英文醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索課件

0英文醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索1問(wèn)題的提出阿司匹林能否預(yù)防大腸癌？國(guó)內(nèi)專業(yè)文獻(xiàn)檢索結(jié)果文獻(xiàn)結(jié)論不一致很多國(guó)內(nèi)文獻(xiàn)摘譯自國(guó)外專業(yè)文獻(xiàn)24一、英文數(shù)據(jù)庫(kù)概述按專業(yè)可分為：綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)和專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)。綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)：三大索引SCI科學(xué)引文索引ISTP科技會(huì)議錄索引EI工程索引WebofScienceEngineeringVillages25一、英文數(shù)據(jù)庫(kù)概述專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)：醫(yī)學(xué)領(lǐng)域常用四大索引SCI科學(xué)引文索引(WebofScience)BA生物學(xué)文摘(BIOSISPreview)CA化學(xué)文摘(CAPlus)WebofKnowledgeSciFinderScholarIM醫(yī)學(xué)索引(Medline數(shù)據(jù)庫(kù)）PubmedDialog聯(lián)機(jī)檢索系統(tǒng)6一、英文數(shù)據(jù)庫(kù)概述英文數(shù)據(jù)庫(kù)按記錄完整性可分為文摘數(shù)據(jù)庫(kù)和全文數(shù)據(jù)庫(kù)。前面提到的英文專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)剛開(kāi)始都是文摘數(shù)據(jù)庫(kù)，但隨著信息技術(shù)的發(fā)展都開(kāi)始提供全文。新出現(xiàn)的數(shù)據(jù)庫(kù)大都提供全文。全文數(shù)據(jù)庫(kù)大都需要付費(fèi)訪問(wèn)。即使是全文數(shù)據(jù)庫(kù)，也不是庫(kù)中的每篇論文都能提供全文。8GoogleScholar查找國(guó)外專業(yè)文獻(xiàn)檢索提問(wèn)式“colorectalcanceraspirin"時(shí)間限定在“2009年以來(lái)”獲取結(jié)果16，900條結(jié)果9GoogleScholar查找國(guó)內(nèi)專業(yè)文獻(xiàn)記錄來(lái)源包括ＣＮＫＩ、維普、萬(wàn)方以及其他網(wǎng)頁(yè)信息10二、Pubmed文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)

知識(shí)精要（一）檢索指南（二）12PubmedMedline光盤(pán)Medline聯(lián)機(jī)檢索IndexMedicus1997-1983-1964-1879-1.Pubmed沿革13Medline是美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館開(kāi)發(fā)的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)。可獲取1950年以來(lái)80多個(gè)國(guó)家和地區(qū)5000多種生物醫(yī)學(xué)期刊的文摘。1997年美國(guó)政府宣布Medline數(shù)據(jù)庫(kù)免費(fèi)向全世界開(kāi)放。目前大多數(shù)收費(fèi)的檢索系統(tǒng)如WOK平臺(tái)、Dialog檢索系統(tǒng)、SciFinderScholar都可以檢索Medline。14Medline免費(fèi)檢索服務(wù)Pubmed：Medscape：Highwire：162.Pubmed可獲取資源Pubmed是美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館（NLM）所屬的國(guó)家生物技術(shù)信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI)開(kāi)發(fā)的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)。是Entrez集成檢索系統(tǒng)的重要組成部分。訪問(wèn)途徑：公共網(wǎng)：

172.Pubmed可獲取資源（1）生物醫(yī)學(xué)期刊論文線索MEDLINE：可獲取1950年以來(lái)80多個(gè)國(guó)家的5000余種生物醫(yī)學(xué)期刊中的文獻(xiàn)線索。In-processcitations：待標(biāo)引的MEDLINE的前期數(shù)據(jù)庫(kù)。Publishersuppliedcitation：出版商提供的文獻(xiàn)，主要是MEDLINE選擇性收錄的期刊中超出收錄范圍的文獻(xiàn)。OLDMEDLINE:1965年以前的記錄18（2）論文全文PubMedCentral開(kāi)放存取期刊出版商提供的部分免費(fèi)期刊鏈接到出版商網(wǎng)站

（3）題錄相關(guān)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)、圖書(shū)館館藏信息、消費(fèi)者健康信息和研究工具等資源鏈接。20Pubmed記錄來(lái)源標(biāo)識(shí)（2）免費(fèi)全文213.PubMed記錄的主要字段(P85）字段標(biāo)識(shí)：字段名稱

AB：AbstractAD：AffiliationALL：AllField

AU：Authors1AU：FirstAuthorFAU：FullAuthorNamePMID：PubMedUniqueIdentifierDP：PublicationDate

