第二章 生物學數(shù)據(jù)庫及其檢索

生物信息學Bioinformatics第二章生物學數(shù)據(jù)庫及其檢索王文棟第一節(jié)生物學數(shù)據(jù)庫簡介Chapter2一、什么是數(shù)據(jù)庫？數(shù)據(jù)庫（database）是一類用于存儲和管理數(shù)據(jù)的計算機文檔，是統(tǒng)一管理的相關數(shù)據(jù)的集合，其儲存形式有利于數(shù)據(jù)信息的檢索與調(diào)用。二、生物學數(shù)據(jù)庫在生物信息學者們的努力下，人類基因組序列數(shù)據(jù)連同其它多種模式生物的序列數(shù)據(jù)及各自相應的基因結(jié)構(gòu)與功能信息皆可供眾多生物學家們免費接入與使用。humanArabidopsisThermotogamaritimaEscherichiacoliBuchnerasp.APSRickettsiaprowazekiiUreaplasmaurealyticumBacillussubtilisDrosophilamelanogasterThermoplasmaacidophilumPlasmodiumfalciparumHelicobacterpylorimouseCaenorhabitiselegansratBorreliaburgorferiBorreliaburgorferiAquifexaeolicusNeisseriameningitidisZ2491Mycobacteriumtuberculosis模式生物模式生物基因組計劃模式生物基因組計劃酵母、線蟲、果蠅、細菌、擬南芥等共約50多種已完成，70余種正在進行。目前總量已達60億堿基對！virusesplasmidsbacteriafungiplantsalgaeinsectsmollusksreptilesbirdsmammalsGenomesizesinnucleotidepairs(base-pairs)10410810510610710111010109bonyfishamphibians生物著學數(shù)赴據(jù)庫撇的分漏類根據(jù)憑數(shù)據(jù)膜存放閉類型排：序列（三疊維）丸結(jié)構(gòu)文獻序列銀特征基因些組圖婦譜表達嘴譜。。血。根據(jù)奪數(shù)據(jù)痰存儲蹈的具患體內(nèi)伍容：一級崗數(shù)據(jù)餅庫二級堡數(shù)據(jù)蘇庫專用移數(shù)據(jù)呆庫（一妄）一振級數(shù)乖據(jù)庫軟和二右級數(shù)雕據(jù)庫一級策數(shù)據(jù)壟庫（Pr魔im框ar湯y僻da頭ta育ba遭se）：庫聾中的知主要報內(nèi)容諒來源侵于實毅驗室蒙操作風所得散到的原始倚數(shù)據(jù)（例至如：猴測序修得到討的序役列、X射線廟晶體襖衍射侮所得孕到的乘三維腫結(jié)構(gòu)氏數(shù)據(jù)賄等）斗，也睜包含期一些基本市的說泊明（序抬列所乳屬的重物種蛾、類基型、振序列陣發(fā)表倚的文唐獻出侵處等蚊）。槳核酸且序列疤數(shù)據(jù)進庫Ge鏈nB成an米k,真E滑MB羅L,現(xiàn)D債DB沈J及蛋喪白結(jié)粒構(gòu)數(shù)佳據(jù)庫PD券B就是艙典型毛的一革級數(shù)若據(jù)庫鍬。二級露數(shù)據(jù)歌庫（Se釘co粗nd親ar單y麗da推ta歪ba開se）：在所一級思數(shù)據(jù)脾庫的歸信息鴉基礎幫上進蓮行計運算機傘加工到處理紛并增岸加了事許多罪的人箏為注脖釋而戶構(gòu)成灣的（五例如河：NC沙BI的Re搞fS賢eq數(shù)據(jù)閥庫等莫）。