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1、NMR-based metabolomics: where do NMR-based metabolomics: where do we stand, where do we go?we stand, where do we go?Author:Hye Kyong Kim, Young Hae Choi, Robert Verpoorte (Leiden University The Netherlands)Reporter:wei rui yuan (魏睿元魏睿元) (Inner Mongolia Agricultural University) 2014.11.25基本概念基本概念NMR(
2、核磁共振)(核磁共振):是一種基于具有自旋性質(zhì)的原子核在核是一種基于具有自旋性質(zhì)的原子核在核外磁場(chǎng)作用下吸收射頻輻射而產(chǎn)生能級(jí)躍遷的譜學(xué)技術(shù)。可用于外磁場(chǎng)作用下吸收射頻輻射而產(chǎn)生能級(jí)躍遷的譜學(xué)技術(shù)??捎糜谏矬w內(nèi)源性代謝物的定量檢測(cè)生物體內(nèi)源性代謝物的定量檢測(cè),主要采用活體定域磁共振譜、原主要采用活體定域磁共振譜、原位活體組織萃取液的高分辨位活體組織萃取液的高分辨1H-NMR譜、原位活體組織的高分辨譜、原位活體組織的高分辨魔角旋轉(zhuǎn)魔角旋轉(zhuǎn)1H-NMR譜譜),和生物體液和生物體液(主要是尿樣、血樣等主要是尿樣、血樣等)的離體高的離體高分辨分辨1H-NMR譜等。這些譜等。這些NMR技術(shù)能給出多種疾
3、病相關(guān)的生理、技術(shù)能給出多種疾病相關(guān)的生理、病理狀態(tài)下生物體代謝變化的有用信息病理狀態(tài)下生物體代謝變化的有用信息,為臨床上疾病的輔助診斷為臨床上疾病的輔助診斷和預(yù)后監(jiān)測(cè)提供可靠的技術(shù)手段。和預(yù)后監(jiān)測(cè)提供可靠的技術(shù)手段。 能夠?qū)悠穼?shí)現(xiàn)非破壞性、非選擇性分析。它是唯一既能定能夠?qū)悠穼?shí)現(xiàn)非破壞性、非選擇性分析。它是唯一既能定性性, , 又能在微摩爾范圍定量有機(jī)化合物的技術(shù)。缺陷是靈敏度相又能在微摩爾范圍定量有機(jī)化合物的技術(shù)。缺陷是靈敏度相對(duì)較低對(duì)較低, , 不適合分析低濃度代謝物不適合分析低濃度代謝物。代謝組學(xué)(代謝組學(xué)( Metabonomics Metabonomics ):是后基因組時(shí)代的
4、一個(gè)重是后基因組時(shí)代的一個(gè)重 要的研究領(lǐng)域要的研究領(lǐng)域,它是關(guān)于定量描述生物體內(nèi)源性代謝物質(zhì)的整體及它是關(guān)于定量描述生物體內(nèi)源性代謝物質(zhì)的整體及其對(duì)內(nèi)因和外因變化應(yīng)答規(guī)律的科學(xué)其對(duì)內(nèi)因和外因變化應(yīng)答規(guī)律的科學(xué),是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分。它通過(guò)對(duì)生物信息學(xué)的化學(xué)分析和處理分。它通過(guò)對(duì)生物信息學(xué)的化學(xué)分析和處理,在生物學(xué)和生命科學(xué)在生物學(xué)和生命科學(xué)領(lǐng)域中發(fā)揮著重要的作用。這些組學(xué)分別從調(diào)控生命過(guò)程的不同領(lǐng)域中發(fā)揮著重要的作用。這些組學(xué)分別從調(diào)控生命過(guò)程的不同層面進(jìn)行研究層面進(jìn)行研究,使人們能夠從分子水平研究生命現(xiàn)象、探討生命的使人們能夠從分子水平研究生命現(xiàn)象、探討生命的本
