邊預(yù)測(cè)畢業(yè)論文設(shè)計(jì)

第[1]USAirNSPBYeastC.elegansFWFBPowerRouterAUC0.95420.97960.92340.91510.84660.60530.62500.6522在這八個(gè)網(wǎng)絡(luò)中，前5個(gè)網(wǎng)絡(luò)的復(fù)雜性高，邊多且密度大。而數(shù)據(jù)顯示，在這些網(wǎng)絡(luò)中，以CN為基礎(chǔ)的預(yù)測(cè)算法的AUC值很高，即預(yù)測(cè)算精度較高，說明CN指標(biāo)更實(shí)用于連接密度較高的網(wǎng)絡(luò)。

第四章邊預(yù)測(cè)實(shí)驗(yàn)本章將導(dǎo)入一個(gè)真實(shí)網(wǎng)絡(luò)——微信好友網(wǎng)絡(luò)，將其作為預(yù)測(cè)插件的應(yīng)用對(duì)象。在真實(shí)網(wǎng)絡(luò)中，隱藏幾條真實(shí)邊，并利用預(yù)測(cè)插件對(duì)隱藏真實(shí)邊后的網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行邊預(yù)測(cè)。最后，分別將預(yù)測(cè)結(jié)果與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行對(duì)比，分析預(yù)測(cè)插件的可行性與可信度。第一節(jié)真實(shí)網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)入首先，需要進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)建模，即將真實(shí)的關(guān)聯(lián)關(guān)系構(gòu)造為可視的網(wǎng)絡(luò)圖。在這里，我們將采用微信好友網(wǎng)絡(luò)，其中節(jié)點(diǎn)代表微信用戶，邊描述了用戶之間的好友關(guān)系。在該網(wǎng)絡(luò)中，網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)經(jīng)調(diào)查所得，而用戶姓名則為化名。第一步，我們先選取我身邊的七名同學(xué)：楊珍、陳霖、王亞、龍宇、傅小平、劉一飛、吳語。他們互相之間都為微信好友。同時(shí)，在他們微信好友中任意選取四名好友，用以構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，得到簡單的網(wǎng)絡(luò)如下圖所示：圖4.1.1微信好友網(wǎng)絡(luò)原始圖同時(shí)，調(diào)查他們之間有無好友關(guān)系，在網(wǎng)絡(luò)中用連邊表示。結(jié)果如下：圖4.1.2微信好友網(wǎng)絡(luò)局部完整圖于是，我們得到了一個(gè)較為完整的微信好友網(wǎng)絡(luò)。在圖中，劉大毛和王杰與最初選取的七名同學(xué)構(gòu)成了完全圖，因?yàn)檫@九名同學(xué)曾在一個(gè)班學(xué)習(xí)。其余好友與這七名同學(xué)間無類似特殊關(guān)系。第二節(jié)預(yù)測(cè)插件應(yīng)用及結(jié)果在本實(shí)驗(yàn)中，主要是在隱藏真實(shí)邊的前提下，應(yīng)用預(yù)測(cè)插件對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行邊預(yù)測(cè)。1、實(shí)驗(yàn)一：直接應(yīng)用預(yù)測(cè)功能對(duì)真實(shí)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行邊預(yù)測(cè)。得到的結(jié)果如下圖所示：圖4.2.1直接預(yù)測(cè)結(jié)果圖2、實(shí)驗(yàn)二：將實(shí)驗(yàn)一預(yù)測(cè)后的結(jié)果作為完整的真實(shí)網(wǎng)絡(luò)，隱藏劉大毛與王杰兩節(jié)點(diǎn)之間的邊，同時(shí)隱藏楊珍、陳霖之間的邊，然后應(yīng)用預(yù)測(cè)功能對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行操作。隱藏真實(shí)邊之后的網(wǎng)絡(luò)如下圖所示：圖4.2.2隱藏邊后的原始圖預(yù)測(cè)后的結(jié)果如下：圖4.2.3隱藏兩邊的預(yù)測(cè)結(jié)果圖3、實(shí)驗(yàn)三：隱藏楊天天、李凱之間的連接，并用對(duì)隱藏后的網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行邊預(yù)測(cè)操作。