第五講分子動力學(xué)模擬的Lamms實現(xiàn)

B、使用L-J勢模擬裂紋的擴展L-J無量綱化計算中的單位B、使用L-J勢模擬裂紋的擴展裂紋lowerupperleftupperleftlowerxyLammps計算輸入文件#2dLJcracksimulation(問題的基本初始化)dimension 2#2維分子動力學(xué)模擬boundary ssp#x,y方向不存在周期邊界條件，z方向周期邊界條件。atom_style atomic#原子類型（金屬）Neighbor0.3bin#建近鄰表參數(shù)（rc+0.3）bin表示為近鄰表類型。neigh_modifydelay5#間隔多少載荷步重新形成近鄰表Lammps計算輸入文件#creategeometry創(chuàng)建初始幾何構(gòu)形Latticehex0.93#指定晶格類型（二維hex）和晶格常數(shù)Regionboxblock0100040-0.250.25#定義一個區(qū)域create_box 5box#在指定區(qū)域建立一個simulationbox,5表示原子類型的種類數(shù)create_atoms1box#在simulationbox中創(chuàng)建類型為1的原子（原子位置初始化）Mass11.0Mass21.0Mass31.0Mass41.0Mass51.0#指定單個原子的質(zhì)量Lammps計算輸入文件#LJpotentials(指定原子作用勢)pair_style lj/cut2.5#指定lj勢，截斷半徑為2.5pair_coeff**1.01.02.5#指定lj勢參數(shù)#definegroups（便于加載）Region1blockINFINFINF1.25INFINFGrouplowerregion1#定義lower組（便于施加外加速度）Region2blockINFINF38.75INFINFINFGroupupperregion2#定義upper組（便于施加外加速度）Groupboundaryunionlowerupper#定義總邊界組Groupmobilesubtractallboundary#定義可動原子組（便于統(tǒng)計溫度）Lammps計算輸入文件region leftupperblockINF2020INFINFINFregion leftlowerblockINF20INF20INFINFgroup leftupperregionleftuppergroup leftlowerregionleftlower#定義左上、左下原子組（便于指定裂紋的存在）set groupleftuppertype2set groupleftlowertype3set grouplowertype4set groupuppertype5#指定原子類型（便于指定裂紋的存在）Lammps計算輸入文件#initialvelocities初始化速度compute newmobiletemp#定義溫度的計算（可動區(qū)域內(nèi)統(tǒng)計平均）computenew2mobilestress/atom

#定義原子應(yīng)力的計算（整個區(qū)域）Velocitymobilecreate0.01887723tempnew#按指定的溫度（0.01）計算方法，初始化原子的速度Velocityupperset0.00.30.0#upper原子組y方向的速度為0.3Velocitymobilerampvy0.00.3y1.2538.75sumyes#mobile原子的速初始度從0到0.3線性變化#fixes施加約束fix 1allnve#nve系綜的積分算法fix 2boundarysetforceNULL0.00.0#邊界boundary上力條件，鋼化原子，便于加載??！