化學(xué)繪畫軟件市公開課獲獎(jiǎng)?wù)n件

1、第三章 化學(xué)繪圖軟件3.1 慣用化學(xué)圖文輸入軟件簡(jiǎn)介3.3 Chemoffice3.2 ChemWindow計(jì)算機(jī)在化學(xué)中應(yīng)用第1頁(yè)第1頁(yè)3.1 化學(xué)繪圖軟件Chemoffice : chemDraw，chem3D，chemFinder 平面結(jié)構(gòu)、裝置、立體模型、量化計(jì)算、數(shù)據(jù)庫(kù)ChemWindow 3.0-6.0：化學(xué)結(jié)構(gòu)制作ISIS_Draw ：化學(xué)結(jié)構(gòu)制作ACD/ChemSketch ：化學(xué)結(jié)構(gòu)制作ChemLab : 基本玻璃儀器軟件 下載網(wǎng)址中國(guó)化學(xué)軟件網(wǎng)：第2頁(yè)第2頁(yè)3.2 ChemWin基本使用辦法基本工具鍵(線型)工具 環(huán)型工具箭頭（含園弧）工具文字工具（兩種）選擇工具（兩種）處

2、理工具（組合、刪除，變型，旋轉(zhuǎn)等）結(jié)構(gòu)模板工具第3頁(yè)第3頁(yè)1 基本工具第4頁(yè)第4頁(yè)2. 基本使用辦法選工具 單擊，即畫出結(jié)構(gòu) 孤立點(diǎn)畫結(jié)構(gòu) 支點(diǎn)接基團(tuán) 環(huán)狀鍵中點(diǎn)并環(huán)支點(diǎn)中點(diǎn)選單擊單擊單擊【例】第5頁(yè)第5頁(yè)基本使用辦法圖形移動(dòng)、旋轉(zhuǎn)與縮放 移動(dòng)：選箭頭工具，鼠標(biāo)左鍵按住圖形上線或黑點(diǎn)，即可移動(dòng)。或單擊圖形線段，即可選定圖形，再按住圖形拉動(dòng)。按住線段，即可拉動(dòng)拉虛線框罩住圖，即可拉動(dòng)第6頁(yè)第6頁(yè)圖形移動(dòng)、旋轉(zhuǎn)與縮放旋轉(zhuǎn) 選定圖形，點(diǎn)旋轉(zhuǎn)工具移鼠標(biāo)到任意一個(gè)邊框黑點(diǎn)上，即出現(xiàn)一環(huán)形箭頭，能夠按住左鍵繞中心軸旋轉(zhuǎn)。見右圖。鼠標(biāo)在這里，變環(huán)形箭頭旋轉(zhuǎn)后情況見右圖。第7頁(yè)第7頁(yè)圖形移動(dòng)、旋轉(zhuǎn)與縮放縮放

3、選定圖形，在圖形外圍有8個(gè)黑點(diǎn)，用鼠標(biāo)按住中部黑點(diǎn)（右圖藍(lán)圈批示），拉動(dòng)，能夠使圖形變形；若按住四個(gè)角任一黑點(diǎn)（右圖紅圈批示），拉動(dòng)，能夠按百分比整體縮放。刪除線段選工具“橡皮”，鼠標(biāo)點(diǎn)圖形頂角，刪二線，點(diǎn)線中點(diǎn)刪一線。第8頁(yè)第8頁(yè)圖形移動(dòng)、旋轉(zhuǎn)與縮放其它辦法： 鼠標(biāo)在圖形線段上移動(dòng)時(shí)，會(huì)出現(xiàn)黑點(diǎn)，按住任一黑點(diǎn)拉動(dòng)，圖形被移動(dòng)；若選按住Alt鍵，再按住任一黑點(diǎn)拉動(dòng)，圖形便被局部拉長(zhǎng)或短小-變形縮放。第9頁(yè)第9頁(yè)3. 線與箭頭工具單雙三鍵變換不斷單擊單鍵中部：不同鍵變換新鍵自動(dòng)替換原來(lái)鍵端基接基團(tuán)輸入C、N、P、S等中心單擊中心單擊中心單擊選單擊選單擊輸入C第10頁(yè)第10頁(yè)4. 環(huán)狀工具控制點(diǎn)：