隱藏真實(shí)邊后的網(wǎng)絡(luò)如下：圖4.2.4隱藏楊天天與李凱連邊的網(wǎng)絡(luò)圖預(yù)測(cè)后的結(jié)果如下：圖4.2.5隱藏連邊后的預(yù)測(cè)結(jié)果圖第三節(jié)預(yù)測(cè)結(jié)果分析實(shí)驗(yàn)一中，通過對(duì)真實(shí)網(wǎng)絡(luò)的邊預(yù)測(cè)，結(jié)果顯示任意一、任朗間可能存在連接。而在真實(shí)網(wǎng)絡(luò)中，經(jīng)過調(diào)查發(fā)現(xiàn)，任意一、任朗確實(shí)相識(shí)，但是不是微信好友，因此這個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果是較為準(zhǔn)確的。這說明了邊預(yù)測(cè)功能確實(shí)具有可行性。實(shí)驗(yàn)二中，對(duì)真實(shí)的網(wǎng)絡(luò)連接，即節(jié)點(diǎn)對(duì)劉大毛、王杰和楊珍、陳霖之間的邊進(jìn)行了隱藏，并以此作為邊預(yù)測(cè)的目標(biāo)網(wǎng)絡(luò)。在得到的結(jié)果中，準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)出了這兩條邊。以劉大毛與王杰為例，經(jīng)調(diào)查發(fā)現(xiàn)這兩者具有七個(gè)共同好友，而且他們兩者與這七名共同好友的相識(shí)是在同一個(gè)環(huán)境中，而不是分別在不同環(huán)境中單獨(dú)與七個(gè)好友相識(shí)，因此，他們兩者間產(chǎn)生關(guān)聯(lián)的可能性本身就很大，這都與預(yù)測(cè)結(jié)果相吻合。而大多數(shù)情況都與實(shí)驗(yàn)二相似，只要所預(yù)測(cè)的邊周圍的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)達(dá)到一定的復(fù)雜度，預(yù)測(cè)結(jié)果就具有較高的可信度。而在實(shí)驗(yàn)三中，隱藏了楊天天與李凱之間的連接后，對(duì)其進(jìn)行邊預(yù)測(cè)，并未得到期望的結(jié)果，即預(yù)測(cè)未得到隱藏的真實(shí)邊。這說明，對(duì)于楊天天與李凱只見的邊無法實(shí)現(xiàn)預(yù)測(cè)。但是，這并不代表邊預(yù)測(cè)功能結(jié)果不具有在實(shí)驗(yàn)二中可知一般情況下，邊預(yù)測(cè)結(jié)果是可信的。那么，為什么會(huì)出現(xiàn)無法準(zhǔn)確預(yù)測(cè)的情況呢？主要原因是信息的不足，對(duì)于楊天天與李凱，他們的度都非常小，即使有共同鄰居，但是因?yàn)榫W(wǎng)絡(luò)中展現(xiàn)的信息略少，無法確定更多地共同好友，而在微信圈中，由于好友途徑的多樣性，即使有著共同好友，但他們與共同鄰居之間的關(guān)聯(lián)聯(lián)系未必是相同或相似的。所以要使邊預(yù)測(cè)具有較高的可信度，所預(yù)測(cè)的邊需處于較為復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)，即必須有一定的鄰居信息基礎(chǔ)。綜上所訴，在復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)中，本文實(shí)現(xiàn)的邊預(yù)測(cè)插件能有效的進(jìn)行邊預(yù)測(cè)，而且結(jié)果與真實(shí)情況的相符度很高，但是在過于簡單的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)中，該算法的能力受到極大限制。

總結(jié)預(yù)測(cè)是指在不知道目標(biāo)真實(shí)狀態(tài)的情況下，通過研究、假設(shè)，并基于一定的信息基礎(chǔ)對(duì)其進(jìn)行合理的推測(cè)。它在每一門學(xué)科中都占據(jù)一定的主導(dǎo)地位。在當(dāng)今的大數(shù)據(jù)時(shí)代，對(duì)于錯(cuò)綜復(fù)雜而又無比龐大的數(shù)據(jù)，網(wǎng)絡(luò)建模因其可視化和易于演化等特性，成為了數(shù)據(jù)處理中主導(dǎo)的方法之一。節(jié)點(diǎn)和邊是網(wǎng)絡(luò)的兩大基本單元，在數(shù)據(jù)處理中，節(jié)點(diǎn)往往對(duì)應(yīng)著研究對(duì)象的單體，一般是已知的。邊作為描述研究對(duì)象之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系，總是成為網(wǎng)絡(luò)分析的重點(diǎn)對(duì)象。而本文主要著眼于當(dāng)下流行的網(wǎng)絡(luò)分析處理軟件Cytoscape，著重研究邊預(yù)測(cè)方法，并將兩者結(jié)合，以插件形式在Cytoscape中實(shí)現(xiàn)邊預(yù)測(cè)功能。首先，本文就邊預(yù)測(cè)的用途開始展開，解釋邊預(yù)測(cè)的研究必要，同時(shí)綜述了邊預(yù)測(cè)方法中基于相似性的各項(xiàng)指標(biāo)。