系統(tǒng)進化樹的構(gòu)建圖文

實驗三.系統(tǒng)發(fā)育分析軟件的使用分子系統(tǒng)發(fā)育分析系統(tǒng)發(fā)育分析研究是研究物種進化和系統(tǒng)分類的一種方法，研究對象為攜帶遺傳信息的生物大分子序列，采用特定的數(shù)理統(tǒng)計算法來計算生物間的進化關(guān)系。并用系統(tǒng)進化樹，即一種類似樹枝狀得圖形來概括生物間的這種親緣關(guān)系。分子系統(tǒng)發(fā)育分析系統(tǒng)發(fā)育進化樹（Phylogenetictree)用一種類似樹狀分支的圖形來概括各種生物之間的親緣關(guān)系。

系統(tǒng)進化樹的主要構(gòu)成：結(jié)點（node)：每個結(jié)點表示一個分類單元（屬、種群）。進化分枝(Clade)：是指由同一生物進化而來的單一系統(tǒng)群。

實體抽象為節(jié)點，實體間的進化關(guān)系抽象為連接

分子系統(tǒng)發(fā)育的核心為構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進化樹人猩猩狒狒外群分支長度根進化支結(jié)點系統(tǒng)進化樹（1）系統(tǒng)發(fā)育進化樹示例

