第二章 生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)及其檢索

生物信息學(xué)Bioinformatics第二章生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)及其檢索王文棟第一節(jié)生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介Chapter2一、什么是數(shù)據(jù)庫(kù)？數(shù)據(jù)庫(kù)（database）是一類(lèi)用于存儲(chǔ)和管理數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)文檔，是統(tǒng)一管理的相關(guān)數(shù)據(jù)的集合，其儲(chǔ)存形式有利于數(shù)據(jù)信息的檢索與調(diào)用。二、生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)在生物信息學(xué)者們的努力下，人類(lèi)基因組序列數(shù)據(jù)連同其它多種模式生物的序列數(shù)據(jù)及各自相應(yīng)的基因結(jié)構(gòu)與功能信息皆可供眾多生物學(xué)家們免費(fèi)接入與使用。humanArabidopsisThermotogamaritimaEscherichiacoliBuchnerasp.APSRickettsiaprowazekiiUreaplasmaurealyticumBacillussubtilisDrosophilamelanogasterThermoplasmaacidophilumPlasmodiumfalciparumHelicobacterpylorimouseCaenorhabitiselegansratBorreliaburgorferiBorreliaburgorferiAquifexaeolicusNeisseriameningitidisZ2491Mycobacteriumtuberculosis模式生物模式生物基因組計(jì)劃模式生物基因組計(jì)劃酵母、線蟲(chóng)、果蠅、細(xì)菌、擬南芥等共約50多種已完成，70余種正在進(jìn)行。目前總量已達(dá)60億堿基對(duì)！virusesplasmidsbacteriafungiplantsalgaeinsectsmollusksreptilesbirdsmammalsGenomesizesinnucleotidepairs(base-pairs)10410810510610710111010109bonyfishamphibians生物著學(xué)數(shù)赴據(jù)庫(kù)撇的分漏類(lèi)根據(jù)憑數(shù)據(jù)膜存放閉類(lèi)型排：序列（三疊維）丸結(jié)構(gòu)文獻(xiàn)序列銀特征基因些組圖婦譜表達(dá)嘴譜。。血。根據(jù)奪數(shù)據(jù)痰存儲(chǔ)蹈的具患體內(nèi)伍容：一級(jí)崗數(shù)據(jù)餅庫(kù)二級(jí)堡數(shù)據(jù)蘇庫(kù)專(zhuān)用移數(shù)據(jù)呆庫(kù)（一妄）一振級(jí)數(shù)乖據(jù)庫(kù)軟和二右級(jí)數(shù)雕據(jù)庫(kù)一級(jí)策數(shù)據(jù)壟庫(kù)（Pr魔im框ar湯y僻da頭ta育ba遭se）：庫(kù)聾中的知主要報(bào)內(nèi)容諒來(lái)源侵于實(shí)毅驗(yàn)室蒙操作風(fēng)所得散到的原始倚數(shù)據(jù)（例至如：猴測(cè)序修得到討的序役列、X射線廟晶體襖衍射侮所得孕到的乘三維腫結(jié)構(gòu)氏數(shù)據(jù)賄等）斗，也睜包含期一些基本市的說(shuō)泊明（序抬列所乳屬的重物種蛾、類(lèi)基型、振序列陣發(fā)表倚的文唐獻(xiàn)出侵處等蚊）。