Blast結(jié)果的詳細(xì)解析資料

1、學(xué)習(xí)資料Blast結(jié)果的詳細(xì)解析Posted on 2009 年 7 月 9 日 by boyun要使用程序?qū)last結(jié)果進(jìn)行解析、分析，就必須對 BLAST的結(jié)果形式有深入的了 解，本篇文章將向你詳細(xì)說明Blast結(jié)果的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，供參考。這里的指的是 blast默認(rèn)的結(jié)果，也是我們應(yīng)用最多的結(jié)果。3.14.1. 結(jié)果文件的結(jié)構(gòu)一個BLAST的結(jié)果文件，大致結(jié)構(gòu)如下：每個blast結(jié)果文件都以固定的header開頭，里面包含了 BLAST程序名稱，版本 與Referenee信息。接下來包含一個或多個Query，每個query包含以下內(nèi)容：Query in formatio nSeque nc

2、es produe ing sig nifica nt alig nmentsSubjectsQuery information 是對一個 query 序列的基本信息描述，Sequences producingsignificant alignments 是對所有 subjects 的簡要 list。每個 subjects 是 query 序歹U 在數(shù)據(jù)庫中比對上的一條序列。3.14.2. HEADER每個blast結(jié)果文件都以固定的header開頭，里面包含了 BLAST程序名稱，版本 與 Reference 信息。BLA3TW 3. 2.13 骷弗-加帖R&f eience: Al

3、Stephen FThoinas L. Madden Altj andro d Schaff ex,Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Hiller, and David J. Lipman (1S97),Gapped BLA5T and FSI"BLAST: d nev generation of protein database saaich , Nucleic Acids Res. 25:3380-3402.blast結(jié)果解讀-header3.14.3. QUER Y每個blast結(jié)果文件包含一個或多個 Query，每個query包含以下內(nèi)容：Qu

4、ery in formatio nSeque nces produc ing sig nifica nt alig nmentsSubjectsi 1501174311 gb | AAfTO1028153.11 KesequenceIT列名稱AG2019000, g2, ihole genome shot gun sequence(162 Letters) 長度Database： I exp cnt2/srs_ioot Al 1 db /neb i Alast/db/F陽 丁A/： cnv_n 丈Ej OSlj 419 sequences; OOS, 22S3 876 total let te

5、x's數(shù)據(jù)庫don? 固定的信息blast結(jié)果解讀-Query3.144 QUER Y INFORMATIONQuery in formation是對一個query序列的基本信息描述。該部分包括Name : Fasta序列對于序列描述的部分(見本文檔section1.2部分說明)Accession :接收號，或者 locationDescription :序列描述Length :序列的長度Database :用戶使用的數(shù)據(jù)庫信息3.14.5. SEQUENCES PRODUCING SIGNIFICANTALIGNMENTS該處的信息是所有subjects的簡要list。Sgqi? E

6、Sequences producing si£nificaat alignments：(bits) Valuegb | AAFYO1028133.11enoireAGZO19600. g2, vhol& 加kmi.321le-85gb |AAG11Q0225(?i 11 JAetagenome sequence3G343Q0_fasl：a. screen.Cont. f2304e_73gb | AAFTJD1020SQ0. 11 Me tag enjome sequenceACZO19600. 3 vhol& genom.1964e49gb | AAF20100156

7、5.11 ¥&t a genome sequence3G34299_f as t a- scr>r en. Cont. .134歸一 44gb | AACWJ2O20423S. 1| Alai-ine me tag enonie 109SS2BS25914j iliole genosL . .400. E8blast 結(jié)果解讀-subjects list3.146 SUBJECTS每個subjects是query序列在數(shù)據(jù)庫中比對上的一條序列。每個subject部分包括Subject序列信息一個或多個 alignment3.14.7. SUBJECT 序列信息Subje

8、ct序列信息包括該序列的：Name : Fasta序列對于序列描述的部分Accession :接收號，或者 locationDescription :序列描述Length :序列的長度| AAFV0102B1S3. 1| Meta.erLOine sequenceg2, vhole genamc 吊列容稱AccessionJSit 信息Length - 162 長度BLAST-subjects3.14.8. ALIGNMENT一個query序列和一個subject序列的比對結(jié)果，可能是一個或多個 alignment，每 個alignment包括如下信息，其中strand，frame和posit

9、ives三項，隨著所用blast 程序的不同而有變動：Score : 281Expect : 2e-54Perce nt_ide ntityIde ntitiesbits : 110Len gthMismatches二 Len gthTde ntitiesGaps :為空時，Gaps=0Strand(blastn )Frame (blastx，tblastn ， tblastx )Positives (blastp, blastx ，tblastn ， tblastx)Query_startQuery_e ndSubject _startSubject _endScoxe - 1SS9 b&#

10、163;-ts (953); Expect - 0_ 0 score? bits? EspectIdwiUti汕=1005/1031 (9?%) Gaps = 6/1031 (1K) v ；'.identity (1005Length (1031) ) PeicerLt_Ld.entity (9?) , Gaps(6)Stiand = Flus / PlusstrandOuery startQueiy： 1153 caagatgttatcgactattleaetgtcgattgcacttataattgagg taacatctgtcat 1212iiniiiiiiiniiiiiiiiii

11、iiNiiiiiiiiiiiiiiiiiiiHiiiiiiiiiiiSbjci； 1573 caagatgi+atcgactattgccigtcgattgcacttataattiTaggtacratctgicat 132Subject startQu朝ry eniiQueiy： 2173 gaattcatet 2IS3IIIIHHIIIShjet: 2503 gaattegtet 2603Subject endScoie - ISIS bits (Sli3), Japect - 0P0FalignmentIdentities = 83G/846 (96%)Strand - Plus / Plu

12、sQueiy： 210 catagcattaatt tgea269iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiHiiiiiniiiiiriiiiiii minSb jet: 630 gcatagcaltaatttgca弋百ut 5SSBLAST-subjects3.14.9. 數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)總結(jié)比對結(jié)果分三個層次Query下面有一個或者多個 Subject，一個Subject下面有多個 Alignments。Query從“ Query二開始到下一個“ Query二或者文件結(jié)束Subject從“ 開始到下一個“或者“ Query二或者文件結(jié)束Alignment從“ Score =開'始到下一個“ Score二或“或者“ Query=”者文件結(jié)束。僅供學(xué)習(xí)與參考Re suitQuery ISubject 1Al15rLm