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文檔簡介
1、中醫(yī)醫(yī)療與臨床科研信息共享系統(tǒng)項目實施指南1組織實施管理 1.1概述 1.2實施保障 1.3建設組織與分工 1.4條件建設要求 1.4.1硬件要求 1.4.2 軟件要求 2 中醫(yī)臨床術語 2.1技術要求 2.2實施要求 2.2.1 技術路線 2.2.2 實施方案 2.3 考核與驗收 3 數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)3.1 技術要求 3.1.1基本要求 3.2實施要求 3.2.1實施籌備 3.2.2實施步驟 3.3考核與驗收
2、;3.3.1模板驗收 3.3.2系統(tǒng)驗收 3.3.3數(shù)據(jù)質量要求 4. 數(shù)據(jù)倉庫及挖掘分析 4.1技術要求 4.1.1基本要求 4.1.2 擴展要求 4.2實施要求 4.2.1遵循原則 4.2.2基礎設施要求 4.2.3實施步驟 4.2.4任務分工 4.3考核與驗收 4.3.1 平臺驗收 4.3.2 成果驗收 4.4基礎設施要求 4.4.1 硬件 4.4.2 軟件 4.4.3 數(shù)據(jù)倉庫軟件部署 1組織實施管理1.1概
3、述“中醫(yī)醫(yī)療與臨床科研信息共享系統(tǒng)”(以下簡稱“共享系統(tǒng)”)是基于臨床科研一體化理念,利用現(xiàn)代信息技術,在標準化、規(guī)范化的基礎上,充分整合計算機、數(shù)理統(tǒng)計、數(shù)據(jù)挖掘、人工智能等方法構建的中醫(yī)臨床研究的技術平臺。根據(jù)中醫(yī)臨床研究基地建設指導意見和中醫(yī)臨床研究基地業(yè)務建設要求,構建中醫(yī)臨床與科研信息共享系統(tǒng)是中醫(yī)臨床研究基地業(yè)務建設的重要任務,是落實國家中醫(yī)藥管理局關于基地建設“一體兩翼”建設任務的重要舉措。為了指導、規(guī)范和推進各基地中醫(yī)醫(yī)療與臨床科研信息共享系統(tǒng)建設,特制定中醫(yī)醫(yī)療與臨床科研信息共享系統(tǒng)項目實施指南(簡稱“指南”)。1.2實施保障國家組織開展共享系統(tǒng)的規(guī)范研究,制定相關技術標準規(guī)
4、范和建設要求;基地在國家統(tǒng)一指導和協(xié)調下,按照相關要求開展共享系統(tǒng)建設。國家中醫(yī)藥管理局與各基地所在省級管理部門,定期對各基地共享系統(tǒng)建設進度與質量進行檢查?;貞敯压蚕硐到y(tǒng)建設納入基地建設總體方案,統(tǒng)籌規(guī)劃,與基礎設施建設、學科??平ㄔO等協(xié)同推進,一并落實。1.3建設組織與分工(1)國家中醫(yī)藥管理局建立國家中醫(yī)醫(yī)療與臨床科研信息共享系統(tǒng)專家指導小組,負責基地共享系統(tǒng)建設中相關標準的制定、數(shù)據(jù)共享協(xié)調、運行管理咨詢和科研方法指導;搭建中醫(yī)臨床科研信息學術交流平臺,定期組織開展中醫(yī)臨床研究的相關學術活動與技術交流,培養(yǎng)高素質中醫(yī)臨床研究人才。(2)基地要成立共享系統(tǒng)建設領導小組,設置相應機構,
5、配備專職負責人員。領導小組組長由醫(yī)院主要領導擔任,成員應當包括重點研究病種負責人以及科研、信息、醫(yī)務等職能科室負責人。領導小組負責制定基地共享系統(tǒng)建設規(guī)劃;協(xié)調、組織重點研究病種技術標準體系制定、人員技術培訓、硬件建設、軟件系統(tǒng)安裝、信息系統(tǒng)整合及運行調試等方面建設任務。(3)重點研究病種須配備參與病種研究且熟悉術語標準制定規(guī)范的固定人員,負責梳理歸集與本病種相關的名詞術語,提出和更新重點病種相關的術語字典,制定、維護和更新重點病種的病歷模板。(4)基地科研管理或醫(yī)務部門須建立科研數(shù)據(jù)質量控制體系,規(guī)范和監(jiān)督重點病種的數(shù)據(jù)采集過程;指導重點病種術語、模板和標準體系的建立。配備熟練掌握中醫(yī)理論、