5、質(zhì)本質(zhì),逐步系統(tǒng)地認(rèn)識(shí)生命發(fā)展的規(guī)律。而基于逐步系統(tǒng)地認(rèn)識(shí)生命發(fā)展的規(guī)律。而基于1H_NMR的代謝組的代謝組學(xué)學(xué)(1H-NMR-based metabonomics)是將是將NMR的檢測(cè)技術(shù)與多元數(shù)的檢測(cè)技術(shù)與多元數(shù)據(jù)分析的模式識(shí)別方法有機(jī)地結(jié)合起來(lái)?yè)?jù)分析的模式識(shí)別方法有機(jī)地結(jié)合起來(lái),形成一門研究生物體內(nèi)源形成一門研究生物體內(nèi)源性代謝物的整體及內(nèi)在或外在因素影響的科學(xué)。性代謝物的整體及內(nèi)在或外在因素影響的科學(xué)。 其主要任務(wù)是定量檢測(cè)內(nèi)源性代謝物的整體及其動(dòng)態(tài)變化規(guī)其主要任務(wù)是定量檢測(cè)內(nèi)源性代謝物的整體及其動(dòng)態(tài)變化規(guī)律并確定與之相聯(lián)系的生物化學(xué)過(guò)程。律并確定與之相聯(lián)系的生物化學(xué)過(guò)程。文章部分文章
6、部分Introduction: 基于基于NMR的代謝組學(xué)研究是研究生物系統(tǒng)的很重要的一種工具,研的代謝組學(xué)研究是研究生物系統(tǒng)的很重要的一種工具,研究的對(duì)象包括各種動(dòng)植物及微生物的機(jī)體組織,究的對(duì)象包括各種動(dòng)植物及微生物的機(jī)體組織,NMR可以測(cè)定確定條件下可以測(cè)定確定條件下的整體代謝物的狀況(的整體代謝物的狀況(holistic view ),因此這對(duì)代謝組學(xué)的研究是很),因此這對(duì)代謝組學(xué)的研究是很有利的。有利的。 NMR可以做到定性定量的對(duì)檢測(cè)樣品中的各類代謝物進(jìn)行測(cè)定。可以做到定性定量的對(duì)檢測(cè)樣品中的各類代謝物進(jìn)行測(cè)定。 NMR可以檢測(cè)的樣品廣泛(單細(xì)胞提取物、動(dòng)植物組織提取物、微可以檢測(cè)的
7、樣品廣泛(單細(xì)胞提取物、動(dòng)植物組織提取物、微生物、尿液、血液等)。目前最為主要的應(yīng)用是對(duì)疾病代謝物標(biāo)靶的測(cè)定生物、尿液、血液等)。目前最為主要的應(yīng)用是對(duì)疾病代謝物標(biāo)靶的測(cè)定識(shí)別,以及對(duì)新藥品的效果評(píng)估,也用于食品質(zhì)量的評(píng)估。識(shí)別,以及對(duì)新藥品的效果評(píng)估,也用于食品質(zhì)量的評(píng)估。 代謝組學(xué)方面的研究現(xiàn)在依然混亂,缺乏類似于基因組學(xué)研究方面的代謝組學(xué)方面的研究現(xiàn)在依然混亂,缺乏類似于基因組學(xué)研究方面的標(biāo)準(zhǔn)化和系統(tǒng)化,眾多實(shí)驗(yàn)室之間的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)無(wú)法用于進(jìn)行相互比對(duì),缺標(biāo)準(zhǔn)化和系統(tǒng)化,眾多實(shí)驗(yàn)室之間的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)無(wú)法用于進(jìn)行相互比對(duì),缺乏系統(tǒng)化的大型數(shù)據(jù)庫(kù)作為數(shù)據(jù)分析研究的平臺(tái)。乏系統(tǒng)化的大型數(shù)據(jù)庫(kù)作為數(shù)據(jù)分
8、析研究的平臺(tái)。文章部分文章部分What does metabolomics analyze?: 生物的代謝產(chǎn)物不是單一的,而是復(fù)雜的種類繁多的、物理和化學(xué)性生物的代謝產(chǎn)物不是單一的,而是復(fù)雜的種類繁多的、物理和化學(xué)性質(zhì)多變的,具有極其豐富的多樣性的小分子混合質(zhì)多變的,具有極其豐富的多樣性的小分子混合化合化合物(物(30Da3000Da)群體。有別于多糖、肽類、蛋白質(zhì)、群體。有別于多糖、肽類、蛋白質(zhì)、DNA和和RNA等大分子(等大分子(5000Da以上)以上)的聚合物的聚合物,代謝物(,代謝物(metabolite)亦稱中間代謝亦稱中間代謝物,主要是指物,主要是指通過(guò)代謝過(guò)通過(guò)代謝過(guò)程產(chǎn)生或消耗