槳核酸且序列疤數(shù)據(jù)進(jìn)庫(kù)Ge鏈nB成an米k,真E滑MB羅L,現(xiàn)D債DB沈J及蛋喪白結(jié)粒構(gòu)數(shù)佳據(jù)庫(kù)PD券B就是艙典型毛的一革級(jí)數(shù)若據(jù)庫(kù)鍬。二級(jí)露數(shù)據(jù)歌庫(kù)（Se釘co粗nd親ar單y麗da推ta歪ba開(kāi)se）：在所一級(jí)思數(shù)據(jù)脾庫(kù)的歸信息鴉基礎(chǔ)幫上進(jìn)蓮行計(jì)運(yùn)算機(jī)傘加工到處理紛并增岸加了事許多罪的人箏為注脖釋而戶構(gòu)成灣的（五例如河：NC沙BI的Re搞fS賢eq數(shù)據(jù)閥庫(kù)等莫）。ATTGACTAPrimaryvs.SecondaryDatabasesACGTGCTTGACACGTGAATTGACTATATAGCCGACGTGCACGTGCACGTGCTTGACATTGACATTGACACGTGACGTGACGTGAATTGACTAATTGACTAATTGACTAATTGACTATATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGGenBankTATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGATGACATTGAGAATTATTCCGAGAATTCCGAGAATTATTCCGAGAATTCCSequencingCentersGAGAATTCCGAGAATTCCUniGeneRefSeqGenomeAssemblyLabsCuratorsAlgorithmsTATAGCCGAGCTCCGATACCGATGACAA（二城）如燙何查春找與雅研究岡相關(guān)踏的生根物學(xué)軋資源1利用腥公共訴搜索鏡引擎2了解朵重要幣的生鍛物信銷(xiāo)息學(xué)地門(mén)戶預(yù)站點(diǎn)3利用Nu僑cl還ei魚(yú)c雙Ac緩id委R創(chuàng)es盛ea醫(yī)rc蔽h雜志負(fù)每年斬的數(shù)店據(jù)庫(kù)似專(zhuān)輯密、網(wǎng)惑絡(luò)服吉?jiǎng)?wù)器塑專(zhuān)輯撓。第二誼節(jié)常用響數(shù)據(jù)過(guò)庫(kù)Chapter2常用孝數(shù)據(jù)肉庫(kù)類(lèi)型名稱(chēng)網(wǎng)址核酸序列一次數(shù)據(jù)庫(kù)Genebank/Genbank/EMBLhttp://www.ebi.ac.uk/embl/DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome.html.ja/基因組一次數(shù)據(jù)庫(kù)GDB/蛋白質(zhì)序列一次數(shù)據(jù)庫(kù)SWISS-PROT/sprot/PIR/TrEMBLhttp://www.ebi.ac.uk/trembl/UniProt/index.shtml/MIPShttp://mips.gsf.de/GenPept/pub/genpept/NRL-3D/general/software/packages/nrl_3d/nrl_3d.html/復(fù)合數(shù)據(jù)庫(kù)NRDBhttp://www.nrdb.co.uk/OWLhttp://www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/OWL/SWISS-PROT＋TrEMBLhttp://www.ebi.ac.uk/clustr/

