bioinfnatics.第6講生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索

生物信息學(xué)第六講—生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索—PCR原理PubMed是由美國國家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)的國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）開發(fā)的基于Web的檢索系統(tǒng)，通過NCBI平臺提供基于Web的免費(fèi)MEDLINE數(shù)據(jù)庫檢索服務(wù)，并提供部分免費(fèi)的全文鏈接服務(wù)，此外還可以訪問NCBI維護(hù)的完整的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫．1999年8月PubMed加入NCBI開發(fā)的Entrez通用瀏覽器，更換了檢索界面。（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的,PubMed是免費(fèi)向公眾開放的。PubMed的網(wǎng)址：/pubmed就可以立刻進(jìn)入PubMed的界面。

PubMed具有醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)期刊收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點(diǎn)，部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費(fèi)獲得全文二、通過PubMed可檢索到如下的信息

MEDLINE

PreMedline

出版商提供的書目信息

NCBI其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄MEDLINE

PubMed：是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館MEDLARS系統(tǒng)中最大的生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫，收錄1966年以來70多個國家4300多種生物醫(yī)學(xué)期刊的書目信息和著者文摘，每周更新。每條記錄均帶有[PubMed--IndexedforMEDLINE]標(biāo)志。PreMedline：收集未正式給予MeSH詞、出版類型等深度標(biāo)引信息的一個臨時庫。NLM每天把最新記錄加入到PreMedline庫中，每條記錄均帶有[PubMed--inProcess]標(biāo)志。工作人員在一周內(nèi)將這些記錄標(biāo)引，然后轉(zhuǎn)入MEDLINE，同時從PreMedline中刪去。Pre-MedlineMedlineNewDataCollectPubMedProcessPubMed1周左右出版商提供的書目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分沒有被MEDLINE收錄，PubMed仍保存，在記錄中做[PubMed--assuppliedbypublisher]的標(biāo)記。以下是幾條PubMed的記錄，標(biāo)記不同，其出自的分庫也不同三、PubMed頁面的結(jié)構(gòu)

登錄PubMedhomepage/entrez/query.fcgi?DB=pubmed

/PubMed/PubMed頁面的結(jié)構(gòu)檢索提問區(qū)相關(guān)數(shù)據(jù)庫鏈接、基本檢索區(qū)、輔助檢索工具使用方法PubMed開始、全文檢索、相關(guān)資源檢索工具各項(xiàng)檢索功能NCBI數(shù)據(jù)庫相關(guān)數(shù)據(jù)庫鏈接Nucleotide：DNA序列數(shù)據(jù)庫Protein：蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫Genome：基因組序列數(shù)據(jù)庫Structure：分子結(jié)構(gòu)模型數(shù)據(jù)庫OMIM：人類孟德爾遺傳學(xué)在線數(shù)據(jù)庫檢索工具Limits（限制功能）Preview（預(yù)覽）History（檢索史）Meshdatabase（主題詞表）Details（明細(xì)欄）1.Limits（限定檢索）:對檢索詞的限定和修飾，包括字段、年齡、性別、研究對象、出版類型、語種、出版或輸入日期以及子字段等。PublicationTypes（出版物類型選擇）：有8種類型Languages（語種選擇）：提供常用的7種語種Gender（性別選擇）：男性、女性HumanorAnimal（人或動物實(shí)驗(yàn)選擇）Subsets（子集）：8個子集Dates（日期）limited2、AdvanecedSearch(高級查詢)使用PubmedUsingPubMed（使用Pubmed）:PubMedQuickStartGuide-快速指南PubMedTools:SingleCitationMatcher-引文匹配器在表格輸入刊物的引文信息來定位特定文章。BatchCitationMatcherClinicalQueries-與臨床相關(guān)的查詢（療法，診斷，病因，預(yù)后等）Topic-SpecificQueries-主題特異性查詢PubMedMoreResources:MeSHDatabase-主題詞數(shù)據(jù)庫JournalinNCBIDatabase-雜志數(shù)據(jù)庫