9、的物質(zhì),生物大分子不包括在內(nèi)。生物大分子的前體及降解程產(chǎn)生或消耗的物質(zhì),生物大分子不包括在內(nèi)。生物大分子的前體及降解產(chǎn)物是真正的代謝物。代謝過(guò)程中在酶作用下生成或轉(zhuǎn)變的小分子化合物產(chǎn)物是真正的代謝物。代謝過(guò)程中在酶作用下生成或轉(zhuǎn)變的小分子化合物也也稱作稱作代謝物代謝物。 代謝組學(xué)能告訴我們機(jī)體中發(fā)生了些什么呢?代謝組學(xué)就像機(jī)體的快代謝組學(xué)能告訴我們機(jī)體中發(fā)生了些什么呢?代謝組學(xué)就像機(jī)體的快照,顯示出即刻或特定時(shí)間點(diǎn)被測(cè)物中各類化合物的種類以及量。對(duì)于樣照,顯示出即刻或特定時(shí)間點(diǎn)被測(cè)物中各類化合物的種類以及量。對(duì)于樣本的分析能夠更容易的鑒定出特定狀態(tài)(壓力、階段等)下,某一物種、本的分析能夠更容
10、易的鑒定出特定狀態(tài)(壓力、階段等)下,某一物種、培養(yǎng)物或有機(jī)體的特征代謝物和代謝的紋路(模式)。培養(yǎng)物或有機(jī)體的特征代謝物和代謝的紋路(模式)。 樣本樣本中代謝物的種類可以說(shuō)是相當(dāng)?shù)姆倍啵笾驴梢钥梢詫⑵浞譃槿愔写x物的種類可以說(shuō)是相當(dāng)?shù)姆倍?,大致可以可以將其分為三類?A. 基因型(表觀遺傳)相關(guān)代謝物基因型(表觀遺傳)相關(guān)代謝物 B. 階段性相關(guān)代謝物階段性相關(guān)代謝物 C. 條件性(受所處環(huán)境或外在因素影響)相關(guān)代謝物;條件性(受所處環(huán)境或外在因素影響)相關(guān)代謝物; 但是,對(duì)于如肌肉收縮的瞬間及但是,對(duì)于如肌肉收縮的瞬間及化學(xué)化學(xué)信號(hào)傳導(dǎo)的途徑的代謝物的變化,信號(hào)傳導(dǎo)的途徑的代謝物的變化
11、,這些瞬間的快速變化,還是很難準(zhǔn)確捕捉到的。相對(duì)來(lái)說(shuō)過(guò)程性的代謝變這些瞬間的快速變化,還是很難準(zhǔn)確捕捉到的。相對(duì)來(lái)說(shuō)過(guò)程性的代謝變化能夠更清楚進(jìn)行觀察。對(duì)于瞬間的這一過(guò)程的代謝物質(zhì)的變化的研究是化能夠更清楚進(jìn)行觀察。對(duì)于瞬間的這一過(guò)程的代謝物質(zhì)的變化的研究是代謝組學(xué)研究的一大挑戰(zhàn),運(yùn)用同位素標(biāo)記進(jìn)行觀察或許是不錯(cuò)的方法。代謝組學(xué)研究的一大挑戰(zhàn),運(yùn)用同位素標(biāo)記進(jìn)行觀察或許是不錯(cuò)的方法。 對(duì)于目前的研究大多只是集中于有機(jī)體的某一個(gè)部分或功能性器官,對(duì)于目前的研究大多只是集中于有機(jī)體的某一個(gè)部分或功能性器官,而非整體性的進(jìn)行研究,相對(duì)的機(jī)體的某一部分也是由不同類型的細(xì)胞構(gòu)而非整體性的進(jìn)行研究,相對(duì)的
12、機(jī)體的某一部分也是由不同類型的細(xì)胞構(gòu)成的,這些不同類型的細(xì)胞也有著各自的特殊代謝物和代謝模式。成的,這些不同類型的細(xì)胞也有著各自的特殊代謝物和代謝模式。 代謝組學(xué)研究的終極目標(biāo)是面向細(xì)胞水平甚至是亞細(xì)胞水平代謝物的代謝組學(xué)研究的終極目標(biāo)是面向細(xì)胞水平甚至是亞細(xì)胞水平代謝物的動(dòng)態(tài)變化。利用顯微技術(shù)對(duì)細(xì)胞進(jìn)行剝離對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行研究已經(jīng)能夠?qū)崿F(xiàn)。動(dòng)態(tài)變化。利用顯微技術(shù)對(duì)細(xì)胞進(jìn)行剝離對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行研究已經(jīng)能夠?qū)崿F(xiàn)。Dilatris pillansii單分泌腔顯微成像單分泌腔顯微分離后的成像分泌腔提取物NMR頻譜參照物NMR頻譜Is there an optimal analytical method?:
