SPM中文教程匯總

1、一、SPM的安裝與啟動(dòng)先安裝matlab,然后將SPM復(fù)制到matlab下的一個(gè)文件夾（SPM2需要或以上版本）。啟動(dòng)matlab, 首先set path然后在matlab命令窗口中輸入SPM即可啟動(dòng)，然后選擇fMRI，也可以直接輸入SPM fMRI二、SPM數(shù)據(jù)處理概要先將所得數(shù)據(jù)進(jìn)行 空間預(yù)處理（對(duì)齊，平滑，標(biāo)準(zhǔn)化等），然后進(jìn)行模型估計(jì)（將刺激的時(shí)間、間隔與血流動(dòng)力函數(shù)進(jìn)行卷積，所得結(jié)果與全腦象素信號(hào)進(jìn)行相關(guān)分析），最后察看結(jié)果。三、SPM8數(shù)據(jù)處理的一般步驟為方便后續(xù)的數(shù)據(jù)處理，如果數(shù)據(jù)分散處理后整合，建議所有處理數(shù)據(jù)路徑保持一致， 要統(tǒng)一路 徑。處理前首先要采用數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換軟件將 dico

2、m數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成SPM解析格式，然后進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理，預(yù) 處理結(jié)束后到matlab安裝目錄中備份spm*ps文件，其中包含了空間校正和標(biāo)準(zhǔn)化的信息，然后進(jìn)行建模分析。運(yùn)行命令：spm fmri，打開spm8的操作界面我們稱左上側(cè)的窗口為按鈕窗口 （button window），左下側(cè)的窗口為輸入窗口（input window），右側(cè) 大窗口為樹形結(jié)構(gòu)窗口或圖形窗口 （Tree Buildi ng Win dow or the graphics wi ndow）。在spm8和spm5中，每一步處理都采用了直觀的 樹形結(jié)構(gòu)”的面板，如果一個(gè)分支項(xiàng)左面有“ +”號(hào)，你可以雙擊顯示子分支項(xiàng)，？如果一個(gè)分支項(xiàng)

3、右面有“<”號(hào)，你必須為之指定選項(xiàng)（否則不能運(yùn) 行該tree），分支項(xiàng)的選項(xiàng)在其右側(cè)面板指定，而幫助信息則在下面的面板中顯示。如果我們處理數(shù)據(jù) 沒有特殊需求，我們只關(guān)心帶有<-X”項(xiàng)目并完成輸入即可，其余均可采用默認(rèn)設(shè)置。另外注意在Tree Building Window的頂部菜單，新增了一個(gè)菜單項(xiàng)“TASKS，在使用批處理分析時(shí)非常重要。以下內(nèi)容，還可以參考匯總中“靜息態(tài)fMRI的數(shù)據(jù)預(yù)處理流程”這部分的講述。1、轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)dicom格式轉(zhuǎn)換為img文件，將以層為單位的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成以全腦為單位的數(shù)據(jù)。轉(zhuǎn)換時(shí)格式請(qǐng)選擇NIfTI，可用SPM輸入面板中的DiCOM Import模塊轉(zhuǎn)換，

4、也可以采用專門的轉(zhuǎn)換軟件，如MRIcovert2、Slice timing校正1個(gè)volume中層與層之間獲?。ú杉r(shí)間的差異，即糾正slice （下譯為掃描層）之間采集時(shí)間 的差異。這對(duì)事件相關(guān)設(shè)計(jì)的實(shí)驗(yàn)尤為重要，使一個(gè) TR中的各層獲得時(shí)間一致（如都在一個(gè) TR的 開始），相當(dāng)于AFNI中tshift所做的工作。校正后的新文件名為：a+原文件名。原理概述：Sliceorder （掃描層序數(shù)）用于指明掃描層被采集時(shí)的順序，其總數(shù)為n，n即一個(gè)volume（volume為一個(gè)TR時(shí)間內(nèi)的掃描量）里面所包含的掃描層的總數(shù)。每個(gè) Sliceorder （掃描層系數(shù)） 同時(shí)指明了每個(gè)掃描層在圖像文