二次數(shù)據(jù)庫(kù)PROSITE/prosite/PRINTShttp://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/BLOCKS/Pfamhttp://pfam.sanger.ac.uk/IDENTIFY/identify/COGs/COG/ProDomhttp://www.toulouse.inra.fr/prodom.html/結(jié)構(gòu)一次數(shù)據(jù)庫(kù)PDB/pdb/home/home.doMMDB/Structure/MMDB/mmdb.shtml/

二次數(shù)據(jù)庫(kù)DSSPhttp://www.sander.embl-heidelberg.de/dssp/HSSPhttp://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/FSSPhttp://www.ebi.ac.uk/dali/fssp/PSdb/~geigel/PSdb/PSdb.html/

結(jié)構(gòu)分類(lèi)SCOPhttp://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/CATH/latest/index.html/PDBsumhttp://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/

分類(lèi)二次數(shù)據(jù)庫(kù)ProtoMap蛋白質(zhì)組

蛋白質(zhì)組

氨基酸索引AAindexhttp://www.genome.ad.jp/dbget/蛋白質(zhì)間功能關(guān)系Predictome/蛋白質(zhì)組分析ProteomeAnalysishttp://www.ebi.ac.uk/integr8/EBI-Integr8-HomePage.do/二維凝膠電泳GELBANK/SWISS-2DPAGE/ch2d/酵母蛋白質(zhì)定位YPL.dbhttp://ypl.tugraz.at/模式生物蛋白質(zhì)組BioknowledgeLibrnary/pages/index.php?id=home/一、抱核酸問(wèn)數(shù)據(jù)肯庫(kù)（一秀）核宵酸序雪列數(shù)法據(jù)庫(kù)目前泊，國(guó)幸際上家主要梁有Ge查nb梅an野k、EM么BL、DD漲BJ三大絕核酸祥序列療數(shù)據(jù)脫庫(kù)，箱三大域核酸蒸數(shù)據(jù)熔庫(kù)之要間每夾天相愧互交慢換數(shù)設(shè)據(jù)，稼保持悠數(shù)據(jù)淋同步榨更新散。Ge聞nB愁an應(yīng)kPu位bl貸icfr姓eeAv口ai軌la侄bl肯evi海aIn蠢te據(jù)rn怎etEM哭BL箏D膊at尖a看Li獨(dú)br隆ar摸yDD椒BJ籍(D痛NA效D徒at冊(cè)a否Ba務(wù)nk衛(wèi)o慎f暖Ja六pa雄n)三大怨基因膊數(shù)據(jù)走庫(kù)之衛(wèi)間的暫關(guān)系Ge嫌nb擦an厲k庫(kù)包誦含了筆所有虧已知耳的核低酸序縱列和倦蛋白濕質(zhì)序括列，秘以及涉與它邁們相她關(guān)的鋼文獻(xiàn)叫著作判和生微物學(xué)悔注釋盜。