13、由于由于質(zhì)譜法(質(zhì)譜法(MS)和核磁共振法()和核磁共振法(NMR)都是基于物理性質(zhì)對(duì)化合物進(jìn)行)都是基于物理性質(zhì)對(duì)化合物進(jìn)行檢測(cè),不受外在因素的干擾,可重復(fù)性高,通常是首要的優(yōu)選分析方法。檢測(cè),不受外在因素的干擾,可重復(fù)性高,通常是首要的優(yōu)選分析方法。MS和和NMR也可以與色譜聯(lián)合使用已達(dá)到更高的檢測(cè)精度。例如:液相色譜(也可以與色譜聯(lián)合使用已達(dá)到更高的檢測(cè)精度。例如:液相色譜(LC-MS、LC-NMR),氣象色譜(),氣象色譜(GC-MS、GS-NMR)及固相萃?。ǎ┘肮滔噍腿。↙C-SPE-NMR). 核磁共振是主要的分析方法,因?yàn)樗焖俸?jiǎn)單,樣本處理簡(jiǎn)單,并能夠進(jìn)核磁共振是主要的分析方
14、法,因?yàn)樗焖俸?jiǎn)單,樣本處理簡(jiǎn)單,并能夠進(jìn)行快速的大樣本量的分析,但是與質(zhì)譜法相比靈敏度較低。行快速的大樣本量的分析,但是與質(zhì)譜法相比靈敏度較低。NMR目前已被用于目前已被用于質(zhì)量控制、化學(xué)分類、遺傳修飾的等價(jià)分析及環(huán)境或有機(jī)體之間相互作用的分質(zhì)量控制、化學(xué)分類、遺傳修飾的等價(jià)分析及環(huán)境或有機(jī)體之間相互作用的分析。析。 核磁共振在代謝組學(xué)方面研究中的應(yīng)用已經(jīng)相當(dāng)廣泛,目前已經(jīng)鑒定出的核磁共振在代謝組學(xué)方面研究中的應(yīng)用已經(jīng)相當(dāng)廣泛,目前已經(jīng)鑒定出的化合物的種類已有化合物的種類已有30-150種。檢測(cè)的靈敏度在種。檢測(cè)的靈敏度在10mg-50mg之間。之間。 使用核磁共振成像(使用核磁共振成像(M
15、RI)更能在不對(duì)樣品進(jìn)行任何處理(完整的組織樣本)更能在不對(duì)樣品進(jìn)行任何處理(完整的組織樣本)的的情況下進(jìn)行檢測(cè)分析。的的情況下進(jìn)行檢測(cè)分析。NMR(核磁共振)原理核磁共振)原理: 原子核由質(zhì)子和中子組成,質(zhì)子帶正電荷,中子不帶電,因原子核由質(zhì)子和中子組成,質(zhì)子帶正電荷,中子不帶電,因此原子核帶正電荷,電荷數(shù)等于質(zhì)子數(shù)。大多數(shù)原子核都圍著某此原子核帶正電荷,電荷數(shù)等于質(zhì)子數(shù)。大多數(shù)原子核都圍著某個(gè)自身軸作旋轉(zhuǎn)運(yùn)動(dòng),因此其本身所帶正電荷就會(huì)形成環(huán)形電流,個(gè)自身軸作旋轉(zhuǎn)運(yùn)動(dòng),因此其本身所帶正電荷就會(huì)形成環(huán)形電流,從而產(chǎn)生一種核磁矩。當(dāng)以電磁波照射置于磁場(chǎng)中的這種原子核,從而產(chǎn)生一種核磁矩。當(dāng)以電磁
16、波照射置于磁場(chǎng)中的這種原子核,則會(huì)發(fā)生某種頻率能量的吸收。吸收后原子核能量發(fā)生變化,并則會(huì)發(fā)生某種頻率能量的吸收。吸收后原子核能量發(fā)生變化,并發(fā)出核磁共振信號(hào),這就是核磁共振現(xiàn)象。發(fā)出核磁共振信號(hào),這就是核磁共振現(xiàn)象。 核電荷繞磁場(chǎng)自旋運(yùn)動(dòng)產(chǎn)生軸向磁偶極子,這種角動(dòng)量是用自核電荷繞磁場(chǎng)自旋運(yùn)動(dòng)產(chǎn)生軸向磁偶極子,這種角動(dòng)量是用自旋量子數(shù)旋量子數(shù)I表示,當(dāng)表示,當(dāng)I為奇數(shù)時(shí),自旋存在;當(dāng)原子核里面中子數(shù)量為奇數(shù)時(shí),自旋存在;當(dāng)原子核里面中子數(shù)量為偶數(shù),質(zhì)子數(shù)為奇數(shù)時(shí),自旋也存在;原子核里面質(zhì)子和中子為偶數(shù),質(zhì)子數(shù)為奇數(shù)時(shí),自旋也存在;原子核里面質(zhì)子和中子的數(shù)量同為偶數(shù)時(shí)不存在核自旋。的數(shù)量同為偶數(shù)
