生物醫(yī)學信息資源及其檢索課件

1、生物醫(yī)學信息資源及其檢索醫(yī)學信息檢索醫(yī)學信息檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索PubMed主要內容qPubMedPubMed概況 qPubMed數(shù)據(jù)來源qPubMed檢索機制qPubMed檢索運算符qPubMed檢索方法q結果的顯示、保存q其他輔助功能生物醫(yī)學信息資源及其檢索PubMed概況p創(chuàng)建機構：美國國家醫(yī)學圖書館下設的美國生物技術信息中心(NCBI)n1997年6月開始向全球開放p特色：具有收錄范圍廣、內容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點，部分文獻還可在網(wǎng)上直接免費獲得全文。p與Medline光盤數(shù)據(jù)庫的區(qū)別：檢索機制、檢索界面、檢索方法以及收錄文獻數(shù)量不同。生物醫(yī)學信息資源及其檢索Pub

2、Med數(shù)據(jù)來源pMEDLINE： pubmed-indexed for medlinepIn Process Citations：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。pubmed-in processpPublisher-Supplied Citations：由出版商提供的電子文獻，每條記錄標有PubMed-as supplied by Publisher。生物醫(yī)學信息資源及其檢索n自動轉換匹配功能自動轉換匹配功能(Automatic Term Mapping)n對于輸入的檢索詞，PubMed先按一定的詞表順序進行對照匹配和轉換，再進行檢索。詞表匹配轉換順序是：MeSH表(MeSH Transla

3、tion Table)、期刊刊名表(Journal Translation Table)、短語表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4個表中都找不到相匹配的詞，PubMed將把短語分開，以單詞為單位，分別重復以上的過程，檢索時各個詞之間是AND邏輯關系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個詞在所有字段查找，各個詞之間也是AND邏輯關系。PubMed檢索機制生物醫(yī)學信息資源及其檢索n短語檢索短語檢索(Phrase Searching)n也可稱為強迫詞組檢索，即，如果要將短語作為一個詞組進行檢索，可用雙引號“ ”將其引起來。如：“drug therapy”作為詞

4、組進行檢索的詞，系統(tǒng)不進行自動轉換匹配，也不進行MeSH詞的擴檢。PubMed檢索機制生物醫(yī)學信息資源及其檢索PubMed檢索運算符n邏輯運算符：n邏輯與：AND，邏輯或：OR，邏輯非：NOT。n當一個檢索表達式中同時含有三個運算符時，運算順序從左至右，括號可以改變運算順序。n截詞符：*，一個詞或字拼寫出部分字母后面加上一個截詞符，chem*表示用詞根進行檢索。n雙引號：“ ”，表示對引號中的短語進行檢索。n檢索字段標識符：tag，tag為字段名稱。 ti，au，ta， la，pt。生物醫(yī)學信息資源及其檢索常用字段組成標識符標識符 字段名稱字段名稱 中文釋義中文釋義TI Title 題目AU

5、Author 作者AD Affiliation 作者單位AB Abstract 文摘DP Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名縮寫MH MeSH Terms 主題詞PT Publication Type 出版類型生物醫(yī)學信息資源及其檢索PubMed 網(wǎng)址生物醫(yī)學信息資源及其檢索高級檢索主題檢索期刊檢索文獻匹配臨床咨詢特 定 主題咨詢生物醫(yī)學信息資源及其檢索PubMed檢索方法n基本檢索n高級檢索n主題檢索n輔助檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索基本檢索默認檢索字段為主題、作者、期刊生物醫(yī)學信息資源及其檢索關鍵詞、詞(詞組)或短語：

6、 輸入任意關鍵詞：liver cancer、Lung cancer； 帶有雙引號” ”作為短語檢索：”cancer therapy”； 帶有連接號”-”作為一個詞組檢索：interleukin-6。限制檢索字段：如liver cancerti作者：Smith J 、 Smithau2002年以后的文獻如果作者有全稱，可用全稱基本檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索期刊刊名： 可用期刊全稱：GENE THERAPYTA； 可用期刊簡稱：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association) 刊名中含有特殊字符，如、&等，要去掉： 如J H

7、AND SURGAM 輸入時要寫成J HAND SURG AM 截詞：chemo*復雜表達式：liver cancer AND therapy帶有摘要文獻的檢索 ：liver cancer AND hasabstract基本檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索n分析該檢索課題，包含兩個方面： n肝癌：liver cancer；n治療：therapyn兩個主題之間的邏輯關系是AND，即nliver cancer AND therapy 基本檢索舉例1：肝癌的治療生物醫(yī)學信息資源及其檢索n分析該檢索課題，包含兩個方面： n作者為：馬大龍（ma dl）；n作者單位為： 北京大學（peking univers

8、ityad）。 基本檢索舉例2：北京大學醫(yī)學部馬大龍教授發(fā)表的文獻生物醫(yī)學信息資源及其檢索n得到了兩個檢索結果：n作者為：馬大龍（ma dl）的檢索結果n作者單位為：北京大學（peking universityad）的檢索結果n利用檢索史把這兩個檢索結果用AND組合起來基本檢索舉例2：北京大學醫(yī)學部馬大龍教授發(fā)表的文獻生物醫(yī)學信息資源及其檢索高級檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索p限制檢索或條件檢索：Limit (1) 全文、摘要 (2)動物、人類 (3)文獻類型 (4)語種 (5)數(shù)據(jù)庫子集的限定 (6)年齡組生物醫(yī)學信息資源及其檢索n分析該課題：n