4、支(端）點(diǎn)和中點(diǎn)單擊： 端點(diǎn)連接基團(tuán) 中點(diǎn)增長(zhǎng)環(huán)第11頁(yè)第11頁(yè)4. 環(huán)狀工具選苯環(huán) ：在多元環(huán)中單擊加共軛環(huán)第12頁(yè)第12頁(yè)5. 曲線工具平滑曲線、曲線箭頭第13頁(yè)第13頁(yè)5. 曲線工具圓弧曲線箭頭第14頁(yè)第14頁(yè)6. 結(jié)構(gòu)原則原子與文字輸入純文字輸入：用“T”工具結(jié)構(gòu)標(biāo)注基團(tuán)或原子：用特殊文字工具選輸NH3第15頁(yè)第15頁(yè)7. 結(jié)構(gòu)選取與結(jié)構(gòu)處理采用“矩形”或“套索”工具 選擇第16頁(yè)第16頁(yè)刪除：選取后按Del鍵或用圖標(biāo) 單擊對(duì)象刪除組合、去組合:若干圖元作為一體處理或拆散處理立體化：移動(dòng)一些鍵使其立體化對(duì)稱變換：左右、上下鏡像旋轉(zhuǎn)：任意角度排列對(duì)齊: 與文字類似，可左右、上下、居中均勻

5、分布：上下、左右均勻分布8. 結(jié)構(gòu)處理左右鏡像第17頁(yè)第17頁(yè)自己制作結(jié)構(gòu)保留后即為模板9. 模板制作與使用取出后即可使用第18頁(yè)第18頁(yè)插入表格 ，拖動(dòng)后形成表格，即可輸入內(nèi)容10. 其它功效第19頁(yè)第19頁(yè)質(zhì)譜碎片 10. 其它功效畫好結(jié)構(gòu)后，選取按鈕，在結(jié)構(gòu)斷點(diǎn)畫直線即可 第20頁(yè)第20頁(yè)結(jié)構(gòu)圖形標(biāo)注 10. 其它功效畫好結(jié)構(gòu)后，選取按鈕，在結(jié)構(gòu)原子位置上拖動(dòng)，輸入文字標(biāo)注即可選第21頁(yè)第21頁(yè)復(fù)制粘貼到其它軟件如Word中修改：粘貼到ChemWin中修改 或雙擊直接修改11. 與其它軟件共享第22頁(yè)第22頁(yè)12. 應(yīng)用輸入反應(yīng)式第23頁(yè)第23頁(yè)線段端點(diǎn)和中點(diǎn)為控制點(diǎn)曲線中間有兩個(gè)控制點(diǎn)

6、單擊，畫或改圖元或基團(tuán)用苯環(huán)工具可畫共軛圓按住Shift鍵畫，可改圖元大小輸入文字要注意 小結(jié)第24頁(yè)第24頁(yè)3.3 化學(xué)office Chemoffice : 每年出新版本版本：3.5 ： 約20MB : 約 80MB ：約270MB基本功效 ChemDraw : 結(jié)構(gòu)制作與簡(jiǎn)樸儀器制作 Chem3D ： 空間結(jié)構(gòu)顯示與量化計(jì)算 ChemFinder: 化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)制作第25頁(yè)第25頁(yè)3.3.1 ChemDraw簡(jiǎn)介基本功效與chemwind相同特殊功效： 分子結(jié)構(gòu)模板眾多 玻璃容器與玻璃管模板：可制作試驗(yàn)裝置缺乏功效 圓弧箭頭，Kekule結(jié)構(gòu)，結(jié)構(gòu)大小控制鍵第26頁(yè)第26頁(yè)1 結(jié)構(gòu)與儀器模

7、板模板按鈕氨基酸(Amino Acids)， 芳族(Aromatics)，雙環(huán)(Bicyclics)， 生物與膠體(Bioart)，儀器1(Clipware, part 1) 儀器2(Clipaware, part 2)構(gòu)型(Conformers)， 五元環(huán)(Cp Rings)，環(huán)烴(Cycloalkanes)， DNA(Templates)，功效團(tuán)(Functional Groups)， 雜環(huán)(Hexoses)，苯環(huán)(Ph Rings)， 多方體(Polyhedra)，RNA(Templates)， 立體異構(gòu)體(Stereocenters)，超分子( Supramolecules ) 第27