17、時(shí)不存在核自旋。 因此,在構(gòu)成有機(jī)物的三種重要元素因此,在構(gòu)成有機(jī)物的三種重要元素1H、12C和和16O中,只有中,只有1H才有可能發(fā)生核磁共振現(xiàn)象,研究中主要對(duì)才有可能發(fā)生核磁共振現(xiàn)象,研究中主要對(duì)1H核進(jìn)行研究。其核進(jìn)行研究。其他種類的核磁共振譜還有他種類的核磁共振譜還有13C、15N、19F、119Sn等核磁共振譜圖。等核磁共振譜圖。 在含有在含有H元素的不同物質(zhì)中,由于物質(zhì)結(jié)構(gòu)不同,所以元素的不同物質(zhì)中,由于物質(zhì)結(jié)構(gòu)不同,所以H原子原子核所處的化學(xué)環(huán)境不同,而化學(xué)環(huán)境的不同就會(huì)導(dǎo)致核磁共振頻核所處的化學(xué)環(huán)境不同,而化學(xué)環(huán)境的不同就會(huì)導(dǎo)致核磁共振頻率發(fā)生變化。核磁共振就是通過(guò)測(cè)量這些變化
18、來(lái)確定物質(zhì)的結(jié)構(gòu)率發(fā)生變化。核磁共振就是通過(guò)測(cè)量這些變化來(lái)確定物質(zhì)的結(jié)構(gòu)的。的。核磁共振儀工作原理核磁共振儀工作原理: Metabolite identification核磁共振譜的解析核磁共振譜的解析:核磁共振圖譜核磁共振圖譜JHa-Hb圖譜圖譜- -結(jié)構(gòu)信息結(jié)構(gòu)信息 峰的數(shù)目:標(biāo)志分子中磁不等性質(zhì)子的種類,峰的數(shù)目:標(biāo)志分子中磁不等性質(zhì)子的種類,多少種多少種H; 峰的強(qiáng)度峰的強(qiáng)度(面積面積):每類質(zhì)子的數(shù)目:每類質(zhì)子的數(shù)目(相對(duì)相對(duì)),多多少個(gè)少個(gè)H,確定各類質(zhì)子之間的相對(duì),確定各類質(zhì)子之間的相對(duì)比例比例; 峰峰的位移的位移( ):每類質(zhì)子所處的化學(xué)環(huán)境,每類質(zhì)子所處的化學(xué)環(huán)境,化合化合物
19、中位置;物中位置; 峰的裂分?jǐn)?shù):峰的裂分?jǐn)?shù):相鄰碳原子上質(zhì)子數(shù);相鄰碳原子上質(zhì)子數(shù); 偶合常數(shù)偶合常數(shù)(J):確定化合物構(gòu)型確定化合物構(gòu)型。化學(xué)位移及其影響因素化學(xué)位移及其影響因素 不同化學(xué)環(huán)境的質(zhì)子(即具有不同屏蔽參數(shù)不同化學(xué)環(huán)境的質(zhì)子(即具有不同屏蔽參數(shù)的質(zhì)子)會(huì)一個(gè)的質(zhì)子)會(huì)一個(gè)接一個(gè)地產(chǎn)生共振。不同類型氫核因所處的化學(xué)環(huán)境不同,共接一個(gè)地產(chǎn)生共振。不同類型氫核因所處的化學(xué)環(huán)境不同,共振峰將出現(xiàn)在磁場(chǎng)的不同區(qū)域。振峰將出現(xiàn)在磁場(chǎng)的不同區(qū)域。 這種由于分子中各組質(zhì)子所處的化學(xué)環(huán)境不同,而在不同的磁這種由于分子中各組質(zhì)子所處的化學(xué)環(huán)境不同,而在不同的磁場(chǎng)產(chǎn)生共振吸收的現(xiàn)象稱為化學(xué)位移。場(chǎng)產(chǎn)生
20、共振吸收的現(xiàn)象稱為化學(xué)位移。 因?yàn)榛瘜W(xué)位移數(shù)值很小,質(zhì)子的化學(xué)位移只有所用磁場(chǎng)的百萬(wàn)因?yàn)榛瘜W(xué)位移數(shù)值很小,質(zhì)子的化學(xué)位移只有所用磁場(chǎng)的百萬(wàn)分之幾,所以要準(zhǔn)確測(cè)定其絕對(duì)值比較困難。分之幾,所以要準(zhǔn)確測(cè)定其絕對(duì)值比較困難。 實(shí)際工作中使用比值表示化學(xué)位移,符號(hào)實(shí)際工作中使用比值表示化學(xué)位移,符號(hào) 影響影響化學(xué)位移的因素有如下幾種:化學(xué)位移的因素有如下幾種:(1 1)電子效應(yīng))電子效應(yīng) 所研究所研究1H核由電子云包圍,核外電子在外核由電子云包圍,核外電子在外加磁場(chǎng)的作用下,產(chǎn)生與外加磁場(chǎng)方向相加磁場(chǎng)的作用下,產(chǎn)生與外加磁場(chǎng)方向相反的感應(yīng)磁場(chǎng),即屏蔽效應(yīng),與質(zhì)子周圍反的感應(yīng)磁場(chǎng),即屏蔽效應(yīng),與質(zhì)子周圍
