CANOCO在中CCA使用中的應用步奏

1、CANOCO在中CCA使用中的應用步奏以下為軟件使用的詳細步驟，具體探討如何使用Canoco for Windows 4.5軟件包完成Canonical Correspondence Analysis (CCA) 分析，軟件包的大部分程序都將在步驟中涉及，鑒于分析中所采用的公用數(shù)據(jù)集，大家可以基于Canoco測試版重做這些分析。 (提醒： Canoco測試版默認安裝路徑為C:Canoco，如果您在別的地方重新安裝，請恰當?shù)恼{整文件夾路徑。) 步驟共劃分為四個過程: 借助WCanolmp導入電子表數(shù)據(jù)借助Canoco for Windows進行CCA排序借助CanoDraw畫出排序圖修正Cano

2、Draw 排序圖一、借助WCanoImp導入電子表數(shù)據(jù)1.打開路徑C:CanocoSamplesdune_env.xls中的Excel文件，當然也可以使用其他可讀形式。在Excel表中，要選擇整個矩形區(qū)域的數(shù)據(jù)，包括第一行（含變量名稱）和第一列（含樣本名稱），然后復制數(shù)據(jù)到剪貼板（也可使用Excel中的EditCopy菜單命令），之后，從快捷菜單中打開Canoco for Windows的子菜單WCanoImp（見圖1）。圖1 從快捷菜單中打開WCanoImp2.此時，WCanoImp程序已經(jīng)開始運行，這里我們選擇保存數(shù)據(jù)為Condensed格式（如果數(shù)據(jù)包括很多0值的話，而且這對于物種數(shù)據(jù)還

3、很常見，那么濃縮格式可以節(jié)省文件空間）。核對以下選項后，就可以點擊保存按鈕了（見圖2）。圖2 WcanoImp的文件保存3.此時出現(xiàn)一個文件選擇框，選擇文件路徑為C:CanocoSamples，同時輸入文件名 duneenv2.dta，此時不要輸入duneenv.dta，因為這個文件已經(jīng)存在，如果你保存的話將會覆蓋（當然前提需要你的確認），之后，點擊“Save”按鈕。4.之后彈出一個小型窗口，可以輸入一段描述性的文字（最多80 字節(jié)），此時由WCanoImp生成的一段文字被突出顯示（藍色陰影），可以默認，也可以通過輸入文字直接替換。然后點擊“OK”按鈕，有提示框提醒“你的文件成功創(chuàng)建”，最后再

4、次點擊“OK”按鈕后，又回到WCanoImp窗口，可以關閉。二、借助Canoco for Windows進行CCA排序1.從快捷菜單中打開Canoco for Windows的子菜單（見數(shù)據(jù)導入第1個步驟），此時選擇Canoco for Windows項，打開的時候會有日期提醒（已轉換系統(tǒng)日期的除外），關閉后繼續(xù)。此時，Canoco for Windows的工作區(qū)還是空的，在開始分析之前，我們必須創(chuàng)建一個新的項目，如可以通過工具欄上的“New project”快捷鍵創(chuàng)建（圖3）。圖3 Canoco for Windows新項目的創(chuàng)建2.點擊“New project”按鈕之后，會出現(xiàn)新的項目窗口

5、（Project View）和登錄窗口（Log View），同時項目建立向導也會自動啟動（以下主要是對各向導頁面的說明）。CCA試圖通過環(huán)境數(shù)據(jù)解釋物種關系，如果我們想同時分析物種數(shù)據(jù)（主數(shù)據(jù)）、環(huán)境數(shù)據(jù)（從數(shù)據(jù)）以及相應的梯度關系，則必須首先選擇第一個向導頁的復選框（圖4），確認后點擊向導頁下方的“Next”按鈕。圖4 數(shù)據(jù)關系的選擇3.下一頁，主要是選擇2個文件作為排序結果的儲存部分（Canoco結果文件）。但由于前一頁的選擇，所以兩個選項（協(xié)變量和補充性環(huán)境變量）是非激活的。此時，你可以直接在默認路徑中輸入文件名，也可以使用“Browse”按鈕去查詢數(shù)據(jù)文件所在（圖5），原則上應該按照下