字段標(biāo)識(shí)：字段名稱LA：Language

MH：MeSHTerms

MAJR：MeSHMajorTopic

SH：MeSHSubheadings

PT：PublicationType

SO：Source

TA：JournalTitle

TI：TitleTW：TextWords224.PubMed檢索途徑高級(jí)檢索基本檢索24PubmedMeshDatabase2525

MeSHDatabase:查看并利用主題詞檢索MeSH主題詞檢索是PubMed最具特色的檢索功能之一，能保證較好的查全率和查準(zhǔn)率主題詞對(duì)同一概念的不同表達(dá)方式進(jìn)行了規(guī)范主題詞組配副主題詞，使檢索結(jié)果更加專指主題詞的樹(shù)狀結(jié)構(gòu)表：可自由調(diào)整檢索策略擴(kuò)展檢索：利用下位詞同時(shí)進(jìn)行檢索，提高查全率限定檢索：將檢索結(jié)果限定在主要主題詞，使檢索結(jié)果更加準(zhǔn)確注意：用MeSH詞檢索時(shí)，只檢索來(lái)源于MEDLILNE的文獻(xiàn)，不檢索PubMed其他來(lái)源的文獻(xiàn)

285.Pubmed特色生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域首選數(shù)據(jù)庫(kù)收錄期刊范圍側(cè)重生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域檢索免費(fèi)，并可免費(fèi)獲取部分全文及相關(guān)生物信息學(xué)資源。文獻(xiàn)報(bào)道速度快收錄文獻(xiàn)加工質(zhì)量高，經(jīng)Mesh主題詞標(biāo)引。檢索功能強(qiáng)大，支持自動(dòng)詞語(yǔ)匹配檢索，并提供主題詞檢索、臨床查詢、引文檢索等特色檢索服務(wù)。29檢索詞Mesh轉(zhuǎn)換表期刊名轉(zhuǎn)換表作者索引表經(jīng)過(guò)轉(zhuǎn)換后的檢索式Pubmed系統(tǒng)進(jìn)行檢索Details分析29作者姓名轉(zhuǎn)換表PubMed特色：自動(dòng)詞語(yǔ)匹配功能30PubMed自動(dòng)詞語(yǔ)匹配功能舉例：欲查找大腸癌與阿司匹林同時(shí)出現(xiàn)的文獻(xiàn)，輸入“colorectalcanceraspirin”，系統(tǒng)轉(zhuǎn)換后實(shí)際檢索策略為

("colorectalneoplasms"[MeSHTerms]OR("colorectal"[AllFields]AND"neoplasms"[AllFields])OR"colorectalneoplasms"[AllFields]OR("colorectal"[AllFields]AND"cancer"[AllFields])OR"colorectalcancer"[AllFields])AND

("aspirin"[MeSHTerms]OR"aspirin"[AllFields])31智能檢索功能不僅能準(zhǔn)確拆分詞，而且能將提問(wèn)詞轉(zhuǎn)換為MESH詞，并在Mesh字段與全字段同時(shí)進(jìn)行檢索，有效保證文獻(xiàn)的查全和查準(zhǔn)。SearchDetails框詳細(xì)顯示自動(dòng)詞語(yǔ)匹配的實(shí)際檢索式。32查看系統(tǒng)轉(zhuǎn)換后的檢索策略原始提問(wèn)式系統(tǒng)轉(zhuǎn)換過(guò)程系統(tǒng)實(shí)際檢索策略33

問(wèn)題？

Q：是否可以完全依賴詞語(yǔ)的自動(dòng)詞語(yǔ)匹配功能？

例如：?jiǎn)渭?xì)胞Singlecell3334自動(dòng)詞語(yǔ)匹配3435如何避免系統(tǒng)進(jìn)行自動(dòng)詞語(yǔ)匹配？檢索詞加上""（半角狀態(tài)的雙引號(hào)）,進(jìn)行強(qiáng)制檢索系統(tǒng)不進(jìn)行自動(dòng)詞語(yǔ)匹配，不擴(kuò)展檢索singlecell直接輸入"singlecell"

或者

single-cell353636下列情形不進(jìn)行自動(dòng)詞語(yǔ)匹配精確短語(yǔ)匹配,如“kidneyallograft”截詞檢索,如bacter*連字符時(shí),如kidney-allograftHistory檢索,如#1AND#２字段檢索,如toothache[ti]37（二）、Pubmed檢索指南