21、的電子云密度有關(guān)。的電子云密度有關(guān)。 影響電子云密度的一個(gè)重要因素,就是與影響電子云密度的一個(gè)重要因素,就是與質(zhì)子相連接的原子或基團(tuán)的電負(fù)性的大?。嘿|(zhì)子相連接的原子或基團(tuán)的電負(fù)性的大小: 電負(fù)性大的取代基(吸電子基團(tuán)),可使鄰近氫電負(fù)性大的取代基(吸電子基團(tuán)),可使鄰近氫核的電子云密度減少(去屏蔽效應(yīng)),導(dǎo)致該質(zhì)核的電子云密度減少(去屏蔽效應(yīng)),導(dǎo)致該質(zhì)子的共振信號(hào)向低場(chǎng)移動(dòng),化學(xué)位移左移;子的共振信號(hào)向低場(chǎng)移動(dòng),化學(xué)位移左移; 電負(fù)性小的取代基(給電子基團(tuán)),可使鄰近氫電負(fù)性小的取代基(給電子基團(tuán)),可使鄰近氫核的電子云密度增加(屏蔽效應(yīng)),導(dǎo)致該質(zhì)子核的電子云密度增加(屏蔽效應(yīng)),導(dǎo)致該質(zhì)
22、子的共振信號(hào)向高場(chǎng)移動(dòng),化學(xué)位移右移。的共振信號(hào)向高場(chǎng)移動(dòng),化學(xué)位移右移。 CH3Cl CH2Cl2 CHCl3 : 3.1 5.3 7.3 移向低場(chǎng)移向低場(chǎng) CH3BrCH3CH2Br CH3(CH2)2BrCH3(CH2)3Br : 2.68 1.65 1.04 0.90移向高場(chǎng)移向高場(chǎng)(2 2)磁各向異性效應(yīng))磁各向異性效應(yīng) 實(shí)踐證明,化學(xué)鍵尤其是實(shí)踐證明,化學(xué)鍵尤其是鍵,因電子流動(dòng)鍵,因電子流動(dòng)所產(chǎn)生的感應(yīng)磁場(chǎng),并通過(guò)空間影響到鄰近所產(chǎn)生的感應(yīng)磁場(chǎng),并通過(guò)空間影響到鄰近的氫核。這個(gè)由化學(xué)鍵產(chǎn)生的第二磁場(chǎng)是各的氫核。這個(gè)由化學(xué)鍵產(chǎn)生的第二磁場(chǎng)是各向異性的,即在化學(xué)鍵周圍是不對(duì)稱的:向異性
23、的,即在化學(xué)鍵周圍是不對(duì)稱的: 有的地方與外加磁場(chǎng)方向一致,將增加外加磁場(chǎng),有的地方與外加磁場(chǎng)方向一致,將增加外加磁場(chǎng),并使該處氫核共振移向低磁場(chǎng)處并使該處氫核共振移向低磁場(chǎng)處(去屏蔽效應(yīng)去屏蔽效應(yīng)),故化學(xué)位移值增大;故化學(xué)位移值增大; 有的地方與外加磁場(chǎng)方向相反,將削弱外加磁場(chǎng),有的地方與外加磁場(chǎng)方向相反,將削弱外加磁場(chǎng),并使該處氫核共振移向高磁場(chǎng)處并使該處氫核共振移向高磁場(chǎng)處(屏蔽效應(yīng)屏蔽效應(yīng)),故,故化學(xué)位移值減小?;瘜W(xué)位移值減小。 這種效應(yīng)叫做磁的各向異性效應(yīng)(這種效應(yīng)叫做磁的各向異性效應(yīng)(magnetic anisotropic effect) 在含有在含有鍵的分子中,如芳香系統(tǒng)、
24、烯烴、鍵的分子中,如芳香系統(tǒng)、烯烴、羰基、炔烴等,磁各向異性效應(yīng)對(duì)化學(xué)位移羰基、炔烴等,磁各向異性效應(yīng)對(duì)化學(xué)位移的影響十分重要的影響十分重要 。雙鍵雙鍵化合物化合物 炔烴炔烴R OH ORHRCORHOCHC(3 3)氫鍵效應(yīng))氫鍵效應(yīng) 化學(xué)位移受氫鍵的影響較大,當(dāng)分子化學(xué)位移受氫鍵的影響較大,當(dāng)分子中形成氫鍵以后,由于靜電作用,使中形成氫鍵以后,由于靜電作用,使氫鍵中氫鍵中1H核周圍的電子云密度降低,核周圍的電子云密度降低,1H核處于較低的磁場(chǎng)處,其核處于較低的磁場(chǎng)處,其值增大。值增大。 共振峰的峰位取決于氫鍵締合的程度,共振峰的峰位取決于氫鍵締合的程度,即樣品濃度。顯然,樣品濃度越高,即樣
