微陣列基因表達(dá)數(shù)據(jù)：基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)。收集存儲(chǔ)微陣列基因表達(dá)數(shù)據(jù)rProtein: 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)rSNP: 單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù)單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù)rTaxonomy: 物種分類(lèi)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)物種分類(lèi)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)rGene: 基因數(shù)據(jù)庫(kù)。提供序列及基因描述信息基因數(shù)據(jù)庫(kù)。提供序列

2、及基因描述信息rStructure: 大分子三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)大分子三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)r3D Domains: 特定功能域的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)特定功能域的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)rUniGene: GenBank分離的非冗余基因簇。包含已確定基因和分離的非冗余基因簇。包含已確定基因和EST。每個(gè)簇包含唯一的非冗余的基因序列、表達(dá)的組織類(lèi)型。每個(gè)簇包含唯一的非冗余的基因序列、表達(dá)的組織類(lèi)型和基因圖譜位點(diǎn)。和基因圖譜位點(diǎn)。rUniSTS: 序列標(biāo)簽位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)，用于作圖位點(diǎn)序列標(biāo)簽位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)，用于作圖位點(diǎn)rPopSet: 人口研究數(shù)據(jù)庫(kù)人口研究數(shù)據(jù)庫(kù)rBooks: 在線生物醫(yī)學(xué)圖書(shū)數(shù)據(jù)庫(kù)在線生物醫(yī)學(xué)圖書(shū)數(shù)據(jù)庫(kù)rOMIM:

3、 在線人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳目錄數(shù)據(jù)庫(kù)在線人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳目錄數(shù)據(jù)庫(kù)rConserved Domains: 保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)rCancer Chromosomes: 癌癥染色體數(shù)據(jù)庫(kù)癌癥染色體數(shù)據(jù)庫(kù)rHomologene: 基因同源物數(shù)據(jù)庫(kù)基因同源物數(shù)據(jù)庫(kù)rJournals: 雜志及出版社信息數(shù)據(jù)庫(kù)雜志及出版社信息數(shù)據(jù)庫(kù)rGenome: 基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，提供完成的基因組基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，提供完成的基因組/染色體圖形染色體圖形rGDS: GEO的基因表達(dá)實(shí)驗(yàn)與生物芯片數(shù)值結(jié)果數(shù)據(jù)庫(kù)的基因表達(dá)實(shí)驗(yàn)與生物芯片數(shù)值結(jié)果數(shù)據(jù)庫(kù)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r 邏輯運(yùn)算符（大

4、寫(xiě)）：邏輯運(yùn)算符（大寫(xiě)）： AND ，OR，NOTr 運(yùn)算過(guò)程由左至右，（）部分優(yōu)先運(yùn)算過(guò)程由左至右，（）部分優(yōu)先r 空格分隔默認(rèn)邏輯關(guān)系為空格分隔默認(rèn)邏輯關(guān)系為 ANDr 多個(gè)單詞短語(yǔ)加雙引號(hào)多個(gè)單詞短語(yǔ)加雙引號(hào)r 模糊檢索使用模糊檢索使用 *r 用用 限定字段，如限定基因名稱為限定字段，如限定基因名稱為ATG1的的檢索檢索 ：ATG1GENE義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r 某天，某天，Prof. Gene發(fā)現(xiàn)人的發(fā)現(xiàn)人的Hela細(xì)胞中，有絲分裂細(xì)胞中，有絲分裂期間有異常情況：細(xì)胞不再分裂，而是開(kāi)始凋亡期間有異常情況：細(xì)胞不再分裂，而是開(kāi)始凋亡(表表型，型，phenotype)，

5、通過(guò)實(shí)驗(yàn)的方法，通過(guò)實(shí)驗(yàn)的方法(例如，酵母雙雜例如，酵母雙雜交交)，發(fā)現(xiàn)了與有絲分裂期間某個(gè)蛋白可能相互作用，發(fā)現(xiàn)了與有絲分裂期間某個(gè)蛋白可能相互作用的一個(gè)基因，測(cè)序結(jié)果如下的一個(gè)基因，測(cè)序結(jié)果如下(genotype)：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGA

6、TGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)輸入序列輸入序列義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)Ge