6、具有臨床科研數(shù)據(jù)的分析、挖掘能力的臨床科研方法學研究人員,開展重點病種療效評價、診療方案優(yōu)化與評價、名老中醫(yī)經(jīng)驗總結和傳承研究等工作。(5)基地信息管理部門須有熟練掌握醫(yī)院his、lis、pacs等系統(tǒng)安全運行與維護的專職人員;配備掌握delphi語言等軟件編程語言和oracle等專業(yè)數(shù)據(jù)庫開發(fā)應用能力的固定人員,負責數(shù)據(jù)審核、系統(tǒng)維護、傳輸數(shù)據(jù)以及數(shù)據(jù)導出等。(6)基地可根據(jù)實際需要,設立共享系統(tǒng)建設專家技術組,為共享系統(tǒng)建設提供技術咨詢、方案審查和質量評定等。(7)中國中醫(yī)科學院深入研究共享系統(tǒng)關鍵技術問題,為基地提供共性產(chǎn)品及技術服務,參加項目的整體部署和人員培訓,指導制定建設規(guī)劃與方案
7、。1.4條件建設要求1.4.1硬件要求共享系統(tǒng)是在整合醫(yī)院lis,pace,his,ris等信息集成網(wǎng)絡的基礎上的應用系統(tǒng)。醫(yī)院的硬件系統(tǒng)如中心機房配置、綜合布線系統(tǒng)、網(wǎng)絡建設、數(shù)據(jù)庫及應用服務器、存儲系統(tǒng)等的配置應符合國家(或國際)相關建設規(guī)范及技術標準,核心設備需滿足中醫(yī)臨床研究的需求,并保證基地信息平臺的安全運行。 1.4.2 軟件要求共享系統(tǒng)建設的應用軟件主要包括:臨床數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)、數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)、數(shù)據(jù)倉庫及分析軟件、集成軟件等。臨床數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)是基于結構化的中醫(yī)電子病歷系統(tǒng),執(zhí)行國家中醫(yī)藥管理局關于中醫(yī)醫(yī)院信息化建設功能規(guī)范和電子病歷的各項規(guī)定。其他應用系統(tǒng)根據(jù)實際需要為共享系統(tǒng)的接
8、入提供開放接口,符合中醫(yī)臨床研究的需求,保證基地共享系統(tǒng)的正常運行。2中醫(yī)臨床術語中醫(yī)臨床術語集是中醫(yī)、西醫(yī)規(guī)范術語有機匯集,是臨床術語字典、臨床數(shù)據(jù)挖掘利用的基礎和規(guī)范術語的主要來源和支撐。術語字典是在數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)中,中醫(yī)臨床規(guī)范術語應用的工具,是臨床數(shù)據(jù)采集模板與病歷書寫的術語來源。共享系統(tǒng)建設,要求采用統(tǒng)一的中醫(yī)臨床術語集和主要來自中醫(yī)臨床術語集的術語字典。2.1技術要求重點病種臨床術語字典為共享系統(tǒng)提供支撐服務。主要體現(xiàn)在四個方面:支持數(shù)據(jù)采集、支持數(shù)據(jù)檢索、支持挖掘模型的形成、支持病歷模板的生成。(1)支持數(shù)據(jù)采集提供臨床數(shù)據(jù)采集的便捷性及靈活性,同時排除冗余信息。(2)支持數(shù)據(jù)檢索
9、支持數(shù)據(jù)檢索調用,可以根據(jù)實際需要檢索術語,能將所需術語及術語的各種屬性包括同義術語、編碼等檢索出來。(3)支持挖掘模型的形成支持數(shù)據(jù)挖掘模型的形成,為后期數(shù)據(jù)整理、臨床數(shù)據(jù)倉庫建立以及數(shù)據(jù)挖掘研究提供服務,保證數(shù)據(jù)挖掘結果的真實性及準確性。(4)支持病歷模板的生成病歷模板是采集系統(tǒng)的核心,重點病種臨床術語字典應支持病歷模板的生成。2.2實施要求2.2.1 技術路線(略)2.2.2 實施方案(1)中醫(yī)臨床術語集的補充中國中醫(yī)科學院已研制了中醫(yī)臨床術語集,作為共同的資源提供給各基地應用(各基地只有使用權,版權屬于中國中醫(yī)科學院)。在實施過程中將根據(jù)各基地的使用情況進行術語的補充。(2)重點病種臨