它賴(lài)是由僅美國(guó)左國(guó)立殺生物錘技術(shù)售信息赴中心(N刑at爐io奧na摘l烘Ce堵nt畢er頌o究f舒Bi咽ot芳ec膚hn鑄ol訴og僵y圣In描fo無(wú)rm體at獄io爹n，NC精BI牲)建立艙和維擦護(hù)的鴿。Ge桐nb哪an宰k網(wǎng)址片：ht尖tp瞇:/更//Ge住nb席an南kGe牌nb熱an指k數(shù)據(jù)狡直接年來(lái)源測(cè)序陡工作頭者提歌交的鼻序列壩、測(cè)富序中喝心提令交的宿大量ES命T序列震、其踢它測(cè)染序數(shù)咸據(jù)以誓及與伙其它帝數(shù)據(jù)疤機(jī)構(gòu)樸協(xié)作投交換施的數(shù)償據(jù)。Ge忽nb室an榆k內(nèi)容所有肢已知航的核拆酸序怎列和嚼蛋白刺質(zhì)序賺列，撕還包避括對(duì)屈序列餡的簡(jiǎn)隙要描奔述、州科學(xué)垂命名糾、物偷種分須類(lèi)名會(huì)稱(chēng)、樸參考伴文獻(xiàn)嘩、序挑列特牽征表究等輔嬌助信器息。Ge助nb毒an檢k對(duì)數(shù)度據(jù)記砍錄的煮處理劃分噸為檔細(xì)菌凱類(lèi)、沖病毒聯(lián)類(lèi)、樣靈長(zhǎng)碎類(lèi)、慨嚙齒鴉類(lèi)，ES裝T數(shù)據(jù)認(rèn)、基鼓因組油測(cè)序捏數(shù)據(jù)殖、大習(xí)規(guī)模洗基因肌組序胖列數(shù)胸?fù)?jù)等16類(lèi)。ht儲(chǔ)tp推:/繪//Ge站nb爆an鐮k由美葵國(guó)國(guó)零立生宜物技蛋術(shù)信爐息中宏心(N躁CB臟I)建立賽維護(hù)岡，其柿主頁(yè)握如圖接所示英。NC適BI全稱(chēng)Nat沙io反na菠lCen性te繭r曾ofBio稍te爽ch多no把lo計(jì)gyInf滾or姓ma目ti曬on（美永國(guó)國(guó)擺家生打物技黃術(shù)信隨息中荷心）NC打BI是美判國(guó)國(guó)液立衛(wèi)罪生研努究院濫（NI睬H）的留美國(guó)恐國(guó)立緣瑞醫(yī)學(xué)崇圖書(shū)血館（NL朵M）的脆一個(gè)封分支榴。19字88年成弓立。網(wǎng)址相：ht限tp破:/侵//NC分BI簡(jiǎn)介當(dāng)今不世界澇最大殃的基紋于In右te厚rn愈et的用愉于分眨子生中物學(xué)塔研究乘的生隊(duì)物醫(yī)款學(xué)研己究中能心2.皇E故MB丹L核酸貼序列則數(shù)據(jù)腿庫(kù)19癥82年創(chuàng)栽建，涼由歐洲積生物程信息誰(shuí)學(xué)研善究所(E么ur鋸op澇ea侵nBi酒oi慢nf悠or幟ma翠ti鄉(xiāng)豐esIn嫌st乏it種ut傘e,胳E傘BI類(lèi))管理銹維護(hù)優(yōu)。使憐用序貸列提蛇取系借統(tǒng)(S需RS蟲(chóng))進(jìn)行綿查詢浪檢索染，利由用基船于網(wǎng)區(qū)絡(luò)的WE榜BI旨N工具渣，或練利用Se遍qu胸in軟件劫向EM后BL核酸睛序列蘇數(shù)據(jù)尋庫(kù)提海交序悔列。EM縣BL網(wǎng)址聲：ht邁tp現(xiàn):/冠//SR蕉S的網(wǎng)貝址：ht雀tp破:/丑//WE棗BI木N網(wǎng)址貴：/Se瞇qu秩in網(wǎng)址尺：19摸86年創(chuàng)皂建，由日代本國(guó)鞭家遺串傳學(xué)脊研究邪所（DN區(qū)A款Da磁ta符B西an押k梢of飄J煩ap宅an，DD守BJ）負(fù)責(zé)眠維護(hù)薦和管獲理。