第八章序列注釋及提交

Chapter8MetabolismPathway，

GeneAnnotationandSubmission

第八章代謝途徑、基因注釋及提交Unit1MetabolismPathway

代謝途徑分析數(shù)據(jù)庫信息組織KEGG(45.0版,2008年1月)包括了700個以上物種的代謝、信號轉導、基因調控、細胞過程的通路。BioCyc(11.6版,2008年1月)包括了260個物種的代謝通路及基因組數(shù)據(jù)，其中包括詳細注釋的大腸桿菌（E.coli）相關信息的數(shù)據(jù)庫EcoCyc。PUMA2(2008年1月)存放了預先計算的超過200個物種的代謝通路信息。BioSilico整合信息的數(shù)據(jù)庫，提供對多個代謝數(shù)據(jù)庫的訪問。常用的代謝數(shù)據(jù)庫KEGG(京都基因與基因組百科全書)是基因組破譯方面的數(shù)據(jù)庫。KEGG提供了Java的圖形工具來訪問基因組圖譜，比較基因組圖譜和操作表達圖譜，以及其它序列比較、圖形比較和通路計算的工具，可以免費獲取。KEGG的網址是：http://www.genome.ad.jp/kegg/KEGG數(shù)據(jù)庫基因名稱輸出結果（Description，Module，Reference，Relatedpathwayetc.）點擊放大圖片后可以隨意查看路徑中的每一個酶在代謝中的位置。Unit2Annotation基因注釋1.堿基組成分析：

C+G含量分析，CG偏離度分析2.密碼子偏嗜使用分析：

不同物種編碼同一氨基酸時對密碼子 使用的偏嗜性不同。3.開放閱讀框鑒定：

openreadingframe，ORF4.編碼序列鑒定

基因組注釋內容

5.特殊功能序列鑒定：

結構特征、特殊序列等，利用計算機軟件及相應網站等進行鑒定6.同源性基因檢索：

Blast7.直系同源蛋白聚類(COG)分析：

全基因組對全基因組比較Unit3Submission

序列提交測序工作者可以把自己工作中獲得的新序列提交給NCBI，添加到Genbank數(shù)據(jù)庫。這個任務可以由基于Web界面的BankIt或獨立程序Sequin來完成。BankIt是一系列表單，包括聯(lián)絡信息、發(fā)布要求、引用參考信息、序列來源信息、以及序列本身的信息等。BankIt適合于獨立測序工作者提交少量序列，而不適合大量序列的提交，也不適合提交很長的序列。EST序列和GSS序列也不應用BankIt提交。大量的序列提交可以由Sequin程序完成。Sequin程序能方便的編輯和處理復雜注釋，并包含一系列內建的檢查函數(shù)來提高序列的質量保證。它還被設計用于提交來自系統(tǒng)進化、種群和突變研究的序列，可以加入比對的數(shù)據(jù)。在不同操作系統(tǒng)下運行的Sequin程序都可以在/sequin/下找到，Sequin的使用說明可詳見其網頁。BankIt的網址是：/BankIt

Sequin的相關網址是：/Sequin/1、登陸B(tài)ankIt頁面：/BankIt/

2、填寫表單內容

3、確認表單內容

4、等待電子郵件返回信息。BankIt提交序列的詳細過程：精確的堿基數(shù)BankIt界面下拉下拉填寫詳細信息如果填寫的信息有誤會自動返回如果沒有錯誤，在確認之后等待返回E-mail.下拉Unit4TargetGeneAnalysis

目標基因分析序列分析內容核酸序列分析基因編碼區(qū)組分分析GC含量／Codonbias引物設計限制性酶切位點分析基因編碼區(qū)結構分析基因結構分析選擇性剪切分析／SNP分析基因調控區(qū)域分析蛋白質序列分析蛋白質一級序列分析蛋白質理化性質分析蛋白質二級結構分析蛋白質二級結構預測蛋白質序列信號位點分析蛋白質超二級結構分析蛋白質結構域分析蛋白質高級結構分析蛋白質三維結構模擬其他其他分析內容序列比對注釋多序列比對系統(tǒng)發(fā)育分析1.ORF的識別GENSCAN:/GENSCAN.or/extro剪切位點分析Spidey:/Spidey/3.選擇性剪切分析

ProSplicer:.tw/

預測結果預測結果4.CpG島區(qū)域分析

CpgPlot/CpGRrport/Isochore:

http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot輸出結果5.核心啟動子及轉錄因子結合位點

PormoterScan::80/molbio/proscan輸出結果6.轉錄終止信號的預測

Hcpolya:

r.it/~webgene/wwwHC_polya_ex.html輸出結果7.密碼子使用偏好性分析

Codonusage:/sms/index.html輸出結果8.限制性核酸內切酶位點分析Primer;DNAMan9.蛋白質理化性質分析ProtParam:http://www.expasy.ch/tools/protparam.html結果輸出氨基酸組成元素組成分子量半衰期其他10.蛋白質二級結構預測

PHD：

/

Sign-UpForFree11.蛋白質結構域

InterPro:

http://www.ebi.ac.uk/interProScan輸出結果1詳細報表12.蛋白質三維結構預測

SWISS-MODEL://SWISS-MODEL.html輸出結果：

E－mail：***.pdb文件13.分子系統(tǒng)發(fā)育分析2008級生化與分子生物學專業(yè)碩士研究生，《生物信息學》作業(yè)：作業(yè)格式：論文前言方法（主要相關軟件或網址）結果與分析結論參考文獻在論文中應包含下列內容：1.利用你所學的數(shù)據(jù)庫檢索方法獲得一段你感興趣的DNA序列(基因或mRNA)。標明序列名稱、登錄號(accession#)。下載該基因mRNA和蛋白的GenBank格式文件。2.查找與該基因相關的文獻，寫出前言并從中總結該基因的研究意義。3.查找該基因編碼的蛋白質序列特征，包括氨基酸組成、等電點等理化性質等。4.查找該基因是否有已知的三維結構數(shù)據(jù)，并下載該結構文件。5.利用BLAST工具查找與該基因mRNA和氨基酸序列同源的基因（請征對nr數(shù)據(jù)庫比較），至少要寫出10個同源序列的登錄號(accessi