5、件中的存儲(chǔ)位置。因此掃描層系數(shù)表明了掃描層被采集時(shí)的時(shí)間順 序。我們可以用SPM的Display功能來查看這個(gè)順序。移動(dòng)鼠標(biāo)的十字準(zhǔn)線到 Z坐標(biāo)為1的位置時(shí)， 我們看到的就是一個(gè)volume里面第一個(gè)slice （掃描層）上的象元（voxel）。核磁儀采集數(shù)據(jù)的時(shí)間 精度為一個(gè)TR，因此我們通常默認(rèn)一個(gè)TR內(nèi)采集到的數(shù)據(jù)（一個(gè)volume）采自完全相同的時(shí)間。 但事實(shí)并非如此，一個(gè)TR內(nèi)我們需要采集很多掃描層（例如 20層）的數(shù)據(jù)以覆蓋較大的腦區(qū)（通 常是全腦）。這些掃描層是一個(gè)接一個(gè)按照上面所說的sliceorder （掃描層序數(shù)）的順序來采集的，因此各個(gè)掃描層之間的采集時(shí)間是有差異的。Sl

6、ice timing這一步所要做的就是通過一定的算法糾正這 一時(shí)間差異。常規(guī)的糾正方法是在保持整段采集信號(hào)不變的條件下推前或者推后采集的起始時(shí)間。這可以通過簡單的移動(dòng)采集信號(hào)的正弦相位來做到。一種常用的數(shù)學(xué)轉(zhuǎn)換方法：傅立葉轉(zhuǎn)換可以把任何復(fù)雜信號(hào)轉(zhuǎn)換為由不同頻率和相位的簡單正弦曲線的線性組合。這樣，只要通過加入一個(gè)常數(shù)到每個(gè)頻率的相位中，就可以達(dá)到移動(dòng)數(shù)據(jù)起始和結(jié)束時(shí)間的目的。我們?cè)诎粹o窗口中的預(yù)處理面板中點(diǎn)擊“Slice Timimg，”將出現(xiàn)如下對(duì)話框：Data，預(yù)備數(shù)個(gè)被試或者session的數(shù)據(jù)。以下所述參數(shù)設(shè)置將被應(yīng)用到所有所選數(shù)據(jù)。點(diǎn)擊data并在下面的面板中點(diǎn)擊“new sessi

7、on這樣在data下會(huì)出現(xiàn)“sessions分支項(xiàng)，選中該項(xiàng)并點(diǎn)擊面板下方的“selecfiles，”然后用spm文件選擇器選擇你要處理的數(shù)據(jù)，最后點(diǎn)擊Done”選擇數(shù)據(jù)時(shí)可以把靜息態(tài)、數(shù)值任務(wù)和物理大小任務(wù)分為三個(gè)session來選(datanew sessionsession，也可以作為一個(gè)session來選，結(jié)果是一樣的。Number of Slices，我們輸入每禎圖像的層數(shù)，女口“ 32”即掃描層總數(shù)。TR，我們輸入重復(fù)時(shí)間，一般為2秒，我們輸入“2”TA，是每禎圖像獲取第一層開始到獲取最后一層圖像的時(shí)間間隔，單位為秒。一般可以用以下 公式計(jì)算：TA= TR-(TR/掃描層數(shù))。這里

8、可以不必計(jì)算出結(jié)果，直接寫上帶入了數(shù)字的公式就可以了。 比如，TR為3秒，掃描了 20層，則可以直接寫為：3-(3/20)。我們的數(shù)據(jù)則輸入“2/32 ”Slice order，輸入掃描順序。如前述此順序可通過SPM的Display功能查看。我們輸入“1:2:31,2:2:32。指定層獲取順序的層次序參數(shù)是一個(gè)含N個(gè)數(shù)的向量，這里N是每個(gè)volume所含的層數(shù)。每一個(gè)數(shù)表示該層在圖像(volume)中的位置。向量內(nèi)的數(shù)字排列順序是這些層的獲取時(shí)間順序。如行 向量1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24(在