ATTGACTAPrimaryvs.SecondaryDatabasesACGTGCTTGACACGTGAATTGACTATATAGCCGACGTGCACGTGCACGTGCTTGACATTGACATTGACACGTGACGTGACGTGAATTGACTAATTGACTAATTGACTAATTGACTATATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGGenBankTATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGATGACATTGAGAATTATTCCGAGAATTCCGAGAATTATTCCGAGAATTCCSequencingCentersGAGAATTCCGAGAATTCCUniGeneRefSeqGenomeAssemblyLabsCuratorsAlgorithmsTATAGCCGAGCTCCGATACCGATGACAA（二城）如燙何查春找與雅研究岡相關踏的生根物學軋資源1利用腥公共訴搜索鏡引擎2了解朵重要幣的生鍛物信銷息學地門戶預站點3利用Nu僑cl還ei魚c雙Ac緩id委R創(chuàng)es盛ea醫(yī)rc蔽h雜志負每年斬的數(shù)店據(jù)庫似專輯密、網(wǎng)惑絡服吉務器塑專輯撓。第二誼節(jié)常用響數(shù)據(jù)過庫Chapter2常用孝數(shù)據(jù)肉庫類型名稱網(wǎng)址核酸序列一次數(shù)據(jù)庫Genebank/Genbank/EMBLhttp://www.ebi.ac.uk/embl/DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome.html.ja/基因組一次數(shù)據(jù)庫GDB/蛋白質(zhì)序列一次數(shù)據(jù)庫SWISS-PROT/sprot/PIR/TrEMBLhttp://www.ebi.ac.uk/trembl/UniProt/index.shtml/MIPShttp://mips.gsf.de/GenPept/pub/genpept/NRL-3D/general/software/packages/nrl_3d/nrl_3d.html/復合數(shù)據(jù)庫NRDBhttp://www.nrdb.co.uk/OWLhttp://www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/OWL/SWISS-PROT＋TrEMBLhttp://www.ebi.ac.uk/clustr/

二次數(shù)據(jù)庫PROSITE/prosite/PRINTShttp://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/BLOCKS/Pfamhttp://pfam.sanger.ac.uk/IDENTIFY/identify/COGs/COG/ProDomhttp://www.toulouse.inra.fr/prodom.html/結(jié)構(gòu)一次數(shù)據(jù)庫PDB/pdb/home/home.doMMDB/Structure/MMDB/mmdb.shtml/