9、主題為肝癌治療，即liver cancer and therapyn限制條件有兩個：n語種為英文（English）；n文獻類型為綜述（Review）高級檢索舉例：原文為英文的肝癌治療方面的綜述文獻生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索nmedline數(shù)據(jù)主題標引規(guī)范，用主題詞檢索，可以提高查全率、查準率點擊MeSH Database打開主題檢索界面生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻n該檢索課題有兩個概念：長春新堿（Vincristine ） 、白血?。╨eukemia）n長春新堿治療疾病，組配

10、副主題詞治療應用（therapeutic use）n白血病藥物治療，組配副主題詞藥物療法（drug therapy）n這兩個概念之間是AND的關系生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第1步：檢索長春新堿/治療應用生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第1步：檢索長春新堿/治療應用生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第1步：檢索長春新堿/治療應用副主題詞生物醫(yī)學信息資源及其檢索主

11、題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第1步：檢索長春新堿/治療應用生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第1步：檢索長春新堿/治療應用生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第1步：檢索長春新堿/治療應用生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristin

12、e ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學信息資源及其檢索主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻第2步

13、：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學信息資源及其檢索n通過兩個主題檢索得到：n“長春新堿/治療應用” 的檢索結果n“白血病/藥物療法” 的檢索結果n兩個檢索結果用AND組合起來，需要用到檢索史主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻生物醫(yī)學信息資源及其檢索n文獻匹配器n臨床咨詢和系統(tǒng)評價輔助檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索文獻匹配器n系統(tǒng)提供有兩種用來查找特定文獻的方式：單篇文獻匹配器（Single Citation Matcher）和多篇文獻匹配器（Batch Citation Matcher）。n如果要查找某一篇文獻，點擊單篇引文匹配器，輸入刊名、日期、

14、卷、期、頁碼、作者、題目中的一項或多項內容進行檢索，系統(tǒng)返回文獻記錄結果。如果要同時查找多篇文獻，則點擊多篇引文匹配器，然后在輸入框內分行輸入每篇文獻的查詢項目。其中刊名為必需項，其他項目沒有時可省略。 生物醫(yī)學信息資源及其檢索單篇文獻匹配器（Single Citation Matcher）生物醫(yī)學信息資源及其檢索多篇文獻匹配器（Batch Citation Matcher）輸入格式生物醫(yī)學信息資源及其檢索臨床咨詢和系統(tǒng)評價n用戶方便快捷地檢索到有關臨床方面的文獻，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預后等；n檢索臨床實踐過程中的問題，如系統(tǒng)綜述、多元分析、臨床試驗、循證醫(yī)學、實踐指導、遺傳學方面。

15、 生物醫(yī)學信息資源及其檢索臨床咨詢和系統(tǒng)評價臨床咨詢生物醫(yī)學信息資源及其檢索臨床咨詢和系統(tǒng)評價系統(tǒng)評價生物醫(yī)學信息資源及其檢索PubMed Clinical Queries臨床咨詢臨床咨詢生物醫(yī)學信息資源及其檢索Directory of Topic-Specific PubMed Queries PUBMED學科、專題數(shù)據(jù)庫學科、專題數(shù)據(jù)庫生物醫(yī)學信息資源及其檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索Clinical Queries using Research Methodology Filters 臨床研究方法臨床研究方法生物醫(yī)學信息資源及其檢索Clinical Queries using Resear

16、ch Methodology Filters臨床研究方法的檢索臨床研究方法的檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索Summary of Enhancements for Clinical Queries for MEDLINE for Studies MEDLINE數(shù)據(jù)庫如何強化臨床信息檢索功能？數(shù)據(jù)庫如何強化臨床信息檢索功能？生物醫(yī)學信息資源及其檢索NLM Resources for Informing Comparative Effectiveness醫(yī)學科研信息檢索醫(yī)學科研信息檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索PUBMED上檢索當天全球醫(yī)學科研活動生物醫(yī)學信息資源及其檢索科學網(wǎng)許培揚博客生物醫(yī)學信息資源

17、及其檢索PUBMED數(shù)據(jù)庫高效科研信息的檢索方法數(shù)據(jù)庫高效科研信息的檢索方法 生物醫(yī)學信息資源及其檢索醫(yī)學語義智能檢索平臺r&query=Genome-sequencing&so_a=&so_j=生物醫(yī)學信息資源及其檢索全球語言翻譯支持生物醫(yī)學信息資源及其檢索生物醫(yī)學信息資源及其檢索全文鏈接 BioMed Central PubMed Pubget 生物醫(yī)學信息資源及其檢索結果的顯示、保存n顯示n保存生物醫(yī)學信息資源及其檢索結果的顯示n顯示格式：系統(tǒng)提供的顯示格式很多，一般較常用的有以下3種：n（1）Summary：為默認顯示格式。顯示的信息包括文獻的標題、著者、出處、PMID、綜述出版類型、非英文文獻的原文語種等。n（2）Abstract：顯示信息除了文獻標題、著者、出處等基本信息外，還包括摘要信息，以便用戶了解文獻詳細內容。生物醫(yī)學信息資源及其檢索n（3）MEDLINE：以MEDLINE數(shù)據(jù)庫的記錄格式來顯示檢索結果。字段內容主要包括PMID、題目、摘要、作者、作者地址、語種、出版類型、出處、MeSH、文獻ID、出版狀態(tài)等。結果的顯示生物醫(yī)學信息資源及其檢索結果的顯示生物醫(yī)學信息資源及其檢索n保存記錄n在“send to”下拉菜單中選擇“File”，可完成將記錄保存為文件。n選擇“E-mail”，則可