狡使用SR挖S工具連進(jìn)行頑數(shù)據(jù)干檢索輪和序疤列分刪析，陰利用Se燭qu滋in軟件蚊向該政數(shù)據(jù)極庫(kù)提毫交序騾列。廳為方蛙便檢止索DD蘇BJ主頁(yè)純可進(jìn)似行日鑒文和晌英文域互換拳。DD邪BJ的日支文版旅網(wǎng)址籮：/DD夸BJ的英肌文版耗網(wǎng)址累：/3.鋸D鋼DB情J數(shù)據(jù)敢?guī)靽?guó)際脾上最廟權(quán)威窮的核技酸序見(jiàn)列數(shù)牢據(jù)庫(kù)日本榮國(guó)立摘遺傳雁研究咐所的DD窄BJ（二妥）基羽因組鞏數(shù)據(jù)債庫(kù)GD曉B基因睜組數(shù)菌據(jù)庫(kù)(G關(guān)DB草)創(chuàng)建潔于19點(diǎn)90年，匙是一攜個(gè)專(zhuān)嘉門(mén)匯規(guī)集人類(lèi)粘基因壇組數(shù)播據(jù)的數(shù)廣據(jù)庫(kù)吹，為人染類(lèi)基耀因組抵計(jì)劃(H滋GP頌)保存勤和處甩理基掀因組備圖譜碰數(shù)據(jù)陳。GD成B的網(wǎng)燃址是直：ht膊tp堆:/嘗//（一淹）蛋耕白質(zhì)彩序列假數(shù)據(jù)脾庫(kù)常用踏的蛋銀白質(zhì)蒼序列鴿數(shù)據(jù)負(fù)庫(kù)有SW逼IS堤S-頭PR乓OT、PI陷R、Tr過(guò)EM位BL、Un仔iP鬧ro槍t、Ge橡nP睬ep唉t等，監(jiān)分述鍬如下所。1．SW街IS漏S-陡PR草OTSW饒IS勿S-室PR嬸OT數(shù)據(jù)刃庫(kù)提雷供蛋肉白質(zhì)農(nóng)序列避查詢疫及相盛似蛋展白質(zhì)粗序列隊(duì)搜索股等服否務(wù)。二、申蛋白搜質(zhì)數(shù)糠據(jù)庫(kù)Sw縮慧is堪s-堵Pr驚ot數(shù)據(jù)宜庫(kù)網(wǎng)觸站主沸頁(yè)SW看IS豆S-墻PR朋OT數(shù)據(jù)遇庫(kù)內(nèi)體容核心資數(shù)據(jù)么：包濟(jì)括蛋萄白質(zhì)貸序列銹、引繪用文留獻(xiàn)、賤分類(lèi)促信息謀等。注病釋頌：包淋括結(jié)串構(gòu)域哭、功炊能位閣點(diǎn)、?？缒V區(qū)域紐奉、二淚硫鍵環(huán)位置隱、翻毫譯后與修飾災(zāi)、與胳其它棉蛋白僑質(zhì)的屑相似貴性等拼。SW聰IS域S-訪PR席OT將廣草泛收該集的借相關(guān)蠶數(shù)據(jù)魚(yú)進(jìn)行賊合并核，且街與蛋露白質(zhì)悲三維瘡結(jié)構(gòu)恒數(shù)據(jù)認(rèn)庫(kù)（PD怖B）等漿其他興數(shù)據(jù)特庫(kù)交鍵互索鞋引。通過(guò)SW跪IS占S-謠PR禮OT數(shù)據(jù)摩庫(kù)可僵以得喜到某吧蛋白常質(zhì)的越序列淘，再央通過(guò)臺(tái)交互見(jiàn)引用物從PD躺B數(shù)據(jù)內(nèi)庫(kù)得損到其贏結(jié)構(gòu)拴。SW換IS籍S-闖PR著OT數(shù)據(jù)僅由數(shù)棋據(jù)行竹排列預(yù)組成宵，數(shù)綱據(jù)格嘴式與EM櫻BL數(shù)據(jù)仙庫(kù)數(shù)它據(jù)格禍?zhǔn)交鶘|本相罰同。2.駐P沾IRPI籮R的子鐘數(shù)據(jù)貸庫(kù)：蛋白現(xiàn)質(zhì)序拔列數(shù)片據(jù)庫(kù)固（PI凡R-優(yōu)PS向D）蛋白做質(zhì)分斥類(lèi)數(shù)造據(jù)庫(kù)沖（iP手ro鎮(zhèn)Cl虧as窮s）非冗歌余的誘蛋白辮質(zhì)參禾考資曲料數(shù)暖據(jù)庫(kù)?。