25、品濃度。顯然,樣品濃度越高,則則值越大。隨著樣品用非極性溶劑稀值越大。隨著樣品用非極性溶劑稀釋,共振峰將向高磁場(chǎng)方向位移,故釋,共振峰將向高磁場(chǎng)方向位移,故值減小。值減小。(4 4)溶劑效應(yīng))溶劑效應(yīng)1H核在不同溶劑中,因受溶劑的影響而使化學(xué)位移核在不同溶劑中,因受溶劑的影響而使化學(xué)位移發(fā)生變化,這種效應(yīng)稱為溶劑效應(yīng)。發(fā)生變化,這種效應(yīng)稱為溶劑效應(yīng)。 溶劑的影響是通過(guò)溶劑的極性形成氫鍵以及屏蔽效溶劑的影響是通過(guò)溶劑的極性形成氫鍵以及屏蔽效應(yīng)而發(fā)生作用的。應(yīng)而發(fā)生作用的。.C NCH3CH3HO-+C NCH3CH3HO- - 在氘代氯仿溶劑中,在氘代氯仿溶劑中, 2.882.88; 2.972
26、.97。- - 逐步加入各向異性溶劑苯,逐步加入各向異性溶劑苯, 和和 甲基的化學(xué)位移甲基的化學(xué)位移逐漸靠近,然后交換位置逐漸靠近,然后交換位置。 各類質(zhì)子的化學(xué)位移各類質(zhì)子的化學(xué)位移 各種類型的氫核因所處的化學(xué)環(huán)境不同,共振峰將分別各種類型的氫核因所處的化學(xué)環(huán)境不同,共振峰將分別位于磁場(chǎng)的某個(gè)特定區(qū)域,即有不同的化學(xué)位移值。因位于磁場(chǎng)的某個(gè)特定區(qū)域,即有不同的化學(xué)位移值。因此由測(cè)得的共振峰化學(xué)位移值,可以幫助推斷氫核的結(jié)此由測(cè)得的共振峰化學(xué)位移值,可以幫助推斷氫核的結(jié)構(gòu)類型。構(gòu)類型。0123456789101112131415化學(xué)位移HCCHCOHCOOHH3CO3.7H3CN3.0H3CC
27、2.1OH3CC1.8CH3CC0.9(ppm)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析目前可使用的在線數(shù)據(jù)庫(kù):目前可使用的在線數(shù)據(jù)庫(kù):1. Biological Magnetic Resonance Data Bank(BMRD:);2. Human Metabolome Database(HMDB: www.hmdb.ca);3. NMR database of Linkoeping (MDL: http:/www.liu.se/hu/mdl/main/)4. Magnetic Resonance Metabolomics Database (http:/www.me
28、tabolomics.bioc.cam.ac.uk/metabolomics)5. Prime and the NMR Lab of Biomolecules ()6. NMRShiftDB (www.ebi.ac.uk/NMRshiftdb/)7. Spectral Database for Organic Compounds (SDBS:www.riodb01.ibase.aist.go.jp)8. BioMagResBank ()雜志:雜志:代謝組學(xué)的代謝組學(xué)的提出:提出:代謝組學(xué)代謝組學(xué)的概
29、念:的概念:MetabonomicsMetabonomics,MetabolomicsMetabolomics,國(guó)內(nèi)翻譯成,國(guó)內(nèi)翻譯成。對(duì)一個(gè)生物系統(tǒng)的細(xì)胞在給定時(shí)間和給定對(duì)一個(gè)生物系統(tǒng)的細(xì)胞在給定時(shí)間和給定條件下所有小分子代謝物質(zhì)的定量分析。著重研究的是單個(gè)細(xì)胞或細(xì)胞類型中所有條件下所有小分子代謝物質(zhì)的定量分析。著重研究的是單個(gè)細(xì)胞或細(xì)胞類型中所有的小分子成分和波動(dòng)規(guī)律的小分子成分和波動(dòng)規(guī)律, ,或許可以叫做細(xì)胞代謝組或許可以叫做細(xì)胞代謝組學(xué)。學(xué)。強(qiáng)調(diào)分析而且是靜態(tài)的認(rèn)強(qiáng)調(diào)分析而且是靜態(tài)的認(rèn)識(shí)概念,主要應(yīng)用色質(zhì)聯(lián)用識(shí)概念,主要應(yīng)用色質(zhì)聯(lián)用等分析等分析技術(shù),多用于植物和微生物領(lǐng)域的研究技術(shù),多
