《基因組學(xué)》課程教學(xué)大綱

1、基因組學(xué)課程教學(xué)大綱一、課程基本信息英文名稱Genomics課程編號(hào)180121060課程類型學(xué)科選修課課程學(xué)分2 學(xué)分/2學(xué)分課程學(xué)時(shí)32學(xué)時(shí)/32學(xué)時(shí)適用專業(yè)農(nóng)學(xué)、園藝等先修課程遺傳學(xué)、生物化學(xué)、分子生物學(xué)與基因工程后修課程課程負(fù)責(zé)人課程團(tuán)隊(duì)二、課程性質(zhì)與定位基因組學(xué)（genomics）是農(nóng)學(xué)類各專業(yè)本科生的一門學(xué)科選修課程，是對(duì)基因組學(xué)的基本概念、基本原理、基礎(chǔ)知識(shí)和對(duì)基因組學(xué)進(jìn)行科學(xué)研究所必須掌握的技術(shù)方法進(jìn)行較為系統(tǒng)全面介紹的一門科學(xué)。三、課程目標(biāo)1.知識(shí)目標(biāo)通過本課程學(xué)習(xí)，使學(xué)生全面系統(tǒng)地學(xué)習(xí)基因組學(xué)的基本概念、基本原理、基因組作圖、基因組測序及序列組裝、功能基因組及基因組注釋、比

2、較基因組、植物基因組研究等內(nèi)容，使學(xué)生對(duì)基因組學(xué)主要研究內(nèi)容和研究技術(shù)及其發(fā)展動(dòng)態(tài)有一個(gè)比較全面的認(rèn)識(shí)和了解。2.能力目標(biāo)通過本課程學(xué)習(xí)，使學(xué)生了解結(jié)構(gòu)基因組學(xué)和功能基因組學(xué)的重要研究領(lǐng)域、熱點(diǎn)問題與發(fā)展趨勢，以及國內(nèi)外研究現(xiàn)狀與進(jìn)展。從而開闊學(xué)生的視野，為開展相關(guān)研究打下堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。3.素質(zhì)目標(biāo)基因組學(xué)強(qiáng)調(diào)的是從基因組整體水平上來研究生物的生長與發(fā)育。通過對(duì)基因組學(xué)的學(xué)習(xí)，可以培養(yǎng)學(xué)生從全局的視角來看待問題、研究問題。培養(yǎng)學(xué)生對(duì)科學(xué)方法論有進(jìn)一步的認(rèn)識(shí)、通過觀察現(xiàn)象探索分析事物本質(zhì)及其規(guī)律的科學(xué)觀認(rèn)識(shí)。四、主要內(nèi)容和要求第一章 基因組學(xué)導(dǎo)論【目的要求】1、掌握基因組學(xué)概念及主要研究內(nèi)容與研究

3、任務(wù)。2、熟悉基因組學(xué)的分子基礎(chǔ)。3、了解基因組學(xué)發(fā)展歷程、發(fā)展趨勢及應(yīng)用前景。【講授內(nèi)容】1、什么是基因組學(xué)及其相關(guān)的概念2、生命科學(xué)發(fā)展的歷史階段3、人類基因組計(jì)劃及其意義4、基因組學(xué)主要研究內(nèi)容、目標(biāo)與任務(wù)5、基因組學(xué)發(fā)展現(xiàn)狀與發(fā)展趨勢第二章 基因組作圖【目的要求】1、掌握基因組遺傳圖譜和物理圖譜的概念。2、掌握基因組作圖的原理與方法。3、了解基因組作圖技術(shù)在生物研究中的應(yīng)用。4、了解基因組作圖技術(shù)與相關(guān)技術(shù)的新進(jìn)展。【講授內(nèi)容】1、基因組遺傳圖譜2、基因組物理圖譜3、人類基因組圖譜第三章 基因組測序與序列組裝【目的要求】1. 掌握DNA測序技術(shù)的方法基本原理（第一代測序技術(shù)、高通量測序