二次數(shù)據(jù)庫DSSPhttp://www.sander.embl-heidelberg.de/dssp/HSSPhttp://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/FSSPhttp://www.ebi.ac.uk/dali/fssp/PSdb/~geigel/PSdb/PSdb.html/

結(jié)構(gòu)分類SCOPhttp://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/CATH/latest/index.html/PDBsumhttp://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/

分類二次數(shù)據(jù)庫ProtoMap蛋白質(zhì)組

蛋白質(zhì)組

氨基酸索引AAindexhttp://www.genome.ad.jp/dbget/蛋白質(zhì)間功能關系Predictome/蛋白質(zhì)組分析ProteomeAnalysishttp://www.ebi.ac.uk/integr8/EBI-Integr8-HomePage.do/二維凝膠電泳GELBANK/SWISS-2DPAGE/ch2d/酵母蛋白質(zhì)定位YPL.dbhttp://ypl.tugraz.at/模式生物蛋白質(zhì)組BioknowledgeLibrnary/pages/index.php?id=home/一、抱核酸問數(shù)據(jù)肯庫（一秀）核宵酸序雪列數(shù)法據(jù)庫目前泊，國幸際上家主要梁有Ge查nb梅an野k、EM么BL、DD漲BJ三大絕核酸祥序列療數(shù)據(jù)脫庫，箱三大域核酸蒸數(shù)據(jù)熔庫之要間每夾天相愧互交慢換數(shù)設據(jù)，稼保持悠數(shù)據(jù)淋同步榨更新散。Ge聞nB愁an應kPu位bl貸icfr姓eeAv口ai軌la侄bl肯evi海aIn蠢te據(jù)rn怎etEM哭BL箏D膊at尖a看Li獨br隆ar摸yDD椒BJ籍(D痛NA效D徒at冊a否Ba務nk衛(wèi)o慎f暖Ja六pa雄n)三大怨基因膊數(shù)據(jù)走庫之衛(wèi)間的暫關系Ge嫌nb擦an厲k庫包誦含了筆所有虧已知耳的核低酸序縱列和倦蛋白濕質(zhì)序括列，秘以及涉與它邁們相她關的鋼文獻叫著作判和生微物學悔注釋盜。它賴是由僅美國左國立殺生物錘技術售信息赴中心(N刑at爐io奧na摘l烘Ce堵nt畢er頌o究f舒Bi咽ot芳ec膚hn鑄ol訴og僵y圣In描fo無rm體at獄io爹n，NC精BI牲)建立艙和維擦護的鴿。Ge桐nb哪an宰k網(wǎng)址片：ht尖tp瞇:/更//Ge住nb席an南kGe牌nb熱an指k數(shù)據(jù)狡直接年來源測序陡工作頭者提歌交的鼻序列壩、測富序中喝心提令交的宿大量ES命T序列震、其踢它測染序數(shù)咸據(jù)以誓及與伙其它帝數(shù)據(jù)疤機構(gòu)樸協(xié)作投交換施的數(shù)償據(jù)。Ge忽nb室an榆k內(nèi)容所有肢已知航的核拆酸序怎列和嚼蛋白刺質(zhì)序賺列，撕還包避括對屈序列餡的簡隙要描奔述、州科學垂命名糾、物偷種分須類名會稱、樸參考伴文獻嘩、序挑列特牽征表究等輔嬌助信器息。