10、床術語字典的形成根據(jù)基地重點病種研究的典型病歷與相關文獻,收集病種常用的中醫(yī)術語,建立統(tǒng)一的重點病種臨床術語字典表結構。將各重點病種的臨床常用術語及其屬性從中醫(yī)臨床術語集抽取到重點病種臨床術語字典。重點病種臨床術語字典的術語應主要來源中醫(yī)臨床術語集,若需增加可根據(jù)規(guī)范納入。(3)重點病種臨床術語字典的維重點病種臨床術語字典新增術語的審核。新增術語進入術語審核表。審核表內設有術語增加的時間、審核人、審核的時間、審核的結果。審核人員必須是是給予權限的重點病種研究專家。對納入到重點病種臨床術語字典的新術語給予標識。重點病種臨床術語字典的刪改及修訂 。該字典的刪改及修訂必須是給予權限的重點病種研究專家
11、,同時保留刪改及修訂的痕跡。2.3 考核與驗收重點病種臨床術語字典主要來自中醫(yī)臨床術語集,形成術語字典增加、刪除、修訂的機制與模式。3數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)3.1 技術要求3.1.1基本要求(1)提供滿足臨床科研病歷數(shù)據(jù)采集工具采集系統(tǒng)以結構化電子病歷為主要工具,能夠滿足中醫(yī)臨床醫(yī)療業(yè)務和科研數(shù)據(jù)的同步采集需求。(2)符合電子病歷規(guī)范要求采集系統(tǒng)必須符合衛(wèi)生部電子病歷系統(tǒng)功能規(guī)范(試行)、國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)電子病歷系統(tǒng)功能規(guī)范(試行)等規(guī)范的要求。(3)具備全面實時采集臨床信息功能采集系統(tǒng)支持全面、規(guī)范、實時采集多源、多媒體、多格式的臨床信息(文字、表格、圖片、音頻、視頻等)。(4)與其他醫(yī)療系統(tǒng)間數(shù)
12、據(jù)共享采集系統(tǒng)能夠與醫(yī)院his、lis、pacs等系統(tǒng)集成融合,實現(xiàn)數(shù)據(jù)共享。(5)與數(shù)據(jù)挖掘系統(tǒng)有機結合采集系統(tǒng)數(shù)據(jù)能安全導出,應與數(shù)據(jù)轉儲、數(shù)據(jù)挖掘工作有機結合,融為一體。(6)科研病歷監(jiān)測功能具備科研病歷質量監(jiān)測功能,有效的核查、核對科研病歷數(shù)據(jù)信息。3.2實施要求3.2.1實施籌備(1)系統(tǒng)實施范圍確定確定基地重點病種研究的科室。(2)功能模塊選擇各基地對采集系統(tǒng)提出應用需求,項目實施組對需求進行合理分析,選用適合該單位采集系統(tǒng)實施的功能模塊。(3)基礎設施要求基地軟硬件設備到位及網(wǎng)絡的暢通是結構化電子病歷實施最基本要求,項目實施組入場前基地單位必須保證軟硬件設備到位,各部門科室網(wǎng)絡暢
13、通。 提供用于采集系統(tǒng)、數(shù)據(jù)挖掘分析系統(tǒng)專用服務器各一臺,滿足臨床、科研病歷數(shù)據(jù)采集、挖掘的實際應用需求。應選用當前主流數(shù)據(jù)庫管理軟件如oracle等。(4)人員要求基地單位需要建立專職團隊配合采集系統(tǒng)實施組完成實施工作。實施期間以實施組人員為主,醫(yī)院工作人員協(xié)助,基地科研人員逐步熟悉工作流程和方法,為以后其它科室實施做好基礎和準備。(5)系統(tǒng)接口設計要求系統(tǒng)接口方式采集系統(tǒng)接口方案根據(jù)醫(yī)院的實際情況或地區(qū)的要求制定,但方案需求要在實施組入場前明確。組織協(xié)調醫(yī)院應協(xié)調該院信息系統(tǒng)(his/lis/pacs/ris等)與采集系統(tǒng)間的數(shù)據(jù)交換工作。采集系統(tǒng)能夠與醫(yī)院his、lis、pacs等系統(tǒng)集