4、技術(shù)和第三代測序技術(shù)），比較各代測序技術(shù)的基本特點(diǎn)；2. 熟悉全基因組測序的各種策略及其優(yōu)缺點(diǎn)，掌握序列組裝基本方法和常用生物信息學(xué)平臺(tái)；3. 了解高通量測序技術(shù)的應(yīng)用?！局v授內(nèi)容】1、測序基本原理與方法2、各代測序技術(shù)的基本特點(diǎn)3、序列組裝基本方法4、全基因組測序的各種策略及其優(yōu)缺點(diǎn)第四章 基因組注釋與功能基因組【目的要求】1、掌握基因組功能注釋的基本方法；2、了解如何通過生物信息學(xué)手段搜尋基因、預(yù)測基因、注釋基因。3、掌握功能基因組研究策略與研究方法。4、掌握轉(zhuǎn)錄組與蛋白組的相關(guān)概念、研究方法及高通量功能數(shù)據(jù)分析方法。5、了解功能基因組學(xué)的研究動(dòng)態(tài)?！局v授內(nèi)容】1、基因組注釋2、功能基因組

5、的概念3、功能基因組的主要研究內(nèi)容與任務(wù)4、功能基因組研究策略與方法5、轉(zhuǎn)錄組學(xué)6、蛋白組學(xué)第五章 比較基因組學(xué)【目的要求】1、掌握比較基因組概念、原理與方法；2、了解比較基因組的研究內(nèi)容與在生物學(xué)研究中的重要作用?！局v授內(nèi)容】1、比較基因組學(xué)概念2、比較基因組學(xué)原理3、比較基因組學(xué)方法4、比較基因組學(xué)在生物學(xué)研究中的重要作用及其發(fā)展趨勢第六章 植物基因組研究【目的要求】1. 掌握植物結(jié)構(gòu)基因組與功能基因組研究的主要策略與方法。2、熟悉植物基因組結(jié)構(gòu)特點(diǎn)、植物基因組數(shù)據(jù)庫。3、了解植物基因組研究進(jìn)展【講授內(nèi)容】1、植物基因組作圖2、植物基因組測序與基因組計(jì)劃3、植物基因組數(shù)據(jù)庫4、植物功能基因

6、組5、植物基因定位6、植物基因組研究進(jìn)展五、學(xué)時(shí)分配建議表理論教學(xué)內(nèi)容學(xué)時(shí)第一章 基因組學(xué)導(dǎo)論4第二章 基因組作圖6第三章 基因組測序與序列組裝6第四章 基因組注釋與功能基因組6第五章 比較基因組學(xué)4第六章 植物基因組研究6合計(jì)32六、實(shí)施建議1、教學(xué)組織以系統(tǒng)的理論知識(shí)學(xué)習(xí)為主，并以課堂討論當(dāng)前不斷發(fā)展的基因組學(xué)新知識(shí)和新動(dòng)態(tài)為輔助內(nèi)容，在了解掌握基因組學(xué)基本知識(shí)的基礎(chǔ)上，針對(duì)該學(xué)科的特點(diǎn)，要求學(xué)生能夠進(jìn)行簡單的比較基因組學(xué)分析。同時(shí)注意培養(yǎng)分析思考問題的能力，能運(yùn)用比較基因組學(xué)知識(shí)分析鑒定重要的功能基因，并在課堂上介紹當(dāng)前一些領(lǐng)域的最新動(dòng)態(tài)。課堂教學(xué)、課堂討論、國內(nèi)外發(fā)展動(dòng)態(tài)介紹是基本學(xué)習(xí)

7、方法。2、教學(xué)評(píng)價(jià)本課程主要利用多媒體進(jìn)行課堂教學(xué)。本課程主要以考查為主，平時(shí)作業(yè)及考勤占30%，期末成績占70%。3、教學(xué)資源（1）教材與參考書目：楊金水編著.基因組學(xué)（第3版）（普通高等教育“十一五”國家級(jí)規(guī)劃教材），北京：高等教育出版社，2013斯塔基（英）等著，于軍主譯.基因組學(xué)：核心實(shí)驗(yàn)方法，北京：科學(xué)出版社，2012馬希特賈恩（俄）編著.比較基因組基礎(chǔ)，北京：科學(xué)出版社，2007T.A.布朗著，袁建剛等譯.基因組3. 科學(xué)出版社，2009麥克錫等編著，康定明等譯.植物基因組作圖手冊：遺傳作圖與物理作圖，北京：中國農(nóng)業(yè)大學(xué)出版社，2010M.賈尼特編著，薛慶中等譯.新一代基因組測序：通往個(gè)性化醫(yī)療，北京：科學(xué)出版社，2012（2）相關(guān)網(wǎng)址：/science