≒I耽R-慌NR船EF）PI毫R數(shù)據(jù)拍庫(kù)按帖照數(shù)呆據(jù)性蠅質(zhì)和刃注釋豬層次磁分四接個(gè)部宏分：PI拖R1序列日已經(jīng)場(chǎng)驗(yàn)證壞，注槳釋最倚為詳強(qiáng)盡；PI癢R2為尚卻未確襯定的秧冗余顏序列村；PI撈R3序列盆既未舒檢驗(yàn)喂，也歇未注若釋?zhuān)籔I缺R4序列湖來(lái)自瓣其它執(zhí)渠道同，既攀未驗(yàn)晴證，把也無(wú)痕注釋嘴。美國(guó)尋國(guó)家滋生物艷醫(yī)學(xué)室研究呆基金奔會(huì)與滲國(guó)際稍蛋白例質(zhì)信按息中嘆心（PI托R-纏In儀te緩rn煉at源io趴na屯l）共響同維盯護(hù)。PI翁R是第袋一個(gè)呈蛋白飯質(zhì)分毫類(lèi)和盈功能蘿注釋標(biāo)數(shù)據(jù)悔庫(kù)PI楚R作用熟：提供貫基于贏文本李的交義互式凈檢索錫、序超列相以似性逼搜煌索以騰及結(jié)流合序慮列相靈似性衡、注介釋信四息和伸蛋白鋤質(zhì)家腎族信故息的墾高級(jí)盲檢索堂。PI爛R網(wǎng)址師：ht辰tp蜜:/頭//3.遭Tr佳EM河BL是一塘個(gè)經(jīng)類(lèi)計(jì)算租機(jī)注葡釋的痛蛋白受質(zhì)數(shù)斜據(jù)庫(kù)甚，采教用SW顧IS鋒S-坊PR愿OT數(shù)據(jù)捏庫(kù)格拿式。主要刺包含振從EM慰BL鉛/Ge合nb蜜an轎k/D楊DB搬J三大露核酸直數(shù)據(jù)共庫(kù)中獻(xiàn)根據(jù)娃編碼浪序列床翻譯辱的、還尚未未集成送到SW拔IS鑒S-鍋PR鉛OT數(shù)據(jù)再庫(kù)中扔的蛋掌白質(zhì)財(cái)序列贏。Tr趁EM憲BL為SW賴(lài)IS滅S-揭PR暗OT數(shù)據(jù)獸庫(kù)及牽時(shí)提噴供補(bǔ)零充。Tr袍EM絮BL網(wǎng)址壯：ht教tp回:/搜//4.爪U宗ni族Pr濾otUn范iP嫩ro筒t將SW督IS勵(lì)S-價(jià)PR組OT、PI嶄R、Tr舅EM司BL三個(gè)扯數(shù)據(jù)丹庫(kù)合殿并。稈通過(guò)心文本禾檢索厘、序鄰列相傅似檢宋索以頭及Un久iP描ro戲tFt星p網(wǎng)站浸可獲梨得蛋局白質(zhì)掌序列勇。UniProt網(wǎng)站主頁(yè)Un掩iP俊ro戲t包含Un雜iP露ro赤tK場(chǎng)B、Un混iR霸ef和Un否iP砌ar撇c3個(gè)部丈分：（1）Un套iP區(qū)ro宣tK達(dá)B數(shù)據(jù)政庫(kù)（Un剛iP鄭ro墊tKn呼ow箏le抖dg紀(jì)eb亡as曲e）：何蛋白脖質(zhì)序但列、怖功能粗、分淹類(lèi)、疾交叉諷引用桂等信獸息存狠取中城心；（2）Un瀉iR策ef數(shù)據(jù)亂庫(kù)（Un屋iP妄ro仔tRe聲fe糕re繼nc卷e牛Cl誦us稱(chēng)te龜rs）：聚為提難高檢摸索的刷速度炎，將朵緊密推相關(guān)劃的蛋蘿白質(zhì)藏序列殖合并鏡到同爐一條枕記錄酬中。顏目前攝，根謠據(jù)序鍬列相乳似程著度可堡將Un交iR伴ef數(shù)據(jù)星庫(kù)分悶為Un六iR巨ef絡(luò)10劣0、Un至iR癢ef昆90和Un彎iR難ef番50牛3個(gè)子猜庫(kù)（3）Un泰iP末ar圣c（Un罪iP蒜ro咐tAr痛ch衫iv萌e）：?jiǎn)?chǔ)存泊大量栗蛋白兼質(zhì)研呈究的糠歷史桿信息朋。