查找啟動子區(qū)課件

如何判斷序列的正反向NCBI里的序列，mRNA，CDS序列等等，都標注的很清楚，只是有的基因序列給的是反向互補的序列，需要大家在primer5等軟件里轉換一下。具體看是不是反向互補的序列，辦法就是看在第一個CDS區(qū)的前三個堿基是不是ATG，如果是ATG，那么這個序列就是你要的了，如果不是，那八成就是你要得序列的反向互補序列了。目的：尋找promoter區(qū)域預測核心啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域用NCBI：

用UCSC：用Ensembl：用公司信息（只包含公司擁有promoterclones的信息）：/

（*種類比較少）用SIB-EPD:

(可直接提供TSS，但是庫容較小，很多基因查不到)預測核心啟動子區(qū)尋找promoter區(qū)域NCBIhttp://選擇Gene,輸入ankh,點擊search選擇第一項，以人類Homosapiens的ANKH為例；Chromosome5location14707,complement(反義鏈)即-14871887到-14704909為基因范圍此例中選取-14873887到-14871887約2000bp核苷酸序列作為啟動子區(qū)域選擇Ensembl或者HGNC_，進入ensembl分析尋找promoter區(qū)域尋找promoter區(qū)域圖形顯示FASTA格式顯示的核苷酸序列輸入序列可以查詢染色體位置ANKHgene在反義鏈上，所以用負數表示可以查詢具體核苷酸序列Genomiccontext點擊GraphicsToolsSequeceTextView尋找promoter區(qū)域點擊GoToPosition,輸入-14873887，點擊PrevPage找到具體位置復制白底黑色區(qū)域即為promoter區(qū)域。白底黑字為啟動子區(qū)域紫底黑字為基因區(qū)域粉底黑字為編碼區(qū)，ATG為啟示密碼子1.選擇基因示意圖：1）.向下查看“Genomicregions,transcriptsandproducts”2）.將鼠標放在Genes的”NR_”示意圖上，3）.在彈出的窗口中點擊2.點擊”FASTAView，序列范圍表示NR_的位置。出現(xiàn)該基因的實際序列，第一個序列的位置表示“起始位置”3.調整顯示位置：將起始位點先前排1000bp，向后排1000bp。更改后的位置認為是啟動子區(qū)。尋找promoter區(qū)域UCSC

選擇左側邊欄的“TableBrowser”在clade選擇Mammal，genome選擇Human，assmebly選擇最新的數據庫，在position后面的搜索框內寫入待查的基因名稱，如actin。點擊getoutput。方法一尋找promoter區(qū)域點擊自己目的基因的結果鏈接，會出現(xiàn)該基因在染色體上的位置(有時候會直接跳到選擇genome，protein，mRNA那一頁面，可能是在搜索詞比較特異的情況寫)，繼續(xù)getoutput選擇genome尋找promoter區(qū)域選擇Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase：外顯子大寫，其他小寫尋找promoter區(qū)域小寫字母為promoter區(qū)域大寫字母為基因區(qū)域，與NCBI結果相同ATG為CDS區(qū)起始密碼子尋找promoter區(qū)域promoter/upstream前面的框中打勾，一般的啟動子長度大約為2kb左右，這個數字可以修改。為便于觀察，可繼續(xù)修改下面的幾個選項。這里選擇CDS大寫。點擊getsequence即可得到結果。尋找promoter區(qū)域UTR和upstream是分開的，CDS是大寫的，可以看到起始碼。CopyATG以前的序列進行啟動子分析。PCR以genome為模板。尋找promoter區(qū)域以大鼠（rattusorvegicus）的結締組織生長因子（CTGF）為例，在Organism的下拉菜單中選擇Rat，在assembly的下拉菜單中選擇最新日期Nov.2004，在position框中鍵入CTGF，imagewidth選擇默認即可，如下圖所示：點擊Submit尋找promoter區(qū)域結果顯示該基因的已知序列和相關mRNA序列，點擊“KnownGene”中的第一個序列，尋找promoter區(qū)域本例的搜尋目的來說，默認設置不是理想的設置。按照視圖利用頁面底部的TrackControls按鈕，將一些路徑設置為hide模式（即不顯示），其他設置為dense模式（所有資料密集在一條直線上）；另一些路徑設置為full模式（每個特征有一個分開的線條，最多達300）。尋找promoter區(qū)域Ensembl基因通過許多方法來預測，包括與已知mRNA和蛋白質進行同源性比較。若查詢啟動子區(qū)域，我們需要將EnsemblGenes選擇為dense或full模式，點擊Refresh，即刷新，出現(xiàn)下圖：圖中多出了EnsemblGenes的預測路徑，我們在紅框中圈出。點擊用于表達該序列的任何方塊出現(xiàn)以下頁面：尋找promoter區(qū)域選擇并點擊Linktosequence中的GenomicSequence，即顯示基因組序列尋找promoter區(qū)域將promoter改為2000bp，具體多少bp合適，可根據文獻資料和實驗目的獲取，有的基因可能在其上游戲幾百bp就可以了,其他的幾個選項分別為5’端非編碼區(qū)，編碼區(qū)外顯子，3’端非編碼區(qū)，內含子（內含子用綠框圈了起來）等。SequenceFormattingOptions序列顯示方式，選擇上圖紅框里的內容，即外顯子大寫，其余的小寫，也就是說mRNA的外顯子大寫，其余上下游非編碼區(qū)以及內含子均為小寫。尋找promoter區(qū)域第一個大寫字母以后就是mRNA序列，之前的小寫字母序列即為啟動子區(qū)域了。Ensemble數據庫尋找promoter區(qū)域Ensembl：