6、圖填寫路徑，除非你的Canoco安裝目錄不在C:Canoco。圖5 數(shù)據(jù)文件的選擇4.點擊“Next”按鈕后，向導頁出現(xiàn)了分析方法的選擇，這里選擇CCA，當然你也可以嘗試單擊向導頁右上方的“？”按鈕，點擊后你的鼠標變成一個問號標志，放到任何一個標簽上面都可以得到具體信息，如想獲得整個向導頁的說明，則可以點擊向導頁底部的“Help”按鈕。5.下一頁，需要選擇分類排序的比例，此時保持默認值，如想更清楚了解這一選擇，你也可以嘗試閱讀“Help”文本。6.繼續(xù)下一頁，給我們提供物種數(shù)據(jù)轉換的幾種方法，對于我們的數(shù)據(jù)，物種數(shù)值大體處于對數(shù)比例，因此我們保持默認的“不轉換”，繼續(xù)點擊“Next”。7.這一

7、頁 “數(shù)據(jù)編輯選擇” （圖6）是數(shù)據(jù)分析的核心部分，通過選擇特定的復選框，你可以通過分析移除某些樣本、物種或是環(huán)境變量，改變它們的比重或是讓它們作為補充成分。此外，你也可以通過Define Interactions（原始環(huán)境變量的動力和產量）擴展解釋變量。但在步驟中，為盡量保證我們的展示簡單，我們沒有選擇任何一個復選框且忽略了大部分的向導頁說明。圖6 數(shù)據(jù)編輯選擇8.下一頁允許進行環(huán)境變量的預選，除了手動預選之外，也可以借助CANOCO 3.x的自動預選，它可以為個體解釋變量的微量和受制約的影響提供快速的概括（見 The Package: The Canoco for Windows modu

8、le）。在此時說明中，我們依然保持默認狀態(tài)（即使不采用預選），繼續(xù)點擊“下一步”。9.下一頁“Global Permutation Test”主要涉及蒙特卡洛置換檢驗，我們將為之展示Canoco for Windows最簡單的置換檢驗。首先選擇左邊頁的最后一個選項“Both above tests”，同時讓排列數(shù)和排列類型選擇保持默認狀態(tài)（圖7）。圖7 Global Permutation Test10.下一頁，繼續(xù)保持默認設置。當然也可以采取違背最簡排序方法（自由排列），如通過協(xié)變量分析，確定已有樣本/實驗設計的程序結構，因此那些來自不同結構的樣本并沒有在排列中轉換，可見The Packag

9、e: The Canoco for Windows module以獲取更多信息。 11.最終頁終于出現(xiàn)了，這里友情提醒，此時你或許需要回頭檢查下當初的選擇并按照要求進行修正，當然也可以在排序分析完成后檢查，最后能重復和提高已有分析結果，如果確定的話，點擊“Finish”按鈕。12.這樣，一個標題為“Canoco Project”的文件保存對話框出現(xiàn)了，需要你輸入一個名字并保存，比如我們把文件tutorial.con保存路徑為C:CanocoSamples（圖8）。 圖8 con文件的保存13.點擊“OK”按鈕之后，已有項目得以保存，界面又回歸到Canoco for Windows 工作區(qū)，同時

10、項目窗口被突出顯示，而登錄窗口成為背景（圖9）。14.點擊項目窗口中的“Analyze”按鈕，計算過程（包括蒙特卡洛排序）呈現(xiàn)在彈出（pop-up）窗口，在這個窗口消失之后，你又將回到Canoco for Windows工作區(qū)，此時登錄窗口填滿了分析的主要結果。若想檢查排序結果，可通過點擊窗口查看，當然也可以點擊F3或點擊轉換工具欄按鈕。圖14 Canoco for Windows主界面15.在登錄窗口，你可以看到蒙特卡洛排序檢驗、排序總體情況以及一些附加信息，這些信息在Canoco for Windows中有細致展示（圖15），也可借助右手邊的“scrollbar”收起登錄窗口。 圖15 登

11、錄窗口的詳細信息三、借助CanoDraw畫出排序圖1.有兩種方法打開CanoDraw，一是從快捷菜單中打開Canoco for Windows的子菜單（見數(shù)據(jù)導入第1個步驟），此時選擇CanoDraw項；二是在項目窗口執(zhí)行“ProjectCanoDraw”命令。剛開始的時候，CanoDraw for Windows基于現(xiàn)有的活動項目（.con file）、排序結果和輸入數(shù)據(jù)文件創(chuàng)建了一個新的項目，此時需確認項目名稱（和Canoco project一樣，但以cdw作為擴展名），點擊“保存”按鈕，然后從ProjectNominal variables子菜單中選擇環(huán)境變量，同時選擇SF, BF, H