7、ne info：基因信息：基因信息義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r 1. 該基因?yàn)槿说脑摶驗(yàn)槿说腂IRC5(survivin)基因，染基因，染色體定位：色體定位：17號(hào)染色體，號(hào)染色體，73721；基因標(biāo)；基因標(biāo)識(shí)符：識(shí)符：NM_001168.2;r 2. 初步的功能分析：細(xì)胞周期，初步的功能分析：細(xì)胞周期，caspase酶的抑制因子，等等。酶的抑制因子，等等。義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r 人的人的Survivin蛋白質(zhì)包含蛋白質(zhì)包含142個(gè)氨基酸，序個(gè)氨基酸，序列標(biāo)識(shí)

8、符為：列標(biāo)識(shí)符為：NP_001159.2義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r Survivin具有保守的功能結(jié)構(gòu)域具有保守的功能結(jié)構(gòu)域BIR義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r 1. 在瘤形成過(guò)程中可能起一定作用；在瘤形成過(guò)程中可能起一定作用；r 2. 阻礙阻礙G2/M期的細(xì)胞編程性凋亡；期的細(xì)胞編程性凋亡；r 3. Chromosomal passenger complex (CPC

9、)的成員之一。的成員之一。r 細(xì)胞亞定位：胞質(zhì)，核。細(xì)胞亞定位：胞質(zhì)，核。r 義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r 人的人的Survivin在酵母中的同源物可能是在酵母中的同源物可能是BIR1。義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r 現(xiàn)在，現(xiàn)在，Prof. Gene知道了：知道了：r 1. 該基因?yàn)槿说脑摶驗(yàn)槿说腟urvivin基因，染色體定位：基因，染色體定位：17號(hào)染色體，號(hào)染色體，73721；基因標(biāo)

10、識(shí)符：；基因標(biāo)識(shí)符：NM_001168.2;r 2. 人的人的Survivin蛋白質(zhì)包含蛋白質(zhì)包含142個(gè)氨基酸，序列標(biāo)識(shí)符為：個(gè)氨基酸，序列標(biāo)識(shí)符為：NP_001159.2r 3. Survivin具有保守的功能結(jié)構(gòu)域具有保守的功能結(jié)構(gòu)域BIRr 4. Survivin的細(xì)胞亞定位：胞質(zhì)，核，其功能有：的細(xì)胞亞定位：胞質(zhì)，核，其功能有： (1) 在瘤形成過(guò)程中可能起一定作用；在瘤形成過(guò)程中可能起一定作用； (2) 阻礙阻礙G2/M期的細(xì)胞編程性凋亡；期的細(xì)胞編程性凋亡； (3) Chromosomal passenger complex (CPC)的成員之一。等等。的成員之一。等等。r 5.

11、 人的人的Survivin在酵母中的同源物可能是在酵母中的同源物可能是BIR1。r 6. Survivin的三級(jí)結(jié)構(gòu)已知，在的三級(jí)結(jié)構(gòu)已知，在PDB中的標(biāo)識(shí)符為中的標(biāo)識(shí)符為1E31。義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r 某天，某天，Prof. Gene在小鼠在小鼠(Mus musculus)中又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)與有絲分裂相關(guān)的基因中又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)與有絲分裂相關(guān)的基因,通通過(guò)過(guò)DNA測(cè)序，得到部分序列：測(cè)序，得到部分序列：GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAA

12、CCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACT

13、CAGAGCTCGGGAGGACATCCT 義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)r 1. 這個(gè)基因在小鼠中是哪個(gè)基因？基因的標(biāo)識(shí)符是這個(gè)基因在小鼠中是哪個(gè)基因？基因的標(biāo)識(shí)符是什么？這個(gè)基因的在基因組上的定位是怎樣的？什么？這個(gè)基因的在基因組上的定位是怎樣的？r 2. 這個(gè)基因在人中的同源物是哪一個(gè)？標(biāo)識(shí)符是什這個(gè)基因在人中的同源物是哪一個(gè)？標(biāo)識(shí)符是什么？么？r 3. 在人中，這個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)是什么？具有什在人中，這個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)是什么？具有什么樣的功能？細(xì)胞亞定位在何處？這個(gè)基因是一個(gè)么樣的功能？細(xì)胞亞定位在何處？這個(gè)基因是一個(gè)酶嗎，什么酶？具有什么樣的功能結(jié)構(gòu)域？酶嗎，什么酶？具有什么樣的功能結(jié)構(gòu)域？r 4. 這個(gè)基因在酵母中保守嗎？如果保守，哪個(gè)基因這個(gè)基因在酵母中保守嗎？如果保守，哪個(gè)基因是人中的同源物？是人中的同源物？r 5. 這個(gè)基因在人中