ClinicalTrials-臨床試驗(yàn)四、PubMed的基本檢索功能1、詞語檢索：自動詞語匹配功能2、作者姓名檢索3、雜志名稱檢索4、精確檢索：用“”進(jìn)行強(qiáng)制短語檢索5、截詞檢索：用通配符？或*檢索6、邏輯運(yùn)算符檢索：ANDORNOT四、PubMed的基本檢索功能（一）1、詞語檢索及自動詞語匹配方法：在檢索框中鍵入一到多個檢索詞，按“search”鍵，即顯示檢索結(jié)果?！癤”按鈕可以幫你清除查詢框中的內(nèi)容，然后開始一個新的查詢。四、PubMed的基本檢索功能（一）1、自動詞語匹配PubMed能自動利用它的“自動詞語匹配”功能將重要的詞語結(jié)合在一起，并將不規(guī)范的詞語轉(zhuǎn)換成規(guī)范的用詞。自動匹配轉(zhuǎn)換如：輸入commoncoldvitaminc，

系統(tǒng)會將自動轉(zhuǎn)換成(“commoncold”[MeSHTerms]OR

respirtorytractinfection

[TextWord]and(“ascorbicacid”[MeSHTerms]OR

vitaminc[TextWord])進(jìn)行檢索。

文本詞和主題詞各檢索一次，這種處理能使檢索結(jié)果查全率高，但檢索結(jié)果的相關(guān)性（精確）會下降自動詞語匹配轉(zhuǎn)換系統(tǒng)自動匹配轉(zhuǎn)換查詢結(jié)果顯示于Searchdetails四、PubMed的基本檢索功能（二）2、作者姓名檢索在檢索框內(nèi)按照姓+名縮寫(不用標(biāo)點(diǎn))的格式鍵入作者姓名，如Smithja，系統(tǒng)會自動在作者字段內(nèi)進(jìn)行檢索。

Smithja[Author]ORSmithja[Investigator]四、PubMed的基本檢索功能（三）3、雜志名檢索在檢索框中鍵入雜志全名molecularbiologyofthecell例：Celltransplantation[ta]雜志全名molecularbiologyofthecell也可以直接鍵入Medline的期刊標(biāo)準(zhǔn)縮寫形式，如：molboilcell鍵入刊物的ISSN(國際標(biāo)準(zhǔn)出版物代碼）進(jìn)行檢索，如1059-1524四、PubMed的基本檢索功能（四）4、短語檢索PubMed首先將鍵入的檢索詞（詞組）視為合理的短語在短語索引中進(jìn)行查找。如：poisonivy，PubMed將其視為詞組進(jìn)行查找。當(dāng)PubMed沒有找到該詞組時，系統(tǒng)將自動把兩個詞分開進(jìn)行檢索；如果不希望系統(tǒng)將兩詞分開，則需要用“”把檢索詞括起來，即強(qiáng)迫PubMed進(jìn)行詞組檢索。如“singlecell”。四、PubMed的基本檢索功能（四）4、短語檢索當(dāng)用雙引號括起詞語時，PubMed將不執(zhí)行自動詞語匹配功能?？衫孟到y(tǒng)的強(qiáng)制檢索功能進(jìn)行短語檢索。強(qiáng)制檢索符“”對所檢索的詞語進(jìn)行精確檢索強(qiáng)制將其作為一個詞組進(jìn)行檢索四、PubMed的基本檢索功能（五）5、截詞檢索可利用系統(tǒng)的截詞功能獲取更多的相關(guān)文獻(xiàn)，這與Medline光盤中截詞檢索的用法是相同的：截詞符“*”可代表多個字符，將*加在檢索詞后可以表示對所有以該詞開頭的詞進(jìn)行檢索；如：bacter*，可以檢出bacter,bacteria,bacterium,bacteriophage等詞。PubMed一次最多可以檢索出150個詞形變異詞?？梢圆扇〖娱L詞根的方法進(jìn)行檢索。無限截詞檢索有限截詞檢索四、PubMed的基本檢索功能（六）6、邏輯運(yùn)算符檢索在檢索框中輸入邏輯運(yùn)算符，執(zhí)行順序從左向右，可用括號來改變此順序。如：lungcancerANDsmoke#1AND#2#1OR#2(#1AND#2)AND#3例：lungcancerANDsmoke