9、 Matlab 中可表示為 1:2:25,2:2,25)各種掃描類型和輸入的層順序如下：ascending升序掃描(first slice=bottom，掃描序數(shù)從底部到頂部排列，即從 1順序遞增到n): 1:1:nslices ； descending降序掃描(first slice=top，掃 描序數(shù)從頂部到底部排列，即從n順序遞減到1): n slices:-1:1 ； in terleaved間隔掃描(掃描序數(shù)間隔遞增或遞減，一般順序?yàn)?2,4,6,8,10.1,3,5,7,9.r) (middle-top):for k = 1:nslices,round(nslices-k)/2 +

10、 (rem( nslices-k),2) * (n slices - 1)/2) + 1,e nd; in terleaved (bottom -> up): 1:2: nslices 2:2: nslices，如 1:2:25,2:2,25 ； in terleaved (top -> dow n): n slices:-2:1, nslices-1:-2:1Reference Slice,我們輸入“31。選擇參考掃描層(一般可使用默認(rèn)值)，其它掃描層的起始時(shí)間 都將以此層的起始時(shí)間為標(biāo)準(zhǔn)來移動(dòng)進(jìn)行校正。通常選擇n slice/2,如25層時(shí)選擇13層作為參考層。File nam

11、e Prefix，是指新生成的圖像前加何標(biāo)記，一般采用默認(rèn)設(shè)置。最后點(diǎn)擊面板上方的向右的綠色三角即開始運(yùn)行。運(yùn)行完后將會(huì)生成一系列a*.img文件，這就是時(shí)間校準(zhǔn)后的數(shù)據(jù)。注意很多研究者容易將時(shí)間校準(zhǔn)和空間校準(zhǔn)順序顛倒，一般的觀點(diǎn)是如果圖像獲取是隔層(interleaved)進(jìn)行的，如 1、3、5、7、9、2、4、6、8、10，則要先進(jìn)行 slice timing 再進(jìn)行 realign，10，則要先進(jìn)行realign再如果圖像各層是連續(xù)(sequential)獲取的，如1、2、3、4、5、6、7、8、9、 做 slice timing。 (為什么？)3、Realign （相當(dāng)于 AFNI 中

12、的 registration ）分兩步：1）coregister,將每個(gè)session的第一個(gè)sean與第一個(gè)session的第一個(gè)sean進(jìn)行比較，然后將每個(gè) session中的其他scan與本session中的第一個(gè)scan進(jìn)行比較，得到每個(gè)文件的轉(zhuǎn)換參數(shù)， 生成文件， 同時(shí)為每個(gè) session生成一個(gè)對(duì)齊參數(shù)（realignment parameters，文件名為 realignment_params_*txt2） reslice，用文件對(duì)重新切片，生成文件。并可依選擇生成一個(gè)平均象，名為。以上兩步具體解釋如下一一即使我們對(duì)被試的頭部做了很好的固定，在實(shí)驗(yàn)過程中，被試也會(huì)不由自主的有一

13、些輕微的頭動(dòng)，這在fMRI實(shí)驗(yàn)中尤為明顯。這一步就是把一個(gè)實(shí)驗(yàn)序列中的每一幀圖 像都和這個(gè)序列的第一楨圖像按照一定的算法做對(duì)齊，以矯正頭動(dòng)。做完這一步，能給出該序列中被試的頭動(dòng)情況，以作為是否放棄該數(shù)據(jù)的依據(jù)，如果頭動(dòng)超過1個(gè)voxel （功能圖像掃描矩陣一般是64*64，則體素的大小為（FOV/64）*（ FOV/64）* （層厚+層間距），則要考慮放棄該時(shí)間點(diǎn)數(shù)據(jù)。 該程序利用最小二乘法（least squaresapproach）原理和含6個(gè)參數(shù)（剛體模型）的空間變換，對(duì)從一個(gè)被 試獲取的時(shí)間序列進(jìn)行校正。用戶可指定某個(gè)volume作為隨后volumes的參考?？梢允堑?個(gè)volume，