并對(duì)目標(biāo)軟件Cytoscape進(jìn)行的簡要的介紹。其次，從Cytoscape插件開發(fā)著手，研究Cytoscape的軟件結(jié)構(gòu)，并了解Cytoscape的運(yùn)行機(jī)制及模塊分布，為下一步開發(fā)插件打下基礎(chǔ)。同時(shí)，介紹Cytosacape內(nèi)部的接口與服務(wù)器，了解其具有的功能及相應(yīng)的控制接口和函數(shù)，并介紹常用操作的編程控制。重點(diǎn)通過“HelloWorld”和隱藏節(jié)點(diǎn)功能為例，示范簡單的Cytoscape二次開發(fā)，較為清晰地介紹簡單插件的制作。在主體部分，本文分析并選定相似性指標(biāo)下的算法實(shí)現(xiàn)思想以及基于簡單插件的邊預(yù)測(cè)插件實(shí)現(xiàn)。通過示例展示邊預(yù)測(cè)插件的功能，并對(duì)其算法進(jìn)行評(píng)估。同時(shí)，選定真實(shí)網(wǎng)絡(luò)，通過對(duì)刪除真實(shí)邊作為邊預(yù)測(cè)的初始數(shù)據(jù)，并通過對(duì)邊預(yù)測(cè)結(jié)果與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)的對(duì)比，分析邊預(yù)測(cè)插件的可行性和局限性，并對(duì)全文進(jìn)行總結(jié)回顧。本文雖實(shí)現(xiàn)了Cytoscape的邊預(yù)測(cè)功能，但其算法還有較大的局限性，在算法中各指標(biāo)的運(yùn)用太單調(diào)，單純地運(yùn)用一項(xiàng)指標(biāo)并不能非常精確地刻畫網(wǎng)絡(luò)的邊預(yù)測(cè)。同時(shí)，本文實(shí)驗(yàn)中，與其他相同領(lǐng)域的研究論文相比，實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)量較少，而實(shí)際中網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)數(shù)量都比較大，未來將進(jìn)一步研究邊預(yù)測(cè)方法在大數(shù)據(jù)環(huán)境下的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用。Cytoscape網(wǎng)絡(luò)處理分析功能在當(dāng)前時(shí)代已占據(jù)相當(dāng)重要的地位，而由于它的開源特性，更使其有著非常大的發(fā)展前景。同樣，邊預(yù)測(cè)在網(wǎng)絡(luò)地復(fù)雜應(yīng)用中更是占據(jù)了一席之地。隨著時(shí)代發(fā)展，這兩者必能更好的結(jié)合。屆時(shí)，預(yù)測(cè)算法將非常完善，所用預(yù)測(cè)指標(biāo)也必將是各類指標(biāo)的完美結(jié)合。最終，Cytoscape將能夠完美的展現(xiàn)適用于各類環(huán)境且功能強(qiáng)大、可信度高的邊預(yù)測(cè)功能。

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附錄附錄ACytoscape的內(nèi)部編程控制：（一）Swing應(yīng)用怎么在控制面板中添加標(biāo)簽面板在Cytoscape界面上有三個(gè)cyto面板，分別是左側(cè)的控制面板，右側(cè)的結(jié)果面板和下方的數(shù)據(jù)面板。而給cyto面板增加一個(gè)標(biāo)簽面板的操作也很簡單，app開發(fā)者需要做的就是定義一個(gè)實(shí)現(xiàn)了CytoPanelomponent服務(wù)器的JPanel類，并把它申明為OSGi服務(wù)器，Cytoscape內(nèi)部的CYtoPanel管理器會(huì)自動(dòng)拾起這個(gè)新申明的被定義為CytoPanelComponent，并把這個(gè)新的面板添加到特定的靶Cyto面板中。具體程序如下，第一步：第二步：怎么給工具欄添加功能按鈕有時(shí)候，目標(biāo)應(yīng)用需要在Cytoscape菜單中添加一個(gè)菜單項(xiàng)或是在Cytoscape工具欄中添加一個(gè)功能按鈕。在這種情況下，應(yīng)用開發(fā)者需要先定義一個(gè)實(shí)現(xiàn)了CyAction或是拓展了AbstractCAction的類，然后把它申明為一個(gè)OSGi服務(wù)器。Cytoscape內(nèi)部的CyAction管理器會(huì)拾起這個(gè)新申明的服務(wù)器，并按照定義創(chuàng)建一個(gè)菜單項(xiàng)。注意方法isInToolbar()和isInMenu()，它們返回的值是true或false決定了菜單項(xiàng)（功能按鈕）是否會(huì)被創(chuàng)建。