Un膊iP它ro市t網(wǎng)址閣：ht食tp賢:/賭/5.碼G紛en稠Pe協(xié)pt數(shù)據(jù)糊庫(kù)Ge引nP恢ep帆t數(shù)據(jù)偽庫(kù)特墨點(diǎn)由Ge藝ne蜘ba富nk數(shù)據(jù)丙庫(kù)的全核酸訪序列港經(jīng)翻漫譯后折產(chǎn)生孤。Ge訴nP尸ep榆t數(shù)據(jù)放量大黃，隨尋核酸照數(shù)據(jù)破庫(kù)的駛更新傘而更吩新，茅但未縫經(jīng)實(shí)下驗(yàn)證夢(mèng)實(shí)，拾也未浸有詳茫細(xì)注產(chǎn)釋。（二戒）蛋客白質(zhì)艱序列良二次拖數(shù)據(jù)錄庫(kù)1.遮PR晉OS譜IT辛EPR迎OS棚IT盾E是蛋牙白質(zhì)閑家族勤保守隆區(qū)域娘和功叫能位卵點(diǎn)數(shù)箭據(jù)庫(kù)骨，也廣是第痛一個(gè)岸蛋白斬質(zhì)序挑列二嶄次數(shù)堵?lián)?kù)化，收錄塔蛋白衛(wèi)質(zhì)家持族中蜻同源倚序列擠多重降比對(duì)傳所確腸定的返保守略性區(qū)魂域：如粱酶活知性位搖點(diǎn)、搭配體慈結(jié)合鑄位點(diǎn)雞、金借屬離疫子結(jié)云合位耗點(diǎn)、爭(zhēng)其它坐蛋白樹(shù)質(zhì)結(jié)萄合位哪點(diǎn)等婦已知席具有俊重要割生物俯學(xué)功飄能蛋晨白質(zhì)嘴位點(diǎn)孕和序救列模治式。PR斬OS叢IT紫E數(shù)據(jù)據(jù)庫(kù)組過(guò)成包含Pr蠅os手it求e（數(shù)哀據(jù)文洞件）雷和Pr葡os仗it迷eD爽oc（說(shuō)隔明文攝件）疼兩個(gè)僵文件右數(shù)據(jù)崇庫(kù)。PR何OS團(tuán)IT閣E數(shù)據(jù)牧庫(kù)主公頁(yè)ht民tp鉛:/抬//PR核OS劈燕IT猜E數(shù)據(jù)輪庫(kù)作備用：可螺確定景一段采新蛋記白質(zhì)諒序列賣(mài)中包耐含的形功能蓮位點(diǎn)愛(ài)以及己其歸城屬的末蛋白蜜質(zhì)家惡族。PR彼OS忍IT衛(wèi)E的網(wǎng)變址：ht駕tp括:/圍//或ht巨tp愁:/貞//PR墓OS盼IT返E的中致國(guó)鏡國(guó)像網(wǎng)截址是：ht耕tp攏:/雜//2.狂PR繩IN健TSPR真IN洪T(mén)S蛋白擇質(zhì)指拘紋圖脾譜數(shù)斧據(jù)庫(kù)將多鬼個(gè)保術(shù)守的始序列頭模式斥作為序識(shí)別裙蛋白撿質(zhì)家悔族的腐特征，與PR腹OS脊IT押E數(shù)據(jù)帖庫(kù)的調(diào)單個(gè)脅序列握模式豈相比陸，PR膛IN斬TS具有如更好業(yè)的識(shí)拘別率細(xì)。PR簡(jiǎn)IN蛋TS網(wǎng)址萄：ht勵(lì)tp寧:/適//3.白BL胖OC陜KS序列悼模塊枕（bl許oc念k）：是通汪過(guò)序魯列比渠對(duì)得逃到的玻若干期蛋白獻(xiàn)質(zhì)序痰列中具有番較高助相似搜性的育序列籠片段。BL交OC佳KS由通訓(xùn)過(guò)自偷動(dòng)檢包測(cè)PR磚OS色I(xiàn)T拋E數(shù)據(jù)修庫(kù)和PR運(yùn)IN粱TS蛋白丘質(zhì)指宗紋圖青譜數(shù)沃據(jù)庫(kù)中蛋箏白質(zhì)吧家族忌高度渠保守沾區(qū)域塊產(chǎn)生研的序立列模襲塊組糠成。BL硬OC禾KS的網(wǎng)肥址：ht帖tp氧:/的//（三慨）蛋累白結(jié)咐構(gòu)數(shù)粘據(jù)庫(kù)1.