14、成融合,實現(xiàn)數(shù)據(jù)共享。(6)系統(tǒng)實施方案與實施計劃調研報告項目實施組進行基地項目調研報告書準備,包括醫(yī)院項目領導小組成員、醫(yī)院信息化現(xiàn)狀、醫(yī)院硬件建設情況(如機房、服務器等)、醫(yī)院重點科室及臨床科室情況、病歷結構及模板格式、工作場所情況等。接口標準方案確定采集系統(tǒng)與his/lis/pacs等系統(tǒng)的接口方案制定實施方案與實施計劃項目實施組根據(jù)調研書、接口工作方案,制定基地單位整體實施方案與實施計劃。3.2.2實施步驟(1)項目啟動會準備會議議程、參加人員、會議通知、會議地點等。(2)環(huán)境檢查檢查服務器、客戶端環(huán)境基礎搭建環(huán)境(如操作系統(tǒng)、殺毒軟件等)工作是否完成、客戶端及網(wǎng)絡環(huán)境等是否能連通。(
15、3)接口開發(fā)工作討論討論接口開發(fā)的方案及細節(jié)內容,確定接口開發(fā)計劃。(4)項目啟動會召開領導小組組織,動員相關各個部門配合項目實施組進行工作,明確下一步的工作計劃。(5)科室調研對醫(yī)院的情況進行初步調研,對科室進行調研,收集重點病種及臨床科室病歷模板資料。(6)接口開發(fā)與測試根據(jù)商定的接口方案及計劃進行接口開發(fā)工作。環(huán)境搭建與接口開發(fā)工作完成后,進行實際聯(lián)調測試。(7)模板制作重點病種臨床術語的準備參照中醫(yī)臨床術語部分模板生成嚴格按照衛(wèi)生部發(fā)布電子病歷系統(tǒng)功能規(guī)范(試行)及國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)電子病歷系統(tǒng)功能規(guī)范(試行)等規(guī)范的要求進行模板制作。模板維護成立模板維護小組,專門負責重點病種科研模
16、板及其它病種模板的整理制作與維護工作。負責增加、刪改調整病歷模板中元素內容,達到臨床與科研應用要求。(8)實施計劃確認項目負責人對實施整體計劃和階段計劃進行確認,共同配合執(zhí)行計劃(9)環(huán)境搭建安裝服務器、客戶端環(huán)境,并進行調試(10)科室模板整理根據(jù)科室提供病歷模板需求及格式進行模板制作、整理、調整、測試工作,并與科室及院方負責人進行模板確認(11)培訓準備好培訓環(huán)境、材料,對科室進行采集系統(tǒng)應用培訓。包括各功能模塊應用、常見問題處理、科研數(shù)據(jù)分析等培訓內容。采取循環(huán)式培訓。(12)系統(tǒng)使用正式運行采集系統(tǒng),將實際入院病人的病歷內容按照電子病歷書寫規(guī)范要求填寫。重點病種數(shù)據(jù)采集關鍵點,按照病歷
17、模板設定內容進行結構化采集,病歷采集信息根據(jù)結構化程度定期進行解析并審核,審核內容為前臺采集數(shù)據(jù)與解析后數(shù)據(jù)的一致性?;財?shù)據(jù)中心承擔基地臨床與科研數(shù)據(jù)匯總、解析任務,負責向國家中醫(yī)臨床研究數(shù)據(jù)中心上傳采集數(shù)據(jù)信息。(13)系統(tǒng)維護對電子病歷應用常見問題進行收集并整理。定期檢查服務器、客戶端系統(tǒng)運行情況。3.3考核與驗收3.3.1模板驗收應遵循如下原則:(1)模板格式完全符合國家電子病歷書寫規(guī)范的標準。(2)病歷模板內容遵循科研目的及需求,可有效完成科研病歷數(shù)據(jù)采集。(3)病歷模板中標準化術語來源于術語標準知識庫,可實現(xiàn)病歷內容與后臺術語庫間的關聯(lián)。(4)保證病歷模板由五類基本元素組成:數(shù)值型