程序如下，第一步申明類：第二步申明為服務(wù)器：怎么創(chuàng)建一個(gè)子菜單創(chuàng)建子菜單的方法和定義菜單項(xiàng)是差不多的，不同的是創(chuàng)建子菜單在定義菜單項(xiàng)的同時(shí)還需要定義它的根菜單項(xiàng)，程序如下，第一步定義：第二步申明：注意：應(yīng)用可以用子菜單顯示功能，以下是可能的范圍：實(shí)現(xiàn)單一功能，應(yīng)用可以在Apps菜單下申明一個(gè)單一子菜單。實(shí)現(xiàn)多功能，應(yīng)用可以在Apps菜單下申明一個(gè)子菜單，然后在這個(gè)子菜單下再申明多個(gè)單一功能的第二層子菜單。對(duì)于有更復(fù)雜接口的Apps可以在提供的non-App菜單下添加子菜單，它們會(huì)提供解釋新的子菜單的文件——這種情況很少見。（二）模型怎么創(chuàng)建、修改和刪除一個(gè)網(wǎng)、節(jié)點(diǎn)或邊創(chuàng)建一個(gè)網(wǎng)需要從CyNetworkFactory服務(wù)器中引用并告訴服務(wù)器要?jiǎng)?chuàng)建一個(gè)網(wǎng)。有了這個(gè)新的網(wǎng)，我們可以通過CyNetwork的接口來創(chuàng)建節(jié)點(diǎn)和邊。代碼如下：同樣，我們通過

CyNetworkManager服務(wù)器實(shí)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)的刪除。首先，在CyActivator服務(wù)器的開始方法中，添加如下代碼：之后，我們就能在代碼中運(yùn)用CyNetworkManager了：怎樣決定網(wǎng)絡(luò)中的哪個(gè)節(jié)點(diǎn)是當(dāng)前被選中的邊和節(jié)點(diǎn)的選擇狀態(tài)保存在一個(gè)與當(dāng)前網(wǎng)絡(luò)相關(guān)聯(lián)的表中，它的屬性或列名為“selected”。因此，為了決定節(jié)點(diǎn)的選擇狀態(tài)，我們需要獲取節(jié)點(diǎn)的CyRow并驗(yàn)證“selected”列的值。Cytoscape中有一個(gè)util類CyTableUtil。我們可以通過這個(gè)類來獲取網(wǎng)絡(luò)中被選中的節(jié)點(diǎn)的清單。代碼如下：如何設(shè)定網(wǎng)絡(luò)的名稱網(wǎng)絡(luò)的名稱保存在一個(gè)與網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)的表中，其中，表的列名為“name”。為了設(shè)定網(wǎng)絡(luò)的名稱，首先我們需要獲得目標(biāo)網(wǎng)絡(luò)的CyRow，然后設(shè)定網(wǎng)絡(luò)對(duì)應(yīng)行的“name”屬性。代碼如下：如何設(shè)定和獲取節(jié)點(diǎn)的名稱同樣的，節(jié)點(diǎn)的名稱也被保存在與網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)的表的CyRow中，列名“name”，與網(wǎng)絡(luò)名稱類似，我們要先獲取目標(biāo)節(jié)點(diǎn)的CyRow，然后設(shè)定或獲取對(duì)應(yīng)行的“name”屬性。代碼如下：如何載入屬性數(shù)據(jù)導(dǎo)入屬性數(shù)據(jù)有三個(gè)步驟：第一步，創(chuàng)建一個(gè)主鍵為“name”的全局表；第二步，將屬性數(shù)據(jù)填入新創(chuàng)建的表中；第三步，將新創(chuàng)建的表映射到基于主鍵屬性的靶向表。在屬性表載入后，它將繼續(xù)作為獨(dú)立的表存在Cytoscape內(nèi)部，它和合并表的關(guān)系在靶向表中保持指向或引用。靶向表可以是節(jié)點(diǎn)屬性表、邊屬性表或者是網(wǎng)絡(luò)表。在合并的表中，新創(chuàng)建的列被稱為合并表的“虛擬列”。在表瀏覽項(xiàng)中，虛擬列被用與其它列不同的顏色來顯示，用以表明它們是虛擬列。代碼如下：如何完成屬性的移除第一步：通過網(wǎng)絡(luò)獲得Cytable：第二步：找到對(duì)應(yīng)列，然后把它刪除：如何獲取具有特定屬性值的所有節(jié)點(diǎn)獲取具有特定屬性值有固定的方法，方法代碼如下：如何在寫測(cè)試程序的時(shí)候使用目標(biāo)模型第一步：在你的pom.xml中包含Junit框架作為從屬，內(nèi)容如下:第二步：在你的pom.xml中包含model-impl包作為從屬，內(nèi)容如下：第三步：在測(cè)試代碼中，用NetworkTestSupport獲取一個(gè)CyNetwork實(shí)例，代碼如下：如何驗(yàn)證一種屬性是否存在如果你不在乎一個(gè)屬性的當(dāng)前值，僅僅是想驗(yàn)證它對(duì)應(yīng)的列是否有定義應(yīng)該怎么做呢？