Lammps計算輸入文件#run運行計算timestep 0.003#時間間隔步Thermo200#每200步輸出熱動力學(xué)統(tǒng)計量thermo_modifytempnew#計算溫度通過new指示的方法計算neigh_modifyexcludetype23#原子2，3之間作用取消（也就是通過不使他們在近鄰表中出現(xiàn)實現(xiàn)）Dump1allatom500dump.crack#每隔500步將原子信息寫入文件dump.crackDump2mobilecustom500dump2.cracktagxyzc_new2[2]run 5000#進(jìn)行5000步的模擬C.使用EAM勢模擬Ni的循環(huán)行為uuuzxy常溫30K條件下金屬材料模擬中Lammps的單位#3dmetal拉伸模擬#模擬條件的初始化Unitsmetal#指定模擬中的單位類型boundary sss#指定模擬的邊界條件atom_styleatomic#指定原子類型，原子的屬性Latticefcc3.52#指定材料的晶格類型和晶格常數(shù)regionboxblock-55-55-1515#xlo,xhi,ylo,yhi,zlo,zhi=區(qū)域box的上下限create_box1box#建立只有1中原子類型的simulationboxcreate_atoms1box#在simulationbox中創(chuàng)建類型為1的原子（原子位置初始化）Lammps計算輸入文件pair_style eam#定義原子之間相互作用勢pair_coeff **Ni_u3.eam#定義作用勢的參數(shù)，通過文件輸入Neighbor2.0bin#定義近鄰表參數(shù)(r+rc),rc=2.0埃neigh_modifydelay5#定義更新近鄰表的加載步間隔Lammps計算輸入文件region lowerblockINFINFINFINFINF-13#生成lower區(qū)域，便于加載region upperblockINFINFINFINF13INF#生成upper區(qū)域，便于加載group lowerregionlower#定義lower組group upperregionupper#定義upper組group boundaryunionlowerupper#定義boundary組group mobilesubtractallboundary#定義mobile組，便于計算統(tǒng)計溫度（調(diào)溫）Lammps計算輸入文件#定義計算和邊界鋼化computenew2allcentro/atom#定義計算原子的適配度（針對所有的原子）computenew3mobiletemp定義計算統(tǒng)計溫度（針對可動原子）Fix1allnve#時間積分算法（微正則系綜）fix 2lowersetforceNULLNULL0.0#使得lowergroup之間沒有z方向的力，z方向鋼化fix 3uppersetforceNULLNULL0.0#使得uppergroup之間沒有z方向的力，z方向鋼化Lammps計算輸入文件#定義控溫和原子速度初始化fix 4mobiletemp/rescale1030.030.05.01.0#使用直接調(diào)溫法調(diào)整mobile原子的速度，每10步一調(diào)#使得目標(biāo)溫度為30+-1K，溫度在30+-5rescale之外調(diào)fix_modify4tempnew3#調(diào)溫時，計算溫度采用news計算Velocitymobilecreate30887723tempnew3#初始化mobilegroup中原子的初速度#通過溫度30K初始化，溫度通過new3計算，887723為隨機數(shù)Lammps計算輸入文件du戶mp惰2逆a浪ll之c私us順to豎m猾20睬0勵d_磨t.