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文檔簡介
表達譜 數(shù)據(jù)分析
主要內(nèi)容
從GEO 數(shù)據(jù)
歸一化
差異表達
繪制火山圖熱圖
數(shù)據(jù)
網(wǎng)頁
bioconductor
R>library("GEOquery")
R>gse<-getGEO("GSE43459",GSEMatrix=T,
AnnotGPL=FALSE,destdir="C:/Users/y/Desktop/arrayDiff")
歸一化
差異表達
geneNames
logFC
AveExpr
t
P.Value
adj.P.Val
EPCAM
6.559396
7.328162
16.35919
1.98E-22
1.45E-18
AGR2
5.91922
7.80137
16.25102
2.66E-22
1.45E-18
PRMT2
-1.15484
7.131787
-16.1365
3.64E-22
1.45E-18
NFIB
2.221506
5.341901
15.92329
6.57E-22
1.95E-18
RAB25
3.739723
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9.86E-22
2.20E-18
ERBB3
2.045003
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1.11E-21
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KLF5
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2.19E-21
2.67E-18
CLEC2B
-2.82509
7.66964
-15.4615
2.40E-21
2.67E-18
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2.67E-18
CHST7
-1.47288
6.17186
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