18、、日期型、選擇型、字典型、文本型。(5)重點病種的病歷數(shù)據(jù)需測試幾十份,病歷解析完成后進行病歷數(shù)據(jù)字段結構核查。3.3.2系統(tǒng)驗收系統(tǒng)在重點病種數(shù)據(jù)采集方面已達到目標要求,同時也完成了本地化的改造工作,運行穩(wěn)定,系統(tǒng)驗收合格。3.3.3數(shù)據(jù)質量要求病歷模板在臨床實際操作中高效、精確的完成病人從入院記錄、病程記錄、手術記錄、量表、出院記錄等信息的書寫,其中重點病種臨床研究目標涉及的關鍵信息以及病歷內容中包括主訴、現(xiàn)病史、舌象、脈象、實驗室檢查、中醫(yī)診斷、西醫(yī)診斷、辨病辨證依據(jù)等體現(xiàn)中醫(yī)診治特色的病歷內容要求全結構化采集。4 數(shù)據(jù)倉庫及挖掘分析臨床診療數(shù)據(jù)是符合中醫(yī)理論的中醫(yī)診療方法和療效的直接證
19、據(jù),采用結構化采集系統(tǒng)完成數(shù)據(jù)采集之后,進行面向臨床研究的數(shù)據(jù)利用研究是基地臨床科研信息共享的核心內容和任務。在該階段,基地臨床研究人員需要基于臨床診療和研究積累,提出新穎合理的分析目標。同時也需要根據(jù)臨床研究需求進行數(shù)據(jù)清理、數(shù)據(jù)整理與轉換,以達到可靠數(shù)據(jù)分析的數(shù)據(jù)質量要求。本階段的研究過程分兩個交叉的研究步驟:數(shù)據(jù)倉庫及挖掘分析平臺的構建與臨床數(shù)據(jù)利用分析研究。本技術與實施要求用于結構化臨床診療數(shù)據(jù)形成后,進行數(shù)據(jù)利用和挖掘分析時,在實施步驟和任務安排方面提供指導與參考。4.1技術要求參照國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)醫(yī)院信息化建設基本規(guī)范中的中醫(yī)臨床研究分析分系統(tǒng),名老中醫(yī)經(jīng)驗傳承分系統(tǒng)和中醫(yī)輔助
20、診療分系統(tǒng)的功能規(guī)范,結合國家中醫(yī)臨床研究基地臨床科研信息共享的要求,數(shù)據(jù)倉庫及挖掘分析須達到的技術要求如下。4.1.1基本要求(1)數(shù)據(jù)抽取、轉換與導入(etl)數(shù)據(jù)清理對結構化病歷數(shù)據(jù)進行清理,去除關鍵信息如大病歷癥狀體征、診斷、中藥處方等與關鍵療效指標缺失的患者記錄;數(shù)據(jù)抽取與轉換從結構化病歷數(shù)據(jù)庫中抽取適合科研分析的數(shù)據(jù),設定抽取和代碼轉換規(guī)則,實現(xiàn)對來源病歷數(shù)據(jù)的篩選,并到數(shù)據(jù)倉庫數(shù)據(jù)的自動轉換;數(shù)據(jù)導入支持大規(guī)模病歷數(shù)據(jù)到數(shù)據(jù)倉庫數(shù)據(jù)的自動批量導入與匯總處理。(2)數(shù)據(jù)倉庫細節(jié)數(shù)據(jù)模型建立囊括中醫(yī)病歷數(shù)據(jù)中患者人口統(tǒng)計學信息、大病歷、病程、方藥、理化檢查等信息,面向科研分析的關系數(shù)
21、據(jù)模型,主要用于從病歷數(shù)據(jù)導入?yún)R總的大規(guī)模數(shù)據(jù)存儲;細節(jié)數(shù)據(jù)的規(guī)范模型具有與細節(jié)數(shù)據(jù)模型類似但較為簡化的數(shù)據(jù)模型結構,用于存儲規(guī)范整理后的科研分析數(shù)據(jù)集;大規(guī)模數(shù)據(jù)管理以大型數(shù)據(jù)庫管理軟件如oracle為依托,建立數(shù)據(jù)倉庫的安全訪問、結構化查詢、增刪改處理的客戶端軟件環(huán)境與機制。(3)數(shù)據(jù)整理與數(shù)據(jù)導出數(shù)據(jù)整理結合中醫(yī)臨床術語系統(tǒng)和臨床信息標準詞典,具有對癥狀體征、診斷、方藥和理化檢查等進行規(guī)范和標準化處理的功能;數(shù)據(jù)審核支持對規(guī)范處理前后數(shù)據(jù)的人工審核,并對規(guī)范處理后數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)補充與修改;數(shù)據(jù)格式轉換將整理后數(shù)據(jù)轉換成適合挖掘分析的數(shù)據(jù)格式;數(shù)據(jù)導出將規(guī)范整理后的數(shù)據(jù)導出為常用挖掘分析軟件