14、 也可選擇比較有代表性的volume（更明智的選擇），例如選擇磁場相對(duì)穩(wěn)定的第 4個(gè)volume。校正信 息（頭動(dòng)信息）將在結(jié)果窗口 （Graphics Window）顯示。每個(gè)Session的校正信息將存儲(chǔ)為rp*.txt，其中* 為Sessi on數(shù)據(jù)集名稱。另外，頭動(dòng)校正信息將以plot圖形顯示。如下圖：Tran slation表示被試頭部在X，丫，Z三個(gè)方向的平移，分別用藍(lán)，綠，紅三種顏色表示。Rotation表示被試頭部在實(shí)驗(yàn)過程當(dāng)中繞X（L-R），丫（A-P），Z（S-I）三條軸的轉(zhuǎn)動(dòng)角度。橫坐標(biāo)代表這個(gè)序列所采集的所有圖像，縱坐標(biāo) 表示的是偏移量和偏轉(zhuǎn)角度，分別以毫米和度為單位。

15、采用SPM8,頭動(dòng)信息和空間標(biāo)準(zhǔn)化的圖形文件將以spm_“data” .的形式保存于matlab的工作目錄下，如我們是2009年4月30日處理的數(shù)據(jù)， 則將以文件存于 matlab的work目錄下。我們?cè)陬A(yù)處理面板校準(zhǔn)選項(xiàng)中選擇“Realign （Est & Res，出現(xiàn)如下對(duì)話框，我們按下面設(shè)置進(jìn)行:ri氛 r扣 Lrn gmModulo LittDataHelp on: Realign： Ednidje& Rest iceata<-XEstmstion Opt) ansQuality09SoparaiionSmootNng (FWHM)忖urn Passesto me

16、anInterpolation. B-SplineWrapp iikj Weichb'icNovrapReduced images.an fcnmgeinrerpoistion. B-SplineWrap pinjjNo斷即CwieM Nodulfr： Rojliqr>: Eiliootc I Ro<li«>Cuirrn|l llt-mi EM昌EdWXAdd new SMBions for tNs suBjecr. In the coreltrailon stea, the sessloriB are r)fEt realigned to each oth

17、er, by algni ng lhe flrst 5can from oacti 令蘢®on (o li e 訃乂制 of (Tie first session P)en lhe images wltNn each sssioi aro ained loihB flrst Image of the session. Hie DerametGt esiindon is corforrrioJ this wav because t is assumed ±選中“data”選擇“New Session”然后選中data下出現(xiàn)的“Session選項(xiàng)。點(diǎn)擊“Specify File

18、s,用spm文件選擇器選擇剛做完時(shí)間校準(zhǔn)的圖像（a*img ）。其余選項(xiàng)采用默認(rèn)設(shè)置，點(diǎn)擊上方綠色的三 角開始運(yùn)行。Realign這一步也有分開進(jìn)行的，具體描述如下Realign: Estimate （重排參數(shù)的估計(jì)）此步驟采用最小方差原理和六參數(shù)剛體空間變換來重排從同一個(gè)被試上采集到的圖像數(shù)據(jù)。使用者所 選取的第一幅圖像文件將被作為其它圖像重排的參考標(biāo)準(zhǔn)。也就是說，你想要用哪一幅圖像作為參考標(biāo)準(zhǔn)，就先選哪一幅圖像的文件。參考圖像文件不一定非用采集到的第一幅圖像，使用最有代表性”的一幅圖像也許更好。本步驟的目的主要是去除fMRI和PET數(shù)據(jù)中的運(yùn)動(dòng)偽影。圖像數(shù)據(jù)的頭文件 會(huì)被改寫以反映數(shù)據(jù)相對(duì)