12、F, NM 變量（圖16）2.為創(chuàng)建圖表，從CreateBiplots and Joint Plots子菜單中選擇“Species and env.variables”項（圖17），最終生成排序圖。用“File”子菜單中的“Save”命令保存，并給與命名，當然，在本文的后一部分，將主要介紹如何修正排序圖。圖16 CanoDraw中的變量選擇圖17 排序圖的生成四、修正CanoDraw 排序圖1.原則上，對排序圖的修正，可以通過選擇圖表的不同部分（如符號、標簽、線條、箭頭）來完成。但是在很多分析中，因為排序圖初次建立時的選擇是比較恰當?shù)模詫D表的修正往往事倍功半。2.如果想修正的話，可通過使

13、用“View”菜單中的“Visual Attributes”命令。選擇后，會彈出如下會話框，首先應選擇菜單左邊的圖表類型，然后嘗試改變初始圖表分布（圖18）。 圖18 CanoDraw圖形修正菜單3.以上的修訂命令適用很廣泛，基本可適用于所有基于Canoco分析所創(chuàng)建的CanoDraw項目，但還有一些特別的設置方法，如“ProjectSettings”命令，通過此方法，你可以選擇個體是否貼上標簽，一個圖表究竟建立怎樣的屬性等等（圖19）。圖19 Project Settings 具體分布4.為表明圖表中物種間差異，我們不妨來改變物種標簽的顏色，既然物種的特征符號為藍色，那么我們不妨讓它們的標簽

14、亦為藍色，而原始標簽默認為黑色。通過左鍵點擊其中一個物種的標簽，一個紅色框就出現(xiàn)在標簽的周圍，把鼠標放在這個框內并點擊右鍵，一個系列菜單就出現(xiàn)了（圖20）。圖20 圖形修正的右鍵菜單5.從這些菜單中，選擇第一個“Select Suchlike”命令，這樣CanoDraw就選擇了該物種所有剩下部分的標簽，因為它們采用的是同樣大小和型號的字體，如果你想選擇圖中的所有物種而無視它們的差異，那么可以選擇菜單中第二個“Select Similar”命令。6.現(xiàn)在點擊F5（或者選擇ViewProperties Sheet命令），然后會出現(xiàn)下圖所示對話框（圖21）。 圖21 標簽色彩修改（屬性）對話框（一）

15、7.這是CanoDraw圖表修正的核心，允許你改變一個或多個選擇對象的屬性，之前所有關于圖表的屬性選項此時都處于激活狀態(tài)，舉例來說，在我們的分析中，Color、line、Fill和Font頁就是激活的，但Symbol頁因為對標簽沒有意義而沒有被激活。此時我們選擇顏色頁的藍色按鈕，然后點擊“Apply”（見上圖）。8.請注意，在改變圖表的選擇或轉換到另外CanoDraw 項目時，你沒有必要關掉這個屬性表，你可以簡單的轉換邊上的窗口，還可在CanoDraw窗口內點擊某些部位，比如你可以點擊物種Symbol并通過“Select Suchlike”命令再一次選擇它們，點回屬性表并選擇Symbol頁，此

16、時Symbol頁就是激活的。再比如，此時你可以改變symbol type從“Up-triangle”到“Star”，同時增加特征值到0.015等等（圖22）。圖22標簽色彩修改（屬性）對話框（二）9.在我們的圖表中，很多物種的標簽在某些地方存在重疊，我們可以重新調整它們的位置從而讓它們可讀，但同時要保證它們symbols的正確性。為達到這個效果，我們首先用“ViewZoom”的命令放大圖形的比例，一般放大100%是最合適的，但具體多少取決于你屏幕分辨率，此時你應該可以看到圖標左上角部分，如圖23所示。圖23 圖表放大后示意圖10.通過點擊非疊加部分（屏幕上的“odo”），選擇如圖的“Ant odo”標簽，把鼠標定位在紅色框內，左鍵點擊不放并拖拽，此時你會看到一個“幽靈”