22、能夠識別的數(shù)據(jù)輸入格式。(4)多維查詢檢索分別對癥狀體征、診斷、方藥和理化指標等從時間、患者人口統(tǒng)計學信息、醫(yī)生等不同維度進行即席查詢(由用戶自定義條件的查詢),實現(xiàn)面向病種研究需求的臨床數(shù)據(jù)探索性分析。(5)數(shù)據(jù)挖掘分析專用挖掘分析平臺具備基于實際臨床診療數(shù)據(jù),面向重點病種臨床研究分析需求的專用挖掘分析功能,能夠實現(xiàn)辨證經(jīng)驗、有效處方和隨癥加減規(guī)律等分析,支持進行基于臨床數(shù)據(jù)的有效方藥發(fā)現(xiàn)、臨床優(yōu)化治療方案形成和名老中醫(yī)經(jīng)驗傳承研究等各種臨床研究的數(shù)據(jù)挖掘分析任務;適宜挖掘分析算法以中醫(yī)臨床癥證治-效為分析主線,具備數(shù)據(jù)預處理、混淆因素檢驗、分類、聚類、相關分析、復雜網(wǎng)絡分析等適宜挖掘分析算
23、法。4.1.2 擴展要求(1)多維主題數(shù)據(jù)模型需要構建面向主題的多維數(shù)據(jù)模型,以支持高效的多維查詢檢索功能。多維數(shù)據(jù)模型以rolap或molap模式實現(xiàn),對主題以事實表和維表形式進行建模。(2)多源動態(tài)數(shù)據(jù)整合除結構化電子病歷數(shù)據(jù)源之外,在數(shù)據(jù)倉庫平臺建立針對醫(yī)院其他信息來源如his,lis和現(xiàn)代臨床試驗數(shù)據(jù)庫的動態(tài)數(shù)據(jù)匯總和整合技術,整合基地個性化科研分析數(shù)據(jù)源到數(shù)據(jù)倉庫中。(3)臨床決策與循證支持在數(shù)據(jù)倉庫平臺基礎上,構建面向特定病種診療的輔助決策支持功能,實現(xiàn)從臨床診療中尋找證據(jù)、分析證據(jù)和提煉證據(jù)的方法,輔助形成初步的臨床證據(jù)鏈。(4)高級數(shù)據(jù)挖掘分析多階段序貫治療方案的分析方法基于臨
24、床實際診療數(shù)據(jù),利用內隱對照和馬爾可夫決策過程模型,分析確認較優(yōu)的動態(tài)序貫治療方案;有效核心處方與癥藥隨癥加減規(guī)律的分析方法研制發(fā)現(xiàn)并確認有效的核心處方的層次復雜網(wǎng)絡分析方法,以及隨癥用藥加減的藥癥關系知識的聚類分析方法。4.2實施要求數(shù)據(jù)倉庫及挖掘分析平臺的實施包括平臺構建和數(shù)據(jù)分析利用研究兩個主要階段。本部分闡述實施過程中需要遵循的原則、步驟和基本要求。4.2.1遵循原則以基地信息條件和基于實際臨床數(shù)據(jù)的病種臨床研究需求為基礎,將數(shù)據(jù)倉庫及挖掘分析平臺構建和病種臨床研究有機結合,以基地臨床研究和專職人員為主導,進行臨床倉庫及挖掘分析平臺的建設和示范應用研究。注意在平臺構建時的擴展性,支持院
25、內的管理決策。4.2.2基礎設施要求除基本的局域網(wǎng)絡環(huán)境之外,數(shù)據(jù)倉庫及挖掘分析平臺相關的硬軟件環(huán)境如下。(1)硬件要求數(shù)據(jù)倉庫服務器用于分析用數(shù)據(jù)的存儲和管理。在保證運行性能如cpu和內存的基礎上,重點需要保證大容量的磁盤存儲(最好配置相應的盤陣)。多維分析服務器用于分析報表的應用服務,需要保證并發(fā)服務能力。etl數(shù)據(jù)處理和挖掘分析工作站用于數(shù)據(jù)導入的etl軟件的運行和挖掘分析功能,鑒于etl的大規(guī)模數(shù)據(jù)導入和挖掘分析的高計算量,需要配置高端性能的服務器。(2)軟件要求oracle數(shù)據(jù)庫管理軟件(oracle 9i以上)bo中間件軟件(3)數(shù)據(jù)倉庫軟件部署在oracle數(shù)據(jù)庫環(huán)境中構建ods
