21個常用公共醫(yī)學數據庫

實用文檔利用好這21個公共醫(yī)學數據庫，發(fā)論文事半功倍整理/寶晟(廣州)生物信息技術有限公司臨床大數據發(fā)現新問題，也是一種不錯的研究手段。以下這21個醫(yī)學公共數據庫，無疑是一個又一個的礦場，你都認識了嗎?BioLINCC是美國國家心臟，肺和血液研究所(NHLBI)于2008年建立的生物樣本和數據存儲信息協調中心，其中存儲著NHLBI開發(fā)和維護的血液和心血管相關的臨床研究數據和BioLINCC可為研究者提供NHLBI收集的來自110余家研究機構產生的臨床、流行病學研究數據和生物樣本。一項來自2015年耶魯大學醫(yī)學院附屬醫(yī)院的研究表明，超過90%的用戶對BioLINCC分享給他們的數據表示滿意，適合利用這些數據開展他們的臨床研究。有半數用戶已經利用數據完成其研究，并且其中67%的用戶已經發(fā)表文章，文章數量超過1000科研專家提供的高精度數據和募集的全基因組數據，可對應不同的癌癥類型搜索相關的基因NationalCancerDatabaseN醫(yī)師學會和美國癌癥學會聯合組建的，它是一個基于醫(yī)院登記數據的臨床腫瘤學源于超過1500多個癌癥委員會認證的機構。NCDB數據庫可用于分析和跟蹤惡性腫瘤患者的治療過程和結局。數據庫代表了全美超過70%的新診斷癌癥病例和超過三千四百萬個歷史記錄。美國癌癥基因組圖譜(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)是由美國國家癌癥研究所ResearchInstitute,NHGRI)合作開發(fā)的，目前它包含了33種癌癥的數據，每種癌癥都涉及關鍵基因組變化的全面、多維的圖譜。TCGA數據庫儲存有2.5PB的數據，對超過1.1萬多名患者的腫瘤組織及配對正常組織進行描述，目前已被廣泛應用于研究領域。這些數據已為獨立研究人員進行的癌癥研究或者TCGA研究網絡出版物做出了超過1千多項的貢獻。在TCGA中直接下載數據的方法較為繁瑣，但是有多個網站提供TCGA數據(包括表達和臨床等)完善的整理，以下是其中整理最為完整和可靠的：/CancerBrowser:/cBioportal:/index.do類遺傳疾病或與人類遺傳疾病相關的核基因突變信息。HGMD收錄的數據包括單堿基置換(如編碼序列中的錯義突變、無義突變以及調控和剪切區(qū)域中的點突變)、微缺失增以及大的基因損傷(缺失、插入和擴增)和復雜的基因重組等。ClinVar數據庫由美國國立衛(wèi)生研究院于2013年為了生物技術信息開發(fā)而創(chuàng)建，其中收集了人類變異與疾病表型相關的信息，公開給研究者使用。Ensemb1項目始于1999年，旨在對人類基因組進行注釋，并通過網絡公開和自由地提千人基因組計劃在2008年-2015年期間運行，是第一個對大量人類基因組進行測序的項目，收錄人類變異和基因型數據，為人類遺傳變異的數據可免費提供給全球科學研究者使用。美國麻省理工下屬管理的一個公共臨床數據庫，全稱MedicalInformationMartfor該數據庫提BethIsraelDeaconessMedicalCenterICUMIMIC中所有的數據經嚴格去除身份信息處理后用數據前，需先完成網絡課程培訓和考試，獲取CITI證書。one、JournalofAppliedEcology等100多家雜志推薦作為存放數據的場所。利用Dryad數據庫，研究人員可獲取數據，研究和驗證公布的數據是否合理，或解決基因表達庫(GeneExpression0mnibus,GEO)是一個支持微陣列實驗的最小信息利用染色體組分資源建立人類染色體不平衡和表型數據庫(DatabaseofChromosomal過200家研究中心上傳的超過1萬例的案例信息。Orphanet數據庫是為所有用戶提供罕見病和罕見病藥物信息的開放門戶，目的在于提基因組變異數據庫(DatabaseofGenomicVariants,DGV)目的是提供人類染色體結構比較基因組數據庫(ComparativeToxicogenomicsDatabase,CTD)是一個強大的、公開可用的數據庫，旨在提高人們對環(huán)境暴露如何影響/蛋白質相互作用、化學疾病和基因疾病關系的相關信息。這些數據與功能和路徑數據相結20、KaplanMeierPlotterKaplanMeierPlotter是一個包含5種癌癥(乳腺癌、卵巢癌mRNA表達譜芯片公共數據庫，從中能夠獲得基因表達與疾病預后的信息。起源于2002年的科技部科學數據共享工程，2009年進入長期運行服務階段，升級為國家人口健康科學數據共享平臺(NCMI