論文櫛孔扇貝BAC克隆的共定位及物理圖譜相關contig驗證研究

1、 論文：櫛孔扇貝BAC克隆的共定位及物理圖譜相關contig驗證研究【中文摘要】櫛孔扇貝(Chlamys farreri)是我國北部沿海一個非常重要的養(yǎng)殖種類。物理圖譜是基因組測序、基因繪圖、遺傳改良和選育的關鍵工具。本課題組在BAC文庫基礎上構建了櫛孔扇貝物理圖譜,我們采用ABI 3130xl測序儀對兩個BAC庫總共81,408個BAC克隆進行了指紋分析。經(jīng)過數(shù)據(jù)處理,我們最后得到了3,072條contig片段,每個contig平均包含41.2個克隆,平均大小521Kb,所有contig加起來總長度接近1.6Gb,覆蓋1.3倍基因組。為了驗證物理圖譜contig組裝的正確性,我們利用BAC-

2、FISH技術將包含櫛孔扇貝核苷二磷酸激酶基因(NDPK)的兩個BAC克隆定位到染色體同一位置上;而在物理圖譜上,這兩個BAC克隆也是位于同一條contig上。BAC克隆的共定位結果從一個角度直觀地證明了圖譜組裝的正確性。同時,核苷二磷酸激酶是一類存在廣泛、高度保守,在細胞能量和信息傳遞中具有重要作用的酶,NDPK基因的染色體定位將對深入研究該基因的結構、功能以及應用于生產(chǎn)實踐提供理論支撐。物理圖譜的構建及低拷貝基因定位工作,將對櫛孔扇貝基因組和染色體的深入研究以及圖譜整合、染色體鑒別、圖位克隆等工作.【英文摘要】Zhikong scallop(Chlamys farreri) is one o

3、f most economicly important aquaculture species in China. Physical map is a crucial tool for genome sequencing, gene mapping, genetic improvement and selective breeding. We have developed a genome-wide, BAC-based physical map for the species recently. A total of 81,408 clones from two scallop BAC li

4、braries were fingerprinted using ABI 3130xl Genetic Analyzer. After Data processing, A total of 3,072 contigs were assembled. Each contig contains an average of 41.2 clone.【關鍵詞】【英文關鍵詞】【目錄】櫛孔扇貝BAC克隆的共定位及物理圖譜相關contig驗證研究摘要5-6Abstract6第一章 文獻綜述7-22第一節(jié) 櫛孔扇貝7-91.1 櫛孔扇貝簡介71.2 櫛孔扇貝的基因組學研究7-9第二節(jié) 細胞遺傳圖譜的研究進展9-10第三節(jié) 熒光原位雜交技術10-223.1 FISH 原理103.2 BAC-FISH 技術10-133.3 FISH 技術的應用133.4 FISH 技術的應用13-22第二章 櫛孔扇貝高密度物理圖譜的構建22-301 材料與方法22-242 結果（詳見本課題組研究論文Zhang et al., 2011）24-283 討論28-30第三章 利用FISH 技術研究櫛孔扇