如何查找阿司匹林預(yù)防大腸癌的文獻(xiàn)？1如何查找指定文獻(xiàn)？2381.如何查找阿司匹林預(yù)防大腸癌的文獻(xiàn)？課題分析兩個(gè)主要概念組面阿司匹林（aspirin)大腸癌(colorectalcancer)如何翻譯英文提問(wèn)詞？CNKI翻譯助手Google翻譯有道391.如何查找阿司匹林預(yù)防大腸癌的文獻(xiàn)？試檢：Pubmed基本檢索服務(wù)提問(wèn)詞：colorectalcanceraspirin40獲取檢索結(jié)果（上）限定條件進(jìn)行檢索，相當(dāng)于原來(lái)的“Limits”功能自動(dòng)獲取相關(guān)文獻(xiàn)轉(zhuǎn)換顯示格式記錄輸出41獲取檢索結(jié)果（下）獲取免費(fèi)全文查找相關(guān)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)查看系統(tǒng)轉(zhuǎn)換后的檢索策略42轉(zhuǎn)換記錄顯示格式AspirinforprophylacticuseintheprimarypreventionAspirinforprophylacticuseintheprimaryprevention43也可單擊題名超鏈進(jìn)入ABSTRACT格式作者單位來(lái)源查找刊名全稱44NLMCatalog:獲取刊名全稱45將檢索結(jié)果限定為近5年綜述設(shè)置文獻(xiàn)過(guò)濾器查找特定類型文獻(xiàn)過(guò)濾條件一經(jīng)選擇持續(xù)起作用已選擇的文件過(guò)濾器46?利用主題詞進(jìn)行檢索（難點(diǎn)）1.進(jìn)入“MeshDatabase”界面2.在此界面查找“colorectalcancer(大腸癌)”對(duì)應(yīng)的主題詞(點(diǎn)擊選定主題詞超鏈，可獲取主題詞詳細(xì)信息）3.輸入提問(wèn)框"Addtosearchbuilder"4.找到“aspirin”對(duì)應(yīng)的主題詞后，“Addtosearchbuilder”，邏輯運(yùn)算符選擇“And”5.“searchpubmed”進(jìn)行檢索6.在檢索結(jié)果界面，點(diǎn)擊選定文獻(xiàn)題名超鏈，進(jìn)行其文摘格式，在此界面下方點(diǎn)擊“PublicationTypes,MeSHTerms,Substances”選項(xiàng)，獲取主題詞及主要主題詞信息（注：主要主題詞有“*”標(biāo)志）471.進(jìn)入“MeshDatabase”界面兩種方式進(jìn)入MeshDatabase482.查找主題詞（上）定義及主題詞引進(jìn)年代c組配副主題詞添加到檢索框檢索文獻(xiàn)492.查找主題詞（下）c加權(quán)檢索c相關(guān)參照擴(kuò)展檢索款目詞：主題詞同義詞或近義詞樹(shù)狀結(jié)構(gòu)c上位詞下位詞503.利用主題詞進(jìn)行檢索添加到檢索框檢索文獻(xiàn)(("ColorectalNeoplasms"[Mesh])OR"CecalNeoplasms"[Mesh])AND"Aspirin"[Mesh]514.獲取檢索結(jié)果點(diǎn)擊題名超鏈獲取詳細(xì)信息525.獲取記錄詳細(xì)信息53PublicationTypes,MeSHTerms,Substances：

獲取題錄的文獻(xiàn)類型、主題詞及物質(zhì)信息獲取指定題錄的主題詞信息，其中帶*號(hào)的為主要主題詞54LinkOut：獲取題錄相關(guān)資源獲取全文獲取醫(yī)學(xué)背景知識(shí)獲取相關(guān)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)55利用Linkout獲取醫(yī)學(xué)背景知識(shí)免費(fèi)在線醫(yī)學(xué)百科全書(shū)56課題2：如何查找英文原文？方法一：可以利用基本檢索57如何查找中文摘譯的英文原文？1.提取文中關(guān)鍵信息發(fā)表日期：2013年7月16日期刊名：AnnalsofInternalMedicine關(guān)鍵詞：colorectalcancer,aspirin2.訪問(wèn)Pubmed，確定檢索方法基本檢索SingleCitationMatcher58(1)基本檢索方式aspirincolorectalcancer"annalsofinternalmedicine"2013Q:為什么期刊名annalsofinternalmedicine要加雙引號(hào)？59獲取原文線索60在摘要頁(yè)面點(diǎn)擊“Linkout”61獲取原文62(2)singlecitationmatcher檢索63PubmedSingleCitationMatcherc檢索提問(wèn)式：Journal:annalsofinternalmedicineData:2013/07/16TitleWords:aspirin64annalsofinternalmedicine[Jour]and2013/07/16[pdat]andaspirin65Pubmed檢索小結(jié)自動(dòng)詞語(yǔ)匹配檢索一般適合檢索經(jīng)驗(yàn)有限的初級(jí)用戶，也適合對(duì)課題做初步檢索。檢索經(jīng)驗(yàn)豐富的用戶，或者對(duì)查全率查準(zhǔn)率有較高要求的檢索課題，需要仔細(xì)分析課題，編制比