PrimerPremier50使用技巧課件

PrimerPremier5.0的使用技巧簡介主要功能:1、引物自動收索及引物分析評價(引物設(shè)計)2、限制性內(nèi)切酶位點分析3、DNA基元(motif)4、同源性分析PrimerPremier5.0的使用技巧簡介主要功能1引物設(shè)計軟件primerpremier5.0的使用引物設(shè)計軟件primerpremier5.0的使用2可通過兩個方法將序列輸入軟件中在表中粘貼序列打開原有的序列文件可通過兩個方法將序列輸入軟件中在表中粘貼序列打開原有的序列文3選擇序列文件所在位置選擇序列文件所在位置4

在對話框中輸入待擴增序列點擊左上角的“Primer”按鈕在對話框中輸入待擴增序列5Hairpin:引物自身是否會形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)Dimer:同一種引物是否會形成二聚體Falseprimiring:引物在待擴增序列中其他位置是否有配對CrossDimer:正向與反向引物間是否會形成二聚體引物設(shè)計界面正向和反向引物的互換正向和反向引物的評價正向和反向引物的信息每點擊左邊紅色的按鈕，就出現(xiàn)相應(yīng)的內(nèi)容對正向和反向引物進行編輯Hairpin:引物自身是否會形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)引物設(shè)計界面正向6參數(shù)選擇突變堿基參數(shù)選擇突變堿基7PrimerPremier50使用技巧課件8PrimerPremier50使用技巧課件9Premier的主要功能：Premier的主要功能：10PrimerPremier50使用技巧課件11PrimerPremier50使用技巧課件12引物搜索選項設(shè)定引物類型搜索模式5’引物位置范圍3’引物位置范圍產(chǎn)物大小范圍引物長度引物搜索選項設(shè)定引物類型搜索模式5’引物位置范圍3’引物位置13PrimerPremier50使用技巧課件14PrimerPremier50使用技巧課件15搜索結(jié)果28對引物引物分值100分為滿分每對引物的信息雙擊選中一對引物引物及產(chǎn)物信息搜索結(jié)果28對引物引物分值每對引物的信息雙擊選中一對引物引物16是否出現(xiàn)hairpin,dimer,falseprimingandcrossdimer回到主窗口是否出現(xiàn)hairpin,dimer,falseprimin17引物編輯引物編輯18可對引物進行增加或減少堿基用鍵盤輸入了5個堿基可對引物進行增加或減少堿基用鍵盤輸入了5個堿基19引物的信息改動后引物的信息引物的信息改動后引物的信息20重新回到雙引物的界面重新回到雙引物的界面21“Edit”－“Copy”－“SensePrimer”5'CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA3'輸出引物序列“Edit”－“Copy”－“SensePrimer”輸出22引物編輯EditprimerhereAnalysistheeditresultAccepttheeditresultReturntothemainwindow引物編輯EditprimerhereAnalysist23PrimerPremier50使用技巧課件24PrimerPremier50使用技巧課件25PrimerPremier50使用技巧課件26PrimerPremier50使用技巧課件27酶切位點分析酶切位點分析28Oligo6.44使用說明主要功能：專門的引物設(shè)計軟件Oligo6.44啟動界面OpensequencefileOligo6.44使用說明主要功能：專門的引物設(shè)計軟件O293個彈出窗口Meltingtemperature3個彈出窗口Meltingtemperature30?GInternalStability?GInternalStability31Frq為鄰近6至7個堿基組成的亞單位在一個指定數(shù)據(jù)庫文件中的出現(xiàn)頻率。該頻率高則可增加錯誤引發(fā)的可能性。Frq為鄰近6至7個堿基組成的亞單位在一個指定數(shù)據(jù)庫文件中32用Oligo設(shè)計引物時的3個標準Tm值曲線以選取5’到3’的下降形狀有利于引物引發(fā)聚合反應(yīng)。Frq曲線宜選用3’端Frq值相對較低的片段。ΔG值在5’端和中間值比較高，而在3’端相對低用Oligo設(shè)計引物時的3個標準Tm值曲線以選取5’到333PrimerPremier50使用技巧課件34選中引物上游引物下游引物只是示意圖選中引物上游引物下游引物只是示意圖35引物分析首先檢查引物二聚體尤其是3’端二聚體形成的可能性。二項檢查是發(fā)夾結(jié)構(gòu)（hairpin）；與二聚體相同，發(fā)夾結(jié)構(gòu)的能值越低越好。第三項檢查為GC含量，以45-55％為宜。第四Falsepriming檢查引物分析首先檢查引物二聚體尤其是3’端二聚體形成的可能性。二36引物分析KeyinformationofprimerHairpinDimerandcrossDimerGC%TotalPCRinformation引物分析KeyinformationofprimerH37寫在最后成功的基礎(chǔ)在于好的學(xué)習(xí)習(xí)慣Thefoundationofsuccessliesingoodhabits38寫在最后成功的基礎(chǔ)在于好的學(xué)習(xí)習(xí)慣38謝謝聆聽·學(xué)習(xí)就是為了達到一定目的而努力去干,是為一個目標去戰(zhàn)勝各種困難的過程,這個過程會充滿壓力、痛苦和挫折LearningIsToAchieveACertainGoalAndWorkHard,IsAProcessToOvercomeVariousDifficultiesForAGoal謝謝聆聽LearningIsToAchieveAC39PrimerPremier5.0的使用技巧簡介主要功能:1、引物自動收索及引物分析評價(引物設(shè)計)2、限制性內(nèi)切酶位點分析3、DNA基元(motif)4、同源性分析PrimerPremier5.0的使用技巧簡介主要功能40引物設(shè)計軟件primerpremier5.0的使用引物設(shè)計軟件primerpremier5.0的使用41可通過兩個方法將序列輸入軟件中在表中粘貼序列打開原有的序列文件可通過兩個方法將序列輸入軟件中在表中粘貼序列打開原有的序列文42選擇序列文件所在位置選擇序列文件所在位置43