26、數(shù)據(jù)表、細節(jié)數(shù)據(jù)表、多維數(shù)據(jù)表、復雜網(wǎng)絡分析數(shù)據(jù)表以及系統(tǒng)運行所需的元信息表等。 bo軟件的安裝和部署,元信息數(shù)據(jù)庫的導入和報表文件的導入處理。 etl和復雜網(wǎng)絡分析系統(tǒng)的部署。4.2.3實施步驟(1)數(shù)據(jù)倉庫及挖掘分析平臺構建臨床研究平臺由數(shù)據(jù)前處理、數(shù)據(jù)倉庫、專用數(shù)據(jù)挖掘和多維檢索與展示等四部分功能系統(tǒng)構成。數(shù)據(jù)前處理系統(tǒng)實現(xiàn)分析用數(shù)據(jù)的抽取、轉換和導入處理;數(shù)據(jù)倉庫系統(tǒng)實現(xiàn)分析用數(shù)據(jù)按照臨床研究內容涉及的數(shù)據(jù)元素及其關系進行組織和管理,支持結構化查詢、篩選和高效的數(shù)據(jù)分析服務;專用數(shù)據(jù)挖掘分析系統(tǒng)在數(shù)據(jù)倉庫數(shù)據(jù)組織模式的基礎上,實現(xiàn)數(shù)據(jù)挖掘分析算法和面向統(tǒng)計分析的數(shù)據(jù)導出接口;多維檢索與
27、展示系統(tǒng)實現(xiàn)直接基于數(shù)據(jù)倉庫數(shù)據(jù)的多維檢索與展示,對臨床數(shù)據(jù)中顯性的數(shù)據(jù)關系從不同維度(證-癥-治-效)進行展示。數(shù)據(jù)倉庫系統(tǒng)構建在大型數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)如oracle已經(jīng)安裝的基礎上,創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫,并生成數(shù)據(jù)倉庫關系數(shù)據(jù)表。針對臨床研究問題所對應的數(shù)據(jù)內容,采用數(shù)據(jù)模型設計軟件,設計多維數(shù)據(jù)模型,并基于該模型生成數(shù)據(jù)倉庫中相應的多維數(shù)據(jù)表;數(shù)據(jù)前處理系統(tǒng)的安裝與運行測試在相應的硬件服務器環(huán)境中進行數(shù)據(jù)前處理系統(tǒng)的部署,針對采集形成的結構化數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)轉換導入配置,形成并進行數(shù)據(jù)轉換導入運行測試,確保處理前后數(shù)據(jù)的一致性;專用數(shù)據(jù)挖掘系統(tǒng)安裝與運行測試安裝專用數(shù)據(jù)挖掘分析系統(tǒng),完成與數(shù)據(jù)倉庫系統(tǒng)的連
28、接配置,聯(lián)機篩選數(shù)據(jù)倉庫數(shù)據(jù)形成數(shù)據(jù)集或采用測試數(shù)據(jù)樣例,進行數(shù)據(jù)分析功能運行測試;多維檢索與分析系統(tǒng)安裝與分析設計安裝多維檢索與分析系統(tǒng),在多維數(shù)據(jù)模型和臨床分析問題的基礎上,采用分析設計工具(如水晶報表)進行分析報表的設計和發(fā)布。平臺構建實施流程(略)(2) 臨床數(shù)據(jù)利用分析臨床數(shù)據(jù)分析利用階段主要任務包括:利用中醫(yī)臨床中采集的結構化數(shù)據(jù),根據(jù)重點病種和重點科室確定的臨床分析目標,完成對中醫(yī)臨床數(shù)據(jù)的前處理、數(shù)據(jù)挖掘分析和臨床研究成果總結等科研任務?;谇捌谕诰蚍治鼋?jīng)驗和平臺構建流程,數(shù)據(jù)利用分析的具體實施流程分成兩部分內容:基于測試平臺的預分析和基于基地平臺的挖掘分析?;跍y試階段的預分