用CyTable中的getColumn(String)方法，代碼如下：例如，為了驗(yàn)證“test”屬性是否存在，將使用以下代碼：這對(duì)于節(jié)點(diǎn)和邊的表而言是一致的。（三）視圖模型為新創(chuàng)建的節(jié)點(diǎn)獲取節(jié)點(diǎn)的視圖在新創(chuàng)建一個(gè)節(jié)點(diǎn)或者邊后，獲取其視圖的代碼如下：在CyNetwork中創(chuàng)建新的節(jié)點(diǎn)后，你需要調(diào)用CyEventHelper的flushPayloadEvents()函數(shù)后新創(chuàng)建的節(jié)點(diǎn)才會(huì)獲得一個(gè)節(jié)點(diǎn)視圖，如果沒有調(diào)用，getNodeView會(huì)返回null值。如果你要一次創(chuàng)建一堆節(jié)點(diǎn)，應(yīng)該在所有節(jié)點(diǎn)創(chuàng)建完成后調(diào)用flushPayloadEvents()函數(shù)，而不是在每個(gè)節(jié)點(diǎn)完成時(shí)，例如：如何創(chuàng)建、改變和刪除一個(gè)網(wǎng)絡(luò)視圖創(chuàng)建一個(gè)網(wǎng)絡(luò)，我們要獲取CyNetworkViewFactory服務(wù)器的權(quán)限，然后用它來創(chuàng)建一個(gè)網(wǎng)絡(luò)視圖。首先，在你的CyActivator類的開始方法中寫入如下代碼：這樣，你就可以在你的代碼中使用CyNetworkViewFactory了，使用方法如下：代碼中，我們要通過CyNetworkViewManager

服務(wù)器才能完成網(wǎng)絡(luò)視圖的刪除。因此，我們要先獲取CyNetworkViewManager

服務(wù)器的使用權(quán)限，獲取權(quán)限的代碼如下：代碼中，我們要通過CyNetworkViewManager

服務(wù)器才能完成網(wǎng)絡(luò)視圖的刪除。因此，我們要先獲取CyNetworkViewManager

服務(wù)器的使用權(quán)限，獲取權(quán)限的代碼如下：獲得權(quán)限后，我們就能在代碼中使用CyNetworkViewManager了，使用方法如下代碼所示：如何改變視圖的背景顏色網(wǎng)絡(luò)視圖的背景顏色是利用view的setVisualProperty方法，以下代碼顯示了改方法的使用方式，在下面代碼中，我們把背景顏色設(shè)為紅色：如何獲取和設(shè)定節(jié)點(diǎn)的坐標(biāo)位置假設(shè)現(xiàn)在有一個(gè)視圖<CyNode>，得到它橫坐標(biāo)x和縱坐標(biāo)y的需要用的是nodeView.getVisualProperty方法，它的使用方式如下面代碼所示：而設(shè)定橫縱坐標(biāo)則是用nodeView.setVisualProperty方法，它的是用方式如下代碼所示：如何編寫布局算法首先，我們要定義一個(gè)實(shí)現(xiàn)CyLayoutAlgorithm接口或拓展了AbstractLayoutAlgorithm類的布局類，然后把這個(gè)布局類申明為服務(wù)器。代碼如下所示：如何給節(jié)點(diǎn)視圖，邊視圖和屬性瀏覽器的目錄菜單添加組件給NodeView添加一個(gè)目錄菜單要定義一個(gè)拓展了AbstractNodeView-TaskFactory類的子類，并將NodeViewTaskFactory申明為服務(wù)器。我們能在將NodeViewTaskFactory申明為服務(wù)器時(shí)，通過設(shè)定服務(wù)器的性能來添加菜單項(xiàng)的標(biāo)題。給表瀏覽器添加目錄菜單，要先定義一個(gè)拓展了AbstractTableCellTaskFactory類的子類，并創(chuàng)建一個(gè)實(shí)例，將它申明為服務(wù)器（注意應(yīng)申明為TableCellTaskFactory），代碼如下：下面是更新網(wǎng)絡(luò)視圖的代碼片段：如何在節(jié)點(diǎn)和邊存在前設(shè)定可視屬性的值Cytoscape將網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和表模型與其視圖模型相分離。視圖模型突出的是節(jié)點(diǎn)和邊的外觀和可視化，當(dāng)節(jié)點(diǎn)和邊在網(wǎng)絡(luò)中創(chuàng)建時(shí)，它們的視圖模型需要在事件的觸發(fā)才會(huì)被創(chuàng)建（觸發(fā)器是org.cytoscape.event.CyEventHelper.flushPayloadEvents()），這是為了避免Cytoscape在構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)的過程中對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行不必要的重畫。