凝膠分析軟件BandScan使用手冊(cè)

凝膠分析軟件BandScan使用手冊(cè)Update:2006-12-31From:丁香園4993者，使用起來(lái)有相當(dāng)難度。琢磨說(shuō)明書(shū)，或者自己一點(diǎn)點(diǎn)試驗(yàn)，難免覺(jué)得頭緒紛繁，乃至興味索然。后來(lái)我發(fā)現(xiàn)，其實(shí)用一個(gè)實(shí)例，從頭到尾示范一遍，可以在索了，這樣學(xué)起來(lái)很快。因此我打算做一個(gè)常用分子生物學(xué)軟件STEPBYSTEPBandScan奮戰(zhàn)一整天，終于完成了第一個(gè)實(shí)例學(xué)習(xí)。BandScan是一個(gè)很常用的凝膠圖像分析軟件，我們用它重要是為了分析蛋白表達(dá)量?，F(xiàn)在，我就以我自己表達(dá)的一個(gè)蛋白圖，來(lái)示范這個(gè)軟件分析的過(guò)程。最后結(jié)果是得到目的蛋白占總蛋白的百分?jǐn)?shù)。1.安裝軟件BandScan5.0。主程序可以在綠谷生物網(wǎng)下載頻道下載/soft/biosoft/2009/7529.html。2.安裝好以后就會(huì)在桌面上出現(xiàn)BandScan的圖標(biāo)。雙擊打開(kāi)。3.打開(kāi)后的界面如圖。BandScan可以識(shí)別TIF和JPG格式的圖片，很方便。打開(kāi)工具欄上的file/opentiff，jpgfileformat，選中待分析的圖片。5.打開(kāi)。這時(shí)候凝膠圖像顯示出來(lái)。1道是低分子量標(biāo)準(zhǔn)，2道是誘導(dǎo)表達(dá)的蛋白，3道是未誘導(dǎo)的對(duì)照。旁邊有一個(gè)圖像預(yù)覽窗口ImagePreview，可以看到，除了cancal，其它命令框都是灰色的（不可操作）。其實(shí)這里是要你先選定一個(gè)圖像處理的范圍（selectrectangle）。6.undorect可以取消選框，下面的imageoptions可以選擇是否和如何旋轉(zhuǎn)圖像。本例中均不改動(dòng)，直接單擊acceptselectedregion。7.出現(xiàn)colortosignalselections復(fù)選框。這個(gè)是選擇信號(hào)檢測(cè)方式直接用默認(rèn)的originalimage或選擇grayscale（灰階）。本例中不改動(dòng)，單擊usecurrentimage。8.和灰度值。移動(dòng)鼠標(biāo)就可以看到它的變化。9.現(xiàn)在讓BandScan來(lái)分析一下電泳條帶吧：打開(kāi)工具欄上的bandfinding/findbands，出現(xiàn)一個(gè)讓你選擇有幾條泳道的框selectingnumberoflanes，我們?cè)O(shè)置成3道。10.看，每一個(gè)條帶都自動(dòng)被框起來(lái)了：）紅色+記號(hào)是條帶的中心位置，蘭色豎線是泳道位置。同時(shí)出現(xiàn)了一個(gè)復(fù)選框selectmoreorselectfewbands?？煽梢栽黾踊驕p少條帶的數(shù)量。選好后單擊ok。11.window/bandtablebandlocation的表格。把它最大化，放到右邊。這里的數(shù)據(jù)是每個(gè)條帶的中心位置（紅色+的位置）。12.在bandlocation的數(shù)據(jù)類(lèi)型datatype中，選擇percent，就會(huì)出現(xiàn)各個(gè)條帶灰度值占本泳道條帶總灰度值的百分比。13.單擊自己的表達(dá)條帶，則條帶中心的+和相應(yīng)的百分?jǐn)?shù)的背景都會(huì)變成綠色。我表達(dá)的融合蛋白約占細(xì)菌總蛋白的29.8%。我們要的數(shù)據(jù)就得到了。自己再重復(fù)一下整個(gè)過(guò)程，會(huì)發(fā)現(xiàn)，原來(lái)是如此簡(jiǎn)單：）總結(jié)：真的只是領(lǐng)進(jìn)門(mén)。因?yàn)锽andScan絕不僅僅是這么簡(jiǎn)單，它還可以做很多事情。比如通過(guò)設(shè)定一個(gè)條帶的量（標(biāo)準(zhǔn)）來(lái)推斷表達(dá)蛋白的量。比如用手動(dòng)方淺條帶沒(méi)有被選上，可以用bandfinding/manuallyinsertaband命令把它們選上。這