("lungneoplasms"[MeSHTerms]OR("lung"[AllFields]AND"neoplasms"[AllFields])OR"lungneoplasms"[AllFields]OR("lung"[AllFields]AND"cancer"[AllFields])OR"lungcancer"[AllFields])ANDsmoke[ti]五、PubMed輔助檢索工具（二）1.Preview：是對檢索式進(jìn)行預(yù)覽、改變（可用檢索式＃１、＃２）。顯示檢索結(jié)果的條數(shù)和最近三次檢索式，用戶可根據(jù)具體情況在檢索提問框中用邏輯運(yùn)算符組配新的檢索式。五、PubMed輔助檢索工具1.Index是瀏覽索引。對提交的檢索詞列出按字順排列的某一字段的索引詞表的位置和數(shù)量（括弧內(nèi)），可用流動條來回進(jìn)行查看列表。選中的詞高亮顯示，然后選擇合適的邏輯運(yùn)算符進(jìn)行檢索。2.History:檢索式回顧、編輯檢索式。保留所有的檢索策略和結(jié)果，只有在執(zhí)行了一次檢索后，History才能有記錄。顯示檢索序號、檢索詞、檢索時間以及檢索結(jié)果數(shù)量?？稍跈z索序號之間添加邏輯運(yùn)算符進(jìn)行檢索，如#4AND#5單擊記錄條數(shù)超級鏈接可以重新顯示檢索結(jié)果。點(diǎn)擊ClearHistory按鍵可以清除History和Preiew/Index中的信息。最多存貯檢索式數(shù)為100個，檢索式的存貯時間為1小時。五、PubMed輔助檢索工具五、PubMed輔助檢索工具3.

Details：匹配過程

了解PubMed通過自動詞語匹配功能、句法規(guī)則轉(zhuǎn)換出的實(shí)際檢索策略和調(diào)整、保存檢索策略。在檢索框下面，顯示出檢索結(jié)果的總數(shù)?？梢栽跈z索框中修改檢索策略，再點(diǎn)擊Search按鍵重新執(zhí)行檢索。點(diǎn)URL按鈕，檢索策略將顯示在URL框中，再用瀏覽器的書簽收藏功能保存該策略。六、特別檢索服務(wù)MeSHDatebase：主題詞數(shù)據(jù)庫JournalinNCBIDatebase：期刊數(shù)據(jù)庫CitationMatcher：單篇/多篇引文匹配器

ClinicalQueries：臨床咨詢1.JournalinNCBIDatebase：期刊數(shù)據(jù)庫

查找指定期刊上發(fā)表的文章?？煞謩e以期刊的全名或名稱某個詞、期刊名稱在MEDLINE的縮寫或ISSN號來檢索；若點(diǎn)擊超鏈full-textofarticles，可獲取與PubMed鏈接提供全文的期刊名單。2.MeSHDatebase：主題詞數(shù)據(jù)庫

幫助用戶查找MeSH詞進(jìn)行檢索，瀏覽器提供了每個主題詞的信息和層次結(jié)構(gòu)，此外，用戶可以直接選用副主題詞來限制主題詞的主要領(lǐng)域。如果輸入的詞在MeSH詞表中沒有，MeSH瀏覽器將顯示相關(guān)的MeSH詞。主題詞的層次和副主題詞3.Single/BatchCitationMatcher

單篇/多篇引文匹配器單篇引文匹配器可通過已知的刊名、日期、卷、期、論文首頁碼、作者名等任一項(xiàng)信息查找論文的題錄。經(jīng)常用于核對參考文獻(xiàn)的著錄細(xì)節(jié)。多篇引文匹配器是給出版商用的，一般用戶不使用。4.ClinicalQueries臨床咨詢(一)為了幫助臨床醫(yī)生更有效地獲取PubMed數(shù)據(jù)庫中一般疾病的病因?qū)W、預(yù)后、診斷、預(yù)防以及治療等方面的信息，PubMed系統(tǒng)設(shè)置了Clinicalqueries功能項(xiàng)。該項(xiàng)具備特殊的過濾器裝置能將上述主題文獻(xiàn)集