選擇human輸入ankh選擇Gene，點擊GeneIDENSG點擊左邊的Exportdata方法一尋找promoter區(qū)域5Flankingsequence輸入2000OptionsforFASTAsequence中Genomic選5Flankingsequence，deselectall點擊Next（不管正反此法都適用）尋找promoter區(qū)域得到2000

bases的核苷酸序列尋找promoter區(qū)域Ensembl：在“SearchEnsembl“標題下search后的下拉框中選中物種名homosapiens（人），for框中輸入基因名ankh，點擊Go方法二尋找promoter區(qū)域找到所需要的gene，點擊出來2個結果。本例中貌似是同一個。點擊相應鏈接進入新頁面。尋找promoter區(qū)域貌似有2個不同的轉錄本。點擊ExonInfo。尋找promoter區(qū)域新頁面中即可看到5'upstreamsequence。可以在Flankingsequenceateitherendoftranscript后面的框中修改期望顯示的序列長度。一般啟動子最好選>2kb。然后copy所顯示的上游序列進行分析。

Genecopoeia公司尋找promoter區(qū)域點擊searchproduct，選擇promoterclones，因為沒有ANKH的信息，此處輸入FIBRONECTIN選擇目的基因尋找promoter區(qū)域點擊clickheretoviewthepromotersequence得到promoter信息EPD數據庫尋找promoter區(qū)域SIB-EPD網址：

具體使用方法大同小異，就是輸入物種名、基因名，限定啟動子序列區(qū)域

預測核心啟動子區(qū)Transcriptstartsite(TSS)附近-60bp到+40bp是核心啟動子區(qū)，是精確轉錄必須的最小單元。CpG島是一段200bp或更長的DNA序列,核苷酸G+C的含量較高,并且CpG雙核苷酸的出現(xiàn)頻率占G+C含量的50%以上。許多脊椎動物的啟動子區(qū)都與CpG島的位置重合。

常見的在線預測工具有：真核啟動子數據庫第85版（TheEukaryoticPromoterDatabaseCurrentRelease85，EPD，

）

轉錄起始位點數據庫：

該數據庫主要包括人，小鼠等常見生物的基因轉錄起始位點及該基因啟動子的可能情況。

Promoterscan(),

Promoter2.0PredictionServer()

神經網絡啟動子預測器NNPP（

）

SoftBerry()

DragonPromoterFinder()（好像不能用了？）FirstEF()UROGENE(

)，可用于位點甲基化的預測CpGPlot/CpGReport/Isochore()

CpGProD()

CpGIslandSearcher(；)

CpGPrediction()/

CpG島預測軟件1、獲取目的基因的mRNA序列，并且在NCBI的數據庫中查獲轉錄起始點;

2、截取轉錄起始點為中心，上下約各1000bp，若在此范圍內出現(xiàn)CDS，可到翻譯起始點終止;

3、利用在線軟件進行分析;

PromoterInspector

PromoterScan

Promoter2.0