鴨tx贈t帶ta賞g擠x詳y自z摔c_得ne唯w2#定庫義輸雀出，歐每兩攻百步服輸出始一次#t狡ag源為原銳子標(biāo)放號#x卻，y梯，z印為原爆子坐填標(biāo)#c洋_n箏ew兔2為紐奉ne戒w2區(qū)所計很算的銅原子緒適配永度#這海一參鴿數(shù)可柏以判明斷原鹽子是川否是罰理想濕晶格#或為者在券位錯笛和堆牢垛層減錯上ti幼me驅(qū)st駁ep殼0碧.0每01#時器間步蠟長間無隔（賠ps鑄=1縣0e穗-1魚2秒增）#時登間步示長在舞飛秒徑量級恭10索e-宜15劣秒#小胖于原寶子自舍振周測期的助十分收之一華（0嚷.1柱ps劃/1坡0）La宋mm侮ps襯計算丙輸入旨文件La殿mm云ps抹計算襪輸入住文件th軍er涼mo擱_s庫ty垂le食c烈us殃to呼m肢st低ep側(cè)t鍋em衡p施pe速e受to蹄ta焰l偉pr株es鐘s現(xiàn)vo蔑l#屏搞幕輸禿出梁悟的控悶制，伍st愚ep偏加載吸步#t沃em折p溫沈度，冰pe凱總勢耳能，腳et兵ot灣al凍總能矩量#p邀re美ss發(fā)為壓督強,悟vo貫l為薯si遍mu傻la上ti嬸on閣b齊ox因的體癢積th肌er抓mo受1窗00#村每1激00依步在凱屏幕蒜上打尊印統(tǒng)保計熱貿(mào)動力擊學(xué)量th場er罷mo捎_m盒od敲if裂y田te染mp敬n佛ew共3#輸程出的疏溫度攀為n侄ew障3的秋計算拘值#弛俊豫和漂循環(huán)爺加載ru屈n療20辟00#不俊加任年何載猜荷計塔算2適00經(jīng)0步ve敏lo槐ci處ty虛u曉pp億er鏈s炭et礎(chǔ)0件0雞0.寸4ve推lo棍ci沉ty貍l打ow腹er陜s饅et錫0特0臂-0息.4ru晌n霜10販00通0ve帳lo丸ci樂ty垂u灰pp軍er擱s沾et哥0竊0閥-0淋.4ve瞧lo占ci燙ty術(shù)l各ow殃er最s唇et肚0購0仙0.賤4ru精n襖20虹00判0ve悉lo坐ci師ty魄u天pp躲er揉s蜻et概0姥0裙0.甘4ve包lo雁ci晚ty碎l蕩ow蔽er流s輛et詠0微0明-0悶.4ru招n狼10艘00推0#循挎環(huán)載貸荷模模擬La桃mm越ps然計算奪輸入撥文件D.熄使用趕EA塌M勢帽模擬栽Ni該的剪怎切行銷為vup從pe告rlo屬we冬rmo框bi鵝lezxy<1蠅00點><0膛11枯><0贊11蹦>Ni丈F鐮CC糊晶格D.麗使用宮EA省M勢灑模擬粒Ni啦的剪挖切行賣為Z‘xY’<1浮00席><0悼10映><0劃01追><0費11瘋><011>yz#籃3d渴m嬌et踢al窗s補he債ar蘿s疊im興ul辰at腰io嬌n教3維黑金屬決剪切插模擬Un牽it墳s菠me艱ta優(yōu)l#采捉用金駐屬材閥料單宣位bo角un讓da克ry很s救s腎p#施社加z鳳方向跟的周首期邊搭界條嫂件at戶om香_s故ty皇le歉at插om凈ic#定地義原膛子之織間的棍相互拿作用貨（沒備有鍵失鍵作凡用）La箱tt嫩ic挨e叮fc允c中3.暴52#指陜定晶券格為禁fc奸c，肌晶格巡壽常數(shù)梳3.攀52僅埃Re璃gi黨on萬b遞ox鄭b夕lo窩ck朱0球1陰6.渴0棍0地10慌.0狠0譜2宏.8仗28預(yù)42懼7#定嶼義區(qū)賢域b帝ox什（售x上喉下限瘡，y啦上下冒限，屠z上起下限眉）cr艘ea州te河_b猛ox挺3衡bo體x#在腥bo申x區(qū)辜域內(nèi)猶創(chuàng)建剪包含性3種班原子紐奉類型捷的s嶄im渠ul包at槳io獎n走bo璃xLa帳mm狐ps釣計算鞏輸入軌文件La劇mm勞ps企計算喪輸入續(xù)文件La軋tt援ic遙e混fc毛c您3.粥52飼o籍ri什en及t瘦x龜1料0侄0問or廉ie央nt文y啊0株1忍1匠o隙ri尤en搬t(yī)坊z筐&錫0摩-1稀1逃o敏ri托g(shù)i擦n季0.辜5咳0壓0#指抱定晶玻格類抓型、猛晶格望常數(shù)款、x聰,y絲式,z罪坐標(biāo)槳的晶蜓向#顯&續(xù)肅行符熊、晶解胞的鏟起始擠點（角0.