29、析目的是解決針對基地特定目標挖掘分析的所有技術環(huán)節(jié),并由基地專有挖掘分析人員參與進行平臺功能操作的學習和實踐,完成對其的初步培訓任務;基于基地平臺的挖掘分析則由基地專有挖掘分析人員和臨床研究人員為主導進行常規(guī)挖掘分析應用研究,平臺研究組人員提供技術指導和協(xié)助,并對挖掘分析過程平臺相關的功能進行可能的優(yōu)化和完善。 挖掘分析需求的提出根據(jù)臨床診療實踐和研究積累,基地臨床人員根據(jù)病種研究特點提出面向分析的臨床研究需求,該臨床研究需求需要表達明確的目標與內容;挖掘分析需求需要具體化到數(shù)據(jù)的納入條件,研究目標中可能涉及的主要臨床數(shù)據(jù)內容如診斷、病史、癥狀體征、理化指標、藥物和結局指標等;從臨床角度,能夠
30、估計當前采集數(shù)據(jù)對該研究目標的支持程度。研究目標一定要結合實際采集的數(shù)據(jù),充分利用基地數(shù)據(jù)存在的優(yōu)勢和特點,同時保證與臨床研究核心目標相關的數(shù)據(jù)具有較高的數(shù)據(jù)質量;該部分工作由基地臨床研究人員提出,并不需要直接提挖掘分析目標,僅需要臨床人員熟悉的臨床研究目標。平臺技術組人員可以參與從挖掘分析和臨床診療數(shù)據(jù)的一般情況的角度提供反饋,以達到臨床人員修改形成相對明確而新穎的面向分析的臨床研究需求。數(shù)據(jù)前處理根據(jù)數(shù)據(jù)分析需求,確定和選擇適合的相關信息,利用數(shù)據(jù)前處理系統(tǒng)的數(shù)據(jù)篩選、數(shù)據(jù)整理和數(shù)據(jù)轉換導出等功能,從中醫(yī)臨床數(shù)據(jù)倉庫中提取和篩選符合科研和臨床要求的結構化臨床數(shù)據(jù);把與分析目標相關的數(shù)據(jù)元素
31、或變量進行規(guī)范整理,對整理前后的數(shù)據(jù)進行嚴格的數(shù)據(jù)審核,保證每一例用于分析的數(shù)據(jù)內容與臨床病歷內容一致,形成用于分析的數(shù)據(jù)集。顯性知識的探索性分析利用多維檢索與分析系統(tǒng)提供的分析功能,對與臨床分析目標相關的報表進行即時檢索和操作,并導出分析結果,結合臨床知識對導出結果進行解釋與分析。隱性知識的挖掘分析臨床研究基地應能夠根據(jù)分析目標,基于數(shù)據(jù)倉庫整理后的數(shù)據(jù)和專用數(shù)據(jù)挖掘系統(tǒng)進行數(shù)據(jù)挖掘建模和分析,選擇合適的數(shù)據(jù)挖掘分析方法,操作完成數(shù)據(jù)挖掘分析任務;利用臨床知識和理論從分析結果中總結中醫(yī)診療規(guī)律和特點,形成中醫(yī)專家知識庫,指導中醫(yī)醫(yī)生的臨床實踐。結果闡釋與臨床成果總結結果闡釋形成挖掘分析結果由
32、基地臨床研究人員進行解釋,若不能滿足預期研究目標,則需要根據(jù)情況回到挖掘分析的各個步驟進行數(shù)據(jù)的重新處理和分析;臨床研究成果總結結合中醫(yī)基礎理論和預期臨床研究目標,由基地臨床研究人員完成挖掘分析結果的提煉和理論提升,形成臨床研究成果。數(shù)據(jù)利用分析階段實施流程(略)4.2.4任務分工(1)原則在平臺構建階段以技術組人員為主,基地臨床研究及其專職人員提供條件支持和建設需求。在數(shù)據(jù)利用分析階段以基地臨床研究及其專職人員為主,技術組人員提供技術指導與輔助。(2)具體任務與要求平臺構建過程中的任務基礎設施準備與專職人員配置準備相應的軟硬件條件,并配置專職數(shù)據(jù)倉庫、數(shù)據(jù)處理和挖掘分析人員;示范數(shù)據(jù)準備與測試協(xié)助在示范數(shù)據(jù)準備、數(shù)據(jù)內
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