8、頁(yè)第27頁(yè)應(yīng)用示例反應(yīng)裝置第28頁(yè)第28頁(yè)2 特殊工具插入表格、括號(hào)、薄層色譜圖(04版)、對(duì)象加標(biāo)注按鈕薄層色譜圖第29頁(yè)第29頁(yè)3 質(zhì)譜碎片第30頁(yè)第30頁(yè)4 顯示分子性質(zhì)“View/Show Chemical Properties Window” 菜單第31頁(yè)第31頁(yè)5 保留格式慣用格式：cdx互換格式：mol其它格式: 眾多第32頁(yè)第32頁(yè)3.3.2 Chem3D簡(jiǎn)介 提供功效 制作結(jié)構(gòu)：?jiǎn)捂I、雙鍵、三鍵，氫分子鍵，立體旋轉(zhuǎn) 讀取chemDraw結(jié)構(gòu) 進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化計(jì)算 進(jìn)行量化結(jié)構(gòu)第33頁(yè)第33頁(yè)1 基本制作 制作結(jié)構(gòu)：?jiǎn)捂I、雙鍵、三鍵，氫分子鍵，立體旋轉(zhuǎn)第34頁(yè)第34頁(yè)2 結(jié)構(gòu)不同顯

9、示方式View/Model Display/Display Model/ 菜單或F6鍵：五種Wire FrameSticksBall-SticksCylindrical BondsSpace Filling 第35頁(yè)第35頁(yè)3 讀取chemDraw結(jié)構(gòu)比如：在chemDraw中畫甲苯結(jié)構(gòu)，保留成C6H6CH3.MOL則chem3D可打開.第36頁(yè)第36頁(yè)4 溶劑化影響模型View/Solvent Accessible 菜單甲苯結(jié)構(gòu) 第37頁(yè)第37頁(yè) MM2計(jì)算比如：甲苯結(jié)構(gòu)，Minimal Energy計(jì)算，運(yùn)算完后，執(zhí)行“Analyze/show measurements”菜單，可顯示 鍵長(zhǎng)

10、Bond Lengths 鍵角Bond Angles 二面角Dihedral Angles等分子優(yōu)化前后內(nèi)坐標(biāo)參數(shù)。第38頁(yè)第38頁(yè)計(jì)算結(jié)果： Bond LengthsC(1)-C(2)1.3971.392C(1)-C(6)1.4001.392C(1)-H(15)1.1021.100C(2)-C(3)1.3961.392C(2)-H(14)1.1021.100C(3)-C(4)1.3961.392C(3)-H(13)1.1021.100C(4)-C(5)1.3971.392C(4)-H(12)1.1021.100C(5)-C(6)1.4001.392C(5)-H(11)1.1021.100C(

11、6)-C(7)1.5091.497第39頁(yè)第39頁(yè)6 性質(zhì)計(jì)算選擇菜單“Analyze/Compute properties” 選擇“Available”中要計(jì)算性質(zhì)，單擊“add”按鈕， 單擊“OK”，即算出分子性質(zhì)。比如甲苯沸點(diǎn)399.895K第40頁(yè)第40頁(yè)7 其它計(jì)算從頭算程序：Gamess Gaussian 需另外安裝這兩個(gè)程序。半經(jīng)驗(yàn)或分子力學(xué)計(jì)算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3)計(jì)算方式：計(jì)算性質(zhì)，最小能，過渡態(tài)優(yōu)化，光 譜分析第41頁(yè)第41頁(yè)1. 進(jìn)入中國(guó)化學(xué)軟件網(wǎng)(）或()，下載 Chemwin和Chemoffice。2. 安裝Chemwin和Chemoffice軟件3. 用chemwin和chemoffice軟件制作下列結(jié)構(gòu),比較它們差別。第42頁(yè)第42頁(yè)4 畫出下列結(jié)構(gòu)5 輸入下列反應(yīng)式第43頁(yè)第43頁(yè) 6. 圖元組合（Group）與取消組合（Ungroup） 圖形由若干個(gè)圖元構(gòu)成，