進化拓撲結(jié)構(gòu)：進化樹中不同枝的拓撲圖形。根：所有分類的共同祖先。結(jié)點：表示一個分類單元。進化支：兩種以上生物（DNA序列）及其祖先組成的樹枝。進化分支：進化關(guān)系的圖形表示進化分支長度：用數(shù)值表示的進化枝的變化程度（遺傳距離）距離標尺：生物體或序列之間差異的的數(shù)字尺度。外群：與分析序列相關(guān)的生物序列且具有較遠的親緣關(guān)系距離標尺一個單位結(jié)點多序列比對（自動比對，手工校正）選擇建樹方法建立進化樹進化樹評估系統(tǒng)發(fā)育樹重建分析步驟1.距離法(distance）適用序列有較高相似性時2.最大簡約法(maximumparsimony,MP)適用序列有很高相似性時3.最大似然法(maximumlikelihood,ML)可用于任何相關(guān)序列集合1.基于序列距離特征2+3基于序列離散特征計算速度：距離法>最大簡約法>最大似然法系統(tǒng)發(fā)育樹重建的基本方法系統(tǒng)發(fā)育樹重建分析過程直系同源序列合理的外群點陣法動態(tài)規(guī)劃法字串法系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建的相關(guān)軟件ClustalX（序列比對軟件）Modeltest&MrModeltest(堿基替換模型篩選軟件)PHYLIPMEGAPHYMLPAUPBEASTFigtree(樹形顯示軟件）TreeView（樹形顯示軟件）系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建軟件構(gòu)建ＮＪ樹，可以用PHYLIP或者MEGA構(gòu)建MP樹，可以使用PHYLIP或者MEGA構(gòu)建ML樹可以使用PHYML，速度快，同時構(gòu)建ML樹還可以用PHYLIP，貝葉斯的算法以MrBayes為代表，不過速度比較慢關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育分析的更多知識請參閱：/biology/bioinfo2/78842.shtml實例講解下面的內(nèi)容將教大家如何來構(gòu)建自己的系統(tǒng)進化樹。首先我們需要回憶一個很重要的問題，什么是Fasta格式?在生物信息學中，F(xiàn)ASTA格式（又稱為Pearson格式），是一種基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中堿基對或氨基酸用單個字母來編碼，且允許在序列前添加序列名及注釋。序列文件的第一行是由大于號“>”或分號“;”打頭的任意文字說明（習慣常用“>”作為起始），用于序列標記。從第二行開始為序列本身，只允許使用既定的核苷酸或氨基酸編碼符號。構(gòu)建我們自己的Fasta文件Fasta文件是直接可以從數(shù)據(jù)庫中下載得到的，但是根據(jù)實際要求的不同，有時候我們需要自己構(gòu)建Fasta文件。如果您已近有了想用來構(gòu)建進化樹的序列，您可以如右圖所示構(gòu)建自己的文件，文件的保存格式是：文件名.txt實例講解下面我們以版納病毒為例，構(gòu)建系統(tǒng)進化樹。首先我們要下載我們所需的序列。/實例講解文件下載完之后，這里我們采用事先準備好的序列。將Fasta文件直接用ClustalX1.83打開實例講解在進行多序列比對之前我們需要對軟件進行一些設(shè)置1.選擇Alignment標簽2.選擇OutputformatoptionsPHYLIP軟件：PHYLIPMEGA軟件：FASTA點擊DoCompleteAlignment,選擇保存路徑之后點擊ALIGN，。實例講解實例蘆講解序列做比對吊結(jié)束奴后，丈比對亞結(jié)果壤自動晉跳出仗。在督保存復的路登徑，索獲取算預設(shè)文的保歌存格墨式。Ba獅nn艷av壁ir樹us孔.F姿AS朽TA彼B出an矩na用vi貪ru伶s.郵ph挽yME里GA念(隊Mo相l(xiāng)e摧cu變la租r憐Ev替ol世ut回io響na調(diào)ry絕G獅en桌et布ic割s映An暖al旅ys寬is況)該軟點件是渣由Ku編ma何r等編便寫的汽進行滅分子去進化根遺傳妻分析嘩的免厲費軟帽件包腥，能跳對DN司A、mR浸NA、氨假基酸皮序列殺及遺抓傳距接離進帥行系饅統(tǒng)發(fā)咳生分秘析。門在建殃樹方唉法上婦，提牽供了刺目前供最常秧用的UP誼GM僵A，ML，NJ及MP法，吹對所衫獲得粘樹也帳可進嚼自舉短值檢居驗及帖標準拾誤估辱計可述靠性硬檢驗玩。優(yōu)點暖為：紐奉簡單宰易用最新洋版本西下載/地址船為：ht垮tp：/w的ww禿.m選eg般as膨of綱tw賓ar筋e.貼ne兔t實例補講解_ME丙GA軟件逼構(gòu)建綱系統(tǒng)較進化冰樹實例布講解下一魚步我氏們將存介紹痕如何梁用ME貞GA構(gòu)建授我們尋的進腎化樹細，首廈先請忠大家套用ME拉GA軟件巾將我挽們之頸前保延留的Fa攤st儉a文件妄打開被這時袍候會生有兩榨個窗苗口，選準擇Fi猶le標簽--香>C己on朽ve遼rt狡f那il嗚e壓fo傘rm田at逃t哈o臘Me龜ga毫.菜單欄工具條實例院講解選擇Fi贏le標簽--詠>C方on錫ve犬rt受f搜il廣e飾fo榆rm勉at艦t告o仿Me喇ga版.當給而出相母應的富文件友路徑品之后換點擊ok顯示股文件專已經(jīng)捧轉(zhuǎn)化督為ME東GA爭F牙or揮ma毯t,點擊OK驢.將文穩(wěn)件保吵存，卡牢記傳路徑實例哀講解點擊逼，載熄入ME溜GA格式關(guān)的分紙析序沫列實例罵講解選擇牽數(shù)據(jù)牧類型哨，在著本次咸測試話中我宰們用渡的是釘核苷撿酸序針列。根據(jù)良實際待的情劉況我辜們這鍵里選守擇YE才S選項實例角講解下一穩(wěn)步進溝入建漂樹的馳最后櫻階段在Pl鄰yl綿og瀉en動y中選僻擇建齒樹方仔法，妻這里雁我們身選擇NJ法。參數(shù)忽設(shè)置咬好之具后點憶擊co淋mp輪ut語e.蛋白院質(zhì)序葬列一太般選繼擇Po塔is膚so參n宇Co反rr束ec株ti壓on（泊福松校巖正）,對于帝核苷庫酸序儀列一繳般采籮用P-劫di谷st恐an運ce模型實例僅講解根據(jù)Me拉ga的計正算最扇終我潑們得晨到了沉序列老中的耍進化廈關(guān)系猴。如果罩結(jié)點位的Bo戀ot改st佛ra乓p咳Va授lu填e活>7董0我們賽認為第這個株分支迷是可帖靠的BANNAchBJ9575YN6YN0556LN0684LN0688LN0689JKT6969JKT6423JKT7043LNVNE971294100811008899681000.05優(yōu)化圖標優(yōu)化選項欄第一劃步：爐雙擊打開PA恒RT撥2，SE輩QB秘OO步T,SE揮QB抗OO我T生產(chǎn)脾隨機害樣本府的程邊序。按路螺徑輸烤入剛轉(zhuǎn)才生額成的碎*.PH贈Y文件；為痛了避醉免輸述入路繡徑的敏繁瑣驕，可踢以直享接將申文件CO荷PY至PA司RT藝2文件咸夾中敞。第二撒步：冶點擊適回車抗，出紅現(xiàn)參訴數(shù)設(shè)未置頁輛面。肌設(shè)定適當遭參數(shù)扮；輸當出ou餃tf貿(mào)il欄e文件極。Ra唯nd捉om寸n以um匹be撐r習se廚ed肺:進化戴樹進吐行抽脂樣時忙從