Ge助nb毒an檢k對數(shù)度據(jù)記砍錄的煮處理劃分噸為檔細菌凱類、沖病毒聯(lián)類、樣靈長碎類、慨嚙齒鴉類，ES裝T數(shù)據(jù)認、基鼓因組油測序捏數(shù)據(jù)殖、大習規(guī)模洗基因肌組序胖列數(shù)胸據(jù)等16類。ht儲tp推:/繪//Ge站nb爆an鐮k由美葵國國零立生宜物技蛋術信爐息中宏心(N躁CB臟I)建立賽維護岡，其柿主頁握如圖接所示英。NC適BI全稱Nat沙io反na菠lCen性te繭r曾ofBio稍te爽ch多no把lo計gyInf滾or姓ma目ti曬on（美永國國擺家生打物技黃術信隨息中荷心）NC打BI是美判國國液立衛(wèi)罪生研努究院濫（NI睬H）的留美國恐國立緣瑞醫(yī)學崇圖書血館（NL朵M）的脆一個封分支榴。19字88年成弓立。網(wǎng)址相：ht限tp破:/侵//NC分BI簡介當今不世界澇最大殃的基紋于In右te厚rn愈et的用愉于分眨子生中物學塔研究乘的生隊物醫(yī)款學研己究中能心2.皇E故MB丹L核酸貼序列則數(shù)據(jù)腿庫19癥82年創(chuàng)栽建，涼由歐洲積生物程信息誰學研善究所(E么ur鋸op澇ea侵nBi酒oi慢nf悠or幟ma翠ti鄉(xiāng)豐esIn嫌st乏it種ut傘e,胳E傘BI類)管理銹維護優(yōu)。使憐用序貸列提蛇取系借統(tǒng)(S需RS蟲)進行綿查詢浪檢索染，利由用基船于網(wǎng)區(qū)絡的WE榜BI旨N工具渣，或練利用Se遍qu胸in軟件劫向EM后BL核酸睛序列蘇數(shù)據(jù)尋庫提海交序悔列。EM縣BL網(wǎng)址聲：ht邁tp現(xiàn):/冠//SR蕉S的網(wǎng)貝址：ht雀tp破:/丑//WE棗BI木N網(wǎng)址貴：/Se瞇qu秩in網(wǎng)址尺：19摸86年創(chuàng)皂建，由日代本國鞭家遺串傳學脊研究邪所（DN區(qū)A款Da磁ta符B西an押k梢of飄J煩ap宅an，DD守BJ）負責眠維護薦和管獲理。狡使用SR挖S工具連進行頑數(shù)據(jù)干檢索輪和序疤列分刪析，陰利用Se燭qu滋in軟件蚊向該政數(shù)據(jù)極庫提毫交序騾列。廳為方蛙便檢止索DD蘇BJ主頁純可進似行日鑒文和晌英文域互換拳。DD邪BJ的日支文版旅網(wǎng)址籮：/DD夸BJ的英肌文版耗網(wǎng)址累：/3.鋸D鋼DB情J數(shù)據(jù)敢?guī)靽H脾上最廟權威窮的核技酸序見列數(shù)牢據(jù)庫日本榮國立摘遺傳雁研究咐所的DD窄BJ（二妥）基羽因組鞏數(shù)據(jù)債庫GD曉B基因睜組數(shù)菌據(jù)庫(G關DB草)創(chuàng)建潔于19點90年，匙是一攜個專嘉門匯規(guī)集人類粘基因壇組數(shù)播據(jù)的數(shù)廣據(jù)庫吹，為人染類基耀因組抵計劃(H滋GP頌)保存勤和處甩理基掀因組備圖譜碰數(shù)據(jù)陳。GD成B的網(wǎng)燃址是直：ht膊tp堆:/嘗//（一淹）蛋耕白質(zhì)彩序列假數(shù)據(jù)脾庫常用踏的蛋銀白質(zhì)蒼序列鴿數(shù)據(jù)負庫有SW逼IS堤S-頭PR乓OT、PI陷R、Tr過EM位BL、Un仔iP鬧ro槍t、Ge橡nP睬ep唉t等，監(jiān)分述鍬如下所。1．SW街IS漏S-陡PR草OTSW饒IS勿S-室PR嬸OT數(shù)據(jù)刃庫提雷供蛋肉白質(zhì)農(nóng)序列避查詢疫及相盛似蛋展白質(zhì)粗序列隊搜索股等服否務。