但是網(wǎng)絡(luò)和表模型與視圖模型的分離在你需要給結(jié)構(gòu)中不具備試圖的節(jié)點(diǎn)和邊賦予可視性質(zhì)的值時(shí)會(huì)存在問題。為了說明這個(gè)問題，我們提出了DelayedVizProp類，代碼如下。當(dāng)建立一個(gè)網(wǎng)絡(luò)時(shí)，先創(chuàng)建DelayedVizProp實(shí)例，并將它們排列在一個(gè)清單中。在調(diào)用org.cytoscape.event.CyEventHelper.flushPayloadEvents()方法后，在包含所需節(jié)點(diǎn)和邊的網(wǎng)絡(luò)視圖中調(diào)用applyAll。（四）VizMapper如何程序化地使用VizMapperCytoscape為使用可視化繪圖設(shè)計(jì)提供服務(wù)。這些服務(wù)主要通過服務(wù)器VisualMappingManager、VisualStyleFactory及VisualMapping-FunctionFactory來實(shí)現(xiàn)。應(yīng)用需要在它的入口點(diǎn)CyActivator類中獲得這些服務(wù)器的引用。我們能用VisualStyleFactory和VisualMappingFunctionFactory方便快捷地創(chuàng)建新的可視化類型和繪圖函數(shù)。在一個(gè)新的可視化類型創(chuàng)建后，我們要用

VisualMappingManger來申明，這樣，新的可視化類型在Cytoscape中就能使用了。下面是一個(gè)簡單示例的代碼：如何依據(jù)節(jié)點(diǎn)的度數(shù)將持續(xù)的色彩梯度應(yīng)用到節(jié)點(diǎn)中直接有可行的函數(shù)，代碼如下：如何載入可視性質(zhì)的文件Cytoscape直接提供了一個(gè)名為'LoadVizmapFileTaskFactory的服務(wù)器來載入在性質(zhì)文件中定義的可視化類型。使用示例如下代碼：輸入輸出創(chuàng)建支持特定格式的網(wǎng)絡(luò)讀入器，首先，我們要定義網(wǎng)絡(luò)文件的格式和它的文件擴(kuò)展名。例如，每條線在網(wǎng)絡(luò)中有兩列，限定標(biāo)簽的。我們定義文件擴(kuò)展名為“.tc”代表兩列(twocolumns)。一個(gè)簡單的應(yīng)用代碼如下：編譯以上應(yīng)用，并在Cytoscape中安裝該應(yīng)用。當(dāng)我們嘗試從文件中導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)時(shí)（），我們會(huì)發(fā)現(xiàn)類型“.tc”在Cytoscape支持的文件類型中。創(chuàng)建支持特定格式的表讀入器的方法與上述一致。（五）工作如何使用Cytoscape的任務(wù)監(jiān)控器來展示工作的進(jìn)程過程很簡單，先獲取Cytoscape的DialogManager服務(wù)器，然后通過taskManager來執(zhí)行任務(wù)。具體實(shí)施代碼如下：如何使用可調(diào)諧的注釋作為應(yīng)用，可能會(huì)需要生成對(duì)話框并讓使用者輸入。而生成這樣的對(duì)話框有一種簡單的方式：先定義一個(gè)任務(wù)，然后使用可調(diào)諧的注釋，讓Cytoscape自動(dòng)生成對(duì)話框。在任務(wù)類中，定義一個(gè)類域、類的數(shù)據(jù)類型和描述，具體如下例子所示：當(dāng)類被初始化后，Cytoscape的核心服務(wù)器TunableInterceptor會(huì)檢查這個(gè)類，并根據(jù)可調(diào)諧的注釋來生成用戶界面。在這種情況下，帶有描述“scale”和缺省值“0.2”的文本域會(huì)自動(dòng)在生成的對(duì)話框中出現(xiàn)。注意，在上述例子中，數(shù)據(jù)類型是“double”，同時(shí)，數(shù)據(jù)類型還能使“int”“boolean”“String”或“List”。如果一個(gè)域被定義為可調(diào)諧的，數(shù)據(jù)類型為“boolean”，那么對(duì)話框中會(huì)生成一個(gè)喇叭按鈕。（六）會(huì)話如何保存或重置應(yīng)用的狀態(tài)對(duì)于保存和重置應(yīng)用的狀態(tài)又兩個(gè)非常重要的事件，它們是SessionAboutToBeSavedEvent和SessionLoadedEvent。應(yīng)用必須執(zhí)行這兩個(gè)監(jiān)聽器并注冊(cè)它們。使用示例代碼如下：如何用CyProperty保存會(huì)話中的值CyProperty就像一個(gè)容器，保存著會(huì)話中類型（主鍵、值）的性質(zhì)。它們能被使用者在菜單選項(xiàng)中手動(dòng)改變。