在對話框中輸入待擴增序列點擊左上角的“Primer”按鈕在對話框中輸入待擴增序列44Hairpin:引物自身是否會形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)Dimer:同一種引物是否會形成二聚體Falseprimiring:引物在待擴增序列中其他位置是否有配對CrossDimer:正向與反向引物間是否會形成二聚體引物設(shè)計界面正向和反向引物的互換正向和反向引物的評價正向和反向引物的信息每點擊左邊紅色的按鈕，就出現(xiàn)相應(yīng)的內(nèi)容對正向和反向引物進行編輯Hairpin:引物自身是否會形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)引物設(shè)計界面正向45參數(shù)選擇突變堿基參數(shù)選擇突變堿基46PrimerPremier50使用技巧課件47PrimerPremier50使用技巧課件48Premier的主要功能：Premier的主要功能：49PrimerPremier50使用技巧課件50PrimerPremier50使用技巧課件51引物搜索選項設(shè)定引物類型搜索模式5’引物位置范圍3’引物位置范圍產(chǎn)物大小范圍引物長度引物搜索選項設(shè)定引物類型搜索模式5’引物位置范圍3’引物位置52PrimerPremier50使用技巧課件53PrimerPremier50使用技巧課件54搜索結(jié)果28對引物引物分值100分為滿分每對引物的信息雙擊選中一對引物引物及產(chǎn)物信息搜索結(jié)果28對引物引物分值每對引物的信息雙擊選中一對引物引物55是否出現(xiàn)hairpin,dimer,falseprimingandcrossdimer回到主窗口是否出現(xiàn)hairpin,dimer,falseprimin56引物編輯引物編輯57可對引物進行增加或減少堿基用鍵盤輸入了5個堿基可對引物進行增加或減少堿基用鍵盤輸入了5個堿基58引物的信息改動后引物的信息引物的信息改動后引物的信息59重新回到雙引物的界面重新回到雙引物的界面60“Edit”－“Copy”－“SensePrimer”5'CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA3'輸出引物序列“Edit”－“Copy”－“SensePrimer”輸出61引物編輯EditprimerhereAnalysistheeditresultAccepttheeditresultReturntothemainwindow引物編輯EditprimerhereAnalysist62PrimerPremier50使用技巧課件63PrimerPremier50使用技巧課件64PrimerPremier50使用技巧課件65PrimerPremier50使用技巧課件66酶切位點分析酶切位點分析67Oligo6.44使用說明主要功能：專門的引物設(shè)計軟件Oligo6.44啟動界面OpensequencefileOligo6.44使用說明主要功能：專門的引物設(shè)計軟件O683個彈出窗口Meltingtemperature3個彈出窗口Meltingtemperature69?GInternalStability?GInternalStability70Frq為鄰近6至7個堿基組成的亞單位在一個指定數(shù)據(jù)庫文件中的出現(xiàn)頻率。該頻率高則可增加錯誤引發(fā)的可能性。Frq為鄰近6至7個堿基組成的亞單位在一個指定數(shù)據(jù)庫文件中71用Oligo設(shè)計引物時的3個標準Tm值曲線以選取5’到3’的下降形狀有利于引物引發(fā)聚合反應(yīng)。Frq曲線宜選用3’端Frq值相對較低的片段。ΔG值在5’端和中間值比較高，而在3’端相對低用Oligo設(shè)計引物時的3個標準Tm值曲線以選取5’到372PrimerPremier50使用技巧課件73選中引物上游引物下游引物只是示意圖選中引物上游引物下游引物只是示意圖74引物分析首先檢查引物二聚體尤其是3’端二聚體形成的可能性。二項檢查是發(fā)夾結(jié)構(gòu)（hairpin）；與二聚體相同，發(fā)夾結(jié)構(gòu)的能值越低越好。第三項檢查為GC含量，以45-55％為宜。第四Falsepriming檢查引物分析首先檢查引物二聚體尤其是3’端二聚體形成的可能性。二75引物分析KeyinformationofprimerHairpinDimerandcrossDimerGC%TotalPCRinformation引物分析KeyinformationofprimerH76寫在最后成功的基礎(chǔ)在于好的學(xué)習(xí)習(xí)慣Thefoundationof