19、空間位置的變化。此過程的具體參數(shù)會(huì)在結(jié)果窗口中以平移（translation）和旋轉(zhuǎn)（rotation）曲線圖顯示。每個(gè)session的重排參數(shù)會(huì)被存儲(chǔ)到名為 rp*.txt的文件中。這些參 數(shù)可以在最后的一般線性模型統(tǒng)計(jì)估計(jì)中作為混淆因素考慮進(jìn)去。選擇一個(gè)被試需要進(jìn)行此步驟處理的所有sessions注：在coregistration這一步，首先是對(duì)所有的session進(jìn)行重排，其具體做法是把所選每個(gè)session的第一個(gè)scan與所選第一個(gè)session的第一個(gè)scan 對(duì)齊。然后再把每個(gè)session里的其它scan與該session的第一個(gè)scan進(jìn)行對(duì)齊。使用此方式進(jìn)行重 排是因?yàn)楦鱾€(gè)

20、session的數(shù)據(jù)之間可能會(huì)有較大差異。Session選擇session里所有的scar。Estimation Optio ns這里包括各種注冊(cè)參數(shù)選擇項(xiàng)，若對(duì)某一個(gè)選項(xiàng)不確定，使用軟件默認(rèn)值即可。Quality 質(zhì)量與速度的權(quán)衡。選擇高質(zhì)量以最慢的速度給出最精確的結(jié)果，低質(zhì)量以較快的速度給出 較不精確的結(jié)果。此參數(shù)的設(shè)定實(shí)際影響到的是 參與參數(shù)估計(jì)的象元（ voxel ）的數(shù)目。 其依據(jù)是有 些象元（voxel）其實(shí)對(duì)重排參數(shù)的估計(jì)貢獻(xiàn)不大，可以舍棄。Separation此參數(shù)以毫米為單位，表示對(duì)參考圖像文件進(jìn)行重采樣時(shí)采樣點(diǎn)之間的間隔。 采樣點(diǎn)之間間隔越小， 結(jié)果越精確， 運(yùn)算速度 越慢

21、。 Smoothing （FWHM） 高斯平滑的半高寬值。在估計(jì)重排參數(shù)之前一般先進(jìn)行高斯平滑。 PET 數(shù)據(jù)一般使用 7mm。 MRI 數(shù)據(jù)一般使用 5mm。Num Passes Register to first: 所有圖像文件對(duì)齊注冊(cè)到第一幅圖像。Register to mean:使用two pass處理將所有圖像文件對(duì)齊注冊(cè)到所有圖像文件的平均圖像。PET數(shù)據(jù)一般注冊(cè)到平均圖像。因?yàn)?PET數(shù)據(jù)相比fMRI數(shù)據(jù)噪音更大，文件更少， 所以時(shí)間的影響更小。MRI數(shù)據(jù)一般注冊(cè)到第一幅圖像。雖然使用two pass處理可能更精確，但是其對(duì)效果的提高與其所損失的運(yùn)行時(shí)間相比得不償失。 Inter

22、polation 在估計(jì)最佳變換時(shí)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行 重采樣的方法。高的degree提供更好的結(jié)果，但是也更慢，因?yàn)闀?huì)采樣更多的相鄰象元（voxel） 52, 53, 54。Wrapping此參數(shù)指示一個(gè) volume中數(shù)據(jù)wrap around in的方向（此處具體理解有待大家補(bǔ)充）。No wrapping：適用于PET數(shù)據(jù)或者已進(jìn)行過空間變換的數(shù)據(jù)。同時(shí)當(dāng)你不確定自己數(shù)據(jù)類型時(shí)，推薦使用此選項(xiàng)。 Wrap in 丫 ：適用于沒有重排（resilce）過的在丫方向上進(jìn)行相位編碼的 MRI 數(shù)據(jù)。 Weighting 提供一個(gè)加權(quán)圖像，在估計(jì)重排參數(shù)時(shí)對(duì)參考圖像的每一個(gè)象元進(jìn)行加權(quán)。加 權(quán)系數(shù)與標(biāo)準(zhǔn)差