首先要從創(chuàng)建一個(gè)AbstractConfigDirPropsReader的子類開始，代碼如下：然后在你的CyActivator中申明這個(gè)讀入器：接著，在你的應(yīng)用資源目錄中創(chuàng)建一個(gè)包含性質(zhì)主鍵和其缺省值的文件：缺省的性質(zhì)會(huì)在應(yīng)用運(yùn)行的第一時(shí)間從應(yīng)用的jar中導(dǎo)入。同時(shí)，當(dāng)Cytoscape停止運(yùn)行時(shí)，性質(zhì)會(huì)被保存在Cytoscape的config目錄或者是依賴于你指定的保存路徑的會(huì)話文件。性質(zhì)的值能通過選中菜單Edit中Preferences下的properties后再選中對(duì)話框中的“myApp”進(jìn)行編輯。同樣，我們能把性質(zhì)讀入器保存為OSGi服務(wù)器。（七）方程式通過Cytoscape應(yīng)用添加新的屬性函數(shù)，我們將會(huì)展示所有創(chuàng)建一個(gè)嵌入函數(shù)IXOR()需要的所有步驟。完整的示例代碼能在這里被下載。最簡單的部分是寫插件類，它和下面代碼類似：在這里，我們申明一個(gè)名為Ixor的嵌入函數(shù)，你也可以申明你喜歡的其他嵌入函數(shù)。接下來，要為每一個(gè)新建的嵌入函數(shù)創(chuàng)建對(duì)應(yīng)的類。而每個(gè)類通常要通過org.cytoscape.equations.AbstractFunction來實(shí)現(xiàn)與之相對(duì)應(yīng)的org.cytoscape.equations.Function接口。最簡單的方法是仔細(xì)閱讀Cytoscape核心庫中存在的潛入方程式，并尋找一個(gè)具有相同或近似變?cè)淼暮瘮?shù)。如果找不到，閱讀一些已存函數(shù)的實(shí)現(xiàn)方法也會(huì)有幫助。首先，你要?jiǎng)?chuàng)建一個(gè)你用來描述函數(shù)的變量的構(gòu)造器，代碼如下：最基礎(chǔ)的實(shí)現(xiàn)方法有g(shù)etName()和getFunctionSummary()，使用方法如下代碼所示：下一個(gè)方法還是很簡單，但是它接觸到了一個(gè)在屬性函數(shù)中有點(diǎn)復(fù)雜的領(lǐng)域：數(shù)據(jù)類型及轉(zhuǎn)化，代碼如下：我們的示例函數(shù)將會(huì)返回一個(gè)整數(shù)值。整數(shù)在方程式函數(shù)中被當(dāng)作類java.lang.Long的實(shí)例。因此，不要返回整數(shù)值是十分必要的。函數(shù)的使用者可能并沒意識(shí)到這個(gè)問題，如果一直用long類型來代替整型則不會(huì)出問題。下一個(gè)方法evaluateFunction()會(huì)在一個(gè)表達(dá)被轉(zhuǎn)化為一個(gè)值是會(huì)被調(diào)用。這里不需要要核對(duì)變量類型，因?yàn)榫幾g器會(huì)自動(dòng)處理這個(gè)問題。但我們要解決所有能有效的變量類型和長度的問題（因?yàn)楹瘮?shù)值可能會(huì)溢出）。在下面的例子中，變量可以是任意的Long或Double類型：（八）網(wǎng)絡(luò)服務(wù)如何使用網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端首先先定義網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端的監(jiān)聽器并把它申明為服務(wù)器——WebServiceHelper。這個(gè)類通過映射來保持對(duì)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端。代碼如下：在運(yùn)行時(shí)，通過映射圖可以觀察到需要的服務(wù)是不是可行。代碼如下：當(dāng)需要的客戶端已經(jīng)能被發(fā)現(xiàn)，我們就能通過客戶端的api創(chuàng)建和執(zhí)行查詢?nèi)蝿?wù)。怎么寫網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端第一步：為客戶端的設(shè)定定義一個(gè)用戶類，這個(gè)用戶會(huì)監(jiān)聽Cytoscape的事件。代碼如下：第二步：定義一個(gè)實(shí)現(xiàn)了WebServiceClient的客戶端類并把第一步中定義的類傳遞給客戶端，不然將會(huì)使用缺省的用戶類。