生物信息學Bioinformatics專題培訓市公開課一等獎百校聯(lián)賽特等獎?wù)n件

生物信息學Bioinformatics1第1頁選擇“UndertakenCourses”點擊“Bioinformatics（spring）”下載“參考ppt”2第2頁bioinformation@163.com密碼:bioinformation進入以上公用郵箱下載幻燈片“ppt10-上機2”到電腦桌面3第3頁第四章DNA與蛋白質(zhì)序列分析4第4頁第一節(jié)序列比對第二節(jié)Blast應用第三節(jié)序列功效分析5第5頁Question1:1.我剛才分離一個水稻基因片段序列，大約250bp，我想初步分析一下它是什么基因，編碼什么產(chǎn)物以及是否已經(jīng)被他人克隆，應該采取什么工具和數(shù)據(jù)庫？BlastnB.BlastpC.tblastn,D.tblastx,E.blastxF.nrG.ESTH.nr/nt6第6頁Question2:

什么是HMM？怎樣進行基因結(jié)構(gòu)預測？Promoter位置在哪里?什么是TSS,為何要預測TSS?預測TSS有哪些方法?7第7頁第2節(jié)Blast應用8第8頁主要blast程序程序名查詢序列數(shù)據(jù)庫搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫中序列Blastp蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中序列Blastx核酸蛋白質(zhì)核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中序列逐一搜索。Tblastn蛋白質(zhì)核酸蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫中核酸序列翻譯后蛋白質(zhì)序列逐一比對。TBlastx核酸核酸核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫中核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列逐一進行比對。9第9頁/Blast.cgi10第10頁詳細步驟1.登陸blast主頁

/BLAST/2.依據(jù)數(shù)據(jù)類型，選擇適當程序3.填寫表單信息4.提交任務(wù)5.查看和分析結(jié)果11第11頁序列組成/分子量/等電點---初級分析酶切位點分析(載體構(gòu)建)基因結(jié)構(gòu)分析/開啟子序列分析第3節(jié)序列功效分析內(nèi)容

12第12頁Part1.初級序列分析序列組成/分子量/等電點分析13第13頁/點擊“BioXMversion2.6”點擊“運行”進行安裝14第14頁15第15頁序列組成份析16第16頁序列組成份析17第17頁序列組成份析18第18頁A/G/C/T組成，尤其是G+C含量預測（進化？探針設(shè)計？）19第19頁蛋白分子量和等電點20第20頁蛋白分子量和等電點21第21頁蛋白分子量和等電點22第22頁蛋白質(zhì)分子量/等電點預測onlineComputepI/MW/tools/pi_tool.html23第23頁Part2.

酶切位點分析

只要進行基因工程利用必須用到各種限制性內(nèi)切酶如GGATCCBamHI24第24頁25第25頁26第26頁Part3.基因結(jié)構(gòu)分析/開啟子序列分析27第27頁1）基因結(jié)構(gòu)分析:GenomicDNAcDNA28第28頁29第29頁用softberry預測基因結(jié)構(gòu)30第30頁一個例子:用softberry預測基因結(jié)構(gòu)31第31頁2)開啟子序列分析:

什么是開啟子?開啟子序列，普通在TSS之前bp，了解哪個位點是TSS，哪個是起始ATG?TSSATGTATApromoter32第32頁2)開啟子序列分析:

所以，我們必須得到TSS位置.怎樣經(jīng)過生物信息學方法確定TSS?

首先截取包含ATG之前3000bp和基因序列采取以下兩種方法1)軟件預測,如Softberry;2)搜索EST數(shù)據(jù)庫;33第33頁分析目標:2)首先找到ATG前面約3000:怎樣經(jīng)過生物信息學方法確定TSS?以AF486280為例.首先要找到包含AF486280基因組序列.34第34頁2)首先截取ATG之前3000bp序列以AF486280為例.首先要找到包含AF486280基因組序列.35第35頁36第36頁37第37頁38第38頁39第39頁40第40頁41第41頁方法一:用softberry預測.42第42頁方法二:用Fruitfly網(wǎng)站promoter預測程序預測.43第43頁44第44頁練習:(1)查找序列:AY900120(2)請用兩種方法分析該基因可能TSS?給出從TSS開始10bp序列.(提醒：首先搜索基因組數(shù)據(jù)庫，取得包含該基因第一個外顯子之前3000bp和該基因基因組序列；然后進行預測：方法1：搜索dbEST數(shù)據(jù)庫；方法2：用softberryFGENESH進行預測TSS；)(3)依據(jù)（2）結(jié)果請列出該基因開啟子序列;(4)依據(jù)（2）結(jié)果請畫出該基因基因結(jié)構(gòu)圖（包含外顯子和內(nèi)含子排列和長度）;(5)請預測AF486280基因編碼產(chǎn)物分子量和等電點(能夠采取BioXM軟件);(6)請對AF486280基因序列進行限制性酶切位點分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位點?(能夠采取BioXM軟件)(7)請分析AF486280基因編碼產(chǎn)物亞細胞定位情況;(8)請分析AF486280基因編碼產(chǎn)物功效域(domain);(9)請分析AF486280基因編碼產(chǎn)物序列中有哪些主要motif?45第45頁練習:(5)請預測AY900120基因編碼產(chǎn)物分子量和