23、成反比。例如當(dāng)有大量額外的頭動(dòng)（如說話或者特定區(qū)域內(nèi)的嚴(yán)重偽影）時(shí)。（此處具體理解有待大家補(bǔ)充） 。Realign: Reslice （據(jù)已估計(jì)出的參數(shù)重排） 此功能重排以上步驟中已進(jìn)行參數(shù)估計(jì)和注冊(cè)的圖像文件， 使之與參考圖像文件達(dá)到象元級(jí)的匹配精 確。重排后的數(shù)據(jù)被命名為：r +原文件名。Images選擇要重排的數(shù)據(jù)文件Reslice Options 各種重排參數(shù)設(shè)定， 若對(duì)某一個(gè)選項(xiàng)不確定， 使用軟件默認(rèn)值即可。 Resliced images All Images （1.n） : 重排所有數(shù)據(jù)，包括標(biāo)準(zhǔn)參考圖像（重排后還是保持原位置不變） 。 Images 2.n :重 排除了標(biāo)準(zhǔn)參考

24、圖像之外的所有數(shù)據(jù)。此選項(xiàng)用于當(dāng)你以MRI結(jié)構(gòu)像為標(biāo)準(zhǔn)重排PET圖像數(shù)據(jù)，而又不想在結(jié)果中再生成一個(gè)等同的 MRI 標(biāo)準(zhǔn)結(jié)構(gòu)像時(shí)。 All Images + Mean Image : 重排圖像文件之 外，另生成一個(gè)重排后的平均圖像文件。 Mean Image Only : 只生成重排后的平均圖像文件。 Interpolation 圖像文件重采樣和重寫入的方式。 Nearest Neighbour ：最快，但不推薦使用。 Bilinear Interpolation：可用于PET數(shù)據(jù)，但不是太適用于 fMRI數(shù)據(jù)。Fourier Interpolation :此選項(xiàng)僅適用于 純剛體變換，也就是說

25、象元大小必須是相同，并且等方性（正方體）的17, 14。 Wrapping此參數(shù)指示一個(gè) volume中數(shù)據(jù)wrap around in的方向（此處具體理解有待大家補(bǔ)充）。No wrapping： 適用于PET數(shù)據(jù)或者已進(jìn)行過空間變換的數(shù)據(jù)。同時(shí)當(dāng)你不確定自己數(shù)據(jù)類型時(shí)，推薦使用此選項(xiàng)。 Wrap in 丫：適用于沒有重排（resilce）過的在丫方向上進(jìn)行相位編碼的 MRI數(shù)據(jù)。Masking因?yàn)閽呙柽^程中被試總會(huì)或多或少有頭動(dòng)，造成同一個(gè)時(shí)間系列數(shù)據(jù)里所采集到的圖像的邊界不會(huì)完全重 合。在有些圖像還有數(shù)據(jù)的地方（信號(hào)值大于0）,其它一些圖像已經(jīng)超出了圖像邊界（信號(hào)值為0）了。在這些信號(hào)為0

26、的區(qū)域是無法采樣數(shù)據(jù)的，因此SPM只要檢測(cè)到某一幅圖像在某個(gè)區(qū)域已經(jīng)超 出了邊界（即信號(hào)為0）,就會(huì)將其它所有圖像的此區(qū)域信號(hào)值均設(shè)為0。此做法相當(dāng)于取了時(shí)間系列數(shù)據(jù)中所有圖像的交集。Realig n: Estimate & Reslice將上述參數(shù)估計(jì)與數(shù)據(jù)重排合到一起做。全部選項(xiàng)與參數(shù)原理均與和中對(duì)應(yīng)項(xiàng)相同。4、Normailze選用realign步驟中得到的平均象與模板進(jìn)行比較，獲得進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化的參數(shù)，參數(shù)文件命名為，然后依據(jù)此參數(shù)文件對(duì)每個(gè)img文件進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，生成文件。具體操作如下：在預(yù)處理面板標(biāo)準(zhǔn)化選項(xiàng)中選擇“ Normalise: Estimate & Write，

