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文檔簡介

表達譜 數(shù)據(jù)分析

主要內(nèi)容

從GEO 數(shù)據(jù)

歸一化

差異表達

繪制火山圖熱圖

數(shù)據(jù)

網(wǎng)頁

bioconductor

R>library("GEOquery")

R>gse<-getGEO("GSE43459",GSEMatrix=T,

AnnotGPL=FALSE,destdir="C:/Users/y/Desktop/arrayDiff")

歸一化

差異表達

geneNames

logFC

AveExpr

t

P.Value

adj.P.Val

EPCAM

6.559396

7.328162

16.35919

1.98E-22

1.45E-18

AGR2

5.91922

7.80137

16.25102

2.66E-22

1.45E-18

PRMT2

-1.15484

7.131787

-16.1365

3.64E-22

1.45E-18

NFIB

2.221506

5.341901

15.92329

6.57E-22

1.95E-18

RAB25

3.739723

7.109882

15.77746

9.86E-22

2.20E-18

ERBB3

2.045003

5.950549

15.73602

1.11E-21

2.20E-18

KLF5

4.143497

6.650068

15.4938

2.19E-21

2.67E-18

CLEC2B

-2.82509

7.66964

-15.4615

2.40E-21

2.67E-18

KRT19

3.00162

6.147867

15.4585

2.42E-21

2.67E-18

CHST7

-1.47288

6.17186

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