30、用于植物和微生物領(lǐng)域的研究。概述概述(Metabonomics/ Metabolomics Metabonomics/ Metabolomics ):通過(guò)考察生物體系(細(xì)胞、:通過(guò)考察生物體系(細(xì)胞、組織組織 或生物體)受或生物體)受后(如將某個(gè)特定的基因變異或環(huán)境變化后(如將某個(gè)特定的基因變異或環(huán)境變化后),其后),其,來(lái)研究生物體系的一門科學(xué)。,來(lái)研究生物體系的一門科學(xué)。代謝組學(xué)來(lái)源于代謝組一詞代謝組學(xué)來(lái)源于代謝組一詞, ,是研究一個(gè)細(xì)胞、組織或器官中所有小分子是研究一個(gè)細(xì)胞、組織或器官中所有小分子代謝組分集合的科學(xué)。代謝組分集合的科學(xué)。:基因組的下游產(chǎn)物也是最終產(chǎn)物,是一些參與:基因組的
31、下游產(chǎn)物也是最終產(chǎn)物,是一些參與生物體新陳代謝、維持生物體正常生長(zhǎng)功能生物體新陳代謝、維持生物體正常生長(zhǎng)功能 和生長(zhǎng)發(fā)育的小分子化合物和生長(zhǎng)發(fā)育的小分子化合物的的集合,包含一系列不同化學(xué)型的分子集合,包含一系列不同化學(xué)型的分子, , 比如肽、碳水化合物、脂類、核比如肽、碳水化合物、脂類、核酸以及異源物質(zhì)的催化產(chǎn)物酸以及異源物質(zhì)的催化產(chǎn)物等。主要等。主要是相對(duì)是相對(duì)。 代謝代謝組學(xué)分析可以指示細(xì)胞、組織或器官的生化狀態(tài)組學(xué)分析可以指示細(xì)胞、組織或器官的生化狀態(tài), , 協(xié)助闡釋新協(xié)助闡釋新基基因或因或未知功能基因的功能未知功能基因的功能, , 并且可以揭示生物各代謝網(wǎng)絡(luò)間的關(guān)聯(lián)性并且可以揭示生物各
32、代謝網(wǎng)絡(luò)間的關(guān)聯(lián)性, , 幫幫助人們更系統(tǒng)地認(rèn)識(shí)生物體助人們更系統(tǒng)地認(rèn)識(shí)生物體。 代謝物代謝物數(shù)量因物種不同而差異較大:數(shù)量因物種不同而差異較大: 植物(植物(200 000200 000種)、動(dòng)物(種)、動(dòng)物(25002500種)、微生物(種)、微生物(15001500種)種)各組學(xué)研究之間的關(guān)系各組學(xué)研究之間的關(guān)系系統(tǒng)生物學(xué) Gene - mRNA - Protein - Metabolite結(jié)構(gòu)基因組學(xué):研究生物系統(tǒng)結(jié)構(gòu)基因組學(xué):研究生物系統(tǒng)的基因結(jié)構(gòu)組成,即的基因結(jié)構(gòu)組成,即DNADNA的序的序列及其表達(dá)列及其表達(dá) 。蛋白組學(xué):研究由生物系統(tǒng)表蛋白組學(xué):研究由生物系統(tǒng)表達(dá)的蛋白質(zhì)及由外部刺激引起達(dá)的蛋白質(zhì)及由外部刺激引起的差異的差異 。代謝組學(xué):研究生物體系(細(xì)代謝組學(xué):研究生物體系(細(xì)胞,組織或生物體)受外部刺胞,組織或生物體)受外部刺激所產(chǎn)生的所有代謝產(chǎn)物的變激所產(chǎn)生的所有代謝產(chǎn)物的變化,是結(jié)構(gòu)基因組學(xué)和蛋白組化,是結(jié)構(gòu)基因組學(xué)和蛋白組學(xué)的延伸學(xué)的延伸 。Oliver Fiehn Oliver Fiehn 將對(duì)生物體系的代謝產(chǎn)物分析分為將對(duì)生物體系的代謝產(chǎn)物分析分為4 4個(gè)層次:個(gè)層次: 1 1)代謝物靶標(biāo)分析()代謝物
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