27、出現(xiàn)如下對(duì)話框：Batch Ed.± torJnl xp® e Edi IEazidO foy ExampleModule LittCurrent Module: Normalise: Estimate & Write1匚TiUHelp on' Normalise: Estimate & WriteData<-XEstimation OptionsTemplate ImageTemplate Weighting Image Source Image Smoothing Template Image Smootfiing Affine Regul

28、arisation Nonlinear Frequency Cutoff Nonlinear Iterations Nonli neRegularisation Writing OptionsPreserveBounding box<-X0 files80 .template25161.entrations2x3 doubleCurrent Item;3New: SubjectLi瀘EdirVueiData3List of subjects. Images of each subject should be warped differently.1 or more options mus

29、t be selected from:* Subject我們做如下設(shè)置：選中“ datarSbject ；在data下新出現(xiàn)的“subject選項(xiàng)中作如下設(shè)置,source imag選擇空間校準(zhǔn)步驟中生成的 mean文件，“ image to write選擇所有剛進(jìn)行完校準(zhǔn)的文件ra*img, ” “template imag我們選擇“:其余采用默認(rèn)設(shè)置，點(diǎn)綠三角運(yùn)行。5、SmoothFWHM推薦為象素大小的兩至三倍。在預(yù)處理面板標(biāo)準(zhǔn)化選項(xiàng)中選擇 “smooth,”出現(xiàn)如下對(duì)話框:我們?cè)凇癷mage。smooth”選項(xiàng)中選擇所有剛進(jìn)行完標(biāo)準(zhǔn)化的文件“wra*.img，:然后點(diǎn)綠三角運(yùn)行即可。這

30、里FWHM我們采用默認(rèn)設(shè)置“8 8 &”6 fMRI models依據(jù)提示填入刺激出現(xiàn)的間隔與時(shí)間，并選擇實(shí)驗(yàn)涉及類型，然后進(jìn)行估計(jì)。估計(jì)結(jié)果生成等文 件，保留在當(dāng)前工作目錄。即以前版本的“fMRI model:spm5和spm8的分析選項(xiàng)有所變化，使用Specify 1st level 做單個(gè)被試(single subject)分析；使用 Specify 2nd level 做組分析(group analysis)。比如我們 選擇“ Specify 1st level,出現(xiàn)如下對(duì)話框(見下一頁)：我們選擇Directory指定一個(gè)文件夾存放結(jié)果數(shù)據(jù)，其余做如下設(shè)置：“Unitsfor

31、 design 選擇 “Scans” “Interscarnnterval 輸入 “2,選擇 “Dataand Design 后選擇 “New Subject/Session，再選擇新出現(xiàn)的 “Subject/Session選'擇“Sean并用文件選擇器選擇相應(yīng)任務(wù)的所有平滑后的功能圖像(swra*img )然后點(diǎn)擊“down,選擇“Condition后選擇“New condition,'然后選 中新出現(xiàn)的“ Con diti on，”“ nam”項(xiàng)輸入任務(wù)條件的名稱，“ onse輸入任務(wù)條件的啟動(dòng)向量，代表任 務(wù)刺激啟動(dòng)的掃描數(shù)，選中“ Duratio ns輸入任務(wù)組塊的持續(xù)