委PD腹BPD跑B(涉Pr吼ot衰ei共nDa改ta何B藥an偶k）蛋爺白質(zhì)錦結(jié)構(gòu)尤數(shù)據(jù)梢?guī)焓请x國(guó)際吉上最完潔整的蛋白劣質(zhì)、畢核酸厲、糖苦類(lèi)、溫蛋白耳質(zhì)-核酸億復(fù)合菠物及并病毒閘等生物鬼大分氏子三蠶維結(jié)塘構(gòu)數(shù)疤據(jù)庫(kù)飲。PD壓B數(shù)據(jù)碎庫(kù)主彼頁(yè)ht習(xí)tp維:/嗽/PD誼B數(shù)據(jù)礙庫(kù)作勉用提供物序列枯詳細(xì)方信息千、原弟子坐弊標(biāo)、屈三維蘇結(jié)構(gòu)唇、交均叉檢璃索等堪與結(jié)矛構(gòu)相糞關(guān)的漠信息眉。2.昌M狀MD究B(M雕ol免ec抗ul是ar仇M鬼od密el無(wú)in氣g殘Da撇ta釀ba刪se齒)是En鋸tr字ez的組蠢成部核分。只收超錄通晴過(guò)X射線甲晶體盾衍射地和核飲磁共篇振實(shí)利驗(yàn)測(cè)紛定的董生物耕大分碎子結(jié)掩構(gòu)數(shù)私據(jù)。增加譜了附尊加信荷息如:大分暢子的喇生物姥學(xué)功收能及塞產(chǎn)生芒機(jī)制民、分騾子進(jìn)故化歷棕史、夢(mèng)生物錯(cuò)大分詞子之含間關(guān)可系等岸。具有衰生物供大分壓子三瞇維結(jié)舌構(gòu)模貢型展假示、仰結(jié)構(gòu)遞分析疤和結(jié)策構(gòu)比黃較等松功能（四粗）蛋鞋白質(zhì)鏡結(jié)構(gòu)遣二次顯數(shù)據(jù)蛛庫(kù)1.蹄DS恥SP困(備Da撞ta氧ba惑se里o答f灶Se全co貞nd矩ar盾y塔St糧ru沃ct混ur蜓e最of皇P藍(lán)ro而te嘉in）是一慕個(gè)二枕級(jí)結(jié)掙構(gòu)推搞導(dǎo)數(shù)補(bǔ)據(jù)庫(kù)喊，用盜于研府究蛋殺白質(zhì)景序列抖與蛋犧白質(zhì)巾結(jié)構(gòu)屬的關(guān)邪系。針對(duì)PD欲B數(shù)據(jù)業(yè)庫(kù)中婚蛋白債質(zhì)的戒原子裁坐標(biāo)蛙，計(jì)娃算其稿各個(gè)土氨基遍酸殘叨基中覽氫鍵搜、二銜面角糟、二饞級(jí)結(jié)鐵構(gòu)類(lèi)必型等謀二級(jí)勁結(jié)構(gòu)個(gè)構(gòu)象蹈參數(shù)技，從吉而根物據(jù)三共維結(jié)府構(gòu)推全導(dǎo)出瓜其對(duì)淹應(yīng)的擊二級(jí)陷結(jié)構(gòu)思。2.揮HS效SP猜(濁Ho井mo嗓lo籃gy組-D矛er賠iv序ed茶S杰ec喊on靜da需ry冤S虎tr擔(dān)uc交tu懼re菊o們f輔Pr莊ot昂ei撲n)是一晨個(gè)蛋澆白質(zhì)既同源悼序列敞比對(duì)漂數(shù)據(jù)準(zhǔn)庫(kù)，觀將相折似序常列的推蛋白罩質(zhì)聚倍集成垃結(jié)構(gòu)查同源集的家丑族，嬌并隱烈含二煌級(jí)結(jié)輩構(gòu)和氧空間休結(jié)構(gòu)震信息吊。HS欠SP用于煉分析共蛋白見(jiàn)質(zhì)保弊守區(qū)客域、筑確定膀序列惹模式藏及蛋艘白的豎折疊階、進(jìn)番化關(guān)漸系、舌分子貴設(shè)計(jì)妻等研爪究。HS齊SP的網(wǎng)項(xiàng)址是豪：/（五水）蛋括白質(zhì)越結(jié)構(gòu)基分類(lèi)哨數(shù)據(jù)蹦庫(kù)1.曬SC劣OP怖(具St差ru存ct仁ur酬al效C首