賓5表瓶示半下個晶拔格常銹數(shù)）cr禿ea其te萬_a室to度ms母1烘b剖ox#在系bo養(yǎng)x區(qū)差域內(nèi)副建立必類型陣為1忠的原更子pa清ir圾_s朋ty誕le索e涌am#定辨義原塌子之抬間作慢用勢筋為嵌盾入原雪子勢pa構(gòu)ir監(jiān)_c府oe餃ff計*亡*意N躲i_緣瑞u3夫.e屆am#指述定嵌晴入勢徐參數(shù)翼文件La述mm晚ps鹿計算壞輸入構(gòu)文件ne旁ig甘hb奪or些0行.3可b降in#指料定原添子近萌鄰列展表參浸數(shù)r兔c+過r1旦中的澆r1ne微ig蓮h_剃mo兄di悼fy駱d黨el卸ay鉆5#指滋定近煙鄰表澡更新乞頻率re剪gi劣on日lo艙we御r就bl泰oc襲k格IN姜F雨IN曉F鑼IN潔F蹲0.剖9露IN緒F慌IN般Fre旱gi晃on賤up照pe擴r脂bl拔oc穿k單IN懂F狹IN宴F才6.曉1右IN鋒F茫IN隊F棄IN卵Fgr渡ou濤p莫l板ow陰er烈r屑eg恒io著n鵲lo蔽we省rgr您ou絲式p跟u型pp呼er促r抬eg守io佩n牲up竹pe盾rgr習(xí)ou結(jié)p嘗b蹲o(hù)u獎nd標(biāo)ar皆y宿un眉io椒n禾lo弟we軌r銷up屑pe裝r#指恭定邊襯界組侄，用肌于施算加邊蛛界條坊件gr騙ou犯p存m敢ob勢il捏e咬su宏bt惡ra紙ct竭a錯ll扒b許ou著nd率ar梳y#指站定可爐動部敬分組臨，用黑于計愿算溫栗度La繡mm確ps冤計算債輸入凳文件se半t皇g由ro感up時l之ow映er千t差yp舌e遙2se端t舞g漫ro印up憲u斃pp嗽er始t哭yp嘗e閱3#設(shè)璃置原脆子類瞧型l霉ow遞er粘為2叔，u奧pp逃er逮為3Co習(xí)mp權(quán)ut娘e崗ne嫁w3癢d書mo捧bi揭le奶t佳em哨p#設(shè)進(jìn)定溫鋼度計翁算n瓦ew繭3dCo辯mp逐ut翅e護(hù)ne旁w2改d敵mo擾bi田lete景mp逼/p沃ar垂ti洪al0擦1餡1#設(shè)衰定溫地度計谷算n鋤ew喂2d撓，忽暫略x經(jīng)方向易速度co腸mp無ut杏e毒ne殘w1垮d料al隔l紐奉st座re說ss狡/a類to猾m#設(shè)孫定原播子應(yīng)常力計呈算Ve免lo界ci殼ty吊m旁ob罪il籌e選cr繡ea偷te妖3錄00俊.0遲5光81興27團75庫t拖em停p五ne嘉w3掛d#初咐始化仁mo獲bi飼le時區(qū)域碼原子觸的速燦度#使閃ne翠w3質(zhì)d方襖法計混算的騎溫度游為3漂00均k？碎？Fi扇x元1駐al技l膛nv至e#使智系綜得為n魂ve稠系綜晚，同曲時確孟定了替方程恭的積典分方峰法Fi剪x溪2鞭bo攜un尾da荷ry幸s伸et顫fo蹄rc懼e傷0.勤0距0.突0爽0.捆0#使虎邊界漲上原素子x恰，y麻，z警方向具的受何力均槽為0Fi盤x照3箏mo剛bi唱le坐t扔em編p/聚re庭sc惠al預(yù)e國10局3戶00延.0逗3陸00躬.0販1鋪0.賀0賺1.起0#使足用直求接調(diào)紋溫法算，每埋10凱步準(zhǔn)蔬備調(diào)甜一次#如霧果在棋30墓0+態(tài)-1壩0k沿內(nèi)不彩調(diào)#如滑調(diào)的穿話要假求其說范圍卵在3糾00序+-楚1k智之內(nèi)fi厭x_榜mo悠di姻fy卷3榨t半em扎p喂ne香w3幕d#f星ix蜓3俯調(diào)帆溫時騾采用白ne磨w3怎d的椅計算思方案La撫mm盈ps使計算閃輸入苗文件La茄mm艷ps債計算型輸入漸文件#以推下為匠弛豫盞過程th懇er波mo逐25#每跌25很步在盛屏幕夾上打伸印熱誼動力斑學(xué)統(tǒng)始計量th胸er勁mo歲_m蠢od凍if裹y更te丟mp巨n剪ew脊3d#輸輛出的腦溫度憑按n脂ew凱3d笑方案參計算ti售me年st順ep禽0筐.0良01#時洲間步鮮長為染0.輸00傘1p侄sru漿n田1虎00#弛箱豫1飄00旅個載釀荷步La耗mm跟ps滔計算嫂輸入米文件#以薪下為牛剪切董加載ve啟lo煮ci判ty供u葛pp蚊er湯s紡et以1們.0扯0光0#上栽邊界欄原子獸施加州x方愁向的芒