32、時(shí)長，如是事件相關(guān)設(shè)計(jì)請(qǐng)輸入“0。如還有其他任務(wù)，要再次選中 “Condition ”“ New condition ”“。定義其他任務(wù)條件。設(shè)置完畢后點(diǎn)擊綠三角運(yùn)行。這樣將會(huì)在開始選擇的目錄中生成文件。下面要估計(jì)我們剛建立的模型，在模型設(shè)置面板中點(diǎn)擊“estimate 將打開如下對(duì)話框：很簡單，我們只須選擇剛生成的“文件點(diǎn)擊“down然后點(diǎn)擊綠三角運(yùn)行即可。估計(jì)完成后，我們選擇“results,將打開如下對(duì)話框:上圖設(shè)計(jì)矩陣表明一個(gè)掃描序列中我們有三個(gè)任務(wù)條件，均為事件相關(guān)設(shè)計(jì)，選中-contrasts ,點(diǎn)擊“define new contrast第一個(gè)任務(wù)“contras定義為“ 1,第

33、二個(gè)任務(wù)定義為“0 1,”第三個(gè)任務(wù)nn 定義為“0 0 1,”第一個(gè)任務(wù)減第三個(gè)任務(wù)定義為“ 1 0- T,第二個(gè)任務(wù)減第三個(gè)任務(wù)定義為“0 1- T,第二個(gè)任務(wù)減第一個(gè)任務(wù)定義為 -1 1 ”其余操作以及激活圖顯示和以前版本都是一致的。值得我們注意的是，我們指定或輸入一系列的參數(shù)來進(jìn)行每一步的處理，完成后我們可以通過Save按鈕將每一步存為一個(gè)*.mat文件。以后我們可以通過Load按鈕重新加載并使用這些*.mat文件， 我們適當(dāng)修改后(例如改變所運(yùn)行的數(shù)據(jù)集)再選擇 Run按鈕運(yùn)行。另外我們可以使用TASKS菜單項(xiàng)指定一系列的操作(預(yù)處理和/或分析)，在TASKS->Batch菜單

34、項(xiàng) 下，你可以在一個(gè)大文件中指定數(shù)據(jù)處理所有步驟。批處理交互界面非常靈巧。它知道根據(jù)指定的步驟將產(chǎn)生什么文件。例如，在Tasks->Batch菜單項(xiàng)下，選擇New "Spatial"。在你的SPM任務(wù)樹(Jobs tree) 中選擇(highlight) -Spatial ，并從選項(xiàng)面板中選擇 New "Realign"選項(xiàng)指定我們前述的realignment的詳 細(xì)步驟?，F(xiàn)在，當(dāng)我們向任務(wù)樹中添加標(biāo)準(zhǔn)化步驟時(shí)，我們將看見為標(biāo)準(zhǔn)化操作選擇r*文件的選項(xiàng)，盡管事實(shí)上，我們還沒有真的生成r*文件。所以，批處理非常智能，可以預(yù)測(cè)我們的需要。如果我們 已經(jīng)

35、生成了幾個(gè)批處理任務(wù)文件，我們可以使用 TASKS->Util->Execute Batch Jobs選項(xiàng)來運(yùn)行它們。 該工具允許我們選擇一系列的mat文件(不一定是batch jobs文件)來運(yùn)行。如果你懷念舊版本SPM操作 界面，在TASKS菜單下，選擇Sequential,這樣就不會(huì)出現(xiàn)樹(tree)，選項(xiàng)將會(huì)出現(xiàn)在SPM輸入窗口。7、Result選中剛才生成的文件，定義 con strast,看結(jié)果。在上面的“fMRI models ”部分有講述四、SPM的多種數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換方法使用 SPM 進(jìn)行數(shù)據(jù)處理前，必須先將其它檔案格式轉(zhuǎn)換成 SPM 可以讀取的 Analyze 檔案格式，包 含.img檔和.hdr標(biāo)頭檔，相關(guān)的轉(zhuǎn)檔軟件有 XMedCon和MRIcro。1. 利用 AFNI 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換首先使用AFNI的三維數(shù)據(jù)重建：to3d -time:tz 177 20 2s altplus *生成+orig文件，