代碼如下：第三步：把客戶端申明為服務(wù)器后，我們能在以下目錄中找到它：附錄B邊預(yù)測(cè)算法的MenuAction類的代碼：packageorg.cytoscape.myapp.my_cyaction_ernal;importjava.awt.Window.Type;importjava.awt.event.ActionEvent;importjava.util.Arrays;importorg.cytoscape.application.swing.AbstractCyAction;importorg.cytoscape.application.CyApplicationManager;importorg.cytoscape.model.CyNode;importorg.cytoscape.model.CyEdge;importorg.cytoscape.model.CyNetwork;importorg.cytoscape.view.model.CyNetworkView;importperty.BasicVisualLexicon;importperty.LineTypeVisualProperty;/**在Apps菜單項(xiàng)下添加新的菜單項(xiàng).*/publicclassMenuActionextendsAbstractCyAction{ privatefinalCyApplicationManagerapplicationManager; publicMenuAction(finalCyApplicationManagerapplicationManager,finalStringmenuTitle){ super(menuTitle,applicationManager,null,null); this.applicationManager=applicationManager; setPreferredMenu("Apps"); } publicvoidactionPerformed(ActionEvente){ finalCyNetworkViewcurrentNetworkView=applicationManager.getCurrentNetworkView(); if(currentNetworkView==null) return; //Viewisalwaysassociatedwithitsmodel. finalCyNetworknetwork=currentNetworkView.getModel(); intnodecnt=network.getNodeCount();//獲取網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)數(shù)量intneighbors[][]=newint[nodecnt][nodecnt];intnodei_index=0; //對(duì)網(wǎng)絡(luò)中每個(gè)節(jié)點(diǎn)i的鄰居和j的鄰居list，計(jì)算兩列表相同節(jié)點(diǎn)的數(shù)量，記為icnt//將其存儲(chǔ)到數(shù)組neighborsfor(CyNodenodei:network.getNodeList()){ intnodej_index=0; for(CyNodenodej:network.getNodeList()){ inticnt=0; for(CyNodenodeik:network.getNeighborList(nodei,CyEdge.Type.ANY)){ if(network.getNeighborList(nodej,CyEdge.Type.ANY).contains(nodeik)) icnt+=1; } //若節(jié)點(diǎn)為自己或者已經(jīng)存在連邊，則共同鄰居數(shù)記為0 if((nodei_index==nodej_index)||(network.containsEdge(nodei,nodej))) neighbors[nodei_index][nodej_index]=0; else neighbors[nodei_index][nodej_index]=icnt; nodej_index+=1; } nodei_index+=1;}//對(duì)鄰居數(shù)量矩陣二維數(shù)組排序intcntcnt=nodecnt*nodecnt;intneighbors_matrixtoarray[]=newint[cntcnt];intkm=0;for(intk=0;k<nodecnt;k++)for(intm=0;m<nodecnt;m++) neighbors_matrixtoarray[km]=neighbors[k][m];Arrays.sort(neighbors_matrixtoarray);intnotzero=0;intzeronum=0;while(zeronum<cntcnt) if(neighbors_matrixtoarray[zeronum]==0){ notzero=notzero+1; zeronum=zeronum+1; }/**intneighbors_matrixtoarray2[]=newint[cntcnt];intrecount=0;while(recount<=cntcnt){ neighbors_matrixtoarray2[recount]=neighbors_matrixtoarray[cntcnt-recount]; recount=recount+1;}*/ /**//定義閾值高于5%且存在共同鄰居的節(jié)點(diǎn)對(duì)存在連邊intx=(int)Math.ceil(cntcnt/20);intx=(cntcnt-notzero)/20;int