二、申蛋白搜質(zhì)數(shù)糠據(jù)庫Sw縮慧is堪s-堵Pr驚ot數(shù)據(jù)宜庫網(wǎng)觸站主沸頁SW看IS豆S-墻PR朋OT數(shù)據(jù)遇庫內(nèi)體容核心資數(shù)據(jù)么：包濟括蛋萄白質(zhì)貸序列銹、引繪用文留獻、賤分類促信息謀等。注病釋頌：包淋括結(jié)串構(gòu)域哭、功炊能位閣點、?？缒V區(qū)域紐奉、二淚硫鍵環(huán)位置隱、翻毫譯后與修飾災、與胳其它棉蛋白僑質(zhì)的屑相似貴性等拼。SW聰IS域S-訪PR席OT將廣草泛收該集的借相關蠶數(shù)據(jù)魚進行賊合并核，且街與蛋露白質(zhì)悲三維瘡結(jié)構(gòu)恒數(shù)據(jù)認庫（PD怖B）等漿其他興數(shù)據(jù)特庫交鍵互索鞋引。通過SW跪IS占S-謠PR禮OT數(shù)據(jù)摩庫可僵以得喜到某吧蛋白常質(zhì)的越序列淘，再央通過臺交互見引用物從PD躺B數(shù)據(jù)內(nèi)庫得損到其贏結(jié)構(gòu)拴。SW換IS籍S-闖PR著OT數(shù)據(jù)僅由數(shù)棋據(jù)行竹排列預組成宵，數(shù)綱據(jù)格嘴式與EM櫻BL數(shù)據(jù)仙庫數(shù)它據(jù)格禍式基東本相罰同。2.駐P沾IRPI籮R的子鐘數(shù)據(jù)貸庫：蛋白現(xiàn)質(zhì)序拔列數(shù)片據(jù)庫固（PI凡R-優(yōu)PS向D）蛋白做質(zhì)分斥類數(shù)造據(jù)庫沖（iP手ro鎮(zhèn)Cl虧as窮s）非冗歌余的誘蛋白辮質(zhì)參禾考資曲料數(shù)暖據(jù)庫?。≒I耽R-慌NR船EF）PI毫R數(shù)據(jù)拍庫按帖照數(shù)呆據(jù)性蠅質(zhì)和刃注釋豬層次磁分四接個部宏分：PI拖R1序列日已經(jīng)場驗證壞，注槳釋最倚為詳強盡；PI癢R2為尚卻未確襯定的秧冗余顏序列村；PI撈R3序列盆既未舒檢驗喂，也歇未注若釋；PI缺R4序列湖來自瓣其它執(zhí)渠道同，既攀未驗晴證，把也無痕注釋嘴。美國尋國家滋生物艷醫(yī)學室研究呆基金奔會與滲國際稍蛋白例質(zhì)信按息中嘆心（PI托R-纏In儀te緩rn煉at源io趴na屯l）共響同維盯護。PI翁R是第袋一個呈蛋白飯質(zhì)分毫類和盈功能蘿注釋標數(shù)據(jù)悔庫PI楚R作用熟：提供貫基于贏文本李的交義互式凈檢索錫、序超列相以似性逼搜煌索以騰及結(jié)流合序慮列相靈似性衡、注介釋信四息和伸蛋白鋤質(zhì)家腎族信故息的墾高級盲檢索堂。PI爛R網(wǎng)址師：ht辰tp蜜:/頭//3.遭Tr佳EM河BL是一塘個經(jīng)類計算租機注葡釋的痛蛋白受質(zhì)數(shù)斜據(jù)庫甚，采教用SW顧IS鋒S-坊PR愿OT數(shù)據(jù)捏庫格拿式。主要刺包含振從EM慰BL鉛/Ge合nb蜜an轎k/D楊DB搬J三大露核酸直數(shù)據(jù)共庫中獻根據(jù)娃編碼浪序列床翻譯辱的、還尚未未集成送到SW拔IS鑒S-鍋PR鉛OT數(shù)據(jù)再庫中扔的蛋掌白質(zhì)財序列贏。Tr趁EM憲BL為SW賴IS滅S-揭PR暗OT數(shù)據(jù)獸庫及牽時提噴供補零充。Tr袍EM絮BL網(wǎng)址壯：ht教tp回:/搜//4.爪U宗ni族Pr濾otUn范iP嫩ro筒t將SW督IS勵S-價PR組OT、PI嶄R、Tr舅EM司BL三個扯數(shù)據(jù)丹庫合殿并。稈通過心文本禾檢索厘、序鄰列相傅似檢宋索以頭及Un久iP描ro戲tFt星p網(wǎng)站浸可獲梨得蛋局白質(zhì)掌序列勇。UniProt網(wǎng)站主頁Un掩iP俊ro戲t包含Un雜iP露ro赤tK場B、Un混iR霸ef和Un否iP砌ar撇c3個部丈分：（1）Un套iP區(qū)ro宣tK達B數(shù)據(jù)政庫（Un剛iP鄭ro墊tKn呼ow箏le抖dg紀eb亡as曲e）：何蛋白脖質(zhì)序但列、怖功能粗、分淹類、疾交叉諷引用桂等信獸息存狠取中城心；（2）Un瀉iR策ef數(shù)據(jù)亂庫（Un屋iP妄ro仔tRe聲fe糕re繼nc卷e牛Cl誦us稱te龜rs）：聚為提難高檢摸索的刷速度炎，將朵緊密推相關劃的蛋蘿白質(zhì)藏序列殖合并鏡到同爐一條枕記錄酬中。顏目前攝，根謠據(jù)序鍬列相乳似程著度可堡將Un交iR伴ef數(shù)據(jù)星庫分悶為Un六iR巨ef絡10劣0、Un至iR癢ef昆90和Un彎iR難ef番50牛3個子猜庫（3）Un泰iP末ar圣c（Un罪iP蒜ro咐tAr痛ch衫iv萌e）：啞儲存泊大量栗蛋白兼質(zhì)研呈究的糠歷史桿信息朋。Un膊iP它ro市t網(wǎng)址閣：ht食tp賢:/賭/5.碼G紛en稠Pe協(xié)pt數(shù)據(jù)糊庫Ge引nP恢ep帆t數(shù)據(jù)偽庫特墨點由Ge藝ne蜘ba富nk數(shù)據(jù)丙庫的全核酸訪序列港經(jīng)翻漫譯后折產(chǎn)生孤。Ge訴nP尸ep榆t數(shù)據(jù)放量大黃，隨尋核酸照數(shù)據(jù)破庫的駛更新傘而更吩新，茅但未縫經(jīng)實下驗證夢實，拾也未浸有詳茫細注產(chǎn)釋。（二戒）蛋客白質(zhì)艱序列良二次拖數(shù)據(jù)錄庫1.遮PR晉OS譜IT辛EPR迎OS棚IT盾E是蛋牙白質(zhì)閑家族勤保守隆區(qū)域娘和功叫能位卵點數(shù)箭據(jù)庫骨，也廣是第痛一個岸蛋白斬質(zhì)序挑列二嶄次數(shù)堵?lián)旎?，收錄塔蛋白衛(wèi)質(zhì)家持族中蜻同源倚序列擠多重降比對傳所確腸定的返保守略性區(qū)魂域：如粱酶活知性位搖點、搭配體慈結(jié)合鑄位點雞、金借屬離疫子結(jié)云合位耗點、爭其它坐蛋白樹質(zhì)結(jié)萄合位哪點等婦已知席具有俊重要割生物俯學功飄能蛋晨白質(zhì)嘴位點孕和序救列模治式。PR斬OS叢IT紫E數(shù)據(jù)據(jù)庫組過成包含Pr蠅os手it求e（數(shù)哀據(jù)文洞件）雷和Pr葡os仗it迷eD爽oc（說隔明文攝件）疼兩個僵文件右數(shù)據(jù)崇庫。PR何OS團IT閣E數(shù)據(jù)牧庫主公頁ht民tp鉛:/抬//PR核OS劈燕IT猜E數(shù)據(jù)輪庫作備用：可螺確定景一段采新蛋記白質(zhì)諒序列賣中包耐含的形功能蓮位點愛以及己其歸城屬的末蛋白蜜質(zhì)家惡族。PR彼OS忍IT衛(wèi)E的網(wǎng)變址：ht駕tp括:/圍//或ht巨tp愁:/貞//PR墓OS盼IT返E的中致國鏡國像網(wǎng)截址是：ht耕tp攏:/雜//2.狂PR繩IN健TSPR真IN洪TS蛋白擇質(zhì)指拘紋圖脾譜數(shù)斧據(jù)庫將多鬼個保術守的始序列頭模式斥作為序識別裙蛋白撿質(zhì)家悔族的腐特征，與PR腹OS脊IT押E數(shù)據(jù)帖庫的調(diào)單個脅序列握模式豈相比陸，PR膛IN斬TS具有如更好業(yè)的識拘別率細。PR簡IN蛋TS網(wǎng)址萄：ht勵tp寧:/適//3.白BL胖OC陜KS序列悼模塊枕（bl許oc念k）：是通汪過序魯列比渠對得逃到的玻若干期蛋白獻質(zhì)序痰列中具有番較高助相似搜性的育序列籠片段。BL交OC佳KS由通訓過自偷動檢包測PR磚OS色IT拋E數(shù)據(jù)修庫和PR運IN粱TS蛋白丘質(zhì)指宗紋圖青譜數(shù)沃據(jù)庫中蛋箏白質(zhì)吧家族忌高度渠保守沾區(qū)域塊產(chǎn)生研的序立列模襲塊組糠成。BL硬OC禾KS的網(wǎng)肥址：ht帖tp氧:/的//（三慨）蛋累白結(jié)咐構(gòu)數(shù)粘據(jù)庫1.委PD腹BPD跑B(涉Pr吼ot衰ei共nDa改ta何B藥an偶k）蛋爺白質(zhì)錦結(jié)構(gòu)尤數(shù)據(jù)梢?guī)焓请x國際吉上最完潔整的蛋白劣質(zhì)、畢核酸厲、糖苦類、溫蛋白耳質(zhì)-核酸億復合菠物及并病毒閘等生物鬼大分氏子三蠶維結(jié)塘構(gòu)數(shù)疤據(jù)庫飲。PD壓B數(shù)據(jù)碎庫主彼頁ht習tp維:/嗽/PD誼B數(shù)據(jù)礙庫作勉用提供物序列枯詳細方信息千、原弟子坐弊標、屈三維蘇結(jié)構(gòu)唇、交均叉檢璃索等堪與結(jié)矛構(gòu)相糞關的漠信息眉。2.昌M狀MD究B(M雕ol免ec抗ul是ar仇M鬼od密el無in氣g殘Da撇ta釀ba刪se齒)是En鋸tr字ez的組蠢成部核分。只收超錄通晴過X射線甲晶體盾衍射地和核飲磁共篇振實利驗測紛定的董生物耕大分碎子結(jié)掩構(gòu)數(shù)私據(jù)。增加譜了附尊加信荷息如:大分暢子的喇生物姥學功收能及塞產(chǎn)生芒機制民、分騾子進故化歷棕史、夢生物錯大分詞子之含間關可系等岸。具有衰生物供大分壓子三瞇維結(jié)舌構(gòu)模貢型展假示、仰結(jié)構(gòu)遞分析疤和結(jié)策構(gòu)比黃較等松功能（四粗）蛋鞋白質(zhì)鏡結(jié)構(gòu)遣二次顯數(shù)據(jù)蛛庫1.蹄DS恥SP困(備Da撞ta氧ba惑se里o答f灶Se全co貞nd矩ar盾y塔St糧ru沃ct混ur蜓e最of皇P藍ro而te嘉in）是一慕個二枕級結(jié)掙構(gòu)推搞導數(shù)補據(jù)庫喊，用盜于研府究蛋殺白質(zhì)景序列抖與蛋犧白質(zhì)巾結(jié)構(gòu)屬的關邪系。針對PD欲B數(shù)據(jù)業(yè)庫中婚蛋白債質(zhì)的戒原子裁坐標蛙，計娃算其稿各個土氨基遍酸殘叨基中覽氫鍵搜、二銜面角糟、二饞級結(jié)鐵構(gòu)類必型等謀二級勁結(jié)構(gòu)個構(gòu)象蹈參數(shù)技，從吉而根物據(jù)三共維結(jié)府構(gòu)推全導出瓜其對淹應的擊二級陷結(jié)構(gòu)思。2.揮HS效SP猜(濁Ho井mo嗓lo籃gy組-D矛er賠iv序ed茶S杰ec喊on靜da需ry冤S虎tr擔uc交tu懼re菊o們f輔Pr莊ot昂ei撲n)是一晨個蛋澆白質(zhì)既同源悼序列敞比對漂數(shù)據(jù)準庫，觀將相折似序常列的推蛋白罩質(zhì)聚倍集成垃結(jié)構(gòu)查同源集的家丑族，嬌并隱烈含二煌級結(jié)輩構(gòu)和氧空間休結(jié)構(gòu)震信息吊。HS欠SP用于煉分析共蛋白見質(zhì)保弊守區(qū)客域、筑確定膀序列惹模式藏及蛋艘白的豎折疊階、進番化關漸系、舌分子貴設計妻等研爪究。HS齊SP的網(wǎng)項址是豪：/（五水）蛋括白質(zhì)越結(jié)構(gòu)基分類哨數(shù)據(jù)蹦庫1